MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Antiqua plasmid pMT

Total Repeats: 249

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008120	AACG	2	8	6	13	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008120	TCGC	2	8	330	337	0 %	25 %	25 %	50 %	108793533
3	NC_008120	CATT	2	8	384	391	25 %	50 %	0 %	25 %	108793533
4	NC_008120	GCTG	2	8	897	904	0 %	25 %	50 %	25 %	108793533
5	NC_008120	CTCA	2	8	1392	1399	25 %	25 %	0 %	50 %	108793534
6	NC_008120	TCAG	2	8	1643	1650	25 %	25 %	25 %	25 %	108793534
7	NC_008120	CAGA	2	8	1842	1849	50 %	0 %	25 %	25 %	108793534
8	NC_008120	CTAC	3	12	2011	2022	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008120	TTTA	2	8	2023	2030	25 %	75 %	0 %	0 %	108793535
10	NC_008120	CCAA	2	8	2712	2719	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008120	TGAG	2	8	3066	3073	25 %	25 %	50 %	0 %	108793536
12	NC_008120	GGTT	2	8	3402	3409	0 %	50 %	50 %	0 %	108793536
13	NC_008120	AGCC	2	8	4175	4182	25 %	0 %	25 %	50 %	108793536
14	NC_008120	TCCA	2	8	4260	4267	25 %	25 %	0 %	50 %	108793536
15	NC_008120	CTAT	2	8	4483	4490	25 %	50 %	0 %	25 %	108793536
16	NC_008120	CTTC	2	8	5615	5622	0 %	50 %	0 %	50 %	108793536
17	NC_008120	ACTT	2	8	5869	5876	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008120	AAAG	2	8	5891	5898	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008120	TCGT	2	8	5999	6006	0 %	50 %	25 %	25 %	108793537
20	NC_008120	ATTA	2	8	6248	6255	50 %	50 %	0 %	0 %	108793537
21	NC_008120	TTCA	2	8	6568	6575	25 %	50 %	0 %	25 %	108793538
22	NC_008120	GATT	2	8	6668	6675	25 %	50 %	25 %	0 %	108793538
23	NC_008120	CTGC	2	8	7031	7038	0 %	25 %	25 %	50 %	108793538
24	NC_008120	CTGC	2	8	7191	7198	0 %	25 %	25 %	50 %	108793538
25	NC_008120	TGTT	2	8	8552	8559	0 %	75 %	25 %	0 %	108793538
26	NC_008120	CAAC	2	8	8802	8809	50 %	0 %	0 %	50 %	108793538
27	NC_008120	TTGA	2	8	9176	9183	25 %	50 %	25 %	0 %	108793538
28	NC_008120	ACGC	2	8	9382	9389	25 %	0 %	25 %	50 %	108793538
29	NC_008120	AAGG	2	8	9682	9689	50 %	0 %	50 %	0 %	108793538
30	NC_008120	TGCG	2	8	9732	9739	0 %	25 %	50 %	25 %	108793538
31	NC_008120	GACG	2	8	9911	9918	25 %	0 %	50 %	25 %	108793538
32	NC_008120	CAGG	2	8	10268	10275	25 %	0 %	50 %	25 %	108793538
33	NC_008120	ACGA	2	8	10383	10390	50 %	0 %	25 %	25 %	108793538
34	NC_008120	CCAC	2	8	10491	10498	25 %	0 %	0 %	75 %	108793538
35	NC_008120	TGAC	2	8	10848	10855	25 %	25 %	25 %	25 %	108793538
36	NC_008120	CTGC	2	8	11328	11335	0 %	25 %	25 %	50 %	108793539
37	NC_008120	ACCA	2	8	11469	11476	50 %	0 %	0 %	50 %	108793539
38	NC_008120	AACT	2	8	11764	11771	50 %	25 %	0 %	25 %	108793539
39	NC_008120	TGAA	2	8	11941	11948	50 %	25 %	25 %	0 %	108793540
40	NC_008120	TTCG	2	8	12480	12487	0 %	50 %	25 %	25 %	108793540
41	NC_008120	AGAT	2	8	12508	12515	50 %	25 %	25 %	0 %	108793540
42	NC_008120	GCGT	2	8	12622	12629	0 %	25 %	50 %	25 %	108793541
43	NC_008120	AGTC	2	8	13665	13672	25 %	25 %	25 %	25 %	108793542
44	NC_008120	GTTA	2	8	13720	13727	25 %	50 %	25 %	0 %	108793543
45	NC_008120	GTTG	2	8	14423	14430	0 %	50 %	50 %	0 %	108793543
46	NC_008120	TGCC	2	8	14869	14876	0 %	25 %	25 %	50 %	108793543
47	NC_008120	GCCG	2	8	15311	15318	0 %	0 %	50 %	50 %	108793544
48	NC_008120	CTTC	2	8	15340	15347	0 %	50 %	0 %	50 %	108793544
49	NC_008120	AGCC	2	8	16781	16788	25 %	0 %	25 %	50 %	108793544
50	NC_008120	CGAA	2	8	16849	16856	50 %	0 %	25 %	25 %	108793544
51	NC_008120	AAGC	2	8	16882	16889	50 %	0 %	25 %	25 %	108793544
52	NC_008120	CGCA	2	8	17027	17034	25 %	0 %	25 %	50 %	108793544
53	NC_008120	CAAG	2	8	17557	17564	50 %	0 %	25 %	25 %	108793544
54	NC_008120	CGCC	2	8	17610	17617	0 %	0 %	25 %	75 %	108793544
55	NC_008120	CATC	2	8	17731	17738	25 %	25 %	0 %	50 %	108793544
56	NC_008120	CCCG	2	8	18228	18235	0 %	0 %	25 %	75 %	108793544
57	NC_008120	GCGA	2	8	18465	18472	25 %	0 %	50 %	25 %	108793545
58	NC_008120	CGCA	2	8	18498	18505	25 %	0 %	25 %	50 %	108793545
59	NC_008120	CAGT	2	8	18742	18749	25 %	25 %	25 %	25 %	108793546
60	NC_008120	CAGT	2	8	19221	19228	25 %	25 %	25 %	25 %	108793547
61	NC_008120	TCAA	2	8	19897	19904	50 %	25 %	0 %	25 %	108793548
62	NC_008120	AACC	2	8	19950	19957	50 %	0 %	0 %	50 %	108793548
63	NC_008120	TGGC	2	8	20150	20157	0 %	25 %	50 %	25 %	108793548
64	NC_008120	GATA	2	8	20390	20397	50 %	25 %	25 %	0 %	108793549
65	NC_008120	CAGA	2	8	21270	21277	50 %	0 %	25 %	25 %	108793551
66	NC_008120	TGAA	2	8	22863	22870	50 %	25 %	25 %	0 %	108793553
67	NC_008120	ACGG	2	8	22928	22935	25 %	0 %	50 %	25 %	108793553
68	NC_008120	AAGC	2	8	22982	22989	50 %	0 %	25 %	25 %	108793553
69	NC_008120	GCTC	2	8	23010	23017	0 %	25 %	25 %	50 %	108793553
70	NC_008120	TTAC	2	8	23173	23180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008120	GCAG	2	8	23372	23379	25 %	0 %	50 %	25 %	108793554
72	NC_008120	TGCT	2	8	23384	23391	0 %	50 %	25 %	25 %	108793554
73	NC_008120	CGAT	2	8	23989	23996	25 %	25 %	25 %	25 %	108793554
74	NC_008120	GGCT	2	8	24326	24333	0 %	25 %	50 %	25 %	108793555
75	NC_008120	GAAG	2	8	24446	24453	50 %	0 %	50 %	0 %	108793555
76	NC_008120	CATC	2	8	24883	24890	25 %	25 %	0 %	50 %	108793555
77	NC_008120	TAAG	2	8	25030	25037	50 %	25 %	25 %	0 %	108793556
78	NC_008120	GTCA	2	8	25224	25231	25 %	25 %	25 %	25 %	108793556
79	NC_008120	CCAT	2	8	25295	25302	25 %	25 %	0 %	50 %	108793556
80	NC_008120	GATG	2	8	26160	26167	25 %	25 %	50 %	0 %	108793556
81	NC_008120	ATGA	2	8	26271	26278	50 %	25 %	25 %	0 %	108793556
82	NC_008120	CGCC	2	8	26416	26423	0 %	0 %	25 %	75 %	108793556
83	NC_008120	TAGG	2	8	26544	26551	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008120	ACTT	2	8	26553	26560	25 %	50 %	0 %	25 %	108793557
85	NC_008120	GTGC	2	8	26873	26880	0 %	25 %	50 %	25 %	108793557
86	NC_008120	CCGA	2	8	28160	28167	25 %	0 %	25 %	50 %	108793558
87	NC_008120	CGCA	2	8	28229	28236	25 %	0 %	25 %	50 %	108793558
88	NC_008120	TTTG	2	8	28900	28907	0 %	75 %	25 %	0 %	108793559
89	NC_008120	ACTC	2	8	29224	29231	25 %	25 %	0 %	50 %	108793560
90	NC_008120	CGGA	2	8	29333	29340	25 %	0 %	50 %	25 %	108793560
91	NC_008120	TGTC	2	8	29812	29819	0 %	50 %	25 %	25 %	108793560
92	NC_008120	GCGG	2	8	30191	30198	0 %	0 %	75 %	25 %	108793562
93	NC_008120	CAGC	2	8	30714	30721	25 %	0 %	25 %	50 %	108793563
94	NC_008120	GCAA	2	8	30797	30804	50 %	0 %	25 %	25 %	108793563
95	NC_008120	CCAG	2	8	31175	31182	25 %	0 %	25 %	50 %	108793563
96	NC_008120	CTCG	2	8	31550	31557	0 %	25 %	25 %	50 %	108793564
97	NC_008120	TACT	3	12	32084	32095	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008120	AATC	2	8	32612	32619	50 %	25 %	0 %	25 %	108793565
99	NC_008120	AATA	2	8	33577	33584	75 %	25 %	0 %	0 %	108793565
100	NC_008120	CATC	2	8	34227	34234	25 %	25 %	0 %	50 %	108793567
101	NC_008120	ATTT	2	8	35116	35123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008120	ATAA	3	12	35268	35279	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008120	AGCA	2	8	35562	35569	50 %	0 %	25 %	25 %	108793569
104	NC_008120	CCAA	2	8	35825	35832	50 %	0 %	0 %	50 %	108793569
105	NC_008120	AATC	2	8	35835	35842	50 %	25 %	0 %	25 %	108793569
106	NC_008120	TAAT	2	8	35965	35972	50 %	50 %	0 %	0 %	108793569
107	NC_008120	TTAC	2	8	36389	36396	25 %	50 %	0 %	25 %	108793570
108	NC_008120	ACCT	2	8	37035	37042	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008120	TTGC	2	8	37179	37186	0 %	50 %	25 %	25 %	108793571
110	NC_008120	CTTC	2	8	37238	37245	0 %	50 %	0 %	50 %	108793571
111	NC_008120	CACG	2	8	37314	37321	25 %	0 %	25 %	50 %	108793571
112	NC_008120	ATCA	2	8	37773	37780	50 %	25 %	0 %	25 %	108793623
113	NC_008120	GCGT	2	8	37995	38002	0 %	25 %	50 %	25 %	108793623
114	NC_008120	TGCG	2	8	38359	38366	0 %	25 %	50 %	25 %	108793623
115	NC_008120	CGAG	2	8	39352	39359	25 %	0 %	50 %	25 %	108793572
116	NC_008120	AGCG	2	8	39527	39534	25 %	0 %	50 %	25 %	108793572
117	NC_008120	GCCA	2	8	39571	39578	25 %	0 %	25 %	50 %	108793572
118	NC_008120	TGCG	2	8	39717	39724	0 %	25 %	50 %	25 %	108793572
119	NC_008120	AGCC	2	8	40912	40919	25 %	0 %	25 %	50 %	108793573
120	NC_008120	TAAG	2	8	41722	41729	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008120	CCTG	2	8	42151	42158	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008120	GAAA	2	8	42619	42626	75 %	0 %	25 %	0 %	108793574
123	NC_008120	CAAG	2	8	43021	43028	50 %	0 %	25 %	25 %	108793574
124	NC_008120	TCGT	2	8	43264	43271	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008120	TGTT	2	8	43964	43971	0 %	75 %	25 %	0 %	108793575
126	NC_008120	GCGT	2	8	44028	44035	0 %	25 %	50 %	25 %	108793575
127	NC_008120	GTTT	2	8	44443	44450	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008120	ACCA	2	8	44668	44675	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008120	AATG	2	8	45992	45999	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008120	TGAA	2	8	46257	46264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008120	TGGT	2	8	46412	46419	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008120	CAAC	2	8	46637	46644	50 %	0 %	0 %	50 %	108793578
133	NC_008120	TTAT	2	8	47488	47495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008120	AACG	2	8	47922	47929	50 %	0 %	25 %	25 %	108793580
135	NC_008120	TCGC	2	8	48246	48253	0 %	25 %	25 %	50 %	108793581
136	NC_008120	CATT	2	8	48300	48307	25 %	50 %	0 %	25 %	108793581
137	NC_008120	GCTG	2	8	48813	48820	0 %	25 %	50 %	25 %	108793581
138	NC_008120	CTCA	2	8	49302	49309	25 %	25 %	0 %	50 %	108793582
139	NC_008120	TCAG	2	8	49553	49560	25 %	25 %	25 %	25 %	108793582
140	NC_008120	CAGA	2	8	49752	49759	50 %	0 %	25 %	25 %	108793582
141	NC_008120	CTGG	2	8	50020	50027	0 %	25 %	50 %	25 %	108793625
142	NC_008120	TCAT	2	8	50246	50253	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_008120	CCCA	2	8	50716	50723	25 %	0 %	0 %	75 %	108793583
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.