MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Haloquadratum walsbyi DSM 16790 plasmid PL47

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008213	GATG	2	8	48	55	25 %	25 %	50 %	0 %	109644368
2	NC_008213	GATG	2	8	202	209	25 %	25 %	50 %	0 %	109644368
3	NC_008213	ATCT	2	8	801	808	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008213	GTTC	2	8	1147	1154	0 %	50 %	25 %	25 %	109644369
5	NC_008213	CTCG	2	8	1184	1191	0 %	25 %	25 %	50 %	109644369
6	NC_008213	GTAT	2	8	1697	1704	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008213	TCTT	2	8	1797	1804	0 %	75 %	0 %	25 %	109644370
8	NC_008213	CATT	2	8	1852	1859	25 %	50 %	0 %	25 %	109644370
9	NC_008213	TCCC	2	8	1860	1867	0 %	25 %	0 %	75 %	109644370
10	NC_008213	TGTC	2	8	2134	2141	0 %	50 %	25 %	25 %	109644370
11	NC_008213	TAAT	2	8	2543	2550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008213	CTGT	2	8	2654	2661	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_008213	GTAT	2	8	2820	2827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008213	TCTT	2	8	2920	2927	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008213	CATT	2	8	2975	2982	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008213	TCCC	2	8	2983	2990	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_008213	ATTG	2	8	3012	3019	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008213	TCTG	2	8	3240	3247	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008213	TGTC	2	8	3254	3261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008213	TGCA	2	8	3522	3529	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008213	CCAC	2	8	3691	3698	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_008213	TCAG	2	8	3974	3981	25 %	25 %	25 %	25 %	109644371
23	NC_008213	TGGT	2	8	4173	4180	0 %	50 %	50 %	0 %	109644371
24	NC_008213	TCTG	2	8	5571	5578	0 %	50 %	25 %	25 %	109644373
25	NC_008213	ATCA	2	8	6177	6184	50 %	25 %	0 %	25 %	109644373
26	NC_008213	CAGT	2	8	6320	6327	25 %	25 %	25 %	25 %	109644373
27	NC_008213	ATTG	2	8	6720	6727	25 %	50 %	25 %	0 %	109644373
28	NC_008213	ACAG	2	8	7376	7383	50 %	0 %	25 %	25 %	109644374
29	NC_008213	TCAT	2	8	7931	7938	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008213	ATGT	2	8	8183	8190	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008213	GTAC	2	8	8508	8515	25 %	25 %	25 %	25 %	109644376
32	NC_008213	ACAG	2	8	8586	8593	50 %	0 %	25 %	25 %	109644376
33	NC_008213	CTGT	2	8	9150	9157	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_008213	GAAC	2	8	9171	9178	50 %	0 %	25 %	25 %	109644377
35	NC_008213	CAGA	2	8	9476	9483	50 %	0 %	25 %	25 %	109644377
36	NC_008213	CGGA	2	8	9504	9511	25 %	0 %	50 %	25 %	109644377
37	NC_008213	CGAG	2	8	9719	9726	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008213	ACAG	2	8	9746	9753	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008213	GGTG	2	8	9792	9799	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008213	TGAT	2	8	10291	10298	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008213	GATT	2	8	10370	10377	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008213	ATCC	2	8	10572	10579	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008213	CATT	2	8	10626	10633	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008213	TGTA	2	8	10709	10716	25 %	50 %	25 %	0 %	109644378
45	NC_008213	TGAG	2	8	10717	10724	25 %	25 %	50 %	0 %	109644378
46	NC_008213	CTCA	2	8	11104	11111	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008213	GTCT	2	8	11404	11411	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008213	CAGT	2	8	11494	11501	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008213	CGAA	2	8	11810	11817	50 %	0 %	25 %	25 %	109644379
50	NC_008213	GTTC	2	8	12145	12152	0 %	50 %	25 %	25 %	109644379
51	NC_008213	AACA	2	8	12430	12437	75 %	0 %	0 %	25 %	109644379
52	NC_008213	AGCG	2	8	13704	13711	25 %	0 %	50 %	25 %	109644379
53	NC_008213	GAAC	2	8	13783	13790	50 %	0 %	25 %	25 %	109644379
54	NC_008213	ATAG	2	8	14216	14223	50 %	25 %	25 %	0 %	109644379
55	NC_008213	TATC	2	8	14329	14336	25 %	50 %	0 %	25 %	109644379
56	NC_008213	TGAA	2	8	14514	14521	50 %	25 %	25 %	0 %	109644379
57	NC_008213	CATC	2	8	15621	15628	25 %	25 %	0 %	50 %	109644380
58	NC_008213	GCCT	2	8	15787	15794	0 %	25 %	25 %	50 %	109644380
59	NC_008213	CTCA	2	8	16360	16367	25 %	25 %	0 %	50 %	109644380
60	NC_008213	ATGT	2	8	16549	16556	25 %	50 %	25 %	0 %	109644380
61	NC_008213	CAGC	2	8	16786	16793	25 %	0 %	25 %	50 %	109644380
62	NC_008213	CAAA	2	8	18976	18983	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008213	GAAC	2	8	19870	19877	50 %	0 %	25 %	25 %	109644382
64	NC_008213	AATC	2	8	20067	20074	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008213	AGCT	2	8	20078	20085	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008213	AGTA	2	8	20260	20267	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008213	ACAA	2	8	20438	20445	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008213	CTGT	2	8	21106	21113	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008213	CGTC	2	8	21570	21577	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008213	TCAC	2	8	21903	21910	25 %	25 %	0 %	50 %	109644384
71	NC_008213	TGAT	2	8	22193	22200	25 %	50 %	25 %	0 %	109644384
72	NC_008213	TGAT	2	8	22345	22352	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008213	AGTC	2	8	22561	22568	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008213	TTGT	2	8	22577	22584	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008213	AATC	2	8	22603	22610	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_008213	CCGC	2	8	22842	22849	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
77	NC_008213	GACA	2	8	23101	23108	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008213	TGAC	2	8	23189	23196	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008213	CAGA	2	8	24243	24250	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008213	CAAT	2	8	24380	24387	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_008213	ATGA	2	8	24649	24656	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008213	TCAA	2	8	26141	26148	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008213	TCCT	2	8	26217	26224	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008213	GACG	2	8	26977	26984	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008213	GTCA	2	8	27186	27193	25 %	25 %	25 %	25 %	109644386
86	NC_008213	ATTG	2	8	27771	27778	25 %	50 %	25 %	0 %	109644386
87	NC_008213	TGCC	2	8	28845	28852	0 %	25 %	25 %	50 %	109644386
88	NC_008213	AATC	2	8	30236	30243	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_008213	GACA	2	8	30367	30374	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008213	ACAG	2	8	30582	30589	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008213	TCCA	2	8	31006	31013	25 %	25 %	0 %	50 %	109644387
92	NC_008213	CCAG	2	8	31335	31342	25 %	0 %	25 %	50 %	109644387
93	NC_008213	CTGC	2	8	31878	31885	0 %	25 %	25 %	50 %	109644387
94	NC_008213	GGAT	2	8	32005	32012	25 %	25 %	50 %	0 %	109644388
95	NC_008213	TGCT	2	8	32023	32030	0 %	50 %	25 %	25 %	109644388
96	NC_008213	TCGA	2	8	32203	32210	25 %	25 %	25 %	25 %	109644388
97	NC_008213	GATG	2	8	32537	32544	25 %	25 %	50 %	0 %	109644388
98	NC_008213	TTTG	2	8	33155	33162	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008213	GGAT	2	8	33438	33445	25 %	25 %	50 %	0 %	109644389
100	NC_008213	CAGA	2	8	33592	33599	50 %	0 %	25 %	25 %	109644389
101	NC_008213	TCGG	2	8	33752	33759	0 %	25 %	50 %	25 %	109644389
102	NC_008213	CCAT	2	8	34209	34216	25 %	25 %	0 %	50 %	109644389
103	NC_008213	TGAT	2	8	34462	34469	25 %	50 %	25 %	0 %	109644390
104	NC_008213	AAGC	2	8	34896	34903	50 %	0 %	25 %	25 %	109644390
105	NC_008213	TGAG	2	8	35283	35290	25 %	25 %	50 %	0 %	109644390
106	NC_008213	TGAA	2	8	36231	36238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008213	CATC	2	8	36487	36494	25 %	25 %	0 %	50 %	109644392
108	NC_008213	TGAC	2	8	36664	36671	25 %	25 %	25 %	25 %	109644392
109	NC_008213	GATT	2	8	36713	36720	25 %	50 %	25 %	0 %	109644392
110	NC_008213	TCGA	2	8	36829	36836	25 %	25 %	25 %	25 %	109644392
111	NC_008213	TCAA	2	8	37012	37019	50 %	25 %	0 %	25 %	109644392
112	NC_008213	CCGA	2	8	37450	37457	25 %	0 %	25 %	50 %	109644393
113	NC_008213	GTCA	2	8	38011	38018	25 %	25 %	25 %	25 %	109644394
114	NC_008213	TCCG	2	8	38107	38114	0 %	25 %	25 %	50 %	109644394
115	NC_008213	TGAT	2	8	38415	38422	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008213	AGCA	2	8	38914	38921	50 %	0 %	25 %	25 %	109644395
117	NC_008213	CCAA	2	8	39744	39751	50 %	0 %	0 %	50 %	109644396
118	NC_008213	AGAA	2	8	40078	40085	75 %	0 %	25 %	0 %	109644396
119	NC_008213	CATC	2	8	40418	40425	25 %	25 %	0 %	50 %	109644397
120	NC_008213	ACTC	2	8	40885	40892	25 %	25 %	0 %	50 %	109644397
121	NC_008213	TTAT	2	8	41223	41230	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008213	ATTC	2	8	41738	41745	25 %	50 %	0 %	25 %	109644398
123	NC_008213	ATCA	2	8	41874	41881	50 %	25 %	0 %	25 %	109644398
124	NC_008213	CAAT	2	8	42091	42098	50 %	25 %	0 %	25 %	109644398
125	NC_008213	GTGG	2	8	42148	42155	0 %	25 %	75 %	0 %	109644398
126	NC_008213	TGGG	2	8	42944	42951	0 %	25 %	75 %	0 %	109644399
127	NC_008213	AGAT	2	8	43992	43999	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008213	CTTT	2	8	44053	44060	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_008213	AGAC	2	8	44296	44303	50 %	0 %	25 %	25 %	109644401
130	NC_008213	GATG	2	8	44422	44429	25 %	25 %	50 %	0 %	109644401
131	NC_008213	CAAT	2	8	44871	44878	50 %	25 %	0 %	25 %	109644401
132	NC_008213	GCTG	3	12	45082	45093	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_008213	GTCA	2	8	45636	45643	25 %	25 %	25 %	25 %	109644402
134	NC_008213	CTTA	2	8	45778	45785	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_008213	TCAG	2	8	45964	45971	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_008213	GATA	2	8	46241	46248	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008213	GGAA	2	8	46674	46681	50 %	0 %	50 %	0 %	109644403

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.