MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 chromosome

Total Repeats: 1478

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008262	CTATAG	2	12	1940	1951	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110803106
2	NC_008262	TAAAAT	2	12	2154	2165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803106
3	NC_008262	AAACTA	2	12	6002	6013	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	110803693
4	NC_008262	GCTTAT	2	12	9198	9209	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110801534
5	NC_008262	GGAGCT	2	12	16466	16477	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110802161
6	NC_008262	TATAAA	2	12	16708	16719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802161
7	NC_008262	TATAGC	2	12	16903	16914	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110802161
8	NC_008262	CAGATA	2	12	17295	17306	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110802161
9	NC_008262	GAATAA	2	12	19683	19694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803344
10	NC_008262	ATAATC	2	12	20009	20020	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110803344
11	NC_008262	CTGGTA	2	12	26216	26227	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110802216
12	NC_008262	AAAATA	2	12	29504	29515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110802216
13	NC_008262	CGGCTG	2	12	29721	29732	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110802763
14	NC_008262	ACAGGA	2	12	31556	31567	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	110802763
15	NC_008262	AGCTTC	2	12	32416	32427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110802763
16	NC_008262	TAAATA	2	12	32734	32745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802763
17	NC_008262	ACTGTT	2	12	34565	34576	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110802983
18	NC_008262	ATTTAG	2	12	35022	35033	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110803547
19	NC_008262	GATATA	2	12	35291	35302	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803547
20	NC_008262	TTAAAA	2	12	36729	36740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803943
21	NC_008262	GAAATT	2	12	37041	37052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803943
22	NC_008262	AATTAG	2	12	37355	37366	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803414
23	NC_008262	ACATGA	2	12	38216	38227	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110803414
24	NC_008262	TAAAAG	2	12	40585	40596	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803517
25	NC_008262	TTGAAG	2	12	43673	43684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110801484
26	NC_008262	AGAAAA	2	12	49219	49230	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110802823
27	NC_008262	AAATAT	2	12	50146	50157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803864
28	NC_008262	GTAGGC	2	12	51431	51442	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110801537
29	NC_008262	ATTTTT	2	12	52205	52216	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110803179
30	NC_008262	AAAGAA	2	12	53070	53081	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110802679
31	NC_008262	AAGAAA	2	12	57300	57311	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110802411
32	NC_008262	TTATTT	2	12	58716	58727	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110802620
33	NC_008262	TACAGA	2	12	63198	63209	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110802201
34	NC_008262	ATAAGA	2	12	63373	63384	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110802201
35	NC_008262	TTTAAT	2	12	65213	65224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110801801
36	NC_008262	TTAAAT	2	12	65322	65333	50 %	50 %	0 %	0 %	110801801
37	NC_008262	TTTATA	2	12	65367	65378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110801801
38	NC_008262	ATTTGT	2	12	65522	65533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110801801
39	NC_008262	AAAATT	2	12	67905	67916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803818
40	NC_008262	TACTTA	2	12	73314	73325	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110801674
41	NC_008262	TAAAAA	2	12	73493	73504	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110802367
42	NC_008262	TTAAAT	2	12	73513	73524	50 %	50 %	0 %	0 %	110802367
43	NC_008262	ATTTAG	2	12	73651	73662	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110802367
44	NC_008262	ATAAAT	2	12	73737	73748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802367
45	NC_008262	ATTTTC	2	12	80672	80683	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110802721
46	NC_008262	ATTTAA	2	12	81775	81786	50 %	50 %	0 %	0 %	110803445
47	NC_008262	TAGAAT	2	12	83540	83551	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110802663
48	NC_008262	ATATAA	2	12	84390	84401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803125
49	NC_008262	TTTAAA	2	12	92405	92416	50 %	50 %	0 %	0 %	110803423
50	NC_008262	ATAGCT	2	12	92436	92447	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110803423
51	NC_008262	TTTTGC	2	12	92795	92806	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	110803423
52	NC_008262	TAAGTA	2	12	93865	93876	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110802271
53	NC_008262	GATGAG	2	12	94088	94099	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110802271
54	NC_008262	TTATGA	2	12	96136	96147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110803638
55	NC_008262	CAACTA	2	12	98981	98992	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	110801873
56	NC_008262	GATAAA	2	12	99241	99252	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110801873
57	NC_008262	TAAAGA	2	12	101505	101516	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110802434
58	NC_008262	ATTGGT	2	12	102606	102617	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110803507
59	NC_008262	AAAAAG	2	12	102673	102684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110803507
60	NC_008262	ATGATA	2	12	104010	104021	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803751
61	NC_008262	AAAAGA	2	12	104773	104784	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110803021
62	NC_008262	TTAGTA	2	12	106696	106707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110802469
63	NC_008262	TAGAAA	2	12	113409	113420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803548
64	NC_008262	TCCTTC	2	12	114114	114125	0 %	50 %	0 %	50 %	110801542
65	NC_008262	AAGATT	2	12	116320	116331	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110802112
66	NC_008262	ATTTAA	2	12	116980	116991	50 %	50 %	0 %	0 %	110802978
67	NC_008262	ATTTTG	2	12	123440	123451	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110802289
68	NC_008262	GAAAAA	2	12	123556	123567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110802289
69	NC_008262	AGGAAG	2	12	125169	125180	50 %	0 %	50 %	0 %	110802289
70	NC_008262	TTTTCT	2	12	130811	130822	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110803647
71	NC_008262	CCTTAT	2	12	131577	131588	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110803647
72	NC_008262	ATAAAA	2	12	132322	132333	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110801635
73	NC_008262	CTAAGT	2	12	134289	134300	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110803048
74	NC_008262	ACTTGA	2	12	135760	135771	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110802030
75	NC_008262	GAAAGG	2	12	136216	136227	50 %	0 %	50 %	0 %	110802030
76	NC_008262	CTTCAA	2	12	138312	138323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803728
77	NC_008262	ATAATT	2	12	138739	138750	50 %	50 %	0 %	0 %	110803728
78	NC_008262	ACTTTT	2	12	139273	139284	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110803728
79	NC_008262	AGCTAA	2	12	140733	140744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110802967
80	NC_008262	AAATAA	2	12	141486	141497	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110802967
81	NC_008262	ATTTTT	2	12	144146	144157	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110802866
82	NC_008262	TTTATA	2	12	145259	145270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803047
83	NC_008262	TAATGA	2	12	151566	151577	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803520
84	NC_008262	GAAAAA	2	12	153414	153425	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110802530
85	NC_008262	TAGAAC	2	12	159575	159586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110801845
86	NC_008262	TAAAAT	2	12	161901	161912	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803371
87	NC_008262	AAACCA	2	12	166250	166261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110803156
88	NC_008262	AAGTTA	2	12	167991	168002	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	258676974
89	NC_008262	CAATAA	2	12	168285	168296	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	258676974
90	NC_008262	ACATAG	2	12	169349	169360	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110802426
91	NC_008262	AAAGTA	2	12	171233	171244	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803189
92	NC_008262	GCAAAT	2	12	172680	172691	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110803767
93	NC_008262	TTCCTG	2	12	172930	172941	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	110803767
94	NC_008262	TAAATT	2	12	177456	177467	50 %	50 %	0 %	0 %	110802896
95	NC_008262	TTTGGA	2	12	178924	178935	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110803469
96	NC_008262	GGAGTT	2	12	180008	180019	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	110801689
97	NC_008262	ATTAAT	2	12	180827	180838	50 %	50 %	0 %	0 %	110802268
98	NC_008262	CCTATT	2	12	186970	186981	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110802478
99	NC_008262	AGTAAA	2	12	187739	187750	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803180
100	NC_008262	TATTCG	2	12	190190	190201	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110802239
101	NC_008262	GGAAAT	2	12	192603	192614	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110802773
102	NC_008262	TAGCTT	2	12	195861	195872	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110801917
103	NC_008262	AGATGC	2	12	197856	197867	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110802421
104	NC_008262	TTTAAT	2	12	199559	199570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803242
105	NC_008262	ATAATG	2	12	200124	200135	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803242
106	NC_008262	GATTTA	2	12	200276	200287	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110803242
107	NC_008262	AAGATG	2	12	201591	201602	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110803242
108	NC_008262	TGGAGA	2	12	201631	201642	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110803242
109	NC_008262	TCATTA	2	12	206102	206113	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110801605
110	NC_008262	ATTTTA	2	12	210294	210305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110802517
111	NC_008262	CCTATA	2	12	211835	211846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803150
112	NC_008262	ATAAAG	2	12	216475	216486	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110802361
113	NC_008262	CTCAAT	2	12	217573	217584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110802361
114	NC_008262	AATGAA	2	12	217626	217637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110802361
115	NC_008262	GATTAA	2	12	218508	218519	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110803759
116	NC_008262	ATAGGT	2	12	219836	219847	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110802554
117	NC_008262	ATTTAT	2	12	225639	225650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803084
118	NC_008262	TTACAT	2	12	225861	225872	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110803084
119	NC_008262	TAATTA	2	12	225974	225985	50 %	50 %	0 %	0 %	110801709
120	NC_008262	AAATCA	2	12	228949	228960	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	110802350
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472	NC_008262	TAAGAA	2	12	926640	926651	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110803768
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499	NC_008262	AAATTT	2	12	985579	985590	50 %	50 %	0 %	0 %	110801838
500	NC_008262	AGCTGA	2	12	986559	986570	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110801838

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