MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 chromosome

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008044	TGGCAA	2	12	69808	69819	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008044	CCGGTG	2	12	87275	87286	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008044	CAAAAA	2	12	133240	133251	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008044	TGCGTT	2	12	136782	136793	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008044	CCGCGC	2	12	142733	142744	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008044	AGCCGA	2	12	148504	148515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008044	TGCGCG	2	12	206612	206623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008044	CCGCCC	2	12	218223	218234	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
9	NC_008044	CAGGCG	2	12	225085	225096	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008044	CGAGAG	2	12	264384	264395	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008044	GCGTTT	2	12	273019	273030	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008044	GTGGCG	2	12	314047	314058	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008044	CGAAAC	2	12	318935	318946	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008044	GAAATC	2	12	337512	337523	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008044	GCGCCT	2	12	372686	372697	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008044	CGGGGG	2	12	396902	396913	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008044	GCATCG	2	12	465213	465224	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008044	ACATGC	2	12	486680	486691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008044	ATACCT	2	12	572949	572960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008044	GGCGCA	2	12	586066	586077	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008044	GGCAGG	2	12	592475	592486	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008044	CTGCAT	2	12	643510	643521	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008044	GCTTGA	2	12	645471	645482	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008044	CGGGGG	2	12	649253	649264	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008044	CCAGGC	2	12	719450	719461	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008044	TATTTT	2	12	723584	723595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008044	GGGGGC	2	12	745691	745702	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008044	TTGCGC	2	12	778991	779002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008044	TTTGCC	2	12	831903	831914	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008044	CGGGGC	2	12	934125	934136	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008044	ACGGGG	2	12	936678	936689	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008044	GACCTC	2	12	947971	947982	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008044	CTGACG	2	12	1041339	1041350	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008044	GAAGGG	2	12	1067596	1067607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008044	TTTGGC	2	12	1103501	1103512	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008044	CGGGAC	2	12	1103879	1103890	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008044	GCACCA	2	12	1122116	1122127	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008044	GGCCCG	2	12	1125817	1125828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008044	AGTCTC	2	12	1155128	1155139	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008044	CCTTGG	2	12	1165471	1165482	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008044	TTGACT	2	12	1290806	1290817	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008044	TTGCGC	2	12	1298924	1298935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008044	GAATTT	2	12	1302581	1302592	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008044	GGGCGA	2	12	1313540	1313551	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008044	GCGAGC	2	12	1382915	1382926	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008044	TTGCGT	2	12	1416348	1416359	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008044	CGGCAA	2	12	1508151	1508162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008044	CCGGGT	2	12	1560190	1560201	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008044	GCGCAG	2	12	1609496	1609507	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008044	TGTCCT	2	12	1615754	1615765	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008044	ACCCGC	2	12	1654496	1654507	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_008044	GACCTT	2	12	1683209	1683220	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008044	AAAACG	2	12	1788117	1788128	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008044	CTTGAC	2	12	1818932	1818943	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008044	GCTGCA	2	12	1943476	1943487	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008044	TCGCTC	2	12	1944936	1944947	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008044	GCCTGC	2	12	1953761	1953772	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008044	CCGCGA	2	12	1954248	1954259	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008044	AAGGCG	2	12	1974255	1974266	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008044	TGTTAT	2	12	1985507	1985518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008044	CGACCG	2	12	2016567	2016578	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008044	GCAAGA	2	12	2037543	2037554	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008044	CCACCG	2	12	2053733	2053744	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008044	ACGCCC	2	12	2055046	2055057	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_008044	CGACGC	2	12	2058201	2058212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008044	TCCCCC	2	12	2063539	2063550	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
67	NC_008044	ACAGTT	6	36	2094540	2094575	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008044	GACCCA	2	12	2098775	2098786	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008044	TCGAAA	2	12	2139520	2139531	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008044	TCGAAA	2	12	2139786	2139797	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008044	TCGAAA	2	12	2140039	2140050	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008044	CTTCGG	2	12	2165503	2165514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008044	CCCGCA	2	12	2205014	2205025	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_008044	TTGGAT	2	12	2212476	2212487	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008044	GACGCA	2	12	2268274	2268285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008044	ATCTGG	2	12	2328456	2328467	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008044	GGATTG	2	12	2414184	2414195	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008044	CGCCCC	2	12	2463726	2463737	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
79	NC_008044	GGTTCA	2	12	2481892	2481903	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008044	CGCAGT	2	12	2503371	2503382	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008044	CCTGCC	2	12	2564414	2564425	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008044	CTTTGT	2	12	2662373	2662384	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008044	AAACGC	2	12	2663444	2663455	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008044	TGCATG	2	12	2666361	2666372	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008044	TTCACA	2	12	2720231	2720242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008044	AACAGA	2	12	2801174	2801185	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008044	GCGGGT	2	12	2907152	2907163	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008044	ATCTTC	2	12	2942538	2942549	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008044	GCACAG	2	12	2948803	2948814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008044	ACAGCG	2	12	2972438	2972449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008044	GGTTCA	2	12	2982664	2982675	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008044	GACTGA	2	12	3164760	3164771	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008044	CTCAGG	2	12	3198985	3198996	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.