MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 641

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	AGTA	2	8	478	485	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008014	ATCT	2	8	1039	1046	25 %	50 %	0 %	25 %	94972399
3	NC_008014	TTAA	2	8	1824	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008014	GTAA	2	8	1956	1963	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008014	CCAA	2	8	2437	2444	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_008014	ATCT	2	8	2564	2571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008014	TCTT	2	8	2620	2627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_008014	AATA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008014	TAGA	2	8	3881	3888	50 %	25 %	25 %	0 %	94972401
10	NC_008014	ATTC	2	8	4015	4022	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
11	NC_008014	AATT	2	8	4229	4236	50 %	50 %	0 %	0 %	94972401
12	NC_008014	CTTA	2	8	4249	4256	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
13	NC_008014	TCTT	2	8	4860	4867	0 %	75 %	0 %	25 %	94972401
14	NC_008014	ATTG	2	8	5571	5578	25 %	50 %	25 %	0 %	94972402
15	NC_008014	GAAT	2	8	5675	5682	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	TTCC	2	8	6128	6135	0 %	50 %	0 %	50 %	94972403
17	NC_008014	CTAT	2	8	6305	6312	25 %	50 %	0 %	25 %	94972403
18	NC_008014	TCTT	2	8	6460	6467	0 %	75 %	0 %	25 %	94972403
19	NC_008014	ATTT	2	8	6660	6667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008014	TTTA	2	8	7294	7301	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
21	NC_008014	CATC	2	8	7487	7494	25 %	25 %	0 %	50 %	94972404
22	NC_008014	TCTA	2	8	7545	7552	25 %	50 %	0 %	25 %	94972404
23	NC_008014	ATTT	2	8	7663	7670	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
24	NC_008014	TGTC	2	8	8108	8115	0 %	50 %	25 %	25 %	94972405
25	NC_008014	TGTA	2	8	8567	8574	25 %	50 %	25 %	0 %	94972405
26	NC_008014	TGGG	2	8	8825	8832	0 %	25 %	75 %	0 %	94972405
27	NC_008014	TATT	2	8	8959	8966	25 %	75 %	0 %	0 %	94972405
28	NC_008014	GAAT	2	8	8975	8982	50 %	25 %	25 %	0 %	94972405
29	NC_008014	CAAA	2	8	9007	9014	75 %	0 %	0 %	25 %	94972405
30	NC_008014	ATTT	2	8	10247	10254	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008014	TTAA	2	8	10292	10299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008014	TAGA	2	8	10396	10403	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008014	TATG	2	8	10460	10467	25 %	50 %	25 %	0 %	94972406
34	NC_008014	AACA	2	8	10703	10710	75 %	0 %	0 %	25 %	94972406
35	NC_008014	TATT	2	8	11204	11211	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008014	AAAC	2	8	11978	11985	75 %	0 %	0 %	25 %	94972407
37	NC_008014	TAAG	2	8	12539	12546	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
38	NC_008014	ATGT	2	8	12753	12760	25 %	50 %	25 %	0 %	94972407
39	NC_008014	GTAA	2	8	12776	12783	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
40	NC_008014	TCCT	2	8	12948	12955	0 %	50 %	0 %	50 %	94972407
41	NC_008014	GGAC	2	8	13358	13365	25 %	0 %	50 %	25 %	94972407
42	NC_008014	AGAT	2	8	13893	13900	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
43	NC_008014	TAGA	2	8	14002	14009	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
44	NC_008014	AGAT	2	8	14121	14128	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
45	NC_008014	GGAT	2	8	14167	14174	25 %	25 %	50 %	0 %	94972407
46	NC_008014	TAAA	2	8	14574	14581	75 %	25 %	0 %	0 %	94972408
47	NC_008014	CCAT	2	8	15036	15043	25 %	25 %	0 %	50 %	94972408
48	NC_008014	ATTT	2	8	15067	15074	25 %	75 %	0 %	0 %	94972408
49	NC_008014	TTCA	2	8	15517	15524	25 %	50 %	0 %	25 %	94972409
50	NC_008014	TATC	2	8	15606	15613	25 %	50 %	0 %	25 %	94972409
51	NC_008014	GGCA	2	8	15861	15868	25 %	0 %	50 %	25 %	94972409
52	NC_008014	TTTG	2	8	16907	16914	0 %	75 %	25 %	0 %	94972410
53	NC_008014	GTAC	2	8	17923	17930	25 %	25 %	25 %	25 %	94972411
54	NC_008014	TGCT	2	8	17942	17949	0 %	50 %	25 %	25 %	94972411
55	NC_008014	TTCC	2	8	18425	18432	0 %	50 %	0 %	50 %	94972411
56	NC_008014	TGTA	2	8	18490	18497	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008014	TAAC	2	8	18648	18655	50 %	25 %	0 %	25 %	94972412
58	NC_008014	TACA	2	8	18717	18724	50 %	25 %	0 %	25 %	94972412
59	NC_008014	AGTA	2	8	19021	19028	50 %	25 %	25 %	0 %	94972412
60	NC_008014	TTGT	2	8	19341	19348	0 %	75 %	25 %	0 %	94972412
61	NC_008014	CTTG	2	8	19701	19708	0 %	50 %	25 %	25 %	94972412
62	NC_008014	TTGT	2	8	20018	20025	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
63	NC_008014	ACAA	2	8	20081	20088	75 %	0 %	0 %	25 %	94972413
64	NC_008014	ATAA	2	8	20316	20323	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
65	NC_008014	GTAA	2	8	20490	20497	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
66	NC_008014	TTGT	2	8	20729	20736	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
67	NC_008014	TAAA	2	8	20737	20744	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
68	NC_008014	ATAA	2	8	20870	20877	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
69	NC_008014	TAGA	2	8	20935	20942	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
70	NC_008014	GATA	2	8	21083	21090	50 %	25 %	25 %	0 %	94972414
71	NC_008014	TCCA	2	8	21609	21616	25 %	25 %	0 %	50 %	94972414
72	NC_008014	ATTT	2	8	21710	21717	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008014	TTTC	2	8	21982	21989	0 %	75 %	0 %	25 %	94972415
74	NC_008014	AAGT	2	8	22379	22386	50 %	25 %	25 %	0 %	94972416
75	NC_008014	CCAT	2	8	22664	22671	25 %	25 %	0 %	50 %	94972416
76	NC_008014	TAGT	2	8	23005	23012	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008014	TAGC	2	8	23015	23022	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008014	GATA	2	8	23343	23350	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
79	NC_008014	TGGT	2	8	23717	23724	0 %	50 %	50 %	0 %	94972417
80	NC_008014	TAAT	2	8	23883	23890	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
81	NC_008014	TAAA	2	8	24075	24082	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
82	NC_008014	TTTC	2	8	24319	24326	0 %	75 %	0 %	25 %	94972417
83	NC_008014	TAAG	3	12	24462	24473	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
84	NC_008014	AATA	2	8	24488	24495	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
85	NC_008014	AATG	2	8	24557	24564	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
86	NC_008014	TAAG	2	8	24575	24582	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
87	NC_008014	AAAG	2	8	24868	24875	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
88	NC_008014	CCAG	2	8	25130	25137	25 %	0 %	25 %	50 %	94972417
89	NC_008014	ATTG	2	8	25599	25606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972417
90	NC_008014	ATCC	2	8	25737	25744	25 %	25 %	0 %	50 %	94972417
91	NC_008014	AGAA	2	8	25749	25756	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
92	NC_008014	ATAG	2	8	26461	26468	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008014	TAGA	2	8	26688	26695	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008014	GATG	2	8	27007	27014	25 %	25 %	50 %	0 %	94972418
95	NC_008014	CTTT	2	8	27625	27632	0 %	75 %	0 %	25 %	94972418
96	NC_008014	AAAG	2	8	28528	28535	75 %	0 %	25 %	0 %	94972419
97	NC_008014	AATG	2	8	28565	28572	50 %	25 %	25 %	0 %	94972419
98	NC_008014	AGTT	2	8	29096	29103	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008014	ATCC	2	8	29416	29423	25 %	25 %	0 %	50 %	94972420
100	NC_008014	AGAA	2	8	29530	29537	75 %	0 %	25 %	0 %	94972420
101	NC_008014	TTTA	2	8	29682	29689	25 %	75 %	0 %	0 %	94972420
102	NC_008014	ATAA	2	8	30280	30287	75 %	25 %	0 %	0 %	94972421
103	NC_008014	ATCC	2	8	30362	30369	25 %	25 %	0 %	50 %	94972421
104	NC_008014	GGTA	2	8	30727	30734	25 %	25 %	50 %	0 %	94972421
105	NC_008014	GATG	2	8	30854	30861	25 %	25 %	50 %	0 %	94972421
106	NC_008014	ATGT	2	8	31005	31012	25 %	50 %	25 %	0 %	94972421
107	NC_008014	AATA	2	8	31160	31167	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008014	GTAA	2	8	31426	31433	50 %	25 %	25 %	0 %	94972422
109	NC_008014	AAAG	2	8	31920	31927	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008014	AGAA	2	8	32467	32474	75 %	0 %	25 %	0 %	94972423
111	NC_008014	GATA	2	8	33465	33472	50 %	25 %	25 %	0 %	94972424
112	NC_008014	AGGT	2	8	34009	34016	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008014	TTTA	2	8	34428	34435	25 %	75 %	0 %	0 %	94972425
114	NC_008014	GTAT	2	8	34599	34606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972425
115	NC_008014	ACAA	2	8	34722	34729	75 %	0 %	0 %	25 %	94972425
116	NC_008014	TCAA	2	8	35023	35030	50 %	25 %	0 %	25 %	94972425
117	NC_008014	AGAA	2	8	35320	35327	75 %	0 %	25 %	0 %	94972425
118	NC_008014	ATTT	2	8	35384	35391	25 %	75 %	0 %	0 %	94972425
119	NC_008014	CATA	2	8	35514	35521	50 %	25 %	0 %	25 %	94972425
120	NC_008014	TAGT	2	8	35887	35894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008014	TCAA	2	8	36182	36189	50 %	25 %	0 %	25 %	94972426
122	NC_008014	CTTT	2	8	37204	37211	0 %	75 %	0 %	25 %	94972426
123	NC_008014	CATA	2	8	37454	37461	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008014	CTAT	2	8	38520	38527	25 %	50 %	0 %	25 %	94972427
125	NC_008014	ATTT	2	8	38688	38695	25 %	75 %	0 %	0 %	94972427
126	NC_008014	GTTT	2	8	38864	38871	0 %	75 %	25 %	0 %	94972427
127	NC_008014	TAAA	2	8	39373	39380	75 %	25 %	0 %	0 %	94972427
128	NC_008014	ACAT	2	8	39539	39546	50 %	25 %	0 %	25 %	94972427
129	NC_008014	GTTT	2	8	39583	39590	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008014	AATT	2	8	39928	39935	50 %	50 %	0 %	0 %	94972428
131	NC_008014	GGAT	2	8	40703	40710	25 %	25 %	50 %	0 %	94972428
132	NC_008014	ATTT	2	8	41017	41024	25 %	75 %	0 %	0 %	94972428
133	NC_008014	TTAT	2	8	41112	41119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008014	TTTA	2	8	41302	41309	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008014	AAAG	2	8	41467	41474	75 %	0 %	25 %	0 %	94972429
136	NC_008014	GCTA	2	8	41625	41632	25 %	25 %	25 %	25 %	94972429
137	NC_008014	CATA	2	8	41705	41712	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008014	CATA	2	8	41868	41875	50 %	25 %	0 %	25 %	94972430
139	NC_008014	GATA	2	8	41923	41930	50 %	25 %	25 %	0 %	94972430
140	NC_008014	ACTT	2	8	42553	42560	25 %	50 %	0 %	25 %	94972430
141	NC_008014	AGAA	2	8	42628	42635	75 %	0 %	25 %	0 %	94972430
142	NC_008014	AAGT	2	8	43051	43058	50 %	25 %	25 %	0 %	94972431
143	NC_008014	TAAG	2	8	43111	43118	50 %	25 %	25 %	0 %	94972431
144	NC_008014	GCTT	2	8	43870	43877	0 %	50 %	25 %	25 %	94972432
145	NC_008014	GATT	2	8	44239	44246	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008014	TGCT	2	8	44733	44740	0 %	50 %	25 %	25 %	94972433
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