MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mesorhizobium sp. BNC1 plasmid 1

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008242	GGATCT	2	12	2308	2319	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110346920
2	NC_008242	CATCGT	2	12	3261	3272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110346921
3	NC_008242	TCACCG	2	12	5783	5794	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110346924
4	NC_008242	CGGTCA	2	12	6432	6443	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346925
5	NC_008242	ACAGCG	2	12	8551	8562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110346927
6	NC_008242	CCTGGA	2	12	10956	10967	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346930
7	NC_008242	GTCGCC	2	12	15391	15402	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110346934
8	NC_008242	TTGTCG	2	12	20472	20483	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	110346939
9	NC_008242	AATCTC	2	12	24311	24322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110346942
10	NC_008242	GACCAT	2	12	26249	26260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110346943
11	NC_008242	GACCAT	2	12	26339	26350	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110346943
12	NC_008242	GGCCGC	2	12	30893	30904	0 %	0 %	50 %	50 %	110346947
13	NC_008242	GCATCG	2	12	32276	32287	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346949
14	NC_008242	TCGAGA	2	12	34380	34391	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110346950
15	NC_008242	CGAAGC	2	12	41274	41285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110346957
16	NC_008242	CATCGG	2	12	41332	41343	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346957
17	NC_008242	GGCGAA	2	12	44791	44802	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	110346959
18	NC_008242	GGGGAG	2	12	45190	45201	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	110346959
19	NC_008242	CGTCGG	2	12	47681	47692	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110346963
20	NC_008242	CCGACG	2	12	53842	53853	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110346968
21	NC_008242	CCGGCG	2	12	55519	55530	0 %	0 %	50 %	50 %	110346968
22	NC_008242	GCTACG	2	12	58134	58145	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346971
23	NC_008242	TCAGCT	2	12	60636	60647	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110346975
24	NC_008242	GCGTCT	2	12	61591	61602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110346977
25	NC_008242	CACGGT	2	12	61772	61783	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346977
26	NC_008242	CACGCG	2	12	63985	63996	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110346979
27	NC_008242	AGCTCG	2	12	66385	66396	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346980
28	NC_008242	GCACCG	2	12	70753	70764	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110346984
29	NC_008242	CCGGCG	2	12	71438	71449	0 %	0 %	50 %	50 %	110346984
30	NC_008242	CGCGTA	2	12	79523	79534	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110346993
31	NC_008242	CTGGCG	2	12	80981	80992	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110346995
32	NC_008242	AAGACC	2	12	83417	83428	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	110346999
33	NC_008242	CGGGAT	2	12	85570	85581	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110347002
34	NC_008242	TCGACC	2	12	87184	87195	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347003
35	NC_008242	AGGCGA	2	12	92433	92444	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	110347006
36	NC_008242	CGACCT	2	12	93552	93563	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347007
37	NC_008242	GGTGCT	2	12	95915	95926	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	110347009
38	NC_008242	ACGTCG	2	12	103142	103153	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347015
39	NC_008242	GCCGAC	2	12	105081	105092	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110347016
40	NC_008242	CTGCTC	2	12	105098	105109	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	110347016
41	NC_008242	GCAGGC	2	12	106448	106459	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	110347018
42	NC_008242	AGCGCC	2	12	108016	108027	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110347018
43	NC_008242	GCCGAT	2	12	108069	108080	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347018
44	NC_008242	GCCGCA	2	12	108645	108656	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110347018
45	NC_008242	GACGGC	2	12	122273	122284	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	110347029
46	NC_008242	CGGTCC	2	12	122367	122378	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347029
47	NC_008242	GCCGAC	2	12	122516	122527	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110347029
48	NC_008242	TCGAGC	2	12	123322	123333	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347030
49	NC_008242	TCAACG	2	12	125876	125887	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110347033
50	NC_008242	CGGTTT	2	12	129852	129863	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	110347035
51	NC_008242	CGGCAA	2	12	134918	134929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110347040
52	NC_008242	TGCCGG	2	12	139411	139422	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347046
53	NC_008242	AGATCG	2	12	140478	140489	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110347047
54	NC_008242	TGCCCG	2	12	142721	142732	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347049
55	NC_008242	GATGTC	2	12	144468	144479	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110347049
56	NC_008242	GCCGAT	2	12	154700	154711	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347054
57	NC_008242	CGTGCC	2	12	154937	154948	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347054
58	NC_008242	TCGCGC	2	12	156058	156069	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347055
59	NC_008242	GTTCCT	2	12	157685	157696	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	110347057
60	NC_008242	CGCTGC	2	12	158338	158349	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347057
61	NC_008242	CGAGCG	2	12	160241	160252	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	110347060
62	NC_008242	GGATCG	2	12	160282	160293	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110347060
63	NC_008242	GCCGAT	2	12	168340	168351	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347064
64	NC_008242	CGCTTC	2	12	168673	168684	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	110347065
65	NC_008242	TTTTGA	2	12	173537	173548	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110347068
66	NC_008242	GCGATG	2	12	177641	177652	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110347071
67	NC_008242	ACCGTC	2	12	178711	178722	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347072
68	NC_008242	GAACTT	2	12	181279	181290	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110347076
69	NC_008242	GTGACC	2	12	181931	181942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347076
70	NC_008242	AGGCGA	2	12	187235	187246	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	110347086
71	NC_008242	TGCGGC	2	12	188459	188470	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347087
72	NC_008242	GCCGGC	2	12	189138	189149	0 %	0 %	50 %	50 %	110347087
73	NC_008242	TCTGGT	2	12	189382	189393	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	110347087
74	NC_008242	GATGTC	2	12	192703	192714	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110347092
75	NC_008242	GATGCC	2	12	210948	210959	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347111
76	NC_008242	GGCGAG	2	12	211564	211575	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	110347112
77	NC_008242	CCGGCG	2	12	212068	212079	0 %	0 %	50 %	50 %	110347113
78	NC_008242	AGCCAG	2	12	212969	212980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110347114
79	NC_008242	GACAAT	2	12	217273	217284	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110347115
80	NC_008242	GCCTTG	2	12	219336	219347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110347116
81	NC_008242	ACCGCA	2	12	221678	221689	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	110347118
82	NC_008242	GCTTCG	2	12	222059	222070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110347118
83	NC_008242	CTCAAC	2	12	227777	227788	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	110347125
84	NC_008242	ACCCCG	2	12	229539	229550	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	110347128
85	NC_008242	GCTCGA	2	12	229877	229888	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347128
86	NC_008242	CTCGAC	2	12	231220	231231	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347130
87	NC_008242	CTTCCG	2	12	244446	244457	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	110347140
88	NC_008242	ATCCCA	2	12	244941	244952	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	110347141
89	NC_008242	GCCTGC	2	12	246313	246324	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347144
90	NC_008242	TGCGGT	2	12	248989	249000	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	110347145
91	NC_008242	ATCTGA	2	12	257591	257602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110347155
92	NC_008242	CGACCT	2	12	259928	259939	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347157
93	NC_008242	CGGCAG	2	12	262840	262851	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	110347161
94	NC_008242	CCTCGA	2	12	267459	267470	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347166
95	NC_008242	AACTGG	2	12	271906	271917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110347170
96	NC_008242	TCCGGG	2	12	273499	273510	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347172
97	NC_008242	AAGCAG	2	12	280813	280824	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	110347177
98	NC_008242	CCCGAG	2	12	281092	281103	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	110347178
99	NC_008242	CAGCGG	2	12	286791	286802	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	110347182
100	NC_008242	CAGGTT	2	12	286900	286911	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110347182
101	NC_008242	CGAGTT	2	12	287723	287734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110347183
102	NC_008242	GCTGCG	2	12	287813	287824	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347183
103	NC_008242	CCGTCG	2	12	291441	291452	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347185
104	NC_008242	GCGGAT	2	12	296632	296643	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110347190
105	NC_008242	CAAGCG	2	12	304942	304953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110347200
106	NC_008242	AGCTAC	2	12	305426	305437	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110347201
107	NC_008242	TTCGAT	2	12	308345	308356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110347203
108	NC_008242	CATCGC	2	12	309447	309458	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	110347204
109	NC_008242	CCGGCT	2	12	309770	309781	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347204
110	NC_008242	TGCGCA	2	12	310526	310537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347204
111	NC_008242	AGTCGG	2	12	310572	310583	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110347204
112	NC_008242	GCTGTC	2	12	318809	318820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110347208
113	NC_008242	GCCGGT	2	12	320318	320329	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347210
114	NC_008242	TCTATC	2	12	320437	320448	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110347210
115	NC_008242	TGCGCC	2	12	323835	323846	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	110347216
116	NC_008242	CTGCGA	2	12	326770	326781	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347219
117	NC_008242	GCCGTG	2	12	331531	331542	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	110347224
118	NC_008242	CGCGCC	2	12	334251	334262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110347227
119	NC_008242	GGGCCG	2	12	335224	335235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	110347228
120	NC_008242	GATCAT	2	12	336498	336509	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110347229
121	NC_008242	GATCGC	2	12	336593	336604	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347229
122	NC_008242	TCGCGA	2	12	337076	337087	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	110347229
123	NC_008242	CTCGAT	2	12	337323	337334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110347229
124	NC_008242	CCGCGC	2	12	337395	337406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	110347229
125	NC_008242	GAAGAG	2	12	341334	341345	50 %	0 %	50 %	0 %	110347232

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.