MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 mega plasmid

Total Repeats: 246

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008043	TTGA	2	8	4448	4455	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008043	ACCC	2	8	12182	12189	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_008043	TCGT	2	8	12722	12729	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008043	CGCC	2	8	17506	17513	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
5	NC_008043	GGCT	2	8	19235	19242	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_008043	TTTG	2	8	19248	19255	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008043	TCCG	2	8	24955	24962	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008043	GCGG	2	8	26750	26757	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008043	AGCC	2	8	32407	32414	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008043	GCCC	2	8	33894	33901	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
11	NC_008043	CCCG	2	8	39556	39563	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
12	NC_008043	GACC	2	8	39673	39680	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008043	CCTG	2	8	41316	41323	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008043	AGTG	2	8	54514	54521	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008043	ATTC	2	8	57628	57635	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008043	AGAC	2	8	61456	61463	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008043	AAGA	2	8	62664	62671	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008043	ACGG	2	8	74372	74379	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008043	CGCC	2	8	75868	75875	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
20	NC_008043	GCGT	2	8	81621	81628	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008043	AGGC	2	8	81966	81973	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008043	CATT	2	8	91125	91132	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008043	CCAG	2	8	92965	92972	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008043	GCCA	2	8	94812	94819	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008043	TCTT	2	8	95099	95106	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008043	ACTG	2	8	97119	97126	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008043	AACT	2	8	97253	97260	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008043	TTTC	2	8	97365	97372	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008043	GCTG	2	8	97408	97415	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008043	CCCT	2	8	97583	97590	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_008043	TACC	2	8	97633	97640	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008043	AGCA	2	8	97721	97728	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008043	AGAA	2	8	97862	97869	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008043	GCAG	2	8	97898	97905	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008043	AGTG	2	8	99733	99740	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008043	CCAG	2	8	101474	101481	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008043	AAGA	2	8	108500	108507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008043	CGCC	2	8	108615	108622	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NC_008043	GCCC	2	8	108733	108740	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_008043	GATT	2	8	111870	111877	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008043	ACCC	2	8	139807	139814	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
42	NC_008043	CGAC	2	8	139907	139914	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008043	GCGG	2	8	150492	150499	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008043	GCGT	2	8	158377	158384	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008043	CCTC	2	8	160792	160799	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_008043	GCCC	2	8	160820	160827	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
47	NC_008043	GCCA	2	8	161067	161074	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008043	GAAA	2	8	161321	161328	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008043	GTTT	2	8	169191	169198	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008043	ATTC	2	8	170262	170269	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008043	TTCG	2	8	172820	172827	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008043	TGTC	2	8	172923	172930	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008043	ATTT	2	8	173171	173178	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008043	ATGT	2	8	173413	173420	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008043	CAGG	2	8	174091	174098	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008043	GCCC	2	8	174847	174854	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_008043	TCGC	2	8	176085	176092	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008043	CAGG	2	8	176651	176658	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008043	TGAC	2	8	177055	177062	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008043	CAGA	2	8	177149	177156	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008043	TTTG	2	8	177219	177226	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008043	CGTT	2	8	178717	178724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008043	CTGT	2	8	178888	178895	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008043	AAAC	2	8	179495	179502	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008043	ACAA	2	8	180517	180524	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008043	GGCC	2	8	180971	180978	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008043	CGCC	2	8	181050	181057	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
68	NC_008043	ACCG	2	8	186674	186681	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008043	AATT	2	8	186783	186790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008043	GGGA	2	8	189896	189903	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008043	GAGG	2	8	191210	191217	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008043	GTGA	2	8	198715	198722	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008043	GGAA	2	8	206647	206654	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008043	CAGC	2	8	212667	212674	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008043	GAGG	2	8	216449	216456	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008043	TCCG	2	8	216657	216664	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008043	CATG	2	8	216781	216788	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008043	CCGC	2	8	220338	220345	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
79	NC_008043	GATA	2	8	220361	220368	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008043	CACC	2	8	220399	220406	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
81	NC_008043	GCAC	2	8	220626	220633	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008043	TGGC	2	8	230607	230614	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008043	CCCG	2	8	242246	242253	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
84	NC_008043	TCAT	2	8	242897	242904	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008043	CTGG	2	8	249718	249725	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008043	ACTG	2	8	276407	276414	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008043	CGCA	2	8	277596	277603	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_008043	ACCT	2	8	280046	280053	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008043	CGCT	2	8	281193	281200	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008043	GATG	2	8	281233	281240	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008043	TCGC	2	8	283974	283981	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008043	GCCA	2	8	285075	285082	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008043	CTCG	2	8	286006	286013	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008043	ATCA	2	8	291969	291976	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008043	CGCC	2	8	293965	293972	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_008043	TCGC	2	8	301694	301701	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008043	GCGG	2	8	302229	302236	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008043	GATG	2	8	302303	302310	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008043	CGAC	2	8	302608	302615	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008043	ACCA	2	8	303132	303139	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008043	CTCC	2	8	304698	304705	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_008043	AAGG	2	8	309734	309741	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008043	GGGT	2	8	309941	309948	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008043	GCCG	2	8	315154	315161	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008043	TGAT	2	8	316640	316647	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008043	ACCC	2	8	319832	319839	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_008043	TTTG	2	8	336077	336084	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008043	TTGA	2	8	336224	336231	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008043	AGGC	2	8	344016	344023	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008043	AAAC	2	8	344043	344050	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008043	GGAA	2	8	354010	354017	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008043	ACAG	2	8	355126	355133	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008043	CGCC	2	8	361348	361355	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
114	NC_008043	TGCA	2	8	365072	365079	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008043	GCTG	2	8	367602	367609	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008043	CCGC	2	8	378193	378200	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
117	NC_008043	GCCT	2	8	388863	388870	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_008043	AATC	2	8	388932	388939	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008043	TTGA	2	8	396057	396064	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008043	GCCC	2	8	403738	403745	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
121	NC_008043	TGAG	2	8	418441	418448	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008043	ATCA	2	8	419897	419904	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008043	CTTG	2	8	423165	423172	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008043	GAAC	2	8	426786	426793	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008043	TTCC	2	8	430499	430506	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008043	CTCG	2	8	430763	430770	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_008043	CTTT	2	8	433527	433534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008043	TGTT	2	8	440934	440941	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008043	GTTA	2	8	445324	445331	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008043	TTCT	2	8	447993	448000	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008043	TGAA	2	8	450632	450639	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008043	ATTC	2	8	463395	463402	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_008043	AGAA	2	8	469625	469632	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008043	GATT	2	8	473415	473422	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008043	CGCA	2	8	473499	473506	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008043	TGCG	2	8	475077	475084	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_008043	TCGG	2	8	483145	483152	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008043	GTGA	2	8	483156	483163	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008043	CCGC	2	8	484963	484970	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
140	NC_008043	GTTG	2	8	498831	498838	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008043	CGTG	2	8	500908	500915	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
142	NC_008043	GGGC	2	8	500927	500934	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_008043	GGGC	2	8	501398	501405	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
144	NC_008043	GTTT	2	8	505237	505244	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008043	ACAG	2	8	505842	505849	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_008043	GAAC	2	8	506012	506019	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_008043	CGAG	2	8	506048	506055	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_008043	GTGA	2	8	506357	506364	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008043	CAAA	2	8	507510	507517	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_008043	GTCT	2	8	507579	507586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_008043	GTCA	2	8	507674	507681	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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186	NC_008043	TGCT	2	8	585742	585749	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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244	NC_008043	CCCG	2	8	808449	808456	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.