MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	ACGCC	2	10	1366	1375	20 %	0 %	20 %	60 %	99077903
2	NC_008042	AGGCG	2	10	3164	3173	20 %	0 %	60 %	20 %	99077903
3	NC_008042	CACGG	2	10	4223	4232	20 %	0 %	40 %	40 %	99077903
4	NC_008042	GATCG	2	10	4652	4661	20 %	20 %	40 %	20 %	99077903
5	NC_008042	CTGGT	2	10	6093	6102	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008042	GTGAG	2	10	7092	7101	20 %	20 %	60 %	0 %	99077904
7	NC_008042	TGTTT	2	10	8354	8363	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008042	GTTTT	2	10	8715	8724	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008042	GATCA	2	10	8755	8764	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008042	GATGA	2	10	9124	9133	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008042	CAATT	2	10	9621	9630	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008042	TGATC	2	10	11586	11595	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008042	GAAGA	2	10	11730	11739	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008042	ACTTG	2	10	11776	11785	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008042	CACGA	2	10	12882	12891	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_008042	AATCC	2	10	13966	13975	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_008042	CCGTT	2	10	14755	14764	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008042	TCGGC	2	10	15302	15311	0 %	20 %	40 %	40 %	99077907
19	NC_008042	GCATC	2	10	17068	17077	20 %	20 %	20 %	40 %	99077908
20	NC_008042	GGCAC	2	10	18241	18250	20 %	0 %	40 %	40 %	99077909
21	NC_008042	TGCGG	2	10	18745	18754	0 %	20 %	60 %	20 %	99077909
22	NC_008042	CAGCC	2	10	19144	19153	20 %	0 %	20 %	60 %	99077910
23	NC_008042	TGCTT	2	10	24664	24673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008042	GCTGA	2	10	26470	26479	20 %	20 %	40 %	20 %	99077914
25	NC_008042	GGCAG	2	10	27501	27510	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008042	TGGCG	2	10	29861	29870	0 %	20 %	60 %	20 %	99077916
27	NC_008042	CTTTT	2	10	30010	30019	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008042	ATCGT	2	10	32001	32010	20 %	40 %	20 %	20 %	99077920
29	NC_008042	CATTC	2	10	32690	32699	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_008042	GGGAC	2	10	32950	32959	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008042	GCTTC	2	10	39757	39766	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008042	CGGGG	2	10	39984	39993	0 %	0 %	80 %	20 %	99077926
33	NC_008042	GGCAA	2	10	41485	41494	40 %	0 %	40 %	20 %	99077928
34	NC_008042	GCGCC	2	10	42555	42564	0 %	0 %	40 %	60 %	99077928
35	NC_008042	GCGAA	2	10	45015	45024	40 %	0 %	40 %	20 %	99077929
36	NC_008042	CATCG	2	10	46189	46198	20 %	20 %	20 %	40 %	99077930
37	NC_008042	ACGAG	2	10	46661	46670	40 %	0 %	40 %	20 %	99077930
38	NC_008042	GTTTT	2	10	48952	48961	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008042	AAGCT	2	10	50245	50254	40 %	20 %	20 %	20 %	99077932
40	NC_008042	AGGCA	2	10	50282	50291	40 %	0 %	40 %	20 %	99077932
41	NC_008042	AAGCG	2	10	50636	50645	40 %	0 %	40 %	20 %	99077932
42	NC_008042	CGAAC	2	10	52411	52420	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_008042	CAGCG	2	10	53825	53834	20 %	0 %	40 %	40 %	99077935
44	NC_008042	CCGGC	2	10	58275	58284	0 %	0 %	40 %	60 %	99077941
45	NC_008042	GGCCA	2	10	59000	59009	20 %	0 %	40 %	40 %	99077942
46	NC_008042	CGATC	2	10	63309	63318	20 %	20 %	20 %	40 %	99077947
47	NC_008042	CGCGG	2	10	64070	64079	0 %	0 %	60 %	40 %	99077948
48	NC_008042	GCAGC	2	10	64297	64306	20 %	0 %	40 %	40 %	99077948
49	NC_008042	GATCG	2	10	64442	64451	20 %	20 %	40 %	20 %	99077948
50	NC_008042	CTTGC	2	10	64673	64682	0 %	40 %	20 %	40 %	99077948
51	NC_008042	AATTC	2	10	65424	65433	40 %	40 %	0 %	20 %	99077949
52	NC_008042	GCGCA	2	10	66027	66036	20 %	0 %	40 %	40 %	99077950
53	NC_008042	CGAGG	2	10	68119	68128	20 %	0 %	60 %	20 %	99077953
54	NC_008042	CAGGC	2	10	72392	72401	20 %	0 %	40 %	40 %	99077959
55	NC_008042	GGCAG	2	10	75731	75740	20 %	0 %	60 %	20 %	99077965
56	NC_008042	CTGCA	2	10	76593	76602	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_008042	CATGA	2	10	77446	77455	40 %	20 %	20 %	20 %	99077966
58	NC_008042	ATCCA	2	10	78666	78675	40 %	20 %	0 %	40 %	99077967
59	NC_008042	CAACA	2	10	80046	80055	60 %	0 %	0 %	40 %	99077968
60	NC_008042	ATCAT	2	10	81567	81576	40 %	40 %	0 %	20 %	99077969
61	NC_008042	CGCGC	2	10	83529	83538	0 %	0 %	40 %	60 %	99077970
62	NC_008042	GATCA	2	10	85196	85205	40 %	20 %	20 %	20 %	99077972
63	NC_008042	ACAGC	2	10	89672	89681	40 %	0 %	20 %	40 %	99077974
64	NC_008042	CAAGC	2	10	95754	95763	40 %	0 %	20 %	40 %	99077978
65	NC_008042	TTTGA	2	10	96010	96019	20 %	60 %	20 %	0 %	99077979
66	NC_008042	GAAAA	2	10	97577	97586	80 %	0 %	20 %	0 %	99077980
67	NC_008042	CCGCT	2	10	98908	98917	0 %	20 %	20 %	60 %	99077980
68	NC_008042	AACCA	2	10	99053	99062	60 %	0 %	0 %	40 %	99077980
69	NC_008042	CCGGC	2	10	100189	100198	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NC_008042	GATGA	2	10	107516	107525	40 %	20 %	40 %	0 %	99077988
71	NC_008042	CTGGC	2	10	108007	108016	0 %	20 %	40 %	40 %	99077989
72	NC_008042	TGCTC	2	10	109165	109174	0 %	40 %	20 %	40 %	99077990
73	NC_008042	CCGCC	2	10	111196	111205	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
74	NC_008042	CCAGC	2	10	113112	113121	20 %	0 %	20 %	60 %	99077994
75	NC_008042	GCCCC	2	10	114575	114584	0 %	0 %	20 %	80 %	99077995
76	NC_008042	GGGGC	2	10	115572	115581	0 %	0 %	80 %	20 %	99077996
77	NC_008042	TCGTC	2	10	115785	115794	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_008042	TGCCA	2	10	116857	116866	20 %	20 %	20 %	40 %	99077997
79	NC_008042	CCATC	2	10	117199	117208	20 %	20 %	0 %	60 %	99077998
80	NC_008042	AGCCA	2	10	118892	118901	40 %	0 %	20 %	40 %	99077999
81	NC_008042	CAAGA	2	10	119252	119261	60 %	0 %	20 %	20 %	99077999
82	NC_008042	ATGTC	2	10	120553	120562	20 %	40 %	20 %	20 %	99078000
83	NC_008042	CAGCG	2	10	120613	120622	20 %	0 %	40 %	40 %	99078000
84	NC_008042	GATAC	2	10	121230	121239	40 %	20 %	20 %	20 %	99078000
85	NC_008042	GCCGC	2	10	122819	122828	0 %	0 %	40 %	60 %	99078001
86	NC_008042	CAACC	2	10	124828	124837	40 %	0 %	0 %	60 %	99078003
87	NC_008042	TCAGC	2	10	125903	125912	20 %	20 %	20 %	40 %	99078004
88	NC_008042	CGGGT	2	10	126065	126074	0 %	20 %	60 %	20 %	99078004
89	NC_008042	GCACT	2	10	127897	127906	20 %	20 %	20 %	40 %	99078006
90	NC_008042	TTGGA	2	10	128131	128140	20 %	40 %	40 %	0 %	99078006
91	NC_008042	ATTGC	2	10	129994	130003	20 %	40 %	20 %	20 %	99078007
92	NC_008042	TGCCC	2	10	130497	130506	0 %	20 %	20 %	60 %	99078008

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.