MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 2662

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	ATT	2	6	532	537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
2	NC_008014	TTC	2	6	539	544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972399
3	NC_008014	TCA	2	6	576	581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
4	NC_008014	AAG	2	6	607	612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
5	NC_008014	AAG	2	6	709	714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
6	NC_008014	TTA	2	6	717	722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
7	NC_008014	ATG	2	6	763	768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
8	NC_008014	CTA	2	6	778	783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
9	NC_008014	TCA	2	6	839	844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
10	NC_008014	TAT	2	6	920	925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
11	NC_008014	TAG	2	6	955	960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
12	NC_008014	GAT	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
13	NC_008014	CAT	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
14	NC_008014	GTT	2	6	1136	1141	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972399
15	NC_008014	AGA	2	6	1160	1165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
16	NC_008014	CTG	2	6	1585	1590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972399
17	NC_008014	AGA	2	6	2683	2688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
18	NC_008014	TCT	2	6	2729	2734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972400
19	NC_008014	CAT	2	6	2735	2740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972400
20	NC_008014	AAG	2	6	2826	2831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
21	NC_008014	ACA	2	6	2908	2913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
22	NC_008014	ACA	3	9	3004	3012	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
23	NC_008014	GGA	2	6	3065	3070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972400
24	NC_008014	ATT	2	6	3085	3090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972400
25	NC_008014	CAC	2	6	3120	3125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972400
26	NC_008014	TGA	2	6	3193	3198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972400
27	NC_008014	ACA	2	6	3319	3324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
28	NC_008014	AGA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
29	NC_008014	TGG	3	9	3804	3812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972401
30	NC_008014	TTG	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
31	NC_008014	TCA	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972401
32	NC_008014	TTA	2	6	4054	4059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
33	NC_008014	CAG	2	6	4121	4126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972401
34	NC_008014	TTG	2	6	4187	4192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
35	NC_008014	GTT	2	6	4270	4275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
36	NC_008014	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
37	NC_008014	AGA	2	6	4392	4397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
38	NC_008014	ACA	2	6	4398	4403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
39	NC_008014	GAA	2	6	4459	4464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
40	NC_008014	GAA	2	6	4666	4671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
41	NC_008014	AAT	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972401
42	NC_008014	GCT	2	6	4768	4773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972401
43	NC_008014	ACA	2	6	4803	4808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
44	NC_008014	CTT	2	6	4828	4833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972401
45	NC_008014	ATG	2	6	4835	4840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972401
46	NC_008014	ACA	2	6	4851	4856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
47	NC_008014	AAC	2	6	5209	5214	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
48	NC_008014	TTC	3	9	5261	5269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972402
49	NC_008014	CAA	2	6	5301	5306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
50	NC_008014	AGA	2	6	5422	5427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972402
51	NC_008014	CCA	2	6	5448	5453	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972402
52	NC_008014	TAT	2	6	5520	5525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972402
53	NC_008014	TCC	2	6	6014	6019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972403
54	NC_008014	GTG	2	6	6031	6036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972403
55	NC_008014	TGT	2	6	6044	6049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972403
56	NC_008014	TTC	2	6	6169	6174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972403
57	NC_008014	TAT	2	6	6176	6181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972403
58	NC_008014	GCT	2	6	6189	6194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972403
59	NC_008014	ATC	2	6	6201	6206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972403
60	NC_008014	TAT	3	9	6383	6391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972403
61	NC_008014	CTT	2	6	6445	6450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972403
62	NC_008014	AAC	2	6	6517	6522	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972403
63	NC_008014	AGA	2	6	6545	6550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972403
64	NC_008014	TAT	2	6	6850	6855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
65	NC_008014	ATT	2	6	6938	6943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
66	NC_008014	GAC	2	6	6947	6952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972404
67	NC_008014	ACA	2	6	7021	7026	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972404
68	NC_008014	CAA	2	6	7053	7058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972404
69	NC_008014	TGA	2	6	7114	7119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972404
70	NC_008014	TGT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972404
71	NC_008014	TTC	2	6	7347	7352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972404
72	NC_008014	ACC	2	6	7387	7392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972404
73	NC_008014	ATT	2	6	7410	7415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
74	NC_008014	GTA	2	6	7717	7722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972404
75	NC_008014	AGC	3	9	7895	7903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972405
76	NC_008014	TAC	2	6	8009	8014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
77	NC_008014	TCA	2	6	8051	8056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
78	NC_008014	ATG	2	6	8068	8073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972405
79	NC_008014	TGG	2	6	8076	8081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972405
80	NC_008014	ACA	2	6	8228	8233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972405
81	NC_008014	TCA	2	6	8255	8260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
82	NC_008014	AGA	2	6	8423	8428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
83	NC_008014	CAT	2	6	8521	8526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
84	NC_008014	GAA	2	6	8586	8591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
85	NC_008014	TGC	2	6	8654	8659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972405
86	NC_008014	TCC	2	6	8669	8674	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972405
87	NC_008014	GAA	2	6	8740	8745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
88	NC_008014	TGT	2	6	8774	8779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972405
89	NC_008014	TAC	2	6	8789	8794	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
90	NC_008014	ATA	2	6	8833	8838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972405
91	NC_008014	CCT	2	6	9072	9077	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972405
92	NC_008014	CAG	2	6	9082	9087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972405
93	NC_008014	TAG	3	9	9109	9117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972405
94	NC_008014	ATG	2	6	9121	9126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972405
95	NC_008014	ATT	2	6	9149	9154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972405
96	NC_008014	CTT	2	6	9204	9209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972405
97	NC_008014	TTA	2	6	9228	9233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972405
98	NC_008014	CAG	2	6	9271	9276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972405
99	NC_008014	AGA	2	6	9299	9304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
100	NC_008014	TTC	2	6	9374	9379	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972405
101	NC_008014	AGC	2	6	9419	9424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972405
102	NC_008014	GAA	2	6	9605	9610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
103	NC_008014	AAG	2	6	9772	9777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
104	NC_008014	ATA	2	6	9829	9834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972405
105	NC_008014	TAT	2	6	9962	9967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972405
106	NC_008014	AGG	2	6	9983	9988	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972405
107	NC_008014	TTG	2	6	10021	10026	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972405
108	NC_008014	TAG	2	6	10040	10045	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972405
109	NC_008014	AAC	2	6	10096	10101	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972405
110	NC_008014	GAA	2	6	10114	10119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
111	NC_008014	TAT	2	6	10126	10131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972405
112	NC_008014	ACA	2	6	10140	10145	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972405
113	NC_008014	ACA	2	6	10178	10183	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972405
114	NC_008014	ATA	2	6	10202	10207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972405
115	NC_008014	AAG	2	6	10523	10528	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972406
116	NC_008014	ATT	2	6	10550	10555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
117	NC_008014	TAT	2	6	10681	10686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
118	NC_008014	ATT	2	6	10840	10845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
119	NC_008014	TAA	2	6	10911	10916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972406
120	NC_008014	TTA	2	6	11036	11041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
121	NC_008014	GAA	2	6	11077	11082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972406
122	NC_008014	CAA	2	6	11108	11113	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972406
123	NC_008014	ATT	2	6	11124	11129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
124	NC_008014	ATT	2	6	11179	11184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972406
125	NC_008014	ATG	2	6	11317	11322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972407
126	NC_008014	TCC	2	6	11494	11499	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972407
127	NC_008014	CAT	2	6	11568	11573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972407
128	NC_008014	TAT	2	6	11763	11768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972407
129	NC_008014	CAT	2	6	11805	11810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972407
130	NC_008014	ATT	2	6	11878	11883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972407
131	NC_008014	TCA	2	6	11900	11905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972407
132	NC_008014	TGC	2	6	12004	12009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972407
133	NC_008014	ACC	2	6	12043	12048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972407
134	NC_008014	TTG	2	6	12162	12167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972407
135	NC_008014	ATA	2	6	12314	12319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
136	NC_008014	AAT	2	6	12344	12349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
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138	NC_008014	TCC	2	6	12852	12857	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972407
139	NC_008014	AAG	2	6	12883	12888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972407
140	NC_008014	ATA	2	6	12904	12909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
141	NC_008014	CAA	2	6	12936	12941	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972407
142	NC_008014	TCC	2	6	13015	13020	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972407
143	NC_008014	ATA	2	6	13046	13051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
144	NC_008014	AAG	2	6	13069	13074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972407
145	NC_008014	TAA	2	6	13128	13133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
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155	NC_008014	AGA	3	9	13736	13744	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972407
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157	NC_008014	CAC	2	6	13860	13865	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972407
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162	NC_008014	TAA	2	6	14335	14340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
163	NC_008014	ATA	2	6	14456	14461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972407
164	NC_008014	TAT	2	6	14511	14516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972407
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166	NC_008014	GAG	2	6	14626	14631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972408
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241	NC_008014	TTC	2	6	19714	19719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972412
242	NC_008014	CTT	2	6	19725	19730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972412
243	NC_008014	AGG	2	6	19738	19743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972412
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252	NC_008014	ATC	2	6	20328	20333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972413
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256	NC_008014	CCA	2	6	20682	20687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972413
257	NC_008014	AAT	2	6	20774	20779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972413
258	NC_008014	ATA	2	6	20794	20799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972413
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