MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 5 str. 8401 chromosome

Total Repeats: 11294

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008258	CAGA	2	8	156	163	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008258	CAGG	2	8	419	426	25 %	0 %	50 %	25 %	110804075
3	NC_008258	ACCA	2	8	465	472	50 %	0 %	0 %	50 %	110804075
4	NC_008258	GCTG	2	8	974	981	0 %	25 %	50 %	25 %	110804075
5	NC_008258	GGAC	2	8	1012	1019	25 %	0 %	50 %	25 %	110804075
6	NC_008258	GCTG	2	8	1801	1808	0 %	25 %	50 %	25 %	110804075
7	NC_008258	CCAG	2	8	2002	2009	25 %	0 %	25 %	50 %	110804075
8	NC_008258	GCAA	2	8	3029	3036	50 %	0 %	25 %	25 %	110804076
9	NC_008258	ATGA	2	8	3127	3134	50 %	25 %	25 %	0 %	110804076
10	NC_008258	CAGC	2	8	3282	3289	25 %	0 %	25 %	50 %	110804076
11	NC_008258	CTGG	2	8	3418	3425	0 %	25 %	50 %	25 %	110804076
12	NC_008258	TTCA	2	8	3427	3434	25 %	50 %	0 %	25 %	110804076
13	NC_008258	AGCG	2	8	3564	3571	25 %	0 %	50 %	25 %	110804076
14	NC_008258	CTGA	2	8	3850	3857	25 %	25 %	25 %	25 %	110804077
15	NC_008258	CAGT	2	8	5765	5772	25 %	25 %	25 %	25 %	110804079
16	NC_008258	AGCG	2	8	6269	6276	25 %	0 %	50 %	25 %	110804079
17	NC_008258	GCCA	2	8	7292	7299	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008258	GCAT	2	8	8021	8028	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008258	CAAC	2	8	8400	8407	50 %	0 %	0 %	50 %	162139365
20	NC_008258	TTGA	2	8	8453	8460	25 %	50 %	25 %	0 %	162139365
21	NC_008258	CGAC	2	8	8520	8527	25 %	0 %	25 %	50 %	162139365
22	NC_008258	GGCG	2	8	8809	8816	0 %	0 %	75 %	25 %	162139365
23	NC_008258	AAGA	2	8	8876	8883	75 %	0 %	25 %	0 %	162139365
24	NC_008258	CTGT	2	8	9305	9312	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008258	AGAT	2	8	10060	10067	50 %	25 %	25 %	0 %	110804082
26	NC_008258	AGAA	2	8	10334	10341	75 %	0 %	25 %	0 %	110804082
27	NC_008258	GAAT	2	8	10581	10588	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008258	GCAG	2	8	10737	10744	25 %	0 %	50 %	25 %	110804083
29	NC_008258	CATT	2	8	11415	11422	25 %	50 %	0 %	25 %	110804083
30	NC_008258	CAGT	2	8	11562	11569	25 %	25 %	25 %	25 %	110804084
31	NC_008258	ATTC	2	8	11977	11984	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008258	AGTG	2	8	12119	12126	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008258	ATGG	2	8	12282	12289	25 %	25 %	50 %	0 %	110804085
34	NC_008258	TGGT	2	8	12373	12380	0 %	50 %	50 %	0 %	110804085
35	NC_008258	ACCG	2	8	12740	12747	25 %	0 %	25 %	50 %	110804085
36	NC_008258	CAAC	2	8	12886	12893	50 %	0 %	0 %	50 %	110804085
37	NC_008258	AAGA	2	8	12960	12967	75 %	0 %	25 %	0 %	110804085
38	NC_008258	CCAT	2	8	13537	13544	25 %	25 %	0 %	50 %	110804085
39	NC_008258	GACA	2	8	15749	15756	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008258	AATT	2	8	15964	15971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008258	TAAT	2	8	15983	15990	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008258	GGTT	2	8	16352	16359	0 %	50 %	50 %	0 %	110804087
43	NC_008258	GTGG	2	8	16976	16983	0 %	25 %	75 %	0 %	110804087
44	NC_008258	CGTT	2	8	17348	17355	0 %	50 %	25 %	25 %	110804087
45	NC_008258	TTTA	2	8	17520	17527	25 %	75 %	0 %	0 %	110804088
46	NC_008258	CCAC	2	8	17823	17830	25 %	0 %	0 %	75 %	110804088
47	NC_008258	AATA	2	8	18453	18460	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008258	CTTC	2	8	18475	18482	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008258	GCCA	2	8	18944	18951	25 %	0 %	25 %	50 %	110804089
50	NC_008258	CAGC	2	8	19077	19084	25 %	0 %	25 %	50 %	110804089
51	NC_008258	AGGA	2	8	19417	19424	50 %	0 %	50 %	0 %	110804090
52	NC_008258	CATA	2	8	20445	20452	50 %	25 %	0 %	25 %	110804092
53	NC_008258	TGCG	2	8	20701	20708	0 %	25 %	50 %	25 %	110804092
54	NC_008258	GCTG	2	8	20943	20950	0 %	25 %	50 %	25 %	110804092
55	NC_008258	CCGC	2	8	21332	21339	0 %	0 %	25 %	75 %	110804092
56	NC_008258	CTGG	2	8	21689	21696	0 %	25 %	50 %	25 %	110804093
57	NC_008258	CTGC	2	8	22150	22157	0 %	25 %	25 %	50 %	110804093
58	NC_008258	TGCG	2	8	22700	22707	0 %	25 %	50 %	25 %	110804093
59	NC_008258	TGGT	2	8	23112	23119	0 %	50 %	50 %	0 %	110804093
60	NC_008258	GTGG	2	8	23905	23912	0 %	25 %	75 %	0 %	110804093
61	NC_008258	GCTG	2	8	24259	24266	0 %	25 %	50 %	25 %	110804094
62	NC_008258	ATGG	2	8	25118	25125	25 %	25 %	50 %	0 %	110804095
63	NC_008258	TTGA	2	8	25989	25996	25 %	50 %	25 %	0 %	110804096
64	NC_008258	TGGC	2	8	26532	26539	0 %	25 %	50 %	25 %	110804097
65	NC_008258	CTGG	2	8	26992	26999	0 %	25 %	50 %	25 %	110804097
66	NC_008258	GTGG	2	8	27157	27164	0 %	25 %	75 %	0 %	110804097
67	NC_008258	TCAT	2	8	27216	27223	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008258	TCCC	2	8	27246	27253	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
69	NC_008258	TGGC	2	8	27287	27294	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_008258	GCTG	2	8	27509	27516	0 %	25 %	50 %	25 %	229774944
71	NC_008258	CGTG	2	8	27986	27993	0 %	25 %	50 %	25 %	229774944
72	NC_008258	CATG	2	8	28456	28463	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008258	AGTG	2	8	28606	28613	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008258	TCCT	2	8	28768	28775	0 %	50 %	0 %	50 %	110804099
75	NC_008258	CTTA	2	8	28796	28803	25 %	50 %	0 %	25 %	110804099
76	NC_008258	AGCC	2	8	29698	29705	25 %	0 %	25 %	50 %	110804099
77	NC_008258	GACC	2	8	29964	29971	25 %	0 %	25 %	50 %	110804100
78	NC_008258	GCTG	2	8	30264	30271	0 %	25 %	50 %	25 %	110804100
79	NC_008258	TGAT	2	8	30413	30420	25 %	50 %	25 %	0 %	110804100
80	NC_008258	CGCA	2	8	30964	30971	25 %	0 %	25 %	50 %	110804100
81	NC_008258	CTGT	2	8	31138	31145	0 %	50 %	25 %	25 %	110804100
82	NC_008258	GGCG	2	8	31314	31321	0 %	0 %	75 %	25 %	110804100
83	NC_008258	ACCG	2	8	31468	31475	25 %	0 %	25 %	50 %	110804100
84	NC_008258	CGTC	2	8	31942	31949	0 %	25 %	25 %	50 %	110804100
85	NC_008258	GGCG	2	8	32151	32158	0 %	0 %	75 %	25 %	110804100
86	NC_008258	TGGC	2	8	32405	32412	0 %	25 %	50 %	25 %	110804100
87	NC_008258	GCTG	2	8	32418	32425	0 %	25 %	50 %	25 %	110804100
88	NC_008258	GCAC	2	8	33003	33010	25 %	0 %	25 %	50 %	110804100
89	NC_008258	GGTG	2	8	33350	33357	0 %	25 %	75 %	0 %	110804101
90	NC_008258	AAGA	2	8	33585	33592	75 %	0 %	25 %	0 %	110804101
91	NC_008258	CCAT	2	8	34038	34045	25 %	25 %	0 %	50 %	110804102
92	NC_008258	ATTT	2	8	35252	35259	25 %	75 %	0 %	0 %	110804103
93	NC_008258	TTCT	2	8	35264	35271	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008258	TTCA	2	8	35394	35401	25 %	50 %	0 %	25 %	110804104
95	NC_008258	AGCC	2	8	35608	35615	25 %	0 %	25 %	50 %	110804104
96	NC_008258	CCCG	2	8	35770	35777	0 %	0 %	25 %	75 %	110804104
97	NC_008258	TCGG	2	8	36242	36249	0 %	25 %	50 %	25 %	110804104
98	NC_008258	ACTC	2	8	36354	36361	25 %	25 %	0 %	50 %	110804104
99	NC_008258	GGCG	2	8	36521	36528	0 %	0 %	75 %	25 %	110804104
100	NC_008258	GGGC	2	8	36840	36847	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008258	CCAT	2	8	37055	37062	25 %	25 %	0 %	50 %	110804105
102	NC_008258	TGAT	2	8	37077	37084	25 %	50 %	25 %	0 %	110804105
103	NC_008258	AGGC	2	8	37608	37615	25 %	0 %	50 %	25 %	110804105
104	NC_008258	CCGA	2	8	38694	38701	25 %	0 %	25 %	50 %	110804106
105	NC_008258	CCCG	2	8	39090	39097	0 %	0 %	25 %	75 %	110804106
106	NC_008258	TCCA	2	8	39142	39149	25 %	25 %	0 %	50 %	110804106
107	NC_008258	TTAA	2	8	39395	39402	50 %	50 %	0 %	0 %	110804107
108	NC_008258	CACC	2	8	39939	39946	25 %	0 %	0 %	75 %	110804107
109	NC_008258	AGCC	2	8	40506	40513	25 %	0 %	25 %	50 %	110804107
110	NC_008258	CCAG	2	8	40706	40713	25 %	0 %	25 %	50 %	110804107
111	NC_008258	AACC	2	8	40714	40721	50 %	0 %	0 %	50 %	110804107
112	NC_008258	GAAA	2	8	40865	40872	75 %	0 %	25 %	0 %	110804107
113	NC_008258	ATTT	2	8	40940	40947	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008258	GTTT	2	8	40957	40964	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008258	GTGC	2	8	41408	41415	0 %	25 %	50 %	25 %	110804108
116	NC_008258	TGAT	2	8	41644	41651	25 %	50 %	25 %	0 %	110804108
117	NC_008258	CTGC	2	8	41904	41911	0 %	25 %	25 %	50 %	110804108
118	NC_008258	GTCG	2	8	42770	42777	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008258	ATGG	2	8	42877	42884	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008258	GTTA	2	8	43254	43261	25 %	50 %	25 %	0 %	110804109
121	NC_008258	GGCG	2	8	43300	43307	0 %	0 %	75 %	25 %	110804109
122	NC_008258	CACC	2	8	43805	43812	25 %	0 %	0 %	75 %	110804109
123	NC_008258	ATTG	2	8	44052	44059	25 %	50 %	25 %	0 %	110804109
124	NC_008258	TTGT	2	8	45336	45343	0 %	75 %	25 %	0 %	110804111
125	NC_008258	TGTT	2	8	45527	45534	0 %	75 %	25 %	0 %	110804111
126	NC_008258	CTGG	2	8	45792	45799	0 %	25 %	50 %	25 %	110804111
127	NC_008258	TGCG	2	8	47000	47007	0 %	25 %	50 %	25 %	110804113
128	NC_008258	ATGA	2	8	47155	47162	50 %	25 %	25 %	0 %	110804113
129	NC_008258	GGCG	2	8	47496	47503	0 %	0 %	75 %	25 %	110804113
130	NC_008258	GGAT	2	8	48110	48117	25 %	25 %	50 %	0 %	110804113
131	NC_008258	AACC	2	8	48180	48187	50 %	0 %	0 %	50 %	110804113
132	NC_008258	CAGG	2	8	48277	48284	25 %	0 %	50 %	25 %	110804113
133	NC_008258	TGGC	2	8	48543	48550	0 %	25 %	50 %	25 %	110804113
134	NC_008258	TGTT	2	8	48653	48660	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008258	CCTG	2	8	48877	48884	0 %	25 %	25 %	50 %	110804114
136	NC_008258	TAAA	2	8	48915	48922	75 %	25 %	0 %	0 %	110804114
137	NC_008258	AATC	2	8	48951	48958	50 %	25 %	0 %	25 %	110804114
138	NC_008258	GCAG	2	8	49440	49447	25 %	0 %	50 %	25 %	110804115
139	NC_008258	ACCC	2	8	49455	49462	25 %	0 %	0 %	75 %	110804115
140	NC_008258	AAGA	2	8	49753	49760	75 %	0 %	25 %	0 %	110804115
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142	NC_008258	GGCA	2	8	51665	51672	25 %	0 %	50 %	25 %	110804118
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450	NC_008258	CCGC	2	8	178473	178480	0 %	0 %	25 %	75 %	110804219
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