MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 473

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	ATCT	2	8	1039	1046	25 %	50 %	0 %	25 %	94972399
2	NC_008014	TAGA	2	8	3881	3888	50 %	25 %	25 %	0 %	94972401
3	NC_008014	ATTC	2	8	4015	4022	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
4	NC_008014	AATT	2	8	4229	4236	50 %	50 %	0 %	0 %	94972401
5	NC_008014	CTTA	2	8	4249	4256	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
6	NC_008014	TCTT	2	8	4860	4867	0 %	75 %	0 %	25 %	94972401
7	NC_008014	ATTG	2	8	5571	5578	25 %	50 %	25 %	0 %	94972402
8	NC_008014	TTCC	2	8	6128	6135	0 %	50 %	0 %	50 %	94972403
9	NC_008014	CTAT	2	8	6305	6312	25 %	50 %	0 %	25 %	94972403
10	NC_008014	TCTT	2	8	6460	6467	0 %	75 %	0 %	25 %	94972403
11	NC_008014	TTTA	2	8	7294	7301	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
12	NC_008014	CATC	2	8	7487	7494	25 %	25 %	0 %	50 %	94972404
13	NC_008014	TCTA	2	8	7545	7552	25 %	50 %	0 %	25 %	94972404
14	NC_008014	ATTT	2	8	7663	7670	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
15	NC_008014	TGTC	2	8	8108	8115	0 %	50 %	25 %	25 %	94972405
16	NC_008014	TGTA	2	8	8567	8574	25 %	50 %	25 %	0 %	94972405
17	NC_008014	TGGG	2	8	8825	8832	0 %	25 %	75 %	0 %	94972405
18	NC_008014	TATT	2	8	8959	8966	25 %	75 %	0 %	0 %	94972405
19	NC_008014	GAAT	2	8	8975	8982	50 %	25 %	25 %	0 %	94972405
20	NC_008014	CAAA	2	8	9007	9014	75 %	0 %	0 %	25 %	94972405
21	NC_008014	TATG	2	8	10460	10467	25 %	50 %	25 %	0 %	94972406
22	NC_008014	AACA	2	8	10703	10710	75 %	0 %	0 %	25 %	94972406
23	NC_008014	AAAC	2	8	11978	11985	75 %	0 %	0 %	25 %	94972407
24	NC_008014	TAAG	2	8	12539	12546	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
25	NC_008014	ATGT	2	8	12753	12760	25 %	50 %	25 %	0 %	94972407
26	NC_008014	GTAA	2	8	12776	12783	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
27	NC_008014	TCCT	2	8	12948	12955	0 %	50 %	0 %	50 %	94972407
28	NC_008014	GGAC	2	8	13358	13365	25 %	0 %	50 %	25 %	94972407
29	NC_008014	AGAT	2	8	13893	13900	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
30	NC_008014	TAGA	2	8	14002	14009	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
31	NC_008014	AGAT	2	8	14121	14128	50 %	25 %	25 %	0 %	94972407
32	NC_008014	GGAT	2	8	14167	14174	25 %	25 %	50 %	0 %	94972407
33	NC_008014	TAAA	2	8	14574	14581	75 %	25 %	0 %	0 %	94972408
34	NC_008014	CCAT	2	8	15036	15043	25 %	25 %	0 %	50 %	94972408
35	NC_008014	ATTT	2	8	15067	15074	25 %	75 %	0 %	0 %	94972408
36	NC_008014	TTCA	2	8	15517	15524	25 %	50 %	0 %	25 %	94972409
37	NC_008014	TATC	2	8	15606	15613	25 %	50 %	0 %	25 %	94972409
38	NC_008014	GGCA	2	8	15861	15868	25 %	0 %	50 %	25 %	94972409
39	NC_008014	TTTG	2	8	16907	16914	0 %	75 %	25 %	0 %	94972410
40	NC_008014	GTAC	2	8	17923	17930	25 %	25 %	25 %	25 %	94972411
41	NC_008014	TGCT	2	8	17942	17949	0 %	50 %	25 %	25 %	94972411
42	NC_008014	TTCC	2	8	18425	18432	0 %	50 %	0 %	50 %	94972411
43	NC_008014	TAAC	2	8	18648	18655	50 %	25 %	0 %	25 %	94972412
44	NC_008014	TACA	2	8	18717	18724	50 %	25 %	0 %	25 %	94972412
45	NC_008014	AGTA	2	8	19021	19028	50 %	25 %	25 %	0 %	94972412
46	NC_008014	TTGT	2	8	19341	19348	0 %	75 %	25 %	0 %	94972412
47	NC_008014	CTTG	2	8	19701	19708	0 %	50 %	25 %	25 %	94972412
48	NC_008014	TTGT	2	8	20018	20025	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
49	NC_008014	ACAA	2	8	20081	20088	75 %	0 %	0 %	25 %	94972413
50	NC_008014	ATAA	2	8	20316	20323	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
51	NC_008014	GTAA	2	8	20490	20497	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
52	NC_008014	TTGT	2	8	20729	20736	0 %	75 %	25 %	0 %	94972413
53	NC_008014	TAAA	2	8	20737	20744	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
54	NC_008014	ATAA	2	8	20870	20877	75 %	25 %	0 %	0 %	94972413
55	NC_008014	TAGA	2	8	20935	20942	50 %	25 %	25 %	0 %	94972413
56	NC_008014	GATA	2	8	21083	21090	50 %	25 %	25 %	0 %	94972414
57	NC_008014	TCCA	2	8	21609	21616	25 %	25 %	0 %	50 %	94972414
58	NC_008014	TTTC	2	8	21982	21989	0 %	75 %	0 %	25 %	94972415
59	NC_008014	AAGT	2	8	22379	22386	50 %	25 %	25 %	0 %	94972416
60	NC_008014	CCAT	2	8	22664	22671	25 %	25 %	0 %	50 %	94972416
61	NC_008014	GATA	2	8	23343	23350	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
62	NC_008014	TGGT	2	8	23717	23724	0 %	50 %	50 %	0 %	94972417
63	NC_008014	TAAT	2	8	23883	23890	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
64	NC_008014	TAAA	2	8	24075	24082	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
65	NC_008014	TTTC	2	8	24319	24326	0 %	75 %	0 %	25 %	94972417
66	NC_008014	TAAG	3	12	24462	24473	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
67	NC_008014	AATA	2	8	24488	24495	75 %	25 %	0 %	0 %	94972417
68	NC_008014	AATG	2	8	24557	24564	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
69	NC_008014	TAAG	2	8	24575	24582	50 %	25 %	25 %	0 %	94972417
70	NC_008014	AAAG	2	8	24868	24875	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
71	NC_008014	CCAG	2	8	25130	25137	25 %	0 %	25 %	50 %	94972417
72	NC_008014	ATTG	2	8	25599	25606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972417
73	NC_008014	ATCC	2	8	25737	25744	25 %	25 %	0 %	50 %	94972417
74	NC_008014	AGAA	2	8	25749	25756	75 %	0 %	25 %	0 %	94972417
75	NC_008014	GATG	2	8	27007	27014	25 %	25 %	50 %	0 %	94972418
76	NC_008014	CTTT	2	8	27625	27632	0 %	75 %	0 %	25 %	94972418
77	NC_008014	AAAG	2	8	28528	28535	75 %	0 %	25 %	0 %	94972419
78	NC_008014	AATG	2	8	28565	28572	50 %	25 %	25 %	0 %	94972419
79	NC_008014	ATCC	2	8	29416	29423	25 %	25 %	0 %	50 %	94972420
80	NC_008014	AGAA	2	8	29530	29537	75 %	0 %	25 %	0 %	94972420
81	NC_008014	TTTA	2	8	29682	29689	25 %	75 %	0 %	0 %	94972420
82	NC_008014	ATAA	2	8	30280	30287	75 %	25 %	0 %	0 %	94972421
83	NC_008014	ATCC	2	8	30362	30369	25 %	25 %	0 %	50 %	94972421
84	NC_008014	GGTA	2	8	30727	30734	25 %	25 %	50 %	0 %	94972421
85	NC_008014	GATG	2	8	30854	30861	25 %	25 %	50 %	0 %	94972421
86	NC_008014	ATGT	2	8	31005	31012	25 %	50 %	25 %	0 %	94972421
87	NC_008014	GTAA	2	8	31426	31433	50 %	25 %	25 %	0 %	94972422
88	NC_008014	AGAA	2	8	32467	32474	75 %	0 %	25 %	0 %	94972423
89	NC_008014	GATA	2	8	33465	33472	50 %	25 %	25 %	0 %	94972424
90	NC_008014	TTTA	2	8	34428	34435	25 %	75 %	0 %	0 %	94972425
91	NC_008014	GTAT	2	8	34599	34606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972425
92	NC_008014	ACAA	2	8	34722	34729	75 %	0 %	0 %	25 %	94972425
93	NC_008014	TCAA	2	8	35023	35030	50 %	25 %	0 %	25 %	94972425
94	NC_008014	AGAA	2	8	35320	35327	75 %	0 %	25 %	0 %	94972425
95	NC_008014	ATTT	2	8	35384	35391	25 %	75 %	0 %	0 %	94972425
96	NC_008014	CATA	2	8	35514	35521	50 %	25 %	0 %	25 %	94972425
97	NC_008014	TCAA	2	8	36182	36189	50 %	25 %	0 %	25 %	94972426
98	NC_008014	CTTT	2	8	37204	37211	0 %	75 %	0 %	25 %	94972426
99	NC_008014	CTAT	2	8	38520	38527	25 %	50 %	0 %	25 %	94972427
100	NC_008014	ATTT	2	8	38688	38695	25 %	75 %	0 %	0 %	94972427
101	NC_008014	GTTT	2	8	38864	38871	0 %	75 %	25 %	0 %	94972427
102	NC_008014	TAAA	2	8	39373	39380	75 %	25 %	0 %	0 %	94972427
103	NC_008014	ACAT	2	8	39539	39546	50 %	25 %	0 %	25 %	94972427
104	NC_008014	AATT	2	8	39928	39935	50 %	50 %	0 %	0 %	94972428
105	NC_008014	GGAT	2	8	40703	40710	25 %	25 %	50 %	0 %	94972428
106	NC_008014	ATTT	2	8	41017	41024	25 %	75 %	0 %	0 %	94972428
107	NC_008014	AAAG	2	8	41467	41474	75 %	0 %	25 %	0 %	94972429
108	NC_008014	GCTA	2	8	41625	41632	25 %	25 %	25 %	25 %	94972429
109	NC_008014	CATA	2	8	41868	41875	50 %	25 %	0 %	25 %	94972430
110	NC_008014	GATA	2	8	41923	41930	50 %	25 %	25 %	0 %	94972430
111	NC_008014	ACTT	2	8	42553	42560	25 %	50 %	0 %	25 %	94972430
112	NC_008014	AGAA	2	8	42628	42635	75 %	0 %	25 %	0 %	94972430
113	NC_008014	AAGT	2	8	43051	43058	50 %	25 %	25 %	0 %	94972431
114	NC_008014	TAAG	2	8	43111	43118	50 %	25 %	25 %	0 %	94972431
115	NC_008014	GCTT	2	8	43870	43877	0 %	50 %	25 %	25 %	94972432
116	NC_008014	TGCT	2	8	44733	44740	0 %	50 %	25 %	25 %	94972433
117	NC_008014	GTAG	2	8	44900	44907	25 %	25 %	50 %	0 %	94972433
118	NC_008014	TATT	2	8	45162	45169	25 %	75 %	0 %	0 %	94972433
119	NC_008014	AACA	2	8	47267	47274	75 %	0 %	0 %	25 %	94972435
120	NC_008014	AACC	2	8	47914	47921	50 %	0 %	0 %	50 %	94972435
121	NC_008014	ATGA	2	8	48157	48164	50 %	25 %	25 %	0 %	94972435
122	NC_008014	CAAA	2	8	48184	48191	75 %	0 %	0 %	25 %	94972435
123	NC_008014	AGAA	2	8	48948	48955	75 %	0 %	25 %	0 %	94972435
124	NC_008014	CATC	2	8	49423	49430	25 %	25 %	0 %	50 %	94972435
125	NC_008014	TCTA	2	8	50583	50590	25 %	50 %	0 %	25 %	94972435
126	NC_008014	AGCA	2	8	50790	50797	50 %	0 %	25 %	25 %	94972435
127	NC_008014	ACAA	2	8	50973	50980	75 %	0 %	0 %	25 %	94972435
128	NC_008014	TGGT	2	8	52065	52072	0 %	50 %	50 %	0 %	94972436
129	NC_008014	ATTT	2	8	52196	52203	25 %	75 %	0 %	0 %	94972436
130	NC_008014	CAAT	2	8	52578	52585	50 %	25 %	0 %	25 %	94972436
131	NC_008014	TTCA	2	8	52854	52861	25 %	50 %	0 %	25 %	94972436
132	NC_008014	AAAT	2	8	53164	53171	75 %	25 %	0 %	0 %	94972436
133	NC_008014	GAAA	2	8	53526	53533	75 %	0 %	25 %	0 %	94972437
134	NC_008014	GTAA	2	8	53921	53928	50 %	25 %	25 %	0 %	94972437
135	NC_008014	TGTT	2	8	54206	54213	0 %	75 %	25 %	0 %	94972437
136	NC_008014	TACA	2	8	55460	55467	50 %	25 %	0 %	25 %	94972437
137	NC_008014	TATG	2	8	55521	55528	25 %	50 %	25 %	0 %	94972437
138	NC_008014	TCTG	2	8	56055	56062	0 %	50 %	25 %	25 %	94972438
139	NC_008014	TTTC	2	8	56090	56097	0 %	75 %	0 %	25 %	94972438
140	NC_008014	TGTA	2	8	56231	56238	25 %	50 %	25 %	0 %	94972438
141	NC_008014	AGTA	2	8	56376	56383	50 %	25 %	25 %	0 %	94972438
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143	NC_008014	TGTA	2	8	57421	57428	25 %	50 %	25 %	0 %	94972438
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