MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Ruegeria sp. TM1040 plasmid unnamed

Total Repeats: 317

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008042	TGG	2	6	5342	5347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008042	TGA	2	6	5371	5376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008042	CGT	2	6	5469	5474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008042	TGC	2	6	5531	5536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008042	GCA	2	6	5572	5577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008042	CGG	2	6	5596	5601	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008042	CCG	2	6	5709	5714	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_008042	TGC	2	6	5735	5740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008042	AGC	2	6	6067	6072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008042	CAC	2	6	6156	6161	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_008042	GCA	2	6	6172	6177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008042	AGA	2	6	6388	6393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008042	CAT	2	6	6476	6481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008042	CCT	2	6	7587	7592	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_008042	CGT	2	6	7694	7699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008042	CCA	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_008042	CTA	2	6	7764	7769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008042	GCT	2	6	8333	8338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008042	GTT	2	6	8348	8353	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008042	TTA	2	6	8393	8398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008042	CCA	2	6	8507	8512	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008042	TGA	2	6	8658	8663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008042	TCA	3	9	8667	8675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008042	TGC	2	6	8803	8808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008042	GTG	2	6	8832	8837	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008042	CCA	2	6	8955	8960	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_008042	CTC	2	6	8999	9004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_008042	ACG	2	6	9048	9053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008042	ACC	2	6	9243	9248	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_008042	AGG	2	6	9379	9384	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008042	GGT	2	6	9466	9471	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008042	ACC	2	6	9519	9524	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_008042	GTA	2	6	9563	9568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008042	GCC	2	6	9736	9741	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_008042	CCT	2	6	9774	9779	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_008042	CGT	2	6	9818	9823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008042	TAA	2	6	9852	9857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008042	CCT	2	6	9912	9917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008042	AAC	2	6	10078	10083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008042	TCC	2	6	10101	10106	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_008042	TCA	2	6	10253	10258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008042	TCC	2	6	10318	10323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_008042	AGG	2	6	10343	10348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008042	CGC	2	6	10435	10440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_008042	GCT	2	6	10490	10495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008042	CCT	2	6	10506	10511	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_008042	GTT	2	6	10513	10518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008042	GTT	2	6	10580	10585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008042	TCG	2	6	11073	11078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008042	GGT	2	6	11148	11153	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008042	TCA	2	6	11269	11274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008042	CTA	2	6	11303	11308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008042	TCC	2	6	11332	11337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_008042	TAA	2	6	11394	11399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008042	AGC	2	6	11422	11427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008042	TAT	2	6	11440	11445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008042	CCA	2	6	11563	11568	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_008042	CTT	2	6	11701	11706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008042	ACT	2	6	11790	11795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008042	GGA	2	6	11902	11907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008042	GTT	2	6	11916	11921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008042	ACC	2	6	11988	11993	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008042	TGG	2	6	12084	12089	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008042	AGG	2	6	12095	12100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008042	CCT	2	6	12114	12119	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008042	TAA	2	6	12219	12224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008042	TGG	2	6	12225	12230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008042	GAG	2	6	12234	12239	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008042	ACC	2	6	12282	12287	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_008042	TCT	2	6	12383	12388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008042	CAT	2	6	12429	12434	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008042	AGG	2	6	12443	12448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008042	GCC	2	6	12517	12522	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_008042	CGT	2	6	12545	12550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008042	TCC	2	6	12782	12787	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_008042	CTG	2	6	12827	12832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008042	GAC	2	6	12895	12900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008042	GCA	2	6	12907	12912	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008042	CGA	2	6	13125	13130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008042	GCC	2	6	13225	13230	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_008042	TCC	2	6	13245	13250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008042	AAC	2	6	13405	13410	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008042	GCT	2	6	13435	13440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008042	ATC	2	6	13483	13488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008042	TCA	2	6	13521	13526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008042	CTG	2	6	13578	13583	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008042	ATC	2	6	13628	13633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008042	CCA	2	6	13677	13682	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_008042	CCG	2	6	13813	13818	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_008042	GCC	2	6	13860	13865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_008042	AGC	2	6	13905	13910	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008042	GCT	2	6	13915	13920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008042	ATT	2	6	14031	14036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008042	ATC	2	6	14102	14107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008042	TGG	2	6	14674	14679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008042	CTC	2	6	14812	14817	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008042	GGC	2	6	14821	14826	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008042	CAC	2	6	14850	14855	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008042	CTT	2	6	14912	14917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008042	GCG	2	6	14982	14987	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008042	CTG	2	6	17194	17199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008042	AGA	2	6	17281	17286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008042	GCT	2	6	17386	17391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_008042	AAT	2	6	17409	17414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008042	CAT	3	9	17511	17519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008042	GCC	2	6	17533	17538	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_008042	CAG	2	6	20336	20341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008042	TGT	2	6	21672	21677	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008042	TGA	2	6	21776	21781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008042	GAT	2	6	21810	21815	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008042	TGG	2	6	21918	21923	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008042	CCT	2	6	21949	21954	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_008042	ATT	2	6	21989	21994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008042	GTC	2	6	22057	22062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008042	TGT	2	6	22067	22072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008042	TTC	2	6	22176	22181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008042	GAT	2	6	22435	22440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008042	AGC	2	6	22461	22466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008042	TGG	2	6	23745	23750	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008042	ATT	2	6	23751	23756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008042	GTT	2	6	23871	23876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008042	TTG	2	6	23913	23918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008042	GCA	2	6	24039	24044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008042	TGA	2	6	24118	24123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008042	GTT	2	6	24223	24228	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008042	TCA	2	6	24234	24239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008042	ATG	2	6	24778	24783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008042	CTG	2	6	24797	24802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008042	TAA	2	6	24906	24911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008042	CTT	2	6	24943	24948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008042	TCC	2	6	24961	24966	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_008042	TGT	2	6	25067	25072	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008042	CGA	2	6	26626	26631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_008042	AAG	2	6	26755	26760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008042	TGA	2	6	26791	26796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008042	ACC	2	6	26824	26829	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_008042	TTC	2	6	26846	26851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_008042	GAT	2	6	26888	26893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008042	CCG	2	6	26946	26951	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_008042	CGC	2	6	27035	27040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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278	NC_008042	TAT	2	6	103185	103190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_008042	AGA	2	6	103334	103339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_008042	TGC	2	6	103983	103988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_008042	ACG	2	6	104751	104756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_008042	CCT	2	6	104758	104763	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
283	NC_008042	CGG	2	6	104820	104825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
284	NC_008042	CTC	2	6	104887	104892	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
285	NC_008042	ATT	2	6	104954	104959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_008042	CCA	2	6	105084	105089	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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288	NC_008042	ATC	2	6	105307	105312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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290	NC_008042	ACT	2	6	105395	105400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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292	NC_008042	AGA	2	6	105483	105488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
293	NC_008042	TCT	2	6	105540	105545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_008042	GAT	2	6	105550	105555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
295	NC_008042	CTG	2	6	105564	105569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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297	NC_008042	TCC	2	6	106014	106019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
298	NC_008042	GCG	2	6	106160	106165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
299	NC_008042	GGC	2	6	107180	107185	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_008042	GCG	3	9	107221	107229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
301	NC_008042	GAG	2	6	107404	107409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
302	NC_008042	TTA	2	6	115878	115883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_008042	CGG	2	6	115891	115896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_008042	TAC	2	6	115993	115998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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306	NC_008042	CTC	2	6	123999	124004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
307	NC_008042	ATT	2	6	124157	124162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_008042	GAG	2	6	124200	124205	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
309	NC_008042	GGC	2	6	129076	129081	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
310	NC_008042	CCT	2	6	129297	129302	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
311	NC_008042	TTC	2	6	129409	129414	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_008042	CAG	2	6	129429	129434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_008042	CCA	2	6	129436	129441	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
314	NC_008042	CTG	2	6	129491	129496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.