MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	GGCCAT	2	12	12450	12461	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94972407
2	NC_008014	AAAAAG	2	12	24620	24631	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972417
3	NC_008014	AGGGAA	2	12	26351	26362	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
4	NC_008014	AAATGA	2	12	27336	27347	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	94972418
5	NC_008014	GAGGAA	2	12	30028	30039	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008014	AATCAA	2	12	31329	31340	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94972422
7	NC_008014	TTTATT	2	12	36192	36203	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94972426
8	NC_008014	TTCTGC	2	12	45083	45094	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	94972433
9	NC_008014	TTAAAA	2	12	46709	46720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008014	ATAGTA	2	12	48413	48424	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94972435
11	NC_008014	GTAAAC	2	12	49676	49687	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94972435
12	NC_008014	CAAAAA	2	12	51741	51752	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008014	CATAGT	2	12	52039	52050	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008014	TGCTAT	2	12	52541	52552	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94972436
15	NC_008014	TATAAG	2	12	55654	55665	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	ATTCCT	2	12	56257	56268	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94972438
17	NC_008014	CTTGTT	2	12	57407	57418	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94972438
18	NC_008014	AAAGAA	2	12	57921	57932	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	GAACCT	2	12	61659	61670	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94972439
20	NC_008014	AAAGAC	2	12	63320	63331	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94972440
21	NC_008014	TGAAGC	2	12	66307	66318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94972441
22	NC_008014	ATAAAA	2	12	67098	67109	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	94972441
23	NC_008014	TTTATA	2	12	69916	69927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008014	TGAAGG	2	12	71700	71711	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94972444
25	NC_008014	GTATAG	2	12	71915	71926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972444
26	NC_008014	ATTTTT	2	12	72009	72020	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94972444
27	NC_008014	CCTCTT	2	12	75070	75081	0 %	50 %	0 %	50 %	94972445
28	NC_008014	TGAAGA	2	12	75695	75706	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94972445
29	NC_008014	ATAGCA	2	12	75753	75764	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94972445
30	NC_008014	ATCATT	2	12	77693	77704	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008014	AGAAAA	2	12	82338	82349	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972448
32	NC_008014	CCTCTT	3	18	82925	82942	0 %	50 %	0 %	50 %	94972448
33	NC_008014	CTTCAT	2	12	85562	85573	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94972449
34	NC_008014	ATTATA	2	12	88824	88835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008014	TGTCTT	2	12	92282	92293	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94972452
36	NC_008014	TAAAAA	2	12	93445	93456	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	94972452
37	NC_008014	TAAAAA	2	12	93829	93840	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008014	TTTCAT	2	12	95208	95219	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94972453
39	NC_008014	GAACTA	2	12	97662	97673	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94972454
40	NC_008014	TGATAC	2	12	98597	98608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008014	CTTTTT	2	12	100375	100386	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	94972455
42	NC_008014	TAAAAT	2	12	101315	101326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972455
43	NC_008014	ATTAAT	2	12	107564	107575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	ACCACA	2	12	109463	109474	50 %	0 %	0 %	50 %	94972458
45	NC_008014	ATAATT	2	12	110267	110278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008014	CTTCAT	2	12	110990	111001	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94972459
47	NC_008014	ACCTGC	2	12	119458	119469	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94972463
48	NC_008014	TACCAT	2	12	120711	120722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972463
49	NC_008014	GTAATA	2	12	120771	120782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94972463
50	NC_008014	CTTTAT	2	12	121769	121780	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008014	AATATA	2	12	122347	122358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972464
52	NC_008014	CTTGGT	2	12	123920	123931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	94972465
53	NC_008014	TTTGGT	2	12	125476	125487	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972468
54	NC_008014	AAATAC	2	12	128639	128650	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94972471
55	NC_008014	TCTCAA	2	12	131151	131162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972473
56	NC_008014	GTTATT	2	12	133254	133265	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008014	CTTCAA	2	12	133382	133393	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972476
58	NC_008014	TGATAT	2	12	134483	134494	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94972477
59	NC_008014	TAAAAA	2	12	135715	135726	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	94972478
60	NC_008014	ATAGTT	2	12	140461	140472	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008014	AAGGTT	2	12	141174	141185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972483
62	NC_008014	TGGGAT	2	12	141423	141434	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	94972483
63	NC_008014	ACTATT	2	12	146256	146267	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008014	TATGTA	2	12	148474	148485	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94972489
65	NC_008014	TATTCC	2	12	148802	148813	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94972489
66	NC_008014	AGAAAA	2	12	149026	149037	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
67	NC_008014	GAAAAA	2	12	149256	149267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
68	NC_008014	GAAAAA	2	12	150999	151010	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
69	NC_008014	AAAAAT	2	12	154050	154061	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	94972489
70	NC_008014	AAAAAG	2	12	154896	154907	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
71	NC_008014	GAAAAA	2	12	156014	156025	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
72	NC_008014	AAAAGA	2	12	157463	157474	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
73	NC_008014	AATCCA	2	12	157632	157643	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	94972489
74	NC_008014	TGAAGA	2	12	157706	157717	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94972489
75	NC_008014	CTAGAA	2	12	159027	159038	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94972489
76	NC_008014	GAACAA	2	12	159597	159608	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94972489
77	NC_008014	AGATGA	2	12	160256	160267	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94972489
78	NC_008014	GAAAAA	2	12	161787	161798	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
79	NC_008014	AAGAAA	2	12	162702	162713	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
80	NC_008014	AAGAAA	2	12	162745	162756	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
81	NC_008014	ACAAGC	2	12	162908	162919	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94972489
82	NC_008014	CAAGAA	2	12	162972	162983	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94972489
83	NC_008014	AAGAAA	2	12	163968	163979	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
84	NC_008014	AAGAAA	2	12	164011	164022	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
85	NC_008014	ACAAGC	2	12	164174	164185	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94972489
86	NC_008014	CAAGAA	2	12	164238	164249	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94972489
87	NC_008014	GAAGGA	2	12	165111	165122	50 %	0 %	50 %	0 %	94972489
88	NC_008014	AGAAAA	2	12	165959	165970	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
89	NC_008014	AAAAAG	2	12	167415	167426	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
90	NC_008014	ATAAAC	2	12	168082	168093	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94972489
91	NC_008014	AGATGA	2	12	169805	169816	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94972489
92	NC_008014	TAGTGA	2	12	170423	170434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972489
93	NC_008014	AGAAAA	2	12	170536	170547	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94972489
94	NC_008014	GAGGAA	2	12	171504	171515	50 %	0 %	50 %	0 %	94972489
95	NC_008014	CAGAAG	2	12	172231	172242	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	94972489
96	NC_008014	AGTACT	2	12	172368	172379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94972489
97	NC_008014	CCTGAT	2	12	172938	172949	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94972489
98	NC_008014	TATCAA	2	12	177336	177347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94972491
99	NC_008014	TATTTT	2	12	181733	181744	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94972495
100	NC_008014	TGTTTG	2	12	182481	182492	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972496
101	NC_008014	ATATTT	2	12	182734	182745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972496
102	NC_008014	ATAGAT	2	12	182872	182883	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94972496
103	NC_008014	TTTTTG	2	12	183215	183226	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	94972496
104	NC_008014	ATTAAG	2	12	185089	185100	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94972497
105	NC_008014	AATCTA	2	12	191634	191645	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94972501
106	NC_008014	TTTTCG	2	12	193345	193356	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.