MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	CTTAT	2	10	25	34	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008014	ATACA	2	10	280	289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008014	TAGAA	2	10	5717	5726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008014	GTTTT	2	10	10359	10368	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008014	ATTAT	2	10	16301	16310	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008014	TATAT	2	10	16428	16437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008014	TTATA	2	10	16489	16498	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008014	ATAGA	2	10	19960	19969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008014	AACTA	2	10	22987	22996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008014	ATTAT	2	10	36083	36092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008014	AAAAT	2	10	37421	37430	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008014	ATGTT	2	10	41160	41169	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008014	GTAAA	2	10	51975	51984	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008014	ATAAA	2	10	55633	55642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008014	GAAAA	2	10	58076	58085	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	ATATT	2	10	58295	58304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008014	TTTCT	2	10	59031	59040	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_008014	TAAAA	2	10	60162	60171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	TATAT	2	10	62851	62860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008014	TATAT	2	10	69904	69913	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008014	ATACA	2	10	70180	70189	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008014	AATTA	2	10	72900	72909	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008014	ATTTT	2	10	73295	73304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008014	TAGAT	2	10	75943	75952	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008014	TTAAA	2	10	80938	80947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008014	TAAAA	2	10	83830	83839	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008014	AAGAA	2	10	83923	83932	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008014	AGATA	2	10	83936	83945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008014	AATAA	2	10	84299	84308	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008014	ATGTT	2	10	89003	89012	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008014	TAAAA	2	10	93558	93567	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008014	TATAA	2	10	98081	98090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008014	TTAAA	2	10	98328	98337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008014	AAAGT	2	10	98939	98948	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008014	ACTAT	2	10	101679	101688	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008014	AGATA	2	10	105322	105331	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008014	AAAAT	2	10	105366	105375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008014	AAAAT	2	10	105588	105597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008014	TTATG	2	10	107434	107443	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008014	CTATA	2	10	107855	107864	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_008014	TCTTT	2	10	117153	117162	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008014	ATTTT	2	10	121024	121033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008014	ATATT	2	10	121051	121060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	GTTTT	2	10	127849	127858	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008014	TAGGT	2	10	127904	127913	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008014	ATAGT	2	10	128991	129000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008014	TTGTG	2	10	129068	129077	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008014	TGGGG	2	10	132186	132195	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008014	ATATT	2	10	132298	132307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008014	TTATA	2	10	136299	136308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008014	TAATG	2	10	136339	136348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008014	TATAT	2	10	139782	139791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008014	ATATA	2	10	139828	139837	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008014	TATAA	2	10	139903	139912	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008014	TTTTA	2	10	145449	145458	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008014	TTATT	3	15	148245	148259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008014	ATACC	2	10	181816	181825	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008014	TATAT	2	10	181993	182002	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008014	GGAGA	2	10	183487	183496	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008014	TTTAA	2	10	183622	183631	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008014	AGCAT	2	10	185716	185725	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008014	TTTTA	2	10	187848	187857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008014	TAAAG	2	10	190039	190048	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008014	TTCTT	2	10	190267	190276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.