MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	CTTAT	2	10	25	34	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008014	ATACA	2	10	280	289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008014	TTATT	2	10	736	745	20 %	80 %	0 %	0 %	94972399
4	NC_008014	TAGAA	2	10	5717	5726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008014	TTTTA	2	10	6238	6247	20 %	80 %	0 %	0 %	94972403
6	NC_008014	TATAA	2	10	6249	6258	60 %	40 %	0 %	0 %	94972403
7	NC_008014	TAATT	2	10	7321	7330	40 %	60 %	0 %	0 %	94972404
8	NC_008014	TTATT	2	10	9479	9488	20 %	80 %	0 %	0 %	94972405
9	NC_008014	GTTTT	2	10	10359	10368	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008014	GTAAT	2	10	11589	11598	40 %	40 %	20 %	0 %	94972407
11	NC_008014	ATAGA	2	10	12402	12411	60 %	20 %	20 %	0 %	94972407
12	NC_008014	AATAT	2	10	12501	12510	60 %	40 %	0 %	0 %	94972407
13	NC_008014	CATAG	2	10	13279	13288	40 %	20 %	20 %	20 %	94972407
14	NC_008014	AAAAT	2	10	14023	14032	80 %	20 %	0 %	0 %	94972407
15	NC_008014	AGCCA	2	10	14389	14398	40 %	0 %	20 %	40 %	94972407
16	NC_008014	ATTAT	2	10	16301	16310	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008014	TATAT	2	10	16428	16437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008014	TTATA	2	10	16489	16498	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	TGATA	2	10	17356	17365	40 %	40 %	20 %	0 %	94972410
20	NC_008014	GTTTA	2	10	18967	18976	20 %	60 %	20 %	0 %	94972412
21	NC_008014	ATAGA	2	10	19960	19969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008014	AACTA	2	10	22987	22996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008014	AAAAG	2	10	23174	23183	80 %	0 %	20 %	0 %	94972417
24	NC_008014	TAAAA	2	10	25585	25594	80 %	20 %	0 %	0 %	94972417
25	NC_008014	TCTTT	2	10	27272	27281	0 %	80 %	0 %	20 %	94972418
26	NC_008014	AGTAA	2	10	28818	28827	60 %	20 %	20 %	0 %	94972419
27	NC_008014	TTTTC	2	10	29201	29210	0 %	80 %	0 %	20 %	94972420
28	NC_008014	TAAAA	2	10	29619	29628	80 %	20 %	0 %	0 %	94972420
29	NC_008014	ATGGA	2	10	34851	34860	40 %	20 %	40 %	0 %	94972425
30	NC_008014	ATTTA	2	10	35822	35831	40 %	60 %	0 %	0 %	94972425
31	NC_008014	ATTAT	2	10	36083	36092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008014	CAAAA	2	10	36569	36578	80 %	0 %	0 %	20 %	94972426
33	NC_008014	AAAGA	2	10	36741	36750	80 %	0 %	20 %	0 %	94972426
34	NC_008014	ACCCC	2	10	37359	37368	20 %	0 %	0 %	80 %	94972426
35	NC_008014	AAAAT	2	10	37421	37430	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008014	CAAAG	2	10	38837	38846	60 %	0 %	20 %	20 %	94972427
37	NC_008014	ATGTT	2	10	41160	41169	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008014	AGTTT	2	10	48932	48941	20 %	60 %	20 %	0 %	94972435
39	NC_008014	GTAAA	2	10	51975	51984	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008014	TGTAA	2	10	53978	53987	40 %	40 %	20 %	0 %	94972437
41	NC_008014	ATAAA	2	10	55633	55642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008014	CTTTT	2	10	56814	56823	0 %	80 %	0 %	20 %	94972438
43	NC_008014	GAAAA	2	10	58076	58085	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	ATATT	2	10	58295	58304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008014	TTTCT	2	10	59031	59040	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_008014	TAAAA	2	10	60162	60171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008014	TATAT	2	10	62851	62860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008014	ATGTA	2	10	63090	63099	40 %	40 %	20 %	0 %	94972440
49	NC_008014	ATGTA	2	10	65245	65254	40 %	40 %	20 %	0 %	94972441
50	NC_008014	TATAT	2	10	65644	65653	40 %	60 %	0 %	0 %	94972441
51	NC_008014	ATTCA	2	10	65674	65683	40 %	40 %	0 %	20 %	94972441
52	NC_008014	TCTGC	2	10	65793	65802	0 %	40 %	20 %	40 %	94972441
53	NC_008014	TATAT	2	10	67662	67671	40 %	60 %	0 %	0 %	94972442
54	NC_008014	TGGAA	2	10	68257	68266	40 %	20 %	40 %	0 %	94972442
55	NC_008014	TATAT	2	10	69904	69913	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008014	ATACA	2	10	70180	70189	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008014	ATTTT	2	10	72394	72403	20 %	80 %	0 %	0 %	94972444
58	NC_008014	ATATA	2	10	72731	72740	60 %	40 %	0 %	0 %	94972444
59	NC_008014	AATTA	2	10	72900	72909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008014	ATTTT	2	10	73295	73304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008014	GCTTG	2	10	74133	74142	0 %	40 %	40 %	20 %	94972445
62	NC_008014	TGCTT	2	10	74774	74783	0 %	60 %	20 %	20 %	94972445
63	NC_008014	CTCTT	2	10	75530	75539	0 %	60 %	0 %	40 %	94972445
64	NC_008014	TAGAT	2	10	75943	75952	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008014	TTGTT	2	10	78224	78233	0 %	80 %	20 %	0 %	94972446
66	NC_008014	TGTCC	2	10	80502	80511	0 %	40 %	20 %	40 %	94972447
67	NC_008014	TTAAA	2	10	80938	80947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008014	TCCAT	2	10	82026	82035	20 %	40 %	0 %	40 %	94972448
69	NC_008014	GTAGT	2	10	82619	82628	20 %	40 %	40 %	0 %	94972448
70	NC_008014	AACAA	2	10	82977	82986	80 %	0 %	0 %	20 %	94972448
71	NC_008014	ACAAA	2	10	83591	83600	80 %	0 %	0 %	20 %	94972448
72	NC_008014	AAAAG	2	10	83645	83654	80 %	0 %	20 %	0 %	94972448
73	NC_008014	TAAAA	2	10	83830	83839	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008014	AAGAA	2	10	83923	83932	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008014	AGATA	2	10	83936	83945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008014	AATAA	2	10	84299	84308	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008014	TTTTA	2	10	84381	84390	20 %	80 %	0 %	0 %	94972449
78	NC_008014	AAATT	2	10	86140	86149	60 %	40 %	0 %	0 %	94972449
79	NC_008014	AATGA	2	10	88604	88613	60 %	20 %	20 %	0 %	94972450
80	NC_008014	ATGTT	2	10	89003	89012	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008014	AACAT	2	10	89156	89165	60 %	20 %	0 %	20 %	94972451
82	NC_008014	CTTTG	2	10	89730	89739	0 %	60 %	20 %	20 %	94972451
83	NC_008014	AACTA	2	10	90738	90747	60 %	20 %	0 %	20 %	94972451
84	NC_008014	TAAAA	2	10	93558	93567	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008014	GCTCT	2	10	95233	95242	0 %	40 %	20 %	40 %	94972453
86	NC_008014	TATAA	2	10	98081	98090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008014	TTAAA	2	10	98328	98337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008014	AAAGT	2	10	98939	98948	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008014	TTCTG	2	10	99561	99570	0 %	60 %	20 %	20 %	94972455
90	NC_008014	AGCCT	2	10	100195	100204	20 %	20 %	20 %	40 %	94972455
91	NC_008014	TTCAT	2	10	100221	100230	20 %	60 %	0 %	20 %	94972455
92	NC_008014	ACTTC	2	10	100663	100672	20 %	40 %	0 %	40 %	94972455
93	NC_008014	CAAAA	2	10	101229	101238	80 %	0 %	0 %	20 %	94972455
94	NC_008014	ACTAT	2	10	101679	101688	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008014	AGATA	2	10	105322	105331	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008014	AAAAT	2	10	105366	105375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008014	AAAAT	2	10	105588	105597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008014	ATCTT	2	10	106429	106438	20 %	60 %	0 %	20 %	94972457
99	NC_008014	ATACT	2	10	106441	106450	40 %	40 %	0 %	20 %	94972457
100	NC_008014	AAAAG	2	10	107310	107319	80 %	0 %	20 %	0 %	94972457
101	NC_008014	TTATG	2	10	107434	107443	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008014	CTATA	2	10	107855	107864	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_008014	CTTTT	2	10	108787	108796	0 %	80 %	0 %	20 %	94972458
104	NC_008014	TAAAA	2	10	109780	109789	80 %	20 %	0 %	0 %	94972458
105	NC_008014	TTGTG	2	10	112874	112883	0 %	60 %	40 %	0 %	94972460
106	NC_008014	TCTTT	2	10	117153	117162	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008014	GTTTT	2	10	117606	117615	0 %	80 %	20 %	0 %	94972463
108	NC_008014	TTTAC	2	10	118100	118109	20 %	60 %	0 %	20 %	94972463
109	NC_008014	GTTGT	2	10	119970	119979	0 %	60 %	40 %	0 %	94972463
110	NC_008014	ATTTT	2	10	121024	121033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008014	ATATT	2	10	121051	121060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008014	GAATG	2	10	122285	122294	40 %	20 %	40 %	0 %	94972464
113	NC_008014	ATGGA	2	10	122443	122452	40 %	20 %	40 %	0 %	94972464
114	NC_008014	AGCAT	2	10	124533	124542	40 %	20 %	20 %	20 %	94972466
115	NC_008014	GTTTT	2	10	127849	127858	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008014	TAGGT	2	10	127904	127913	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008014	ATAGT	2	10	128991	129000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008014	TTGTG	2	10	129068	129077	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008014	TTTTG	2	10	129695	129704	0 %	80 %	20 %	0 %	94972472
120	NC_008014	TGGGG	2	10	132186	132195	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008014	ATATT	2	10	132298	132307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008014	TTATA	2	10	136299	136308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008014	TAATG	2	10	136339	136348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008014	AAAGA	2	10	137565	137574	80 %	0 %	20 %	0 %	94972479
125	NC_008014	TATAT	2	10	139782	139791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008014	ATATA	2	10	139828	139837	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008014	TATAA	2	10	139903	139912	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008014	GTTTG	2	10	142051	142060	0 %	60 %	40 %	0 %	94972484
129	NC_008014	ATCAA	2	10	143440	143449	60 %	20 %	0 %	20 %	94972485
130	NC_008014	TTTTA	2	10	145449	145458	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008014	ATATA	2	10	147291	147300	60 %	40 %	0 %	0 %	94972488
132	NC_008014	TTATT	3	15	148245	148259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008014	AAGAT	2	10	152865	152874	60 %	20 %	20 %	0 %	94972489
134	NC_008014	TATCA	2	10	152928	152937	40 %	40 %	0 %	20 %	94972489
135	NC_008014	TTAGA	2	10	155302	155311	40 %	40 %	20 %	0 %	94972489
136	NC_008014	AGAGA	2	10	159747	159756	60 %	0 %	40 %	0 %	94972489
137	NC_008014	AAGAT	2	10	159949	159958	60 %	20 %	20 %	0 %	94972489
138	NC_008014	ATTTT	2	10	160980	160989	20 %	80 %	0 %	0 %	94972489
139	NC_008014	GAAAA	2	10	162714	162723	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
140	NC_008014	AAAGA	2	10	162822	162831	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
141	NC_008014	AGAAA	2	10	163835	163844	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
142	NC_008014	GAAAA	2	10	163980	163989	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
143	NC_008014	AAAGA	2	10	164088	164097	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.