MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingopyxis alaskensis RB2256 chromosome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008048	CCCGGC	2	12	6230	6241	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008048	CTGTCC	2	12	36015	36026	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008048	CACGGC	3	18	97192	97209	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008048	GGTGTT	2	12	104755	104766	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008048	CCTGAT	2	12	147203	147214	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008048	AAGCGG	2	12	163714	163725	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008048	GGGGTC	2	12	178384	178395	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008048	CGTATA	2	12	184977	184988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008048	GCGCCA	2	12	185161	185172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008048	AGGGGG	2	12	218850	218861	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008048	ATCGGG	2	12	247588	247599	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008048	GTCGCC	2	12	265882	265893	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008048	GGAGGG	2	12	268633	268644	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008048	GCATCG	2	12	282890	282901	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008048	GCCCCT	2	12	373645	373656	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_008048	CCGCTG	2	12	381649	381660	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008048	GATGAC	2	12	382788	382799	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008048	CTTGGC	2	12	427235	427246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008048	CCGATG	2	12	456891	456902	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008048	GAACGC	2	12	482148	482159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008048	GATCGT	2	12	549645	549656	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008048	GCGGTT	2	12	558676	558687	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008048	AGGGGG	2	12	577643	577654	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008048	ACGTAA	2	12	594119	594130	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008048	GGGAGA	2	12	659092	659103	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008048	CAGACC	2	12	686529	686540	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008048	TCGACC	2	12	823670	823681	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008048	CTCGCC	2	12	824624	824635	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_008048	GGAAAA	2	12	832645	832656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008048	TGCCCT	2	12	850524	850535	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008048	GCCCGC	2	12	938549	938560	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_008048	AGCGCG	2	12	952349	952360	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008048	CGCGAG	2	12	968233	968244	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008048	GGGAGA	2	12	1002481	1002492	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008048	TATCAT	2	12	1002985	1002996	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008048	TAACGA	2	12	1018066	1018077	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008048	TTGCGC	2	12	1020293	1020304	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008048	CGCCCG	2	12	1024263	1024274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008048	CCCTTC	2	12	1061897	1061908	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_008048	CCCGTT	2	12	1073093	1073104	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008048	TCTCCC	2	12	1095133	1095144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_008048	AGGAAA	2	12	1141578	1141589	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008048	CTTCAT	2	12	1261466	1261477	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008048	GCCCCC	2	12	1322339	1322350	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
45	NC_008048	CCGCGC	2	12	1373215	1373226	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_008048	TTCCGC	2	12	1406103	1406114	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008048	TGCCGG	2	12	1417534	1417545	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008048	AGCCAA	2	12	1477613	1477624	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008048	GGGGGA	2	12	1530644	1530655	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008048	AAAGAT	2	12	1540176	1540187	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008048	GTAAAG	2	12	1551417	1551428	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008048	GAATAT	2	12	1564657	1564668	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008048	CCCCCA	2	12	1572219	1572230	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
54	NC_008048	ACGGGA	2	12	1623453	1623464	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008048	AGGGCA	2	12	1623664	1623675	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008048	TTCGGC	2	12	1625535	1625546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008048	CGAACG	2	12	1686853	1686864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008048	CCCTCC	2	12	1721724	1721735	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
59	NC_008048	CGTAAA	2	12	1724690	1724701	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008048	CGACCG	2	12	1757402	1757413	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008048	TCAACG	2	12	1798702	1798713	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008048	CGACCG	2	12	1861171	1861182	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008048	GAAGGC	2	12	1870498	1870509	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008048	CTCGTC	2	12	1883966	1883977	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008048	GTCAGC	2	12	1884075	1884086	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008048	GCGCTC	2	12	1887810	1887821	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008048	CGGCAC	2	12	1887969	1887980	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008048	CGGCAG	2	12	1888194	1888205	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008048	TTGGGG	2	12	1919730	1919741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008048	ATCGCG	2	12	1935435	1935446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008048	TCGCGG	2	12	2016930	2016941	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008048	GAAGCC	2	12	2093592	2093603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008048	CCGCGC	2	12	2100797	2100808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_008048	GGCACC	2	12	2106044	2106055	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008048	CAAAGC	2	12	2106092	2106103	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008048	GAAAGG	2	12	2108977	2108988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008048	ACGGGC	2	12	2148539	2148550	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008048	CTCTAC	2	12	2149942	2149953	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008048	TGACGG	2	12	2150328	2150339	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008048	CATCGG	2	12	2151821	2151832	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008048	TCAGGG	2	12	2177092	2177103	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008048	GTCCGG	2	12	2180654	2180665	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008048	CAATGT	2	12	2186032	2186043	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008048	CCACCC	2	12	2202686	2202697	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
85	NC_008048	CCCTTC	2	12	2251060	2251071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_008048	CCGCCT	2	12	2314738	2314749	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_008048	GCGATC	2	12	2344512	2344523	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008048	TGAACA	2	12	2361236	2361247	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008048	ACCCGC	2	12	2422415	2422426	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_008048	AAAGGG	2	12	2514301	2514312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008048	CGTCAT	2	12	2514386	2514397	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008048	GGTTTT	2	12	2535509	2535520	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008048	CCGGAC	2	12	2594799	2594810	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008048	CGGCAA	2	12	2604614	2604625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008048	GCGACG	2	12	2626327	2626338	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008048	AGCCGC	2	12	2674470	2674481	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008048	TGTGCA	2	12	2685519	2685530	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008048	AAAGGA	2	12	2730984	2730995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008048	GCCAAC	2	12	2762345	2762356	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008048	CGCACG	2	12	2768839	2768850	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008048	GCCGGA	2	12	2769523	2769534	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008048	GGGCTG	2	12	2836056	2836067	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008048	CGAAGC	2	12	2851101	2851112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_008048	CCCTTC	2	12	2884940	2884951	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_008048	GACCCT	2	12	2901153	2901164	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_008048	CACCGC	2	12	2983061	2983072	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_008048	CGAAGG	2	12	3045959	3045970	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008048	CCCGTC	2	12	3085159	3085170	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_008048	CCCCCA	2	12	3230730	3230741	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
110	NC_008048	GAGAGG	2	12	3293227	3293238	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008048	TTACGT	2	12	3308300	3308311	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.