MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Mesorhizobium sp. BNC1 plasmid 1

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008242	TCGA	2	8	3057	3064	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008242	GGGC	2	8	5100	5107	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008242	GGGA	2	8	10224	10231	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008242	TCGC	2	8	10232	10239	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008242	GCCG	2	8	10419	10426	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_008242	GAGC	2	8	10475	10482	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008242	GTCC	2	8	10486	10493	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008242	GACC	2	8	11937	11944	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008242	CCTA	2	8	12013	12020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008242	ATCG	2	8	17184	17191	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008242	CCGG	2	8	19744	19751	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008242	TTGA	2	8	31979	31986	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008242	CACC	2	8	33007	33014	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
14	NC_008242	AGGA	2	8	33469	33476	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008242	GCAC	2	8	33768	33775	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008242	GCGT	2	8	43460	43467	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008242	GGCA	2	8	43492	43499	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008242	CCAA	2	8	47542	47549	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_008242	GGAG	2	8	51015	51022	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008242	CGGC	2	8	51027	51034	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008242	GAGG	2	8	55607	55614	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008242	GGCA	2	8	56704	56711	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008242	GCCT	2	8	56745	56752	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008242	TCGT	2	8	58579	58586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008242	CAGG	2	8	58744	58751	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008242	CATC	2	8	58761	58768	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008242	CATC	2	8	58916	58923	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008242	GCCT	2	8	59025	59032	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008242	TTTG	2	8	59095	59102	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008242	GGGC	2	8	60419	60426	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_008242	TGAT	2	8	65954	65961	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008242	CTCC	2	8	74349	74356	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_008242	GAAA	2	8	80265	80272	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008242	GACC	2	8	83386	83393	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008242	GGCC	2	8	90674	90681	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008242	CCGG	2	8	90824	90831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008242	TCGG	2	8	90934	90941	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008242	CGGC	2	8	91317	91324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008242	CGGG	2	8	99093	99100	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008242	GCCG	2	8	99222	99229	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008242	CGGC	2	8	99282	99289	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008242	AGGT	2	8	99560	99567	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008242	GATC	2	8	99731	99738	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008242	GCCT	2	8	100120	100127	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008242	CTAC	2	8	100128	100135	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008242	GCCT	2	8	100625	100632	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008242	CCGA	2	8	100688	100695	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008242	TCGC	2	8	100760	100767	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008242	CCGC	2	8	101239	101246	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
50	NC_008242	CGAT	2	8	101367	101374	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008242	ATCA	2	8	101820	101827	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008242	TGGC	2	8	104282	104289	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008242	GGAT	2	8	104328	104335	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008242	CGAC	2	8	104371	104378	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008242	TCAA	2	8	106267	106274	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008242	CAAC	2	8	109548	109555	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008242	TTCC	2	8	111918	111925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008242	CCAA	2	8	113347	113354	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008242	CGGG	2	8	115302	115309	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008242	AGAT	2	8	118885	118892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008242	GCCG	2	8	118957	118964	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008242	TTTC	2	8	123920	123927	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008242	CCGC	2	8	124087	124094	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
64	NC_008242	CGGC	2	8	125018	125025	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008242	GCCA	2	8	125310	125317	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008242	ACCC	2	8	126388	126395	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
67	NC_008242	GGCC	2	8	126560	126567	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008242	GGCC	2	8	126593	126600	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008242	GCTG	2	8	132355	132362	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_008242	AAGA	2	8	132438	132445	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008242	CGAC	2	8	132712	132719	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008242	GGCG	2	8	133062	133069	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008242	TCGT	2	8	134043	134050	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008242	GAAT	2	8	134119	134126	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008242	ATCG	2	8	134547	134554	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_008242	AGGC	2	8	135382	135389	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_008242	GAAG	2	8	136570	136577	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008242	CGGT	2	8	136873	136880	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008242	TGCT	2	8	142665	142672	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008242	AACG	2	8	147581	147588	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_008242	CAGA	2	8	148764	148771	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008242	CGGC	2	8	148796	148803	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008242	TCCG	2	8	154385	154392	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008242	GTAT	2	8	155568	155575	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008242	CAGT	2	8	163185	163192	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008242	GCAT	3	12	163286	163297	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008242	CGGC	2	8	164882	164889	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_008242	GGGC	2	8	165043	165050	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
89	NC_008242	ATCA	2	8	166568	166575	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008242	CCGA	2	8	181246	181253	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008242	CGGG	2	8	186022	186029	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
92	NC_008242	CTCA	2	8	186032	186039	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008242	CGAG	2	8	191230	191237	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008242	GGTC	2	8	196968	196975	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008242	CAGC	2	8	196981	196988	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008242	ACGC	2	8	197004	197011	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008242	GGCA	2	8	197036	197043	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008242	AGAT	2	8	205411	205418	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008242	GCCG	2	8	205483	205490	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008242	GCCC	2	8	206018	206025	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
101	NC_008242	GGCC	2	8	206033	206040	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008242	AACG	2	8	208481	208488	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008242	GAAG	2	8	208519	208526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008242	GCAT	2	8	208851	208858	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008242	CGGA	2	8	210737	210744	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008242	TCGG	2	8	218737	218744	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_008242	GTCC	2	8	218861	218868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_008242	CATT	2	8	222496	222503	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_008242	ACCG	2	8	227660	227667	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008242	ATTC	2	8	228888	228895	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008242	CCTT	2	8	233482	233489	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008242	CCGT	2	8	251185	251192	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_008242	CGTG	2	8	254140	254147	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_008242	CGAA	2	8	262452	262459	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008242	GCTG	2	8	274568	274575	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008242	GAAA	2	8	274657	274664	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008242	AGGA	2	8	280308	280315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008242	AAGG	2	8	281748	281755	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008242	GTCC	2	8	281831	281838	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008242	CAGC	2	8	281840	281847	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008242	AGAT	2	8	285584	285591	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008242	GCCG	2	8	285656	285663	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008242	GTCC	2	8	308846	308853	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008242	CCGC	3	12	312154	312165	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
125	NC_008242	GCTC	2	8	312210	312217	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008242	GTTG	2	8	315273	315280	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008242	GGCA	2	8	315697	315704	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008242	TCCC	2	8	315813	315820	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
129	NC_008242	GAAA	2	8	315919	315926	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008242	CGAA	2	8	316193	316200	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008242	CTGG	2	8	316674	316681	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008242	GCCG	2	8	317044	317051	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008242	CGGC	2	8	317303	317310	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008242	AGCA	2	8	317644	317651	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_008242	GATG	2	8	320058	320065	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008242	ACCA	2	8	320134	320141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_008242	TCCG	2	8	335940	335947	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008242	TCGC	2	8	339265	339272	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008242	GGCA	2	8	339425	339432	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_008242	GCTG	2	8	339546	339553	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_008242	ATTT	2	8	339959	339966	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008242	GCCC	2	8	341670	341677	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.