MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008043	GACAG	2	10	14617	14626	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008043	CTTGC	2	10	28558	28567	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008043	GCATC	2	10	39567	39576	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_008043	GGCGC	2	10	39612	39621	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_008043	GCCCC	2	10	43295	43304	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_008043	CAAAG	2	10	52110	52119	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008043	ATCGC	2	10	54237	54246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_008043	TTTTC	2	10	56199	56208	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_008043	GGCGC	2	10	56210	56219	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_008043	GGCGC	2	10	56346	56355	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_008043	TCCCG	2	10	63790	63799	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_008043	GATGA	2	10	63853	63862	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008043	CCGCG	2	10	69400	69409	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_008043	CCCCG	2	10	69479	69488	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
15	NC_008043	GCGCA	2	10	75919	75928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_008043	TTTCT	2	10	81698	81707	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008043	GCAGC	2	10	91256	91265	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008043	CAAAG	2	10	101899	101908	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008043	TTTCC	2	10	123266	123275	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_008043	GGCGC	2	10	139039	139048	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008043	GAAAT	2	10	143761	143770	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008043	ACGCG	2	10	161184	161193	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008043	GGAAG	2	10	168109	168118	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008043	CACGT	2	10	172981	172990	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_008043	ATTTG	2	10	173056	173065	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008043	TGTTT	2	10	173146	173155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008043	GTTTT	2	10	173507	173516	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008043	GATCA	2	10	173547	173556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008043	GATGA	2	10	173916	173925	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008043	CAATT	2	10	174413	174422	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008043	TGATC	2	10	176378	176387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008043	GAAGA	2	10	176578	176587	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008043	ACTTG	2	10	176624	176633	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_008043	TGATG	2	10	177206	177215	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008043	CACGA	2	10	177731	177740	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008043	AATCC	2	10	178815	178824	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_008043	CGAAT	2	10	189613	189622	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_008043	CCTTG	2	10	227556	227565	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_008043	AGGCA	2	10	227644	227653	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_008043	CGGCC	2	10	234165	234174	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_008043	AAAGC	2	10	241638	241647	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008043	ATCAA	2	10	281177	281186	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_008043	CGTTG	2	10	283956	283965	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008043	AAACG	2	10	285892	285901	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008043	GGCAC	2	10	285926	285935	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008043	TCAGA	2	10	297310	297319	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_008043	ACACC	2	10	303078	303087	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_008043	GCTGG	2	10	320030	320039	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_008043	TCCCC	2	10	359327	359336	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
50	NC_008043	AGATG	2	10	403915	403924	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008043	CATGC	2	10	403960	403969	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008043	TCCGG	2	10	407436	407445	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008043	CGGCC	2	10	430340	430349	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_008043	TTGCT	2	10	431851	431860	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008043	ATGAA	2	10	433311	433320	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008043	ACGCA	2	10	433344	433353	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_008043	TGTCC	2	10	439399	439408	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008043	CTTGG	2	10	445401	445410	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008043	ATAAA	2	10	453464	453473	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008043	CACGC	2	10	468945	468954	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_008043	GCCCC	2	10	474857	474866	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
62	NC_008043	CGCGG	2	10	475007	475016	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
63	NC_008043	CGGAT	2	10	477067	477076	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008043	CGATC	2	10	477084	477093	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008043	ACCGC	2	10	481928	481937	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008043	ATGTT	2	10	494483	494492	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008043	GGGTG	2	10	505395	505404	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008043	GGATT	2	10	505913	505922	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008043	TCGTG	2	10	506997	507006	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008043	CAAGT	2	10	508103	508112	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008043	GATCA	2	10	508349	508358	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_008043	AATTG	2	10	510314	510323	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008043	CTCAT	2	10	510810	510819	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_008043	TGATC	2	10	511180	511189	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008043	AAAAC	2	10	511220	511229	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_008043	CAAAT	2	10	511671	511680	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008043	GCGCG	2	10	512339	512348	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_008043	TCCTT	2	10	549989	549998	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_008043	CTGCG	2	10	554938	554947	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_008043	ATAGC	2	10	556277	556286	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008043	TCGGA	2	10	565554	565563	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008043	GGTGA	2	10	566406	566415	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008043	CAGTC	2	10	568784	568793	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_008043	GAATG	2	10	569443	569452	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008043	GATCA	2	10	572120	572129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_008043	TCTGG	2	10	572139	572148	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_008043	GAATG	2	10	582148	582157	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008043	CTTTC	2	10	583406	583415	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008043	TACAC	2	10	586245	586254	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_008043	GTGTA	2	10	597391	597400	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008043	CAAAA	2	10	600866	600875	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008043	CCGGG	2	10	600884	600893	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
93	NC_008043	GGATT	2	10	622164	622173	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008043	TCGTG	2	10	623248	623257	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008043	CATCA	2	10	623773	623782	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_008043	CAAGT	2	10	624355	624364	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008043	GATCA	2	10	624601	624610	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008043	AATTG	2	10	626566	626575	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008043	CTCAT	2	10	627062	627071	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_008043	TGATC	2	10	627432	627441	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008043	AAAAC	2	10	627472	627481	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008043	CCTCG	2	10	627954	627963	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_008043	TTGCG	2	10	627974	627983	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_008043	TAATG	2	10	633942	633951	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008043	GTAAC	2	10	633995	634004	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008043	ACGTA	2	10	634049	634058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008043	CAAAT	2	10	635502	635511	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008043	AGAGG	2	10	652001	652010	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008043	TGAGG	2	10	660725	660734	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008043	GTTTT	2	10	699269	699278	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008043	CTTTA	2	10	699286	699295	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_008043	GTTCG	2	10	726369	726378	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_008043	AACGC	2	10	748799	748808	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_008043	GCCGC	2	10	777239	777248	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_008043	CGCGG	2	10	778749	778758	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_008043	TTCCT	2	10	780963	780972	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_008043	GAGCG	2	10	781052	781061	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008043	CCGGC	2	10	786213	786222	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_008043	CCGGA	2	10	786283	786292	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_008043	GAAGG	2	10	793420	793429	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008043	GAAGT	2	10	794876	794885	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008043	AGTTA	2	10	795969	795978	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.