MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Roseobacter denitrificans OCh 114 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008209	AAAGAA	2	12	1280	1291	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008209	GTGACC	2	12	1293	1304	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008209	ATCAAT	2	12	158552	158563	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008209	GCGCTG	2	12	169734	169745	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008209	TGCCTT	2	12	195145	195156	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008209	GGGGAA	2	12	201790	201801	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008209	GCGCAC	2	12	295403	295414	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008209	CGCGCA	2	12	389383	389394	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008209	TTGAAT	2	12	583844	583855	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008209	ATCCGG	2	12	707697	707708	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008209	CATACA	2	12	708408	708419	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008209	TGAACC	2	12	720095	720106	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008209	GCTTCC	2	12	795174	795185	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008209	ATGTCA	2	12	847277	847288	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008209	TTGCGC	2	12	853152	853163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008209	ATATCA	2	12	936428	936439	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008209	CTTGCA	2	12	1144165	1144176	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008209	GTGCCG	2	12	1187677	1187688	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008209	AAACCG	2	12	1200723	1200734	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008209	GCTTAC	2	12	1200744	1200755	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008209	ACCAGC	2	12	1211956	1211967	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_008209	TGCGCG	2	12	1293954	1293965	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008209	CTTTTT	2	12	1319639	1319650	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008209	GATACT	2	12	1390922	1390933	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008209	AGTTTT	2	12	1391627	1391638	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008209	ACTTGA	2	12	1404785	1404796	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008209	AATATG	2	12	1433189	1433200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008209	ACCCAA	2	12	1571411	1571422	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008209	CGCAAT	2	12	1590434	1590445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008209	TGGCGC	2	12	1610581	1610592	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008209	ATGTTG	2	12	1611374	1611385	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008209	TGGCCG	2	12	1760731	1760742	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008209	ACATGC	2	12	1766086	1766097	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008209	TGCGCT	2	12	1773962	1773973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008209	GCAATG	2	12	1776559	1776570	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008209	GTCGGG	2	12	1781006	1781017	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008209	CCTCTC	2	12	1905184	1905195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_008209	AAGGTT	2	12	1912778	1912789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008209	CGAACA	2	12	1939973	1939984	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008209	CTTTGG	2	12	2035634	2035645	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008209	ATCAAC	2	12	2107408	2107419	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008209	TAGTGA	2	12	2116669	2116680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008209	ACCTTT	2	12	2159056	2159067	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008209	AAGGAA	2	12	2180237	2180248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008209	TTTTGC	2	12	2183370	2183381	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008209	ATGCCT	2	12	2212861	2212872	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008209	CGCGAC	2	12	2218448	2218459	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008209	TATTTT	2	12	2222382	2222393	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008209	CCGCGT	2	12	2265067	2265078	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008209	CGCCAT	2	12	2292898	2292909	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008209	AGATGA	2	12	2333721	2333732	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008209	GGGGAT	2	12	2363237	2363248	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008209	CGCAGG	2	12	2397921	2397932	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008209	GAATTA	2	12	2546830	2546841	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008209	ATTGAG	2	12	2705937	2705948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008209	CCAGCC	2	12	2726780	2726791	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_008209	TGTCTT	2	12	2768637	2768648	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008209	TTGCCG	2	12	2870903	2870914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008209	CAAGGA	2	12	2927459	2927470	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008209	TTTTGG	2	12	2982784	2982795	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008209	GCCCTT	2	12	3027248	3027259	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008209	GCCGCT	2	12	3125475	3125486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008209	CAGAGC	2	12	3175671	3175682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008209	GCCTCG	2	12	3176663	3176674	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008209	GCGGAT	2	12	3232664	3232675	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008209	CAACGC	2	12	3321387	3321398	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008209	TGCCCC	2	12	3324438	3324449	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008209	GCCGGT	2	12	3324590	3324601	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008209	ACGGTT	2	12	3327311	3327322	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008209	GCGAGA	2	12	3328148	3328159	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008209	CTCGTC	2	12	3329602	3329613	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008209	AAACAA	2	12	3333974	3333985	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008209	TCGGCC	2	12	3342688	3342699	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008209	CGGATG	2	12	3351861	3351872	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008209	ACAAAC	2	12	3394246	3394257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008209	TGAACC	2	12	3473713	3473724	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008209	TTTTGC	2	12	3537784	3537795	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008209	GCCAGT	2	12	3636406	3636417	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008209	CAAAGG	2	12	3718616	3718627	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008209	AAGGGT	2	12	3773048	3773059	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008209	GGCGCG	2	12	3819634	3819645	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008209	ATGGGC	2	12	3843549	3843560	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008209	GAAAAA	2	12	3902598	3902609	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008209	CATTTT	2	12	3981135	3981146	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008209	CATGAC	2	12	4030057	4030068	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008209	AGAAAT	2	12	4054920	4054931	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008209	GTCCCG	2	12	4113341	4113352	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.