MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	CGAC	2	8	88	95	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
2	NC_008042	GAGG	2	8	99	106	25 %	0 %	75 %	0 %	99077903
3	NC_008042	CTCA	2	8	176	183	25 %	25 %	0 %	50 %	99077903
4	NC_008042	TATC	2	8	513	520	25 %	50 %	0 %	25 %	99077903
5	NC_008042	GCCG	2	8	584	591	0 %	0 %	50 %	50 %	99077903
6	NC_008042	CGAC	2	8	838	845	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
7	NC_008042	CTGC	2	8	966	973	0 %	25 %	25 %	50 %	99077903
8	NC_008042	GCGG	2	8	1560	1567	0 %	0 %	75 %	25 %	99077903
9	NC_008042	TCGA	2	8	1995	2002	25 %	25 %	25 %	25 %	99077903
10	NC_008042	GCAA	2	8	2256	2263	50 %	0 %	25 %	25 %	99077903
11	NC_008042	CCAG	2	8	2341	2348	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
12	NC_008042	TCGA	2	8	2415	2422	25 %	25 %	25 %	25 %	99077903
13	NC_008042	ACAA	2	8	2940	2947	75 %	0 %	0 %	25 %	99077903
14	NC_008042	CAGC	2	8	2956	2963	25 %	0 %	25 %	50 %	99077903
15	NC_008042	TGGC	2	8	3073	3080	0 %	25 %	50 %	25 %	99077903
16	NC_008042	GCCG	2	8	4007	4014	0 %	0 %	50 %	50 %	99077903
17	NC_008042	GAAG	2	8	6676	6683	50 %	0 %	50 %	0 %	99077904
18	NC_008042	ACCA	2	8	6768	6775	50 %	0 %	0 %	50 %	99077904
19	NC_008042	GGCA	2	8	7489	7496	25 %	0 %	50 %	25 %	99077904
20	NC_008042	CGGT	2	8	15712	15719	0 %	25 %	50 %	25 %	99077907
21	NC_008042	TCCG	2	8	15806	15813	0 %	25 %	25 %	50 %	99077907
22	NC_008042	GGCT	2	8	16401	16408	0 %	25 %	50 %	25 %	99077908
23	NC_008042	CGCC	2	8	16656	16663	0 %	0 %	25 %	75 %	99077908
24	NC_008042	AGGC	2	8	17658	17665	25 %	0 %	50 %	25 %	99077909
25	NC_008042	CCGA	2	8	17726	17733	25 %	0 %	25 %	50 %	99077909
26	NC_008042	CTGC	2	8	18047	18054	0 %	25 %	25 %	50 %	99077909
27	NC_008042	CCCA	2	8	18368	18375	25 %	0 %	0 %	75 %	99077909
28	NC_008042	ACCG	2	8	18485	18492	25 %	0 %	25 %	50 %	99077909
29	NC_008042	ACCT	2	8	19347	19354	25 %	25 %	0 %	50 %	99077910
30	NC_008042	CCTG	2	8	20385	20392	0 %	25 %	25 %	50 %	99077911
31	NC_008042	ATTC	2	8	20485	20492	25 %	50 %	0 %	25 %	99077911
32	NC_008042	CAGG	2	8	20563	20570	25 %	0 %	50 %	25 %	99077911
33	NC_008042	TGCA	2	8	20894	20901	25 %	25 %	25 %	25 %	99077911
34	NC_008042	ATCG	2	8	22858	22865	25 %	25 %	25 %	25 %	99077912
35	NC_008042	TGGT	2	8	22956	22963	0 %	50 %	50 %	0 %	99077912
36	NC_008042	GCCT	2	8	23002	23009	0 %	25 %	25 %	50 %	99077912
37	NC_008042	AGCC	2	8	23448	23455	25 %	0 %	25 %	50 %	99077912
38	NC_008042	CTTC	2	8	24366	24373	0 %	50 %	0 %	50 %	99077913
39	NC_008042	ACTG	2	8	25334	25341	25 %	25 %	25 %	25 %	99077914
40	NC_008042	GACA	2	8	25934	25941	50 %	0 %	25 %	25 %	99077914
41	NC_008042	TCAA	2	8	26355	26362	50 %	25 %	0 %	25 %	99077914
42	NC_008042	CTTT	2	8	28306	28313	0 %	75 %	0 %	25 %	99077915
43	NC_008042	GACC	2	8	28373	28380	25 %	0 %	25 %	50 %	99077915
44	NC_008042	GAAG	2	8	28631	28638	50 %	0 %	50 %	0 %	99077915
45	NC_008042	CCGC	2	8	29460	29467	0 %	0 %	25 %	75 %	99077916
46	NC_008042	CAAC	2	8	29785	29792	50 %	0 %	0 %	50 %	99077916
47	NC_008042	GACC	2	8	31732	31739	25 %	0 %	25 %	50 %	99077919
48	NC_008042	GGCT	2	8	31816	31823	0 %	25 %	50 %	25 %	99077919
49	NC_008042	ATCT	2	8	32066	32073	25 %	50 %	0 %	25 %	99077920
50	NC_008042	GAAA	2	8	32400	32407	75 %	0 %	25 %	0 %	99077920
51	NC_008042	AGCG	2	8	33335	33342	25 %	0 %	50 %	25 %	99077921
52	NC_008042	CCAG	2	8	33592	33599	25 %	0 %	25 %	50 %	99077921
53	NC_008042	CGAT	2	8	33927	33934	25 %	25 %	25 %	25 %	99077921
54	NC_008042	GAAT	2	8	34069	34076	50 %	25 %	25 %	0 %	99077921
55	NC_008042	CCAA	2	8	34389	34396	50 %	0 %	0 %	50 %	99077921
56	NC_008042	CCCA	2	8	35028	35035	25 %	0 %	0 %	75 %	99077921
57	NC_008042	CCGG	2	8	36232	36239	0 %	0 %	50 %	50 %	99077922
58	NC_008042	ACCA	2	8	39885	39892	50 %	0 %	0 %	50 %	99077926
59	NC_008042	GCTG	2	8	40730	40737	0 %	25 %	50 %	25 %	99077927
60	NC_008042	GATG	2	8	40799	40806	25 %	25 %	50 %	0 %	99077927
61	NC_008042	GTTC	2	8	40943	40950	0 %	50 %	25 %	25 %	99077927
62	NC_008042	GATC	2	8	41156	41163	25 %	25 %	25 %	25 %	99077927
63	NC_008042	GCAC	2	8	41396	41403	25 %	0 %	25 %	50 %	99077928
64	NC_008042	CCCG	2	8	41896	41903	0 %	0 %	25 %	75 %	99077928
65	NC_008042	GCCA	2	8	42364	42371	25 %	0 %	25 %	50 %	99077928
66	NC_008042	GCGA	2	8	42374	42381	25 %	0 %	50 %	25 %	99077928
67	NC_008042	TGAT	2	8	42656	42663	25 %	50 %	25 %	0 %	99077928
68	NC_008042	AGCG	2	8	42745	42752	25 %	0 %	50 %	25 %	99077928
69	NC_008042	GCTG	2	8	42900	42907	0 %	25 %	50 %	25 %	99077928
70	NC_008042	CGCC	2	8	43062	43069	0 %	0 %	25 %	75 %	99077928
71	NC_008042	GCGG	2	8	43131	43138	0 %	0 %	75 %	25 %	99077928
72	NC_008042	CGGG	2	8	44260	44267	0 %	0 %	75 %	25 %	99077929
73	NC_008042	CGAT	2	8	44422	44429	25 %	25 %	25 %	25 %	99077929
74	NC_008042	TGGT	2	8	45430	45437	0 %	50 %	50 %	0 %	99077929
75	NC_008042	AGGT	2	8	46907	46914	25 %	25 %	50 %	0 %	99077930
76	NC_008042	GTCT	2	8	47170	47177	0 %	50 %	25 %	25 %	99077930
77	NC_008042	TCGA	2	8	47495	47502	25 %	25 %	25 %	25 %	99077930
78	NC_008042	CCGG	2	8	49937	49944	0 %	0 %	50 %	50 %	99077932
79	NC_008042	TCTA	2	8	51217	51224	25 %	50 %	0 %	25 %	99077932
80	NC_008042	TGGC	2	8	51295	51302	0 %	25 %	50 %	25 %	99077932
81	NC_008042	TGAA	2	8	52482	52489	50 %	25 %	25 %	0 %	99077934
82	NC_008042	AAGC	2	8	52766	52773	50 %	0 %	25 %	25 %	99077934
83	NC_008042	TACC	2	8	52828	52835	25 %	25 %	0 %	50 %	99077934
84	NC_008042	CTGG	2	8	52942	52949	0 %	25 %	50 %	25 %	99077934
85	NC_008042	GTCG	2	8	53248	53255	0 %	25 %	50 %	25 %	99077935
86	NC_008042	GCCA	2	8	53500	53507	25 %	0 %	25 %	50 %	99077935
87	NC_008042	GGAT	2	8	54047	54054	25 %	25 %	50 %	0 %	99077935
88	NC_008042	GGGT	2	8	56104	56111	0 %	25 %	75 %	0 %	99077938
89	NC_008042	TGCC	2	8	56263	56270	0 %	25 %	25 %	50 %	99077939
90	NC_008042	GGGC	2	8	56459	56466	0 %	0 %	75 %	25 %	99077939
91	NC_008042	GGGT	2	8	56876	56883	0 %	25 %	75 %	0 %	99077940
92	NC_008042	TTTC	2	8	56905	56912	0 %	75 %	0 %	25 %	99077940
93	NC_008042	GGGC	2	8	56921	56928	0 %	0 %	75 %	25 %	99077940
94	NC_008042	TGCA	2	8	57036	57043	25 %	25 %	25 %	25 %	99077940
95	NC_008042	TTCC	2	8	57295	57302	0 %	50 %	0 %	50 %	99077940
96	NC_008042	TGGA	2	8	58049	58056	25 %	25 %	50 %	0 %	99077941
97	NC_008042	TATG	2	8	59717	59724	25 %	50 %	25 %	0 %	99077943
98	NC_008042	AATG	2	8	59907	59914	50 %	25 %	25 %	0 %	99077943
99	NC_008042	ATCC	2	8	60142	60149	25 %	25 %	0 %	50 %	99077943
100	NC_008042	GAAA	2	8	60320	60327	75 %	0 %	25 %	0 %	99077943
101	NC_008042	GAAG	2	8	60452	60459	50 %	0 %	50 %	0 %	99077943
102	NC_008042	TGCT	2	8	60737	60744	0 %	50 %	25 %	25 %	99077944
103	NC_008042	CTGC	2	8	60760	60767	0 %	25 %	25 %	50 %	99077944
104	NC_008042	GGGC	2	8	60932	60939	0 %	0 %	75 %	25 %	99077944
105	NC_008042	CAGC	2	8	61158	61165	25 %	0 %	25 %	50 %	99077944
106	NC_008042	GTTG	2	8	61518	61525	0 %	50 %	50 %	0 %	99077944
107	NC_008042	CGAC	2	8	61670	61677	25 %	0 %	25 %	50 %	99077944
108	NC_008042	CTGC	2	8	63913	63920	0 %	25 %	25 %	50 %	99077948
109	NC_008042	CCGC	2	8	64596	64603	0 %	0 %	25 %	75 %	99077948
110	NC_008042	CCGT	2	8	64854	64861	0 %	25 %	25 %	50 %	99077949
111	NC_008042	GCCC	2	8	65175	65182	0 %	0 %	25 %	75 %	99077949
112	NC_008042	ATTG	2	8	65571	65578	25 %	50 %	25 %	0 %	99077950
113	NC_008042	TCCG	2	8	65736	65743	0 %	25 %	25 %	50 %	99077950
114	NC_008042	CGGT	2	8	65800	65807	0 %	25 %	50 %	25 %	99077950
115	NC_008042	GACC	2	8	66303	66310	25 %	0 %	25 %	50 %	99077951
116	NC_008042	GCGG	2	8	66999	67006	0 %	0 %	75 %	25 %	99077952
117	NC_008042	GCCT	2	8	67135	67142	0 %	25 %	25 %	50 %	99077952
118	NC_008042	GCTG	2	8	68522	68529	0 %	25 %	50 %	25 %	99077954
119	NC_008042	CGAG	2	8	68777	68784	25 %	0 %	50 %	25 %	99077954
120	NC_008042	GGTT	2	8	69454	69461	0 %	50 %	50 %	0 %	99077954
121	NC_008042	CTGG	2	8	69690	69697	0 %	25 %	50 %	25 %	99077954
122	NC_008042	GCTC	2	8	70049	70056	0 %	25 %	25 %	50 %	99077954
123	NC_008042	ATGG	2	8	70603	70610	25 %	25 %	50 %	0 %	99077955
124	NC_008042	GGGC	2	8	70813	70820	0 %	0 %	75 %	25 %	99077955
125	NC_008042	GCGG	2	8	71314	71321	0 %	0 %	75 %	25 %	99077957
126	NC_008042	GTCG	2	8	71816	71823	0 %	25 %	50 %	25 %	99077958
127	NC_008042	CAGC	2	8	71824	71831	25 %	0 %	25 %	50 %	99077958
128	NC_008042	GCAA	2	8	72447	72454	50 %	0 %	25 %	25 %	99077959
129	NC_008042	AGTC	2	8	72570	72577	25 %	25 %	25 %	25 %	99077959
130	NC_008042	CGGT	2	8	72585	72592	0 %	25 %	50 %	25 %	99077959
131	NC_008042	TGAA	2	8	73162	73169	50 %	25 %	25 %	0 %	99077960
132	NC_008042	CAGG	2	8	73923	73930	25 %	0 %	50 %	25 %	99077963
133	NC_008042	CGGA	2	8	74137	74144	25 %	0 %	50 %	25 %	99077963
134	NC_008042	CAGA	2	8	75346	75353	50 %	0 %	25 %	25 %	99077964
135	NC_008042	CAGA	2	8	76176	76183	50 %	0 %	25 %	25 %	99077965
136	NC_008042	CATA	2	8	76335	76342	50 %	25 %	0 %	25 %	99077965
137	NC_008042	TTCT	2	8	78783	78790	0 %	75 %	0 %	25 %	99077967
138	NC_008042	CCAG	2	8	79048	79055	25 %	0 %	25 %	50 %	99077967
139	NC_008042	CTTT	2	8	79314	79321	0 %	75 %	0 %	25 %	99077967
140	NC_008042	CATC	2	8	79549	79556	25 %	25 %	0 %	50 %	99077967
141	NC_008042	GGCA	2	8	79905	79912	25 %	0 %	50 %	25 %	99077968
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.