MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	GACA	2	8	5492	5499	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008042	GCTG	2	8	5767	5774	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008042	ACCC	2	8	5796	5803	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
4	NC_008042	ATCG	2	8	5815	5822	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_008042	GGCA	2	8	5924	5931	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_008042	CAGA	2	8	6182	6189	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008042	GTTC	2	8	6195	6202	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_008042	CTTA	2	8	6210	6217	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008042	TTCC	2	8	6458	6465	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008042	ATTT	2	8	8379	8386	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008042	ATGT	2	8	8621	8628	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008042	CAGG	2	8	9299	9306	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_008042	GCCC	2	8	10055	10062	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_008042	TCGC	2	8	11293	11300	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008042	CAGG	2	8	11803	11810	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008042	TGAC	2	8	12207	12214	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008042	CAGA	2	8	12301	12308	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008042	TTTG	2	8	12371	12378	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008042	CGTT	2	8	13868	13875	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008042	CTGT	2	8	14039	14046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008042	ACCG	2	8	14836	14843	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_008042	TGCC	2	8	17172	17179	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008042	AAAT	2	8	17336	17343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008042	TCCT	2	8	17435	17442	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008042	CCCT	2	8	17463	17470	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_008042	AGGA	2	8	19103	19110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008042	TGTT	2	8	24205	24212	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008042	TTTG	2	8	24786	24793	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008042	TTGG	2	8	25002	25009	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008042	GCAG	2	8	26766	26773	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_008042	CTTT	2	8	27017	27024	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008042	TCCC	2	8	27669	27676	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_008042	GAAG	2	8	27783	27790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008042	GCCC	2	8	27791	27798	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
35	NC_008042	CAGC	2	8	32995	33002	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008042	CGTG	2	8	36675	36682	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008042	ATTG	2	8	36688	36695	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008042	TGGC	2	8	36991	36998	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008042	TCAG	2	8	37477	37484	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008042	TGGT	2	8	37552	37559	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008042	GGGC	2	8	39040	39047	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008042	GATC	2	8	39398	39405	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008042	CCTG	2	8	40361	40368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008042	GCCC	2	8	40392	40399	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
45	NC_008042	TCCG	2	8	40405	40412	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008042	TCTT	2	8	40638	40645	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008042	GCTT	2	8	48553	48560	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008042	TTGC	2	8	49314	49321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008042	TTCG	2	8	49468	49475	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_008042	CTAA	2	8	51809	51816	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008042	GACG	2	8	52342	52349	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008042	GTCT	2	8	60554	60561	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008042	CTTG	2	8	74490	74497	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008042	ATGA	2	8	76715	76722	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008042	ATGA	2	8	89893	89900	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008042	TAAG	2	8	90390	90397	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008042	ACGG	2	8	97286	97293	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008042	TCAA	2	8	100200	100207	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008042	TTGG	2	8	102289	102296	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008042	CATC	2	8	102736	102743	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008042	GGAA	2	8	105475	105482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008042	ACGC	2	8	105990	105997	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008042	AGGC	2	8	107245	107252	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008042	GGCA	2	8	115861	115868	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008042	AACA	2	8	115910	115917	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008042	AAAT	2	8	124074	124081	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008042	ACCC	2	8	129515	129522	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.