MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rubrobacter xylanophilus DSM 9941 chromosome

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008148	CCCCTC	2	12	1355	1366	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
2	NC_008148	GTCAAG	2	12	48249	48260	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008148	ACAGCC	2	12	91254	91265	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008148	CCTCCC	2	12	98427	98438	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
5	NC_008148	CCCGCT	2	12	107254	107265	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008148	GCGGGC	2	12	125638	125649	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008148	TGGCTC	2	12	125889	125900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008148	TATCCT	2	12	152847	152858	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008148	CCGGTT	2	12	154271	154282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008148	GGCGGA	2	12	205789	205800	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008148	CCCTCC	2	12	218646	218657	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
12	NC_008148	GGGGCT	2	12	244116	244127	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008148	GGAGCG	2	12	290352	290363	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008148	GGCACC	2	12	299504	299515	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008148	TTTTTG	2	12	371814	371825	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008148	GCCCGC	2	12	373647	373658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_008148	CGCCGG	2	12	380489	380500	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008148	ACGAGG	2	12	389255	389266	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008148	CCACCG	2	12	442883	442894	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_008148	TCGGCG	2	12	443140	443151	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008148	GACCCC	2	12	463471	463482	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008148	GCCCCG	2	12	465731	465742	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_008148	GGCCGT	2	12	490463	490474	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008148	CCTCGG	2	12	617745	617756	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008148	GCCGCG	2	12	640960	640971	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008148	GAGCGG	2	12	641193	641204	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008148	GCCCGC	2	12	725824	725835	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_008148	GGTGCT	2	12	760851	760862	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008148	AGCCGA	2	12	772320	772331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008148	GGGCGT	2	12	772518	772529	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008148	GGCCGG	2	12	772665	772676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008148	CCCTGA	2	12	829095	829106	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008148	GAGGCG	2	12	834430	834441	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008148	GAAAAA	2	12	834453	834464	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008148	CCGCGG	2	12	879988	879999	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008148	GGCGAG	2	12	924604	924615	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008148	GGCAGA	2	12	955421	955432	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008148	GCCGGC	2	12	966435	966446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008148	GTACAG	2	12	1015360	1015371	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008148	CCCCCG	2	12	1015386	1015397	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
41	NC_008148	GAAGAC	2	12	1015745	1015756	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008148	CGCCCG	2	12	1016068	1016079	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_008148	CCAGCG	2	12	1043177	1043188	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008148	GCGCTC	2	12	1133574	1133585	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008148	CCCGCC	2	12	1273023	1273034	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
46	NC_008148	AAGCGA	2	12	1339859	1339870	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008148	GCTCGC	2	12	1417180	1417191	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008148	CCCGCC	2	12	1587274	1587285	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
49	NC_008148	CTCTCC	2	12	1668848	1668859	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_008148	GCCCGC	2	12	1736666	1736677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_008148	CAGCGG	2	12	1857270	1857281	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008148	GGGCCT	2	12	1857428	1857439	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008148	TGAGAG	2	12	1885521	1885532	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008148	CCTATC	2	12	1924382	1924393	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008148	GCTTGA	2	12	1927170	1927181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008148	CATTGC	2	12	1929297	1929308	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008148	GCAGGC	2	12	1985112	1985123	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008148	ACGCCC	2	12	2007695	2007706	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_008148	GCCCCG	2	12	2058395	2058406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_008148	GCGGCC	2	12	2060137	2060148	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008148	CCCGGA	2	12	2104711	2104722	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008148	CACCTC	2	12	2136444	2136455	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008148	CTCGAC	2	12	2244936	2244947	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_008148	GCCGGA	2	12	2249193	2249204	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008148	CGAGGA	2	12	2256215	2256226	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008148	CCCTTG	2	12	2269896	2269907	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008148	TTTAAA	2	12	2285156	2285167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008148	GCGGTG	2	12	2300479	2300490	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008148	ACACGG	2	12	2314031	2314042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008148	GCACCG	2	12	2315473	2315484	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008148	CTCCAG	2	12	2334219	2334230	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008148	GGCGGG	2	12	2473676	2473687	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008148	CCGCCC	2	12	2498039	2498050	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
74	NC_008148	CCCGAG	2	12	2525442	2525453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008148	TTGAGC	2	12	2538469	2538480	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008148	GATGGA	2	12	2539690	2539701	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008148	CCGCGC	2	12	2556465	2556476	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_008148	TCGTAG	2	12	2590585	2590596	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008148	CCGCCC	2	12	2599548	2599559	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
80	NC_008148	ACCCTG	2	12	2666856	2666867	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008148	CCGCGA	2	12	2696848	2696859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008148	CAGGTG	2	12	2716911	2716922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008148	CGCCCC	2	12	2717184	2717195	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_008148	CGAGAG	2	12	2773513	2773524	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008148	TCGCGC	2	12	2774495	2774506	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008148	ACCAGC	2	12	2803350	2803361	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_008148	CCCCCG	2	12	2807302	2807313	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
88	NC_008148	CGACTG	2	12	2832561	2832572	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008148	GAGGCG	2	12	2832664	2832675	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008148	TGCCCG	2	12	2862294	2862305	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008148	CAGGAT	2	12	2906381	2906392	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008148	AAACAG	2	12	2906735	2906746	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008148	AGCACC	2	12	2907084	2907095	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008148	GCTCGG	2	12	2911534	2911545	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008148	TCCCCC	2	12	2937824	2937835	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
96	NC_008148	CCCCAG	2	12	2990766	2990777	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008148	AGGGAG	2	12	3022159	3022170	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008148	GCAAGC	2	12	3049422	3049433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008148	AAAGGA	2	12	3059830	3059841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008148	CCGGCC	2	12	3140412	3140423	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_008148	CCCGCC	2	12	3170545	3170556	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
102	NC_008148	GAAAGG	2	12	3195358	3195369	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008148	GAAAGG	2	12	3195429	3195440	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008148	ACGCTC	2	12	3216453	3216464	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.