MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Nepal516 plasmid pMT

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008118	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	108793733
2	NC_008118	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	108793733
3	NC_008118	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	108793734
4	NC_008118	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	108793734
5	NC_008118	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	108793738
6	NC_008118	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	108793738
7	NC_008118	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	108793743
8	NC_008118	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	108793745
9	NC_008118	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	108793746
10	NC_008118	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	108793746
11	NC_008118	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	108793750
12	NC_008118	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	108793750
13	NC_008118	CGGCA	2	10	22977	22986	20 %	0 %	40 %	40 %	108793828
14	NC_008118	AGTGC	2	10	27453	27462	20 %	20 %	40 %	20 %	108793757
15	NC_008118	CTTCG	2	10	28386	28395	0 %	40 %	20 %	40 %	108793758
16	NC_008118	CGGAA	2	10	29270	29279	40 %	0 %	40 %	20 %	108793760
17	NC_008118	AACGG	2	10	29478	29487	40 %	0 %	40 %	20 %	108793760
18	NC_008118	TGCCC	2	10	34651	34660	0 %	20 %	20 %	60 %	108793768
19	NC_008118	AAATT	2	10	35791	35800	60 %	40 %	0 %	0 %	108793769
20	NC_008118	TCCCC	2	10	37051	37060	0 %	20 %	0 %	80 %	108793770
21	NC_008118	GACTG	2	10	39055	39064	20 %	20 %	40 %	20 %	108793773
22	NC_008118	CATTG	2	10	39743	39752	20 %	40 %	20 %	20 %	108793827
23	NC_008118	ACGTA	2	10	45545	45554	40 %	20 %	20 %	20 %	108793777
24	NC_008118	ACTTA	2	10	47214	47223	40 %	40 %	0 %	20 %	108793778
25	NC_008118	CAGCG	2	10	49601	49610	20 %	0 %	40 %	40 %	108793781
26	NC_008118	CCATT	2	10	50203	50212	20 %	40 %	0 %	40 %	108793783
27	NC_008118	GCGAT	2	10	55832	55841	20 %	20 %	40 %	20 %	108793789
28	NC_008118	CGCAG	2	10	58923	58932	20 %	0 %	40 %	40 %	108793791
29	NC_008118	GAAGA	2	10	61165	61174	60 %	0 %	40 %	0 %	108793792
30	NC_008118	TGAAC	2	10	62509	62518	40 %	20 %	20 %	20 %	108793793
31	NC_008118	ATCAG	2	10	65115	65124	40 %	20 %	20 %	20 %	108793796
32	NC_008118	AATTG	2	10	68642	68651	40 %	40 %	20 %	0 %	108793797
33	NC_008118	TAAAA	2	10	69719	69728	80 %	20 %	0 %	0 %	108793797
34	NC_008118	CGCTT	2	10	72737	72746	0 %	40 %	20 %	40 %	108793799
35	NC_008118	GGTTT	2	10	74344	74353	0 %	60 %	40 %	0 %	108793801
36	NC_008118	TTTGA	2	10	74657	74666	20 %	60 %	20 %	0 %	108793802
37	NC_008118	GCGCT	2	10	75295	75304	0 %	20 %	40 %	40 %	108793802
38	NC_008118	ACCTT	2	10	75695	75704	20 %	40 %	0 %	40 %	108793803
39	NC_008118	CGAAC	2	10	76044	76053	40 %	0 %	20 %	40 %	108793803
40	NC_008118	CGAAT	2	10	76618	76627	40 %	20 %	20 %	20 %	108793804
41	NC_008118	TGCTC	2	10	76654	76663	0 %	40 %	20 %	40 %	108793804
42	NC_008118	CGCAG	2	10	77085	77094	20 %	0 %	40 %	40 %	108793805
43	NC_008118	ACAGC	2	10	77202	77211	40 %	0 %	20 %	40 %	108793805
44	NC_008118	GGTGC	2	10	78004	78013	0 %	20 %	60 %	20 %	108793806
45	NC_008118	AACAA	2	10	83383	83392	80 %	0 %	0 %	20 %	108793810
46	NC_008118	AAAGA	2	10	90063	90072	80 %	0 %	20 %	0 %	108793817
47	NC_008118	CGCTT	2	10	92742	92751	0 %	40 %	20 %	40 %	108793819
48	NC_008118	TGATT	2	10	93156	93165	20 %	60 %	20 %	0 %	108793819
49	NC_008118	GGAAT	2	10	95810	95819	40 %	20 %	40 %	0 %	108793822
50	NC_008118	CCTCG	2	10	99246	99255	0 %	20 %	20 %	60 %	108793826
51	NC_008118	ACGGC	2	10	99683	99692	20 %	0 %	40 %	40 %	108793826

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.