MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Nepal516 plasmid pMT

Total Repeats: 257

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008118	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008118	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	108793733
3	NC_008118	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	108793733
4	NC_008118	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	108793733
5	NC_008118	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	108793734
6	NC_008118	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	108793734
7	NC_008118	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	108793734
8	NC_008118	CTAC	3	12	2009	2020	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008118	TTTA	2	8	2021	2028	25 %	75 %	0 %	0 %	108793735
10	NC_008118	CCAA	2	8	2710	2717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008118	TGAG	2	8	3064	3071	25 %	25 %	50 %	0 %	108793736
12	NC_008118	GGTT	2	8	3400	3407	0 %	50 %	50 %	0 %	108793736
13	NC_008118	AGCC	2	8	4173	4180	25 %	0 %	25 %	50 %	108793736
14	NC_008118	TCCA	2	8	4258	4265	25 %	25 %	0 %	50 %	108793736
15	NC_008118	CTAT	2	8	4481	4488	25 %	50 %	0 %	25 %	108793736
16	NC_008118	CTTC	2	8	5613	5620	0 %	50 %	0 %	50 %	108793736
17	NC_008118	ACTT	2	8	5867	5874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008118	AAAG	2	8	5889	5896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008118	TCGT	2	8	5997	6004	0 %	50 %	25 %	25 %	108793737
20	NC_008118	ATTA	2	8	6246	6253	50 %	50 %	0 %	0 %	108793737
21	NC_008118	TTCA	2	8	6566	6573	25 %	50 %	0 %	25 %	108793738
22	NC_008118	GATT	2	8	6666	6673	25 %	50 %	25 %	0 %	108793738
23	NC_008118	CTGC	2	8	7029	7036	0 %	25 %	25 %	50 %	108793738
24	NC_008118	CTGC	2	8	7189	7196	0 %	25 %	25 %	50 %	108793738
25	NC_008118	TGTT	2	8	8550	8557	0 %	75 %	25 %	0 %	108793738
26	NC_008118	CAAC	2	8	8800	8807	50 %	0 %	0 %	50 %	108793738
27	NC_008118	TTGA	2	8	9174	9181	25 %	50 %	25 %	0 %	108793738
28	NC_008118	ACGC	2	8	9380	9387	25 %	0 %	25 %	50 %	108793738
29	NC_008118	AAGG	2	8	9680	9687	50 %	0 %	50 %	0 %	108793738
30	NC_008118	TGCG	2	8	9730	9737	0 %	25 %	50 %	25 %	108793738
31	NC_008118	GACG	2	8	9909	9916	25 %	0 %	50 %	25 %	108793738
32	NC_008118	CAGG	2	8	10266	10273	25 %	0 %	50 %	25 %	108793738
33	NC_008118	ACGA	2	8	10381	10388	50 %	0 %	25 %	25 %	108793738
34	NC_008118	CCAC	2	8	10489	10496	25 %	0 %	0 %	75 %	108793738
35	NC_008118	TGAC	2	8	10846	10853	25 %	25 %	25 %	25 %	108793738
36	NC_008118	CTGC	2	8	11326	11333	0 %	25 %	25 %	50 %	108793739
37	NC_008118	ACCA	2	8	11467	11474	50 %	0 %	0 %	50 %	108793739
38	NC_008118	AACT	2	8	11762	11769	50 %	25 %	0 %	25 %	108793739
39	NC_008118	TGAA	2	8	11939	11946	50 %	25 %	25 %	0 %	108793740
40	NC_008118	TTCG	2	8	12478	12485	0 %	50 %	25 %	25 %	108793740
41	NC_008118	AGAT	2	8	12506	12513	50 %	25 %	25 %	0 %	108793740
42	NC_008118	GCGT	2	8	12620	12627	0 %	25 %	50 %	25 %	108793741
43	NC_008118	AGTC	2	8	13663	13670	25 %	25 %	25 %	25 %	108793742
44	NC_008118	GTTA	2	8	13718	13725	25 %	50 %	25 %	0 %	108793743
45	NC_008118	GTTG	2	8	14421	14428	0 %	50 %	50 %	0 %	108793743
46	NC_008118	TGCC	2	8	14867	14874	0 %	25 %	25 %	50 %	108793743
47	NC_008118	GCCG	2	8	15309	15316	0 %	0 %	50 %	50 %	108793743
48	NC_008118	CTTC	2	8	15338	15345	0 %	50 %	0 %	50 %	108793743
49	NC_008118	AGCC	2	8	16779	16786	25 %	0 %	25 %	50 %	108793743
50	NC_008118	CGAA	2	8	16847	16854	50 %	0 %	25 %	25 %	108793743
51	NC_008118	AAGC	2	8	16880	16887	50 %	0 %	25 %	25 %	108793743
52	NC_008118	CGCA	2	8	17025	17032	25 %	0 %	25 %	50 %	108793743
53	NC_008118	CAAG	2	8	17555	17562	50 %	0 %	25 %	25 %	108793743
54	NC_008118	CGCC	2	8	17608	17615	0 %	0 %	25 %	75 %	108793743
55	NC_008118	CATC	2	8	17729	17736	25 %	25 %	0 %	50 %	108793743
56	NC_008118	CCCG	2	8	18226	18233	0 %	0 %	25 %	75 %	108793743
57	NC_008118	GCGA	2	8	18463	18470	25 %	0 %	50 %	25 %	108793744
58	NC_008118	CGCA	2	8	18496	18503	25 %	0 %	25 %	50 %	108793744
59	NC_008118	CAGT	2	8	18740	18747	25 %	25 %	25 %	25 %	108793745
60	NC_008118	CAGT	2	8	19219	19226	25 %	25 %	25 %	25 %	108793746
61	NC_008118	TCAA	2	8	19895	19902	50 %	25 %	0 %	25 %	108793747
62	NC_008118	AACC	2	8	19948	19955	50 %	0 %	0 %	50 %	108793747
63	NC_008118	TGGC	2	8	20148	20155	0 %	25 %	50 %	25 %	108793747
64	NC_008118	GATA	2	8	20388	20395	50 %	25 %	25 %	0 %	108793748
65	NC_008118	CAGA	2	8	21268	21275	50 %	0 %	25 %	25 %	108793750
66	NC_008118	TGAA	2	8	22791	22798	50 %	25 %	25 %	0 %	108793828
67	NC_008118	ACGG	2	8	22856	22863	25 %	0 %	50 %	25 %	108793828
68	NC_008118	AAGC	2	8	22910	22917	50 %	0 %	25 %	25 %	108793828
69	NC_008118	GCTC	2	8	22938	22945	0 %	25 %	25 %	50 %	108793828
70	NC_008118	TTAC	2	8	23101	23108	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008118	GCAG	2	8	23300	23307	25 %	0 %	50 %	25 %	108793753
72	NC_008118	TGCT	2	8	23312	23319	0 %	50 %	25 %	25 %	108793753
73	NC_008118	CGAT	2	8	23917	23924	25 %	25 %	25 %	25 %	108793753
74	NC_008118	GGCT	2	8	24254	24261	0 %	25 %	50 %	25 %	108793754
75	NC_008118	GAAG	2	8	24374	24381	50 %	0 %	50 %	0 %	108793754
76	NC_008118	CATC	2	8	24878	24885	25 %	25 %	0 %	50 %	108793755
77	NC_008118	TAAG	2	8	25025	25032	50 %	25 %	25 %	0 %	108793756
78	NC_008118	GTCA	2	8	25219	25226	25 %	25 %	25 %	25 %	108793756
79	NC_008118	CCAT	2	8	25290	25297	25 %	25 %	0 %	50 %	108793756
80	NC_008118	GATG	2	8	26155	26162	25 %	25 %	50 %	0 %	108793756
81	NC_008118	ATGA	2	8	26266	26273	50 %	25 %	25 %	0 %	108793756
82	NC_008118	CGCC	2	8	26411	26418	0 %	0 %	25 %	75 %	108793756
83	NC_008118	TAGG	2	8	26539	26546	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008118	ACTT	2	8	26548	26555	25 %	50 %	0 %	25 %	108793757
85	NC_008118	GTGC	2	8	26868	26875	0 %	25 %	50 %	25 %	108793757
86	NC_008118	CCGA	2	8	28155	28162	25 %	0 %	25 %	50 %	108793758
87	NC_008118	CGCA	2	8	28224	28231	25 %	0 %	25 %	50 %	108793758
88	NC_008118	TTTG	2	8	28895	28902	0 %	75 %	25 %	0 %	108793759
89	NC_008118	ACTC	2	8	29219	29226	25 %	25 %	0 %	50 %	108793760
90	NC_008118	CGGA	2	8	29328	29335	25 %	0 %	50 %	25 %	108793760
91	NC_008118	TGTC	2	8	29807	29814	0 %	50 %	25 %	25 %	108793760
92	NC_008118	GCGG	2	8	30186	30193	0 %	0 %	75 %	25 %	108793762
93	NC_008118	CAGC	2	8	30709	30716	25 %	0 %	25 %	50 %	108793763
94	NC_008118	GCAA	2	8	30792	30799	50 %	0 %	25 %	25 %	108793763
95	NC_008118	CCAG	2	8	31170	31177	25 %	0 %	25 %	50 %	108793763
96	NC_008118	CTCG	2	8	31545	31552	0 %	25 %	25 %	50 %	108793764
97	NC_008118	TACT	3	12	32079	32090	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008118	AATC	2	8	32607	32614	50 %	25 %	0 %	25 %	108793765
99	NC_008118	AATA	2	8	33572	33579	75 %	25 %	0 %	0 %	108793765
100	NC_008118	CATC	2	8	34222	34229	25 %	25 %	0 %	50 %	108793767
101	NC_008118	ATTT	2	8	35111	35118	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008118	ATAA	3	12	35264	35275	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008118	AGCA	2	8	35558	35565	50 %	0 %	25 %	25 %	108793769
104	NC_008118	CCAA	2	8	35821	35828	50 %	0 %	0 %	50 %	108793769
105	NC_008118	AATC	2	8	35831	35838	50 %	25 %	0 %	25 %	108793769
106	NC_008118	TAAT	2	8	35961	35968	50 %	50 %	0 %	0 %	108793769
107	NC_008118	AAAG	2	8	36883	36890	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008118	GCCA	2	8	36920	36927	25 %	0 %	25 %	50 %	108793770
109	NC_008118	GGTG	2	8	37532	37539	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008118	TTAC	2	8	38083	38090	25 %	50 %	0 %	25 %	108793772
111	NC_008118	ACCT	2	8	38729	38736	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008118	TTGC	2	8	38873	38880	0 %	50 %	25 %	25 %	108793773
113	NC_008118	CTTC	2	8	38932	38939	0 %	50 %	0 %	50 %	108793773
114	NC_008118	CACG	2	8	39008	39015	25 %	0 %	25 %	50 %	108793773
115	NC_008118	ATCA	2	8	39467	39474	50 %	25 %	0 %	25 %	108793827
116	NC_008118	GCGT	2	8	39689	39696	0 %	25 %	50 %	25 %	108793827
117	NC_008118	TGCG	2	8	40053	40060	0 %	25 %	50 %	25 %	108793827
118	NC_008118	CGAG	2	8	41046	41053	25 %	0 %	50 %	25 %	108793774
119	NC_008118	AGCG	2	8	41221	41228	25 %	0 %	50 %	25 %	108793774
120	NC_008118	GCCA	2	8	41265	41272	25 %	0 %	25 %	50 %	108793774
121	NC_008118	TGCG	2	8	41411	41418	0 %	25 %	50 %	25 %	108793774
122	NC_008118	AGCC	2	8	42606	42613	25 %	0 %	25 %	50 %	108793775
123	NC_008118	TAAG	2	8	43416	43423	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008118	CCTG	2	8	43846	43853	0 %	25 %	25 %	50 %	108793776
125	NC_008118	GAAA	2	8	44314	44321	75 %	0 %	25 %	0 %	108793776
126	NC_008118	CAAG	2	8	44716	44723	50 %	0 %	25 %	25 %	108793776
127	NC_008118	TCGT	2	8	44959	44966	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008118	TGTT	2	8	45659	45666	0 %	75 %	25 %	0 %	108793777
129	NC_008118	GCGT	2	8	45723	45730	0 %	25 %	50 %	25 %	108793777
130	NC_008118	GTTT	2	8	46138	46145	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008118	ACCA	2	8	46363	46370	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008118	AATG	2	8	47687	47694	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008118	TGAA	2	8	47952	47959	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008118	TGGT	2	8	48107	48114	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008118	CAAC	2	8	48332	48339	50 %	0 %	0 %	50 %	108793829
136	NC_008118	TTAT	2	8	49183	49190	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008118	CTGG	2	8	49762	49769	0 %	25 %	50 %	25 %	108793782
138	NC_008118	TCAT	2	8	49988	49995	25 %	50 %	0 %	25 %	108793782
139	NC_008118	CCCA	2	8	50458	50465	25 %	0 %	0 %	75 %	108793783
140	NC_008118	TACC	2	8	50486	50493	25 %	25 %	0 %	50 %	108793783
141	NC_008118	TTAC	2	8	50975	50982	25 %	50 %	0 %	25 %	108793783
142	NC_008118	TGAG	2	8	50999	51006	25 %	25 %	50 %	0 %	108793831
143	NC_008118	AGTA	2	8	51215	51222	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.