MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 68

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	ACGCC	2	10	1366	1375	20 %	0 %	20 %	60 %	99077903
2	NC_008042	AGGCG	2	10	3164	3173	20 %	0 %	60 %	20 %	99077903
3	NC_008042	CACGG	2	10	4223	4232	20 %	0 %	40 %	40 %	99077903
4	NC_008042	GATCG	2	10	4652	4661	20 %	20 %	40 %	20 %	99077903
5	NC_008042	GTGAG	2	10	7092	7101	20 %	20 %	60 %	0 %	99077904
6	NC_008042	TCGGC	2	10	15302	15311	0 %	20 %	40 %	40 %	99077907
7	NC_008042	GCATC	2	10	17068	17077	20 %	20 %	20 %	40 %	99077908
8	NC_008042	GGCAC	2	10	18241	18250	20 %	0 %	40 %	40 %	99077909
9	NC_008042	TGCGG	2	10	18745	18754	0 %	20 %	60 %	20 %	99077909
10	NC_008042	CAGCC	2	10	19144	19153	20 %	0 %	20 %	60 %	99077910
11	NC_008042	GCTGA	2	10	26470	26479	20 %	20 %	40 %	20 %	99077914
12	NC_008042	TGGCG	2	10	29861	29870	0 %	20 %	60 %	20 %	99077916
13	NC_008042	ATCGT	2	10	32001	32010	20 %	40 %	20 %	20 %	99077920
14	NC_008042	CGGGG	2	10	39984	39993	0 %	0 %	80 %	20 %	99077926
15	NC_008042	GGCAA	2	10	41485	41494	40 %	0 %	40 %	20 %	99077928
16	NC_008042	GCGCC	2	10	42555	42564	0 %	0 %	40 %	60 %	99077928
17	NC_008042	GCGAA	2	10	45015	45024	40 %	0 %	40 %	20 %	99077929
18	NC_008042	CATCG	2	10	46189	46198	20 %	20 %	20 %	40 %	99077930
19	NC_008042	ACGAG	2	10	46661	46670	40 %	0 %	40 %	20 %	99077930
20	NC_008042	AAGCT	2	10	50245	50254	40 %	20 %	20 %	20 %	99077932
21	NC_008042	AGGCA	2	10	50282	50291	40 %	0 %	40 %	20 %	99077932
22	NC_008042	AAGCG	2	10	50636	50645	40 %	0 %	40 %	20 %	99077932
23	NC_008042	CAGCG	2	10	53825	53834	20 %	0 %	40 %	40 %	99077935
24	NC_008042	CCGGC	2	10	58275	58284	0 %	0 %	40 %	60 %	99077941
25	NC_008042	GGCCA	2	10	59000	59009	20 %	0 %	40 %	40 %	99077942
26	NC_008042	CGATC	2	10	63309	63318	20 %	20 %	20 %	40 %	99077947
27	NC_008042	CGCGG	2	10	64070	64079	0 %	0 %	60 %	40 %	99077948
28	NC_008042	GCAGC	2	10	64297	64306	20 %	0 %	40 %	40 %	99077948
29	NC_008042	GATCG	2	10	64442	64451	20 %	20 %	40 %	20 %	99077948
30	NC_008042	CTTGC	2	10	64673	64682	0 %	40 %	20 %	40 %	99077948
31	NC_008042	AATTC	2	10	65424	65433	40 %	40 %	0 %	20 %	99077949
32	NC_008042	GCGCA	2	10	66027	66036	20 %	0 %	40 %	40 %	99077950
33	NC_008042	CGAGG	2	10	68119	68128	20 %	0 %	60 %	20 %	99077953
34	NC_008042	CAGGC	2	10	72392	72401	20 %	0 %	40 %	40 %	99077959
35	NC_008042	GGCAG	2	10	75731	75740	20 %	0 %	60 %	20 %	99077965
36	NC_008042	CATGA	2	10	77446	77455	40 %	20 %	20 %	20 %	99077966
37	NC_008042	ATCCA	2	10	78666	78675	40 %	20 %	0 %	40 %	99077967
38	NC_008042	CAACA	2	10	80046	80055	60 %	0 %	0 %	40 %	99077968
39	NC_008042	ATCAT	2	10	81567	81576	40 %	40 %	0 %	20 %	99077969
40	NC_008042	CGCGC	2	10	83529	83538	0 %	0 %	40 %	60 %	99077970
41	NC_008042	GATCA	2	10	85196	85205	40 %	20 %	20 %	20 %	99077972
42	NC_008042	ACAGC	2	10	89672	89681	40 %	0 %	20 %	40 %	99077974
43	NC_008042	CAAGC	2	10	95754	95763	40 %	0 %	20 %	40 %	99077978
44	NC_008042	TTTGA	2	10	96010	96019	20 %	60 %	20 %	0 %	99077979
45	NC_008042	GAAAA	2	10	97577	97586	80 %	0 %	20 %	0 %	99077980
46	NC_008042	CCGCT	2	10	98908	98917	0 %	20 %	20 %	60 %	99077980
47	NC_008042	AACCA	2	10	99053	99062	60 %	0 %	0 %	40 %	99077980
48	NC_008042	GATGA	2	10	107516	107525	40 %	20 %	40 %	0 %	99077988
49	NC_008042	CTGGC	2	10	108007	108016	0 %	20 %	40 %	40 %	99077989
50	NC_008042	TGCTC	2	10	109165	109174	0 %	40 %	20 %	40 %	99077990
51	NC_008042	CCAGC	2	10	113112	113121	20 %	0 %	20 %	60 %	99077994
52	NC_008042	GCCCC	2	10	114575	114584	0 %	0 %	20 %	80 %	99077995
53	NC_008042	GGGGC	2	10	115572	115581	0 %	0 %	80 %	20 %	99077996
54	NC_008042	TGCCA	2	10	116857	116866	20 %	20 %	20 %	40 %	99077997
55	NC_008042	CCATC	2	10	117199	117208	20 %	20 %	0 %	60 %	99077998
56	NC_008042	AGCCA	2	10	118892	118901	40 %	0 %	20 %	40 %	99077999
57	NC_008042	CAAGA	2	10	119252	119261	60 %	0 %	20 %	20 %	99077999
58	NC_008042	ATGTC	2	10	120553	120562	20 %	40 %	20 %	20 %	99078000
59	NC_008042	CAGCG	2	10	120613	120622	20 %	0 %	40 %	40 %	99078000
60	NC_008042	GATAC	2	10	121230	121239	40 %	20 %	20 %	20 %	99078000
61	NC_008042	GCCGC	2	10	122819	122828	0 %	0 %	40 %	60 %	99078001
62	NC_008042	CAACC	2	10	124828	124837	40 %	0 %	0 %	60 %	99078003
63	NC_008042	TCAGC	2	10	125903	125912	20 %	20 %	20 %	40 %	99078004
64	NC_008042	CGGGT	2	10	126065	126074	0 %	20 %	60 %	20 %	99078004
65	NC_008042	GCACT	2	10	127897	127906	20 %	20 %	20 %	40 %	99078006
66	NC_008042	TTGGA	2	10	128131	128140	20 %	40 %	40 %	0 %	99078006
67	NC_008042	ATTGC	2	10	129994	130003	20 %	40 %	20 %	20 %	99078007
68	NC_008042	TGCCC	2	10	130497	130506	0 %	20 %	20 %	60 %	99078008

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.