MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 chromosome

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008255	AGTAAA	2	12	42086	42097	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008255	TAATTT	2	12	70218	70229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008255	TTGAAT	2	12	82593	82604	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008255	AAAGCC	2	12	101596	101607	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008255	AAATAA	2	12	108516	108527	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008255	AAGCGA	2	12	120874	120885	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008255	ATAAAA	2	12	131261	131272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008255	TATAAA	2	12	140648	140659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008255	CAAGAA	2	12	158935	158946	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008255	AAGCGA	2	12	183991	184002	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008255	TTGTAA	2	12	196616	196627	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008255	TTTTTA	2	12	232481	232492	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008255	ATACCT	2	12	245438	245449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008255	ATTACA	2	12	295226	295237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008255	AAATAA	2	12	309167	309178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008255	TTATTT	2	12	329600	329611	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008255	TAAAAT	2	12	345724	345735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008255	ATTGTA	2	12	438612	438623	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008255	ATTAAA	2	12	438627	438638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008255	ATATGC	2	12	467861	467872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008255	AGATAA	2	12	480259	480270	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008255	AAAAGC	2	12	493375	493386	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008255	TTTTAG	2	12	505654	505665	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008255	CGTATA	2	12	508463	508474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008255	GATATG	2	12	559093	559104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008255	TTAGCT	2	12	569979	569990	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008255	AACCTA	2	12	578783	578794	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008255	ATTAAA	2	12	579840	579851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008255	ATATGT	2	12	620501	620512	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008255	ATTTTT	2	12	628771	628782	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008255	AAAAAT	2	12	639718	639729	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008255	TAATTA	2	12	685602	685613	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008255	ATCCGG	2	12	694178	694189	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008255	TAGAGA	2	12	727592	727603	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008255	TATAGA	2	12	736128	736139	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008255	GTATTT	2	12	771884	771895	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008255	GTTTTT	2	12	779727	779738	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008255	ATTGTA	2	12	856226	856237	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008255	TGAATC	2	12	863983	863994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008255	ATTTTA	2	12	876962	876973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008255	TCTTTA	2	12	896774	896785	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008255	TTTAAA	2	12	899970	899981	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008255	ATTACA	2	12	921715	921726	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008255	TTTTTA	2	12	928818	928829	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008255	ATGGGA	2	12	951119	951130	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008255	TAAAAA	2	12	951504	951515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008255	AATTAA	2	12	954990	955001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008255	AATACA	2	12	1031765	1031776	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008255	TAAGAA	2	12	1036161	1036172	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008255	ATTTTT	2	12	1037579	1037590	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008255	ATGTAT	2	12	1038307	1038318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008255	CTAATT	2	12	1054321	1054332	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008255	GTTTTT	2	12	1069910	1069921	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008255	TTTATT	2	12	1069954	1069965	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008255	TGGAAG	2	12	1115910	1115921	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008255	TTGCAA	2	12	1136415	1136426	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008255	CTTAAA	2	12	1161577	1161588	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008255	GAAAAG	2	12	1164348	1164359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008255	AGCGTT	2	12	1200274	1200285	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008255	GGGCAG	2	12	1209363	1209374	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008255	TAAAAA	2	12	1211861	1211872	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008255	TTTATA	2	12	1266904	1266915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008255	ATGCAT	2	12	1278862	1278873	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008255	GAAAAA	2	12	1289850	1289861	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008255	GAATTA	2	12	1307820	1307831	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008255	AATTTT	2	12	1350637	1350648	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008255	TCTTGC	2	12	1390325	1390336	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008255	TTTTCA	2	12	1455870	1455881	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008255	ATAAAT	2	12	1486804	1486815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008255	TTATTT	2	12	1528415	1528426	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008255	TTAAAT	2	12	1645851	1645862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008255	GTATAT	2	12	1654821	1654832	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008255	TGAAAT	2	12	1662551	1662562	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008255	GCCTTT	2	12	1680569	1680580	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008255	TTATAA	2	12	1682978	1682989	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008255	TTTTAA	2	12	1724584	1724595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008255	TAAATT	2	12	1724615	1724626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008255	ATTACT	2	12	1724680	1724691	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008255	CTAATT	2	12	1748047	1748058	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008255	TATGCA	2	12	1748079	1748090	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008255	GGTAAT	2	12	1876652	1876663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008255	TAATCA	2	12	1932269	1932280	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008255	TAAAAA	2	12	1962833	1962844	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008255	AAATAA	2	12	1984323	1984334	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008255	TCGCTT	2	12	1997729	1997740	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008255	ATTTTT	2	12	2005812	2005823	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008255	TGTATA	2	12	2010122	2010133	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008255	ATACAA	2	12	2053071	2053082	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008255	TTTATT	2	12	2089775	2089786	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008255	GTTTAC	2	12	2109714	2109725	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_008255	TGCTTT	2	12	2129532	2129543	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008255	CATTGC	2	12	2154127	2154138	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008255	GTGCAC	2	12	2181801	2181812	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008255	TATAAA	2	12	2224015	2224026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008255	ATAAAA	2	12	2239103	2239114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008255	ACGTTC	2	12	2269804	2269815	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008255	TAAGTA	2	12	2302723	2302734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008255	ATTAAA	2	12	2330623	2330634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008255	ATTTTT	2	12	2339971	2339982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008255	TACTTT	2	12	2362615	2362626	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008255	AAATAA	2	12	2369717	2369728	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008255	ATTCAT	2	12	2407521	2407532	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008255	GAAATT	2	12	2412022	2412033	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008255	TTATTT	2	12	2412199	2412210	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008255	ATTAAA	2	12	2483806	2483817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008255	AGAACT	2	12	2497214	2497225	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008255	CATTTT	2	12	2522563	2522574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008255	CAAGAG	2	12	2562447	2562458	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008255	CTTTTT	2	12	2597593	2597604	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008255	GATAAT	2	12	2601692	2601703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008255	ATTTTT	2	12	2607936	2607947	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008255	GTTAAG	2	12	2633881	2633892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008255	TTATAT	2	12	2671332	2671343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008255	TAAGGT	2	12	2698172	2698183	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008255	TTTTTA	2	12	2707971	2707982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008255	ATAAAA	2	12	2711181	2711192	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008255	GTTTTA	2	12	2711792	2711803	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008255	AAAAAC	2	12	2764133	2764144	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008255	TTTTCC	2	12	2818045	2818056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008255	TAAAAA	2	12	2837666	2837677	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008255	AATAAA	2	12	2848136	2848147	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008255	AAAATG	2	12	2851249	2851260	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008255	ACAATG	2	12	2851599	2851610	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_008255	TGTTCG	2	12	2892601	2892612	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008255	TTTATT	2	12	2935961	2935972	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008255	TTATAT	2	12	2964622	2964633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008255	TATTTT	2	12	2988519	2988530	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.