MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens ATCC 13124 chromosome

Total Repeats: 1650

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008261	CTATAG	2	12	2116	2127	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110798947
2	NC_008261	TAAAAT	2	12	2330	2341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798947
3	NC_008261	AAACTA	2	12	6178	6189	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	110799437
4	NC_008261	GCTTAT	2	12	9374	9385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110800886
5	NC_008261	GGAGCT	2	12	16577	16588	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110798661
6	NC_008261	TATAAA	2	12	16819	16830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798661
7	NC_008261	AAAATA	2	12	18363	18374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110798661
8	NC_008261	ATAATC	2	12	20156	20167	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110800557
9	NC_008261	ACTGGT	2	12	21886	21897	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110798993
10	NC_008261	GATAAG	2	12	25092	25103	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110800432
11	NC_008261	TTAATT	2	12	26213	26224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798865
12	NC_008261	AAAATA	2	12	29430	29441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110798865
13	NC_008261	ACAGGA	2	12	31485	31496	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	110799297
14	NC_008261	GTAAGT	2	12	31723	31734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799297
15	NC_008261	AGCTTC	2	12	32345	32356	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110799297
16	NC_008261	TAAATA	2	12	32663	32674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799297
17	NC_008261	ACTGTT	2	12	34494	34505	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110800095
18	NC_008261	ATTTAG	2	12	34951	34962	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110799108
19	NC_008261	AATTAG	2	12	37285	37296	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800422
20	NC_008261	ACATGA	2	12	38146	38157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110800422
21	NC_008261	CTTAGC	2	12	38766	38777	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110801244
22	NC_008261	TAAAAG	2	12	40514	40525	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110798802
23	NC_008261	TTGAAG	2	12	43527	43538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800603
24	NC_008261	TTTAAT	2	12	45636	45647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799624
25	NC_008261	ATAGAA	2	12	45893	45904	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799578
26	NC_008261	TTTTCT	2	12	46962	46973	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110799806
27	NC_008261	AGAAAA	2	12	49425	49436	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110800852
28	NC_008261	ATTTTT	2	12	52411	52422	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110801031
29	NC_008261	CTTAAA	2	12	52473	52484	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110801031
30	NC_008261	AAAGAA	2	12	53275	53286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110798717
31	NC_008261	AATTTG	2	12	56828	56839	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110800785
32	NC_008261	TACAGA	2	12	60165	60176	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110801227
33	NC_008261	ATAAGA	2	12	60340	60351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110801227
34	NC_008261	TTTAAT	2	12	62179	62190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110800126
35	NC_008261	TTCTTT	2	12	62311	62322	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110800126
36	NC_008261	ATTTGT	2	12	62488	62499	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800126
37	NC_008261	TACTTA	2	12	70298	70309	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110800426
38	NC_008261	ATAAAT	2	12	70721	70732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801197
39	NC_008261	TAGAAA	2	12	78108	78119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800004
40	NC_008261	TCCTTC	2	12	78814	78825	0 %	50 %	0 %	50 %	110798827
41	NC_008261	AAGATT	2	12	81030	81041	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110799623
42	NC_008261	ATTTAA	2	12	81690	81701	50 %	50 %	0 %	0 %	110799907
43	NC_008261	ATTTTG	2	12	88146	88157	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800853
44	NC_008261	GAAAAA	2	12	88262	88273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110800853
45	NC_008261	AGGAAG	2	12	89875	89886	50 %	0 %	50 %	0 %	110800853
46	NC_008261	TGCAAC	2	12	97342	97353	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110800986
47	NC_008261	TGGAGA	2	12	103175	103186	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110800111
48	NC_008261	ATTGAG	2	12	108851	108862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799525
49	NC_008261	CTTCAC	2	12	113903	113914	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	110799643
50	NC_008261	TAGAAA	2	12	114932	114943	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799643
51	NC_008261	TAAATA	2	12	116849	116860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798992
52	NC_008261	TTTTCT	2	12	118219	118230	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110800638
53	NC_008261	CCTTAT	2	12	118985	118996	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110800638
54	NC_008261	ATAAAA	2	12	119743	119754	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110799194
55	NC_008261	TTGAAG	2	12	123369	123380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800459
56	NC_008261	ACTTGA	2	12	124104	124115	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110798691
57	NC_008261	GAAAGG	2	12	124560	124571	50 %	0 %	50 %	0 %	110798691
58	NC_008261	AATATG	2	12	126136	126147	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800311
59	NC_008261	ACTTTT	2	12	128027	128038	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110799003
60	NC_008261	TGGAGA	2	12	129870	129881	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110800767
61	NC_008261	AAATAA	2	12	130242	130253	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110800767
62	NC_008261	CTAAAT	2	12	132858	132869	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110800644
63	NC_008261	ATTTTT	2	12	132889	132900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110800644
64	NC_008261	TTTATA	2	12	133999	134010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799338
65	NC_008261	TAATGA	2	12	140310	140321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800368
66	NC_008261	ATAAAA	2	12	141909	141920	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110799196
67	NC_008261	TAAAAG	2	12	143079	143090	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110798879
68	NC_008261	AAATTT	2	12	144727	144738	50 %	50 %	0 %	0 %	110798879
69	NC_008261	AATGGA	2	12	144899	144910	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110798879
70	NC_008261	GTAAAT	2	12	145538	145549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110798879
71	NC_008261	TTACTA	2	12	147135	147146	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110798879
72	NC_008261	ATCATT	2	12	147816	147827	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110800193
73	NC_008261	GAGTTA	2	12	149663	149674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799718
74	NC_008261	CTATTT	2	12	149981	149992	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110799718
75	NC_008261	TAGTTT	2	12	153250	153261	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110801077
76	NC_008261	TAGAAC	2	12	156693	156704	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110799435
77	NC_008261	AAACCA	2	12	162198	162209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110800414
78	NC_008261	TTAAAA	2	12	164464	164475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110800701
79	NC_008261	AGATGA	2	12	165511	165522	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110799020
80	NC_008261	ATAGCT	2	12	167746	167757	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110801408
81	NC_008261	TGGAAT	2	12	168549	168560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800148
82	NC_008261	TTTGGA	2	12	174677	174688	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110800491
83	NC_008261	CCTATT	2	12	183277	183288	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110798933
84	NC_008261	TTAATG	2	12	184726	184737	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110798884
85	NC_008261	AGTAAA	2	12	186139	186150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800486
86	NC_008261	TTTAGG	2	12	187839	187850	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110799203
87	NC_008261	TATTCG	2	12	188606	188617	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110799203
88	NC_008261	ATGATA	2	12	189535	189546	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800290
89	NC_008261	GGAAAT	2	12	191021	191032	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110800290
90	NC_008261	AGATGC	2	12	196283	196294	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110800375
91	NC_008261	TTTAAT	2	12	197986	197997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798785
92	NC_008261	ATAATG	2	12	198551	198562	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110798785
93	NC_008261	GATTTA	2	12	198703	198714	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110798785
94	NC_008261	AAGATG	2	12	200018	200029	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110798785
95	NC_008261	TGGAGA	2	12	200058	200069	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110798785
96	NC_008261	TCATTA	2	12	204529	204540	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110799998
97	NC_008261	AAATAT	2	12	206287	206298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801286
98	NC_008261	AATATT	2	12	208427	208438	50 %	50 %	0 %	0 %	110799684
99	NC_008261	TAGATA	2	12	213149	213160	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110799712
100	NC_008261	ATAAAG	2	12	213188	213199	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799712
101	NC_008261	CTCAAT	2	12	214286	214297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110799712
102	NC_008261	GATTAA	2	12	215239	215250	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800987
103	NC_008261	ATAGGT	2	12	216567	216578	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800351
104	NC_008261	ATGGAA	2	12	218888	218899	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110799673
105	NC_008261	TTAATT	2	12	220985	220996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799673
106	NC_008261	ATTTAT	2	12	225122	225133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110800998
107	NC_008261	TTACAT	2	12	225344	225355	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110800998
108	NC_008261	TAATTA	2	12	225457	225468	50 %	50 %	0 %	0 %	110798586
109	NC_008261	TTTCTT	2	12	229383	229394	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110801116
110	NC_008261	AGTTTA	2	12	246425	246436	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110800738
111	NC_008261	GATTTT	2	12	247019	247030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800738
112	NC_008261	TGAAAA	2	12	247738	247749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800738
113	NC_008261	TAGAAA	2	12	248532	248543	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800495
114	NC_008261	AAAGGC	2	12	253264	253275	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	110799531
115	NC_008261	TAAGGT	2	12	254566	254577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799531
116	NC_008261	TTAAAA	2	12	255059	255070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799531
117	NC_008261	GAAAAA	2	12	255455	255466	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110799531
118	NC_008261	CCTTAG	2	12	256146	256157	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110799531
119	NC_008261	TAACAT	2	12	260859	260870	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110798858
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460	NC_008261	CTCATC	2	12	941004	941015	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	110800393
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462	NC_008261	TGCTGA	2	12	941968	941979	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110798742
463	NC_008261	TTGATA	2	12	945047	945058	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110801268
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