MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	CCAGCA	2	12	757	768	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	99077903
2	NC_008042	GACGGC	2	12	1278	1289	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	99077903
3	NC_008042	CCTGAC	2	12	1946	1957	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99077903
4	NC_008042	CCTGAC	2	12	3377	3388	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99077903
5	NC_008042	ACGGAT	2	12	4884	4895	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	99077903
6	NC_008042	GGATTG	2	12	6778	6789	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	99077904
7	NC_008042	TCGGCT	2	12	10398	10409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008042	TCGGCG	2	12	19248	19259	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99077910
9	NC_008042	CCATCA	2	12	29878	29889	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	99077916
10	NC_008042	CGCCTC	2	12	32127	32138	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	99077920
11	NC_008042	CGATGC	2	12	43242	43253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99077928
12	NC_008042	CGCCGA	2	12	43368	43379	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	99077928
13	NC_008042	CCGCTT	2	12	50172	50183	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	99077932
14	NC_008042	CGCTTG	2	12	53310	53321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99077935
15	NC_008042	TGGCGC	2	12	54313	54324	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99077936
16	NC_008042	CTTCCT	2	12	64555	64566	0 %	50 %	0 %	50 %	99077948
17	NC_008042	TCGGTC	2	12	69052	69063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	99077954
18	NC_008042	CGAAGA	2	12	69158	69169	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	99077954
19	NC_008042	AGGGTC	2	12	70192	70203	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	99077954
20	NC_008042	GCCAAT	2	12	71882	71893	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99077958
21	NC_008042	GCGTGC	2	12	72540	72551	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	99077959
22	NC_008042	CATCGC	2	12	73184	73195	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	99077961
23	NC_008042	CAGGAT	2	12	76461	76472	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008042	TCAACT	2	12	79131	79142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	99077967
25	NC_008042	AGCCAA	2	12	84247	84258	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	99077971
26	NC_008042	GTTGAT	2	12	86796	86807	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	99077973
27	NC_008042	AGCTGT	2	12	87879	87890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	99077973
28	NC_008042	GGTGAT	2	12	88671	88682	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	99077973
29	NC_008042	GGCGCC	2	12	88968	88979	0 %	0 %	50 %	50 %	99077973
30	NC_008042	TTGTGT	2	12	89506	89517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	99077974
31	NC_008042	CTTTGA	2	12	91971	91982	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	99077976
32	NC_008042	ACGCAT	2	12	99121	99132	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99077980
33	NC_008042	TGCTAT	2	12	100715	100726	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	99077981
34	NC_008042	ATGCCG	2	12	106671	106682	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	99077987
35	NC_008042	GCCAAG	2	12	108304	108315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99077989
36	NC_008042	GCGCCC	2	12	109931	109942	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	99077991
37	NC_008042	GACGCA	2	12	114344	114355	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	99077995
38	NC_008042	TCGCGC	2	12	115000	115011	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	99077995
39	NC_008042	CACCCG	2	12	116201	116212	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	99077997
40	NC_008042	ATCACG	2	12	122730	122741	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	99078001
41	NC_008042	ACAGGC	2	12	125189	125200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.