MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile 630 plasmid pCD630

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008226	TCA	2	6	41	46	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666923
2	NC_008226	CAT	2	6	391	396	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666924
3	NC_008226	ATG	2	6	425	430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666924
4	NC_008226	CTT	2	6	433	438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666924
5	NC_008226	TAA	2	6	481	486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666924
6	NC_008226	TAT	2	6	517	522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666924
7	NC_008226	CTT	2	6	642	647	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666925
8	NC_008226	TCA	2	6	650	655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666925
9	NC_008226	AAT	2	6	721	726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666925
10	NC_008226	ATC	2	6	742	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666925
11	NC_008226	TTC	2	6	758	763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666925
12	NC_008226	TTC	2	6	1063	1068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
13	NC_008226	CAA	2	6	1088	1093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666926
14	NC_008226	TGT	2	6	1284	1289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666926
15	NC_008226	TAA	2	6	1296	1301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666926
16	NC_008226	TCT	2	6	1468	1473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
17	NC_008226	ATT	2	6	1713	1718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
18	NC_008226	ATT	2	6	1777	1782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
19	NC_008226	ATT	2	6	1923	1928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
20	NC_008226	TTG	2	6	1991	1996	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666926
21	NC_008226	TTA	2	6	2080	2085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
22	NC_008226	TAT	3	9	2117	2125	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
23	NC_008226	TAT	3	9	2168	2176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
24	NC_008226	TTA	2	6	2245	2250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666926
25	NC_008226	CTT	2	6	2255	2260	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
26	NC_008226	CTT	2	6	2264	2269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666926
27	NC_008226	CAT	2	6	2279	2284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666926
28	NC_008226	TCA	2	6	2940	2945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
29	NC_008226	CTA	2	6	2977	2982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
30	NC_008226	CTT	2	6	3050	3055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
31	NC_008226	TGT	2	6	3147	3152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666928
32	NC_008226	CTT	2	6	3209	3214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
33	NC_008226	TAG	2	6	3217	3222	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666928
34	NC_008226	CAA	2	6	3241	3246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666928
35	NC_008226	TTC	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666928
36	NC_008226	ATC	2	6	3332	3337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666928
37	NC_008226	TAA	2	6	3510	3515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666929
38	NC_008226	TCA	2	6	3526	3531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
39	NC_008226	ACT	2	6	3910	3915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
40	NC_008226	TCA	2	6	3928	3933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
41	NC_008226	TTG	2	6	4022	4027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
42	NC_008226	TAT	2	6	4058	4063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
43	NC_008226	ATT	3	9	4104	4112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
44	NC_008226	ATT	2	6	4114	4119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
45	NC_008226	TGT	3	9	4160	4168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
46	NC_008226	TAA	2	6	4194	4199	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666929
47	NC_008226	CTG	2	6	4204	4209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110666929
48	NC_008226	CTT	2	6	4218	4223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
49	NC_008226	GTT	2	6	4265	4270	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
50	NC_008226	TTC	2	6	4320	4325	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
51	NC_008226	TAT	2	6	4356	4361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
52	NC_008226	TTA	2	6	4369	4374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
53	NC_008226	TAG	2	6	4423	4428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
54	NC_008226	TAT	2	6	4761	4766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
55	NC_008226	ATT	2	6	4788	4793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
56	NC_008226	AAC	2	6	4908	4913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666929
57	NC_008226	ATT	2	6	4992	4997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
58	NC_008226	TTA	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
59	NC_008226	TAT	2	6	5159	5164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
60	NC_008226	TCA	2	6	5218	5223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
61	NC_008226	TAT	2	6	5229	5234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
62	NC_008226	CTA	2	6	5288	5293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666929
63	NC_008226	TTG	2	6	5296	5301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
64	NC_008226	TAG	2	6	5318	5323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
65	NC_008226	TTG	2	6	5367	5372	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
66	NC_008226	GTA	2	6	5494	5499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666929
67	NC_008226	ATT	2	6	5557	5562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
68	NC_008226	CTT	2	6	5705	5710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666929
69	NC_008226	ATT	2	6	5772	5777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666929
70	NC_008226	TTG	2	6	5830	5835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666929
71	NC_008226	CAA	2	6	5909	5914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666929
72	NC_008226	ACC	2	6	5979	5984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110666929
73	NC_008226	TTC	2	6	6537	6542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110666930
74	NC_008226	TAA	2	6	6552	6557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666930
75	NC_008226	ATT	2	6	6565	6570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666930
76	NC_008226	TAA	2	6	6663	6668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666930
77	NC_008226	ATC	2	6	6669	6674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110666930
78	NC_008226	CAA	2	6	6861	6866	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666931
79	NC_008226	TAA	2	6	7105	7110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
80	NC_008226	ACA	2	6	7192	7197	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666932
81	NC_008226	AAG	2	6	7220	7225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110666932
82	NC_008226	TTG	2	6	7239	7244	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110666932
83	NC_008226	AGT	2	6	7262	7267	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
84	NC_008226	AGT	2	6	7273	7278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
85	NC_008226	TAA	2	6	7333	7338	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
86	NC_008226	AAT	2	6	7364	7369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
87	NC_008226	AGT	2	6	7406	7411	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
88	NC_008226	AGT	2	6	7417	7422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110666932
89	NC_008226	TAA	2	6	7528	7533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110666932
90	NC_008226	ATT	2	6	7553	7558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110666932
91	NC_008226	AAC	2	6	7596	7601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110666932

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.