MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008043	CTTCGG	2	12	493	504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078010
2	NC_008043	GACCTT	2	12	1359	1370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078011
3	NC_008043	AATCGC	2	12	1971	1982	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078012
4	NC_008043	TCGGGA	2	12	2225	2236	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078012
5	NC_008043	CCGACG	2	12	2305	2316	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078012
6	NC_008043	GCCAAT	2	12	8328	8339	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078019
7	NC_008043	TCAACA	2	12	8527	8538	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	99078019
8	NC_008043	GGCGAC	2	12	9189	9200	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078019
9	NC_008043	CAACGA	2	12	9893	9904	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078019
10	NC_008043	ACCCTG	2	12	13045	13056	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078021
11	NC_008043	GCGCCA	2	12	20008	20019	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078028
12	NC_008043	CTTTGC	2	12	20206	20217	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	99078029
13	NC_008043	CCAGAT	2	12	20688	20699	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078029
14	NC_008043	TGAAAC	2	12	23837	23848	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078032
15	NC_008043	CGGCAG	2	12	26692	26703	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078036
16	NC_008043	AAACCC	2	12	29859	29870	50 %	0 %	0 %	50 %	99078039
17	NC_008043	GCTCTT	2	12	32484	32495	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	99078043
18	NC_008043	CATCGA	2	12	34248	34259	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078044
19	NC_008043	GCTGCG	2	12	37624	37635	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078045
20	NC_008043	GGCTTG	2	12	42462	42473	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078050
21	NC_008043	CAGCGC	2	12	45349	45360	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078054
22	NC_008043	CGCCAC	2	12	46538	46549	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99078055
23	NC_008043	CCACGC	2	12	46780	46791	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99078056
24	NC_008043	GACCTC	2	12	46968	46979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078056
25	NC_008043	CGGACC	2	12	56688	56699	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078066
26	NC_008043	GGATGT	2	12	57118	57129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	99078066
27	NC_008043	GGCGTT	2	12	63342	63353	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078072
28	NC_008043	ATACCG	2	12	64495	64506	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078073
29	NC_008043	TCGAGA	2	12	64648	64659	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078073
30	NC_008043	GCCGCT	2	12	64832	64843	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078073
31	NC_008043	GCGGTG	2	12	65613	65624	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	99078074
32	NC_008043	GCCTGC	2	12	67080	67091	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078075
33	NC_008043	TGCCCA	2	12	67665	67676	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078076
34	NC_008043	CGCAGG	2	12	71463	71474	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078079
35	NC_008043	ATCGCC	2	12	71945	71956	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078080
36	NC_008043	TGAGGC	2	12	75137	75148	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078083
37	NC_008043	AGATCC	2	12	80111	80122	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078087
38	NC_008043	TCTGCG	2	12	80180	80191	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078087
39	NC_008043	CTGATC	2	12	85060	85071	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078091
40	NC_008043	TCTCAT	2	12	85665	85676	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	99078092
41	NC_008043	CCGGTG	2	12	88295	88306	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078093
42	NC_008043	TGTCGA	2	12	90781	90792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078095
43	NC_008043	TTTCTT	2	12	96643	96654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	99078101
44	NC_008043	TGCGGT	2	12	110693	110704	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078112
45	NC_008043	GCATCG	2	12	114003	114014	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078114
46	NC_008043	GCCGCG	2	12	114096	114107	0 %	0 %	50 %	50 %	99078114
47	NC_008043	CAGCGT	2	12	114418	114429	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078114
48	NC_008043	CGCTGT	2	12	118238	118249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078117
49	NC_008043	CCCGGA	2	12	118555	118566	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078117
50	NC_008043	CGCCAG	2	12	119912	119923	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078119
51	NC_008043	ACCAGA	2	12	120516	120527	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078119
52	NC_008043	GCCCTC	2	12	123007	123018	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	99078121
53	NC_008043	GCGCAC	2	12	124040	124051	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078122
54	NC_008043	CCGCGC	2	12	126367	126378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078124
55	NC_008043	GCCAGC	2	12	126862	126873	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078124
56	NC_008043	CGCACC	2	12	127042	127053	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99078124
57	NC_008043	ACGCCG	2	12	127321	127332	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078124
58	NC_008043	CCTTGG	2	12	130427	130438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078127
59	NC_008043	CGATGG	2	12	134351	134362	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078131
60	NC_008043	GACGCT	2	12	136767	136778	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078133
61	NC_008043	GCCAAG	2	12	137324	137335	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078134
62	NC_008043	TGAACC	2	12	137436	137447	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078134
63	NC_008043	CTGACC	2	12	138046	138057	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078135
64	NC_008043	TGGCGC	2	12	142375	142386	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078139
65	NC_008043	CATCAG	2	12	143648	143659	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078140
66	NC_008043	TGGCCT	2	12	145475	145486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078143
67	NC_008043	TCTGGG	2	12	150924	150935	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078148
68	NC_008043	GCGGGC	2	12	151670	151681	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078149
69	NC_008043	CCCGCG	2	12	152537	152548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078150
70	NC_008043	CCTCGG	2	12	152812	152823	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078150
71	NC_008043	ATGCCC	2	12	152907	152918	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078150
72	NC_008043	CTGATC	2	12	157053	157064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078153
73	NC_008043	CATCAG	2	12	158562	158573	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078155
74	NC_008043	ACCAAG	2	12	162938	162949	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078157
75	NC_008043	CTCAGC	2	12	169271	169282	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078162
76	NC_008043	GATCGC	2	12	185408	185419	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078169
77	NC_008043	AGATCG	2	12	185910	185921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078170
78	NC_008043	GGCCTC	2	12	191729	191740	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078174
79	NC_008043	ATGATC	2	12	192616	192627	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	99078175
80	NC_008043	TGCGCA	2	12	193619	193630	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078176
81	NC_008043	TGCCTT	2	12	195429	195440	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	99078178
82	NC_008043	TGAAAC	2	12	197241	197252	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078179
83	NC_008043	GGTCAG	2	12	201545	201556	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078184
84	NC_008043	GATGCC	2	12	204445	204456	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078187
85	NC_008043	CCGCAG	2	12	207193	207204	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078189
86	NC_008043	GCAGTC	2	12	213821	213832	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078195
87	NC_008043	CTTTGC	2	12	217005	217016	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	99078198
88	NC_008043	TGCTGG	2	12	218443	218454	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078199
89	NC_008043	GATGCG	2	12	219582	219593	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078200
90	NC_008043	TCTGGC	2	12	226155	226166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078205
91	NC_008043	AAGGAC	2	12	228510	228521	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	99078208
92	NC_008043	CGGCAG	2	12	228828	228839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078208
93	NC_008043	GCACAC	2	12	229888	229899	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	99078208
94	NC_008043	TGCGCT	2	12	231806	231817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078209
95	NC_008043	GGCAAG	2	12	239407	239418	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	99078216
96	NC_008043	GCTATC	2	12	252428	252439	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078229
97	NC_008043	GCAAAG	2	12	253106	253117	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	99078230
98	NC_008043	AAATCA	2	12	255031	255042	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	99078231
99	NC_008043	CGATGT	2	12	259945	259956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078237
100	NC_008043	CCTTGC	2	12	262074	262085	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	99078239
101	NC_008043	TCTCGG	2	12	262125	262136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078239
102	NC_008043	CTGGCC	2	12	267929	267940	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078244
103	NC_008043	CTTTGG	2	12	273625	273636	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	99078249
104	NC_008043	CAAGAT	2	12	274722	274733	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078250
105	NC_008043	GCACGA	2	12	279798	279809	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078255
106	NC_008043	GATGGT	2	12	284425	284436	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	99078261
107	NC_008043	GCGGAT	2	12	285570	285581	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078262
108	NC_008043	GCTGGC	2	12	288505	288516	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078263
109	NC_008043	CGAGGC	2	12	288748	288759	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078263
110	NC_008043	GCGCCC	2	12	288857	288868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078263
111	NC_008043	GCTGGC	2	12	289231	289242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078263
112	NC_008043	CGAGGC	2	12	289474	289485	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078263
113	NC_008043	GCGCCC	2	12	289583	289594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078263
114	NC_008043	GCTGGC	2	12	289957	289968	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078263
115	NC_008043	CGAGGC	2	12	290200	290211	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078263
116	NC_008043	GCGCCC	2	12	290309	290320	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078263
117	NC_008043	CCGGCC	2	12	293093	293104	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99078265
118	NC_008043	CAAGAC	2	12	293212	293223	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078265
119	NC_008043	GTTGAG	2	12	297081	297092	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	99078270
120	NC_008043	GCGCTG	2	12	300517	300528	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078272
121	NC_008043	ATGGAC	2	12	303599	303610	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078274
122	NC_008043	ACCCTG	2	12	303905	303916	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078274
123	NC_008043	CGCTGC	2	12	310738	310749	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078279
124	NC_008043	TGCCGA	2	12	313308	313319	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078281
125	NC_008043	GCACCA	2	12	315717	315728	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	99078283
126	NC_008043	GCCGTC	2	12	321690	321701	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078288
127	NC_008043	CTGCCG	3	18	324605	324622	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078291
128	NC_008043	TCACGA	2	12	325922	325933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078293
129	NC_008043	GGCAAA	2	12	328518	328529	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	99078295
130	NC_008043	GCAGAT	2	12	335065	335076	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078301
131	NC_008043	GCGATA	2	12	335408	335419	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078301
132	NC_008043	TCCTCG	2	12	341292	341303	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	99078307
133	NC_008043	GGATCA	2	12	341908	341919	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078308
134	NC_008043	CTTCGG	2	12	343615	343626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078309
135	NC_008043	GCCAAA	2	12	346502	346513	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078312
136	NC_008043	AGCGCA	2	12	346664	346675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078312
137	NC_008043	GAGCCA	2	12	347297	347308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078312
138	NC_008043	GGCAGA	2	12	351028	351039	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	99078316
139	NC_008043	TGAACA	2	12	353132	353143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078318
140	NC_008043	CTTGGT	2	12	353229	353240	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	99078318
141	NC_008043	CGGGAT	2	12	353890	353901	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078318
142	NC_008043	GCTGTC	2	12	354841	354852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99078319
143	NC_008043	CCGGAT	2	12	357356	357367	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078322
144	NC_008043	CAGTGC	2	12	358726	358737	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078323
145	NC_008043	GATACC	2	12	359296	359307	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078323
146	NC_008043	GATGCT	2	12	359787	359798	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078324
147	NC_008043	CAGATG	2	12	360095	360106	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078324
148	NC_008043	TCGGGG	2	12	368999	369010	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	99078333
149	NC_008043	GGCTGA	2	12	370022	370033	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078334
150	NC_008043	TGCACC	2	12	377403	377414	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078342
151	NC_008043	CGAAGT	2	12	387370	387381	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078350
152	NC_008043	CACCGT	2	12	387493	387504	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078350
153	NC_008043	TGCCGC	2	12	387625	387636	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078350
154	NC_008043	CGGGGG	2	12	389119	389130	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	99078351
155	NC_008043	GATGGC	2	12	389734	389745	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078351
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159	NC_008043	ACCGCC	2	12	396577	396588	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99078357
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162	NC_008043	TCCTGA	2	12	399882	399893	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	99078359
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172	NC_008043	AAGCGC	2	12	429976	429987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078384
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185	NC_008043	GACCAT	2	12	460612	460623	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078411
186	NC_008043	GGCGCG	2	12	463010	463021	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	99078413
187	NC_008043	CATCGG	2	12	464198	464209	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078414
188	NC_008043	CGCCTT	2	12	467641	467652	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	99078417
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192	NC_008043	CAGCGT	2	12	478586	478597	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99078431
193	NC_008043	GAAGGG	2	12	479218	479229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	99078431
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202	NC_008043	GCCGGT	2	12	490673	490684	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078442
203	NC_008043	GGTGCG	2	12	491561	491572	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	99078443
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207	NC_008043	CAGGCG	2	12	501977	501988	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078453
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218	NC_008043	GCAGCG	2	12	529127	529138	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078470
219	NC_008043	GAGGCC	2	12	529394	529405	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078470
220	NC_008043	CGGGGT	2	12	530206	530217	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	99078470
221	NC_008043	GCCGAA	2	12	534443	534454	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99078472
222	NC_008043	GGCTCG	2	12	536134	536145	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078473
223	NC_008043	GGCCTC	2	12	536253	536264	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99078473
224	NC_008043	GCTGGC	2	12	538089	538100	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078475
225	NC_008043	GATCAA	2	12	539332	539343	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078477
226	NC_008043	CATGAA	2	12	540760	540771	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	99078480
227	NC_008043	CGGCCA	2	12	540909	540920	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99078480
228	NC_008043	TTGTCG	2	12	541436	541447	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	99078480
229	NC_008043	AGCCCC	2	12	542551	542562	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99078481
230	NC_008043	TGGCAT	2	12	544263	544274	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078485
231	NC_008043	CATCCG	2	12	550590	550601	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99078489
232	NC_008043	AGGAAA	2	12	556540	556551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	99078496
233	NC_008043	ATATGA	2	12	560827	560838	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	99078503
234	NC_008043	GACCAA	2	12	564921	564932	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99078506
235	NC_008043	GAAGTA	2	12	573342	573353	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	99078512
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239	NC_008043	GGTCAG	2	12	598223	598234	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99078526
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262	NC_008043	CATGGT	2	12	670950	670961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078587
263	NC_008043	GGCCGT	2	12	673990	674001	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99078589
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313	NC_008043	AGGATC	2	12	815149	815160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99078730
314	NC_008043	TCAGGT	2	12	815195	815206	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078731
315	NC_008043	TTTGGC	2	12	815662	815673	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	99078732
316	NC_008043	TTCATG	2	12	816584	816595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	99078732
317	NC_008043	GCGCAG	2	12	817581	817592	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99078733
318	NC_008043	GGATCT	3	18	821134	821151	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99078737
319	NC_008043	TTGGCG	2	12	821474	821485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	99078737

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.