MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pCD

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008122	TC	4	8	394	401	0 %	50 %	0 %	50 %	108793643
2	NC_008122	CG	3	6	623	628	0 %	0 %	50 %	50 %	108793643
3	NC_008122	TC	3	6	737	742	0 %	50 %	0 %	50 %	108793643
4	NC_008122	AG	3	6	1957	1962	50 %	0 %	50 %	0 %	108793722
5	NC_008122	GC	3	6	3859	3864	0 %	0 %	50 %	50 %	108793646
6	NC_008122	CT	3	6	4116	4121	0 %	50 %	0 %	50 %	108793647
7	NC_008122	GT	3	6	5420	5425	0 %	50 %	50 %	0 %	108793649
8	NC_008122	TC	3	6	6791	6796	0 %	50 %	0 %	50 %	108793723
9	NC_008122	CG	3	6	7947	7952	0 %	0 %	50 %	50 %	108793653
10	NC_008122	AC	3	6	8211	8216	50 %	0 %	0 %	50 %	108793654
11	NC_008122	GA	3	6	11177	11182	50 %	0 %	50 %	0 %	108793656
12	NC_008122	AT	3	6	11561	11566	50 %	50 %	0 %	0 %	108793656
13	NC_008122	AT	3	6	13171	13176	50 %	50 %	0 %	0 %	108793657
14	NC_008122	GC	3	6	13749	13754	0 %	0 %	50 %	50 %	108793657
15	NC_008122	AG	3	6	14156	14161	50 %	0 %	50 %	0 %	108793658
16	NC_008122	TG	3	6	15667	15672	0 %	50 %	50 %	0 %	108793661
17	NC_008122	CG	3	6	16764	16769	0 %	0 %	50 %	50 %	108793662
18	NC_008122	CG	3	6	16850	16855	0 %	0 %	50 %	50 %	108793662
19	NC_008122	CT	3	6	17410	17415	0 %	50 %	0 %	50 %	108793662
20	NC_008122	AG	3	6	18639	18644	50 %	0 %	50 %	0 %	108793664
21	NC_008122	GC	3	6	21707	21712	0 %	0 %	50 %	50 %	108793669
22	NC_008122	TC	3	6	22394	22399	0 %	50 %	0 %	50 %	108793670
23	NC_008122	CG	3	6	22483	22488	0 %	0 %	50 %	50 %	108793670
24	NC_008122	AT	3	6	22586	22591	50 %	50 %	0 %	0 %	108793670
25	NC_008122	AT	3	6	23229	23234	50 %	50 %	0 %	0 %	108793670
26	NC_008122	TC	3	6	23429	23434	0 %	50 %	0 %	50 %	108793670
27	NC_008122	AT	3	6	23709	23714	50 %	50 %	0 %	0 %	108793670
28	NC_008122	TC	3	6	24366	24371	0 %	50 %	0 %	50 %	108793671
29	NC_008122	TG	3	6	24648	24653	0 %	50 %	50 %	0 %	108793721
30	NC_008122	CT	3	6	26014	26019	0 %	50 %	0 %	50 %	108793673
31	NC_008122	AG	3	6	28114	28119	50 %	0 %	50 %	0 %	108793675
32	NC_008122	AG	3	6	30468	30473	50 %	0 %	50 %	0 %	108793679
33	NC_008122	GA	3	6	31296	31301	50 %	0 %	50 %	0 %	108793679
34	NC_008122	GA	3	6	34391	34396	50 %	0 %	50 %	0 %	108793684
35	NC_008122	CT	3	6	34834	34839	0 %	50 %	0 %	50 %	108793684
36	NC_008122	CA	3	6	37288	37293	50 %	0 %	0 %	50 %	108793686
37	NC_008122	GT	3	6	38184	38189	0 %	50 %	50 %	0 %	108793688
38	NC_008122	AT	3	6	38197	38202	50 %	50 %	0 %	0 %	108793688
39	NC_008122	GT	3	6	38312	38317	0 %	50 %	50 %	0 %	108793688
40	NC_008122	TC	4	8	41167	41174	0 %	50 %	0 %	50 %	108793691
41	NC_008122	GA	3	6	41396	41401	50 %	0 %	50 %	0 %	108793691
42	NC_008122	AT	3	6	42904	42909	50 %	50 %	0 %	0 %	108793692
43	NC_008122	TA	3	6	43260	43265	50 %	50 %	0 %	0 %	108793727
44	NC_008122	TA	3	6	43267	43272	50 %	50 %	0 %	0 %	108793727
45	NC_008122	AT	3	6	44563	44568	50 %	50 %	0 %	0 %	108793694
46	NC_008122	TA	3	6	44656	44661	50 %	50 %	0 %	0 %	108793694
47	NC_008122	GC	3	6	45091	45096	0 %	0 %	50 %	50 %	108793695
48	NC_008122	AG	3	6	45560	45565	50 %	0 %	50 %	0 %	108793696
49	NC_008122	AC	3	6	46033	46038	50 %	0 %	0 %	50 %	108793696
50	NC_008122	TC	3	6	48691	48696	0 %	50 %	0 %	50 %	108793699
51	NC_008122	TC	3	6	50379	50384	0 %	50 %	0 %	50 %	108793701
52	NC_008122	CG	3	6	50748	50753	0 %	0 %	50 %	50 %	108793701
53	NC_008122	GA	3	6	52915	52920	50 %	0 %	50 %	0 %	108793703
54	NC_008122	CA	3	6	53393	53398	50 %	0 %	0 %	50 %	108793702
55	NC_008122	GA	3	6	54877	54882	50 %	0 %	50 %	0 %	108793704
56	NC_008122	TC	3	6	55702	55707	0 %	50 %	0 %	50 %	108793728
57	NC_008122	CG	3	6	56256	56261	0 %	0 %	50 %	50 %	108793706
58	NC_008122	GT	3	6	57486	57491	0 %	50 %	50 %	0 %	108793708
59	NC_008122	AT	3	6	57499	57504	50 %	50 %	0 %	0 %	108793708
60	NC_008122	AC	3	6	57894	57899	50 %	0 %	0 %	50 %	108793729
61	NC_008122	AG	3	6	58600	58605	50 %	0 %	50 %	0 %	108793710
62	NC_008122	CA	3	6	58966	58971	50 %	0 %	0 %	50 %	108793711
63	NC_008122	CG	3	6	59110	59115	0 %	0 %	50 %	50 %	108793711
64	NC_008122	GC	3	6	59615	59620	0 %	0 %	50 %	50 %	108793711
65	NC_008122	AC	3	6	61631	61636	50 %	0 %	0 %	50 %	108793712
66	NC_008122	TG	3	6	61964	61969	0 %	50 %	50 %	0 %	108793730
67	NC_008122	TG	3	6	62052	62057	0 %	50 %	50 %	0 %	108793730
68	NC_008122	GC	3	6	62159	62164	0 %	0 %	50 %	50 %	108793730
69	NC_008122	TC	3	6	62273	62278	0 %	50 %	0 %	50 %	108793730
70	NC_008122	TC	3	6	62595	62600	0 %	50 %	0 %	50 %	108793713
71	NC_008122	AC	3	6	62671	62676	50 %	0 %	0 %	50 %	108793713
72	NC_008122	AC	3	6	63094	63099	50 %	0 %	0 %	50 %	108793713
73	NC_008122	AC	3	6	64080	64085	50 %	0 %	0 %	50 %	108793713
74	NC_008122	GC	3	6	64112	64117	0 %	0 %	50 %	50 %	108793713
75	NC_008122	AG	3	6	64552	64557	50 %	0 %	50 %	0 %	108793713
76	NC_008122	AT	3	6	65130	65135	50 %	50 %	0 %	0 %	108793714
77	NC_008122	GA	4	8	65573	65580	50 %	0 %	50 %	0 %	108793714
78	NC_008122	AG	3	6	67620	67625	50 %	0 %	50 %	0 %	108793717
79	NC_008122	AG	3	6	67711	67716	50 %	0 %	50 %	0 %	108793717
80	NC_008122	CA	3	6	68066	68071	50 %	0 %	0 %	50 %	108793717
81	NC_008122	GC	4	8	68143	68150	0 %	0 %	50 %	50 %	108793717

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.