MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	TTATT	2	10	736	745	20 %	80 %	0 %	0 %	94972399
2	NC_008014	TTTTA	2	10	6238	6247	20 %	80 %	0 %	0 %	94972403
3	NC_008014	TATAA	2	10	6249	6258	60 %	40 %	0 %	0 %	94972403
4	NC_008014	TAATT	2	10	7321	7330	40 %	60 %	0 %	0 %	94972404
5	NC_008014	TTATT	2	10	9479	9488	20 %	80 %	0 %	0 %	94972405
6	NC_008014	GTAAT	2	10	11589	11598	40 %	40 %	20 %	0 %	94972407
7	NC_008014	ATAGA	2	10	12402	12411	60 %	20 %	20 %	0 %	94972407
8	NC_008014	AATAT	2	10	12501	12510	60 %	40 %	0 %	0 %	94972407
9	NC_008014	CATAG	2	10	13279	13288	40 %	20 %	20 %	20 %	94972407
10	NC_008014	AAAAT	2	10	14023	14032	80 %	20 %	0 %	0 %	94972407
11	NC_008014	AGCCA	2	10	14389	14398	40 %	0 %	20 %	40 %	94972407
12	NC_008014	TGATA	2	10	17356	17365	40 %	40 %	20 %	0 %	94972410
13	NC_008014	GTTTA	2	10	18967	18976	20 %	60 %	20 %	0 %	94972412
14	NC_008014	AAAAG	2	10	23174	23183	80 %	0 %	20 %	0 %	94972417
15	NC_008014	TAAAA	2	10	25585	25594	80 %	20 %	0 %	0 %	94972417
16	NC_008014	TCTTT	2	10	27272	27281	0 %	80 %	0 %	20 %	94972418
17	NC_008014	AGTAA	2	10	28818	28827	60 %	20 %	20 %	0 %	94972419
18	NC_008014	TTTTC	2	10	29201	29210	0 %	80 %	0 %	20 %	94972420
19	NC_008014	TAAAA	2	10	29619	29628	80 %	20 %	0 %	0 %	94972420
20	NC_008014	ATGGA	2	10	34851	34860	40 %	20 %	40 %	0 %	94972425
21	NC_008014	ATTTA	2	10	35822	35831	40 %	60 %	0 %	0 %	94972425
22	NC_008014	CAAAA	2	10	36569	36578	80 %	0 %	0 %	20 %	94972426
23	NC_008014	AAAGA	2	10	36741	36750	80 %	0 %	20 %	0 %	94972426
24	NC_008014	ACCCC	2	10	37359	37368	20 %	0 %	0 %	80 %	94972426
25	NC_008014	CAAAG	2	10	38837	38846	60 %	0 %	20 %	20 %	94972427
26	NC_008014	AGTTT	2	10	48932	48941	20 %	60 %	20 %	0 %	94972435
27	NC_008014	TGTAA	2	10	53978	53987	40 %	40 %	20 %	0 %	94972437
28	NC_008014	CTTTT	2	10	56814	56823	0 %	80 %	0 %	20 %	94972438
29	NC_008014	ATGTA	2	10	63090	63099	40 %	40 %	20 %	0 %	94972440
30	NC_008014	ATGTA	2	10	65245	65254	40 %	40 %	20 %	0 %	94972441
31	NC_008014	TATAT	2	10	65644	65653	40 %	60 %	0 %	0 %	94972441
32	NC_008014	ATTCA	2	10	65674	65683	40 %	40 %	0 %	20 %	94972441
33	NC_008014	TCTGC	2	10	65793	65802	0 %	40 %	20 %	40 %	94972441
34	NC_008014	TATAT	2	10	67662	67671	40 %	60 %	0 %	0 %	94972442
35	NC_008014	TGGAA	2	10	68257	68266	40 %	20 %	40 %	0 %	94972442
36	NC_008014	ATTTT	2	10	72394	72403	20 %	80 %	0 %	0 %	94972444
37	NC_008014	ATATA	2	10	72731	72740	60 %	40 %	0 %	0 %	94972444
38	NC_008014	GCTTG	2	10	74133	74142	0 %	40 %	40 %	20 %	94972445
39	NC_008014	TGCTT	2	10	74774	74783	0 %	60 %	20 %	20 %	94972445
40	NC_008014	CTCTT	2	10	75530	75539	0 %	60 %	0 %	40 %	94972445
41	NC_008014	TTGTT	2	10	78224	78233	0 %	80 %	20 %	0 %	94972446
42	NC_008014	TGTCC	2	10	80502	80511	0 %	40 %	20 %	40 %	94972447
43	NC_008014	TCCAT	2	10	82026	82035	20 %	40 %	0 %	40 %	94972448
44	NC_008014	GTAGT	2	10	82619	82628	20 %	40 %	40 %	0 %	94972448
45	NC_008014	AACAA	2	10	82977	82986	80 %	0 %	0 %	20 %	94972448
46	NC_008014	ACAAA	2	10	83591	83600	80 %	0 %	0 %	20 %	94972448
47	NC_008014	AAAAG	2	10	83645	83654	80 %	0 %	20 %	0 %	94972448
48	NC_008014	TTTTA	2	10	84381	84390	20 %	80 %	0 %	0 %	94972449
49	NC_008014	AAATT	2	10	86140	86149	60 %	40 %	0 %	0 %	94972449
50	NC_008014	AATGA	2	10	88604	88613	60 %	20 %	20 %	0 %	94972450
51	NC_008014	AACAT	2	10	89156	89165	60 %	20 %	0 %	20 %	94972451
52	NC_008014	CTTTG	2	10	89730	89739	0 %	60 %	20 %	20 %	94972451
53	NC_008014	AACTA	2	10	90738	90747	60 %	20 %	0 %	20 %	94972451
54	NC_008014	GCTCT	2	10	95233	95242	0 %	40 %	20 %	40 %	94972453
55	NC_008014	TTCTG	2	10	99561	99570	0 %	60 %	20 %	20 %	94972455
56	NC_008014	AGCCT	2	10	100195	100204	20 %	20 %	20 %	40 %	94972455
57	NC_008014	TTCAT	2	10	100221	100230	20 %	60 %	0 %	20 %	94972455
58	NC_008014	ACTTC	2	10	100663	100672	20 %	40 %	0 %	40 %	94972455
59	NC_008014	CAAAA	2	10	101229	101238	80 %	0 %	0 %	20 %	94972455
60	NC_008014	ATCTT	2	10	106429	106438	20 %	60 %	0 %	20 %	94972457
61	NC_008014	ATACT	2	10	106441	106450	40 %	40 %	0 %	20 %	94972457
62	NC_008014	AAAAG	2	10	107310	107319	80 %	0 %	20 %	0 %	94972457
63	NC_008014	CTTTT	2	10	108787	108796	0 %	80 %	0 %	20 %	94972458
64	NC_008014	TAAAA	2	10	109780	109789	80 %	20 %	0 %	0 %	94972458
65	NC_008014	TTGTG	2	10	112874	112883	0 %	60 %	40 %	0 %	94972460
66	NC_008014	GTTTT	2	10	117606	117615	0 %	80 %	20 %	0 %	94972463
67	NC_008014	TTTAC	2	10	118100	118109	20 %	60 %	0 %	20 %	94972463
68	NC_008014	GTTGT	2	10	119970	119979	0 %	60 %	40 %	0 %	94972463
69	NC_008014	GAATG	2	10	122285	122294	40 %	20 %	40 %	0 %	94972464
70	NC_008014	ATGGA	2	10	122443	122452	40 %	20 %	40 %	0 %	94972464
71	NC_008014	AGCAT	2	10	124533	124542	40 %	20 %	20 %	20 %	94972466
72	NC_008014	TTTTG	2	10	129695	129704	0 %	80 %	20 %	0 %	94972472
73	NC_008014	AAAGA	2	10	137565	137574	80 %	0 %	20 %	0 %	94972479
74	NC_008014	GTTTG	2	10	142051	142060	0 %	60 %	40 %	0 %	94972484
75	NC_008014	ATCAA	2	10	143440	143449	60 %	20 %	0 %	20 %	94972485
76	NC_008014	ATATA	2	10	147291	147300	60 %	40 %	0 %	0 %	94972488
77	NC_008014	AAGAT	2	10	152865	152874	60 %	20 %	20 %	0 %	94972489
78	NC_008014	TATCA	2	10	152928	152937	40 %	40 %	0 %	20 %	94972489
79	NC_008014	TTAGA	2	10	155302	155311	40 %	40 %	20 %	0 %	94972489
80	NC_008014	AGAGA	2	10	159747	159756	60 %	0 %	40 %	0 %	94972489
81	NC_008014	AAGAT	2	10	159949	159958	60 %	20 %	20 %	0 %	94972489
82	NC_008014	ATTTT	2	10	160980	160989	20 %	80 %	0 %	0 %	94972489
83	NC_008014	GAAAA	2	10	162714	162723	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
84	NC_008014	AAAGA	2	10	162822	162831	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
85	NC_008014	AGAAA	2	10	163835	163844	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
86	NC_008014	GAAAA	2	10	163980	163989	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
87	NC_008014	AAAGA	2	10	164088	164097	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
88	NC_008014	GAAAA	2	10	165237	165246	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
89	NC_008014	AAAGA	2	10	165292	165301	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
90	NC_008014	AAGCA	2	10	165385	165394	60 %	0 %	20 %	20 %	94972489
91	NC_008014	GAAAA	2	10	166996	167005	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
92	NC_008014	GCTTA	2	10	167090	167099	20 %	40 %	20 %	20 %	94972489
93	NC_008014	ACAGA	2	10	169371	169380	60 %	0 %	20 %	20 %	94972489
94	NC_008014	AAGAG	2	10	169535	169544	60 %	0 %	40 %	0 %	94972489
95	NC_008014	AAAGA	2	10	169647	169656	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
96	NC_008014	AGAAA	2	10	171547	171556	80 %	0 %	20 %	0 %	94972489
97	NC_008014	AAAGT	2	10	174001	174010	60 %	20 %	20 %	0 %	94972489
98	NC_008014	TCACA	2	10	175214	175223	40 %	20 %	0 %	40 %	94972490
99	NC_008014	GATTT	2	10	175823	175832	20 %	60 %	20 %	0 %	94972490
100	NC_008014	AATAG	2	10	179672	179681	60 %	20 %	20 %	0 %	94972493
101	NC_008014	TTTTG	2	10	180443	180452	0 %	80 %	20 %	0 %	94972494
102	NC_008014	CATTT	2	10	183177	183186	20 %	60 %	0 %	20 %	94972496
103	NC_008014	AAAAG	2	10	183406	183415	80 %	0 %	20 %	0 %	94972496
104	NC_008014	ACAAA	2	10	184820	184829	80 %	0 %	0 %	20 %	94972497
105	NC_008014	CATGT	2	10	189415	189424	20 %	40 %	20 %	20 %	94972500
106	NC_008014	TTTCA	2	10	190336	190345	20 %	60 %	0 %	20 %	94972501
107	NC_008014	CTTTG	2	10	191646	191655	0 %	60 %	20 %	20 %	94972501
108	NC_008014	CTTAT	2	10	192395	192404	20 %	60 %	0 %	20 %	94972501

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.