MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia cenocepacia AU 1054 chromosome 1

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008060	TCGGCC	2	12	27799	27810	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008060	GGCGTT	2	12	106583	106594	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008060	CGGCCC	2	12	120793	120804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_008060	GCAGGA	2	12	145969	145980	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008060	TGCCGA	2	12	158166	158177	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008060	CATCGA	2	12	158311	158322	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008060	CCGTCG	2	12	183344	183355	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008060	CGGCGA	2	12	208484	208495	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008060	GATTCG	2	12	209211	209222	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008060	GCCGGG	2	12	209280	209291	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008060	GCCGGC	2	12	268913	268924	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008060	GTAAAA	2	12	275318	275329	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008060	CAACGC	12	72	374343	374414	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008060	AAATCG	2	12	380184	380195	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008060	CGCGTG	2	12	406853	406864	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008060	TGCAAT	2	12	511684	511695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008060	TCCCCG	2	12	538438	538449	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_008060	AAAAAG	2	12	564625	564636	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008060	GCGTTG	3	18	565784	565801	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008060	GCCGTG	2	12	576280	576291	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008060	CGGATG	2	12	584877	584888	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008060	GGCGCG	2	12	637618	637629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008060	GCTGCG	2	12	653592	653603	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008060	CTGCGG	2	12	653626	653637	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008060	ACGTTG	2	12	654813	654824	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008060	CGCTGC	2	12	655468	655479	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008060	CACCGT	2	12	655481	655492	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008060	ACCGGC	2	12	666599	666610	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008060	TTGCGC	2	12	680708	680719	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008060	TTTTGT	2	12	690983	690994	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008060	GCCGCA	2	12	706960	706971	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008060	GAAGCG	2	12	711988	711999	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008060	CGGGCG	2	12	729193	729204	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008060	GAACGC	2	12	731400	731411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008060	AACGTG	2	12	739846	739857	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008060	GGTTTG	2	12	749195	749206	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008060	CAAAAC	2	12	751447	751458	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008060	CGGGCA	2	12	764189	764200	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008060	CGGAAA	2	12	779036	779047	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008060	CGCCTC	2	12	779431	779442	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_008060	GCCGGG	2	12	833817	833828	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008060	TGGCAA	2	12	906192	906203	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008060	GAGAAG	2	12	1065321	1065332	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008060	CCGCGC	2	12	1104933	1104944	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_008060	CGAAGC	2	12	1117028	1117039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008060	CGCCAG	2	12	1117953	1117964	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008060	ACGTAT	2	12	1134982	1134993	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008060	ATCTGA	2	12	1159147	1159158	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008060	ATGCGC	2	12	1191199	1191210	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008060	CACCGG	2	12	1253714	1253725	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008060	ACGCGT	2	12	1254407	1254418	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008060	GGGGGT	2	12	1284873	1284884	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008060	GACGGC	2	12	1305765	1305776	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008060	CGGGCG	2	12	1317601	1317612	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008060	TCGCGC	2	12	1327696	1327707	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008060	AACAGG	2	12	1338240	1338251	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008060	CATCGT	2	12	1347751	1347762	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008060	TAGCGA	2	12	1352765	1352776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008060	ATACGA	2	12	1378042	1378053	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008060	GCCGCG	2	12	1412357	1412368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008060	ATCGGT	2	12	1437203	1437214	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008060	GCATCG	2	12	1438324	1438335	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008060	GACGGT	2	12	1442402	1442413	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008060	GAACCG	4	24	1488551	1488574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008060	CGCGCC	2	12	1544402	1544413	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008060	GCGCGT	2	12	1544578	1544589	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008060	CGACCG	2	12	1544747	1544758	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008060	TTCGAT	2	12	1620947	1620958	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008060	GCGCCG	2	12	1663927	1663938	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008060	CGCGGG	2	12	1726029	1726040	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008060	CCCGCG	2	12	1729943	1729954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_008060	ATCGGA	2	12	1821350	1821361	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008060	TGGGGA	2	12	1917488	1917499	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008060	GCTCGC	2	12	1927414	1927425	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008060	GCGAGC	2	12	1951653	1951664	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008060	CTCGAT	2	12	1958483	1958494	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008060	GCGCTC	2	12	1985757	1985768	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008060	GCCCGC	2	12	2043909	2043920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_008060	GGAGAT	2	12	2064060	2064071	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008060	CCGCGG	2	12	2087572	2087583	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008060	CTTTTT	2	12	2116447	2116458	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008060	CAAAAA	2	12	2134815	2134826	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008060	GCGCGA	2	12	2174438	2174449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008060	GCCGAA	2	12	2174496	2174507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008060	GCGCGA	2	12	2174660	2174671	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008060	GCCCGC	2	12	2216348	2216359	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_008060	CGACAA	2	12	2245515	2245526	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008060	AAATAC	2	12	2263523	2263534	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008060	TTCGAA	2	12	2281354	2281365	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008060	CCGGAA	2	12	2295239	2295250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008060	AGCGCC	2	12	2307063	2307074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008060	CGTGCG	2	12	2326230	2326241	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008060	GGTCGG	2	12	2384301	2384312	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008060	CGGCGC	2	12	2384440	2384451	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008060	TTTTTC	2	12	2416351	2416362	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008060	CCGCAC	2	12	2416998	2417009	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008060	AAATCG	2	12	2426390	2426401	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008060	ATCGCG	2	12	2442245	2442256	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008060	TGTCGA	2	12	2455049	2455060	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008060	CGGCGC	2	12	2459051	2459062	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008060	GTTGCC	2	12	2485552	2485563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008060	ACGTCA	2	12	2501114	2501125	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008060	CGCCGG	2	12	2503152	2503163	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008060	GCCGGA	2	12	2571496	2571507	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008060	CTGAAA	2	12	2576015	2576026	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008060	GCCGAC	2	12	2582006	2582017	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008060	GCAGAA	2	12	2632591	2632602	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008060	TGTCGG	2	12	2654321	2654332	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008060	CCTCGT	2	12	2678656	2678667	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008060	CGGCGC	2	12	2684036	2684047	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008060	CCGGGC	2	12	2692749	2692760	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008060	CGGACA	2	12	2703379	2703390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008060	GCGTGC	2	12	2703506	2703517	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008060	TTTTCG	2	12	2707053	2707064	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008060	CGGCCG	2	12	2720716	2720727	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008060	GGTGGG	2	12	2796823	2796834	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008060	ACGGTG	2	12	2811448	2811459	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008060	CCTGGC	2	12	2828171	2828182	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008060	TTTTTG	2	12	2863355	2863366	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008060	CCTTTT	2	12	2921078	2921089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008060	GCAACC	2	12	2923951	2923962	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008060	CGGACG	2	12	2980352	2980363	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008060	GCACGC	2	12	3058752	3058763	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008060	GCCCGC	2	12	3066992	3067003	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008060	CTGCCT	2	12	3077821	3077832	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008060	GCCGGC	2	12	3080153	3080164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_008060	CTGCCG	2	12	3103458	3103469	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008060	GCAAAA	2	12	3145020	3145031	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_008060	CGCAGT	2	12	3160162	3160173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008060	TGGTGA	2	12	3164291	3164302	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008060	GGGCTT	3	18	3203190	3203207	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_008060	CGGCCC	2	12	3204603	3204614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_008060	GCCGGC	2	12	3219252	3219263	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008060	TGCGTA	2	12	3231248	3231259	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_008060	CTGCCG	2	12	3286020	3286031	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008060	AAAACG	2	12	3291504	3291515	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_008060	GGAAAG	2	12	3292746	3292757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008060	ACGGCG	2	12	3292880	3292891	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.