MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Pseudoalteromonas atlantica T6c chromosome

Total Repeats: 193

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008228	GCAAAC	2	12	38077	38088	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008228	TGAAAT	2	12	40261	40272	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008228	ATTTGC	2	12	115399	115410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008228	GCCAAA	2	12	240377	240388	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008228	CCTTTG	2	12	296522	296533	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008228	TCTTTA	2	12	324703	324714	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008228	CTCGAA	2	12	357871	357882	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008228	ATCATT	2	12	362191	362202	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008228	TTAACC	2	12	380435	380446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008228	CATTGA	2	12	389463	389474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008228	ATACTC	2	12	425120	425131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008228	GCAAAC	2	12	460944	460955	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008228	TGAAAT	2	12	463128	463139	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008228	TTTTAT	2	12	473279	473290	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008228	ATGCGC	2	12	584459	584470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008228	ATAAAA	2	12	625633	625644	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008228	ATGATT	2	12	628736	628747	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008228	TGAGCG	2	12	710727	710738	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008228	ATCTTC	2	12	740711	740722	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008228	TGTAAG	2	12	747993	748004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008228	AAAACC	2	12	815484	815495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008228	ATCCTT	2	12	815952	815963	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008228	TTTCTC	2	12	918678	918689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008228	TAAATA	2	12	919061	919072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008228	TTTAAA	2	12	961166	961177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008228	TTATAT	2	12	961181	961192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008228	GTTTAT	2	12	1005925	1005936	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008228	CTTTTG	2	12	1012939	1012950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008228	GGGTTT	2	12	1018773	1018784	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008228	CAAAGG	2	12	1027712	1027723	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008228	TAGCCC	2	12	1067143	1067154	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008228	GCAAAA	10	60	1075302	1075361	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008228	AAATAT	2	12	1075954	1075965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008228	TAAAAT	2	12	1079875	1079886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008228	CTTCCA	2	12	1087811	1087822	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008228	TGATAA	2	12	1093738	1093749	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008228	GAACAA	2	12	1095590	1095601	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008228	CGCAAG	2	12	1128712	1128723	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008228	TTGCAT	2	12	1135733	1135744	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008228	GAAAAT	2	12	1143309	1143320	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008228	CTTACA	2	12	1169186	1169197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008228	GCAAAC	2	12	1204285	1204296	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008228	TGAAAT	2	12	1206469	1206480	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008228	CCCAAG	2	12	1292169	1292180	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008228	TTCATG	2	12	1326377	1326388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008228	AAAATG	2	12	1350100	1350111	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008228	GTTATT	2	12	1474502	1474513	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008228	AGCTTG	2	12	1556866	1556877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008228	GCAAAC	2	12	1611440	1611451	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008228	TGAAAT	2	12	1613624	1613635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008228	CATTCA	2	12	1631669	1631680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008228	AAATGA	2	12	1667133	1667144	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008228	AAATCA	2	12	1668247	1668258	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008228	TTTTAA	2	12	1673136	1673147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008228	TTACCT	3	18	1697000	1697017	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008228	GACAAA	2	12	1697638	1697649	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008228	GCAGCC	2	12	1711052	1711063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008228	ACCTTT	2	12	1720308	1720319	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008228	TCAAAT	2	12	1733237	1733248	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008228	TCATTA	2	12	1733254	1733265	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008228	ACATTA	2	12	1736937	1736948	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008228	CCTTAG	2	12	1741181	1741192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008228	ACTTGA	2	12	1754769	1754780	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008228	ACACTT	2	12	1793716	1793727	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008228	CTTTTG	2	12	1797927	1797938	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008228	ATTGTT	2	12	1800074	1800085	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008228	TTCGAG	2	12	1857929	1857940	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008228	GTTAAC	2	12	1884656	1884667	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008228	AATAGT	2	12	1905737	1905748	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008228	GTTTTC	2	12	1916572	1916583	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008228	TATTTT	2	12	1924115	1924126	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008228	AGACAC	2	12	1963057	1963068	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008228	AAAAGA	2	12	1963072	1963083	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008228	CTGATA	2	12	1997579	1997590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008228	TTTTAA	2	12	2011567	2011578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008228	AAAGTA	2	12	2047901	2047912	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008228	TCTATC	2	12	2054427	2054438	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008228	CTTTTT	2	12	2071362	2071373	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008228	TCAATT	2	12	2075297	2075308	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008228	CAAAAA	2	12	2078285	2078296	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008228	TGTTTT	2	12	2183835	2183846	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008228	AAACCA	2	12	2220045	2220056	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008228	TAGCTT	2	12	2266802	2266813	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008228	TTTCAT	2	12	2288645	2288656	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008228	TTTTAA	2	12	2458946	2458957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008228	TTTTAG	2	12	2466431	2466442	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008228	TTTTAA	2	12	2523619	2523630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008228	AAACCG	2	12	2530742	2530753	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008228	CACACT	2	12	2535524	2535535	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008228	GAGTTA	2	12	2538752	2538763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008228	AGCTAC	2	12	2645306	2645317	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008228	ATTGAT	2	12	2663798	2663809	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008228	ACACTC	2	12	2731086	2731097	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008228	CCTTAA	2	12	2736401	2736412	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008228	AACGAA	2	12	2759375	2759386	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008228	TGAACT	3	18	2763823	2763840	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008228	TGACAA	2	12	2776960	2776971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008228	CTGGCA	2	12	2859425	2859436	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008228	TAAGAA	2	12	2957008	2957019	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008228	CGCCAA	2	12	2965946	2965957	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008228	CAAAAA	2	12	2981761	2981772	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_008228	ACCCTC	2	12	3020503	3020514	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_008228	ACCTCT	2	12	3025667	3025678	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008228	AACTTA	2	12	3029735	3029746	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_008228	ATAAAC	3	18	3040172	3040189	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008228	TGAAAT	2	12	3042215	3042226	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008228	ACGATG	2	12	3098739	3098750	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008228	TAAAGA	2	12	3115621	3115632	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008228	CAAGTA	2	12	3135006	3135017	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008228	AATAAA	2	12	3142627	3142638	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008228	GTTAAA	2	12	3177447	3177458	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008228	TTGCTT	2	12	3187267	3187278	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008228	TACAAT	2	12	3193508	3193519	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_008228	CTTCAA	4	24	3193819	3193842	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008228	TATGAA	2	12	3196474	3196485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008228	AGCGCC	2	12	3206262	3206273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008228	AGATTG	2	12	3290452	3290463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008228	CCGATA	2	12	3290507	3290518	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008228	ATGTCA	2	12	3305269	3305280	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008228	TTTGTG	2	12	3323298	3323309	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008228	ATCATG	2	12	3323338	3323349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_008228	CTGTTC	2	12	3366737	3366748	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008228	ACGAGA	2	12	3366852	3366863	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_008228	TTTGTT	2	12	3419006	3419017	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.