MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 353

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	CA	3	6	2771	2776	50 %	0 %	0 %	50 %	94972400
2	NC_008014	AT	3	6	2993	2998	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
3	NC_008014	AT	3	6	3077	3082	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
4	NC_008014	TA	3	6	3201	3206	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
5	NC_008014	TG	3	6	3533	3538	0 %	50 %	50 %	0 %	94972400
6	NC_008014	TG	3	6	4081	4086	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
7	NC_008014	CT	3	6	4516	4521	0 %	50 %	0 %	50 %	94972401
8	NC_008014	GT	3	6	4589	4594	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
9	NC_008014	CA	3	6	5602	5607	50 %	0 %	0 %	50 %	94972402
10	NC_008014	TG	3	6	6210	6215	0 %	50 %	50 %	0 %	94972403
11	NC_008014	TA	3	6	6483	6488	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
12	NC_008014	AT	3	6	6553	6558	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
13	NC_008014	TA	4	8	6596	6603	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
14	NC_008014	TA	3	6	7094	7099	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
15	NC_008014	TG	3	6	7555	7560	0 %	50 %	50 %	0 %	94972404
16	NC_008014	TA	3	6	7613	7618	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
17	NC_008014	TA	3	6	7629	7634	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
18	NC_008014	AT	3	6	7832	7837	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
19	NC_008014	TA	3	6	7842	7847	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
20	NC_008014	TA	4	8	7871	7878	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
21	NC_008014	AT	3	6	8477	8482	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
22	NC_008014	AT	3	6	9239	9244	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
23	NC_008014	TA	3	6	9361	9366	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
24	NC_008014	TA	3	6	11476	11481	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
25	NC_008014	TA	3	6	12021	12026	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
26	NC_008014	TA	3	6	12393	12398	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
27	NC_008014	TA	3	6	12726	12731	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
28	NC_008014	AT	3	6	13384	13389	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
29	NC_008014	AT	3	6	13949	13954	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
30	NC_008014	AC	3	6	14198	14203	50 %	0 %	0 %	50 %	94972407
31	NC_008014	TA	3	6	14460	14465	50 %	50 %	0 %	0 %	94972407
32	NC_008014	TA	3	6	14698	14703	50 %	50 %	0 %	0 %	94972408
33	NC_008014	AG	3	6	14708	14713	50 %	0 %	50 %	0 %	94972408
34	NC_008014	TA	3	6	14777	14782	50 %	50 %	0 %	0 %	94972408
35	NC_008014	TG	4	8	15221	15228	0 %	50 %	50 %	0 %	94972408
36	NC_008014	AT	3	6	15809	15814	50 %	50 %	0 %	0 %	94972409
37	NC_008014	GA	4	8	16099	16106	50 %	0 %	50 %	0 %	94972409
38	NC_008014	AT	3	6	18332	18337	50 %	50 %	0 %	0 %	94972411
39	NC_008014	GA	3	6	18769	18774	50 %	0 %	50 %	0 %	94972412
40	NC_008014	TA	6	12	18786	18797	50 %	50 %	0 %	0 %	94972412
41	NC_008014	GT	3	6	18859	18864	0 %	50 %	50 %	0 %	94972412
42	NC_008014	GT	3	6	19196	19201	0 %	50 %	50 %	0 %	94972412
43	NC_008014	AG	3	6	20166	20171	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
44	NC_008014	CA	3	6	20218	20223	50 %	0 %	0 %	50 %	94972413
45	NC_008014	AT	3	6	20406	20411	50 %	50 %	0 %	0 %	94972413
46	NC_008014	AG	3	6	20525	20530	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
47	NC_008014	AG	4	8	20721	20728	50 %	0 %	50 %	0 %	94972413
48	NC_008014	TA	3	6	21768	21773	50 %	50 %	0 %	0 %	94972415
49	NC_008014	TA	3	6	23135	23140	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
50	NC_008014	GT	3	6	23393	23398	0 %	50 %	50 %	0 %	94972417
51	NC_008014	AT	3	6	23806	23811	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
52	NC_008014	GA	3	6	24439	24444	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
53	NC_008014	AT	3	6	25528	25533	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
54	NC_008014	TA	3	6	25637	25642	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
55	NC_008014	AT	3	6	25835	25840	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
56	NC_008014	AG	3	6	25996	26001	50 %	0 %	50 %	0 %	94972417
57	NC_008014	TA	3	6	26092	26097	50 %	50 %	0 %	0 %	94972417
58	NC_008014	AT	3	6	26760	26765	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
59	NC_008014	CT	3	6	26851	26856	0 %	50 %	0 %	50 %	94972418
60	NC_008014	TA	3	6	26973	26978	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
61	NC_008014	AT	3	6	27684	27689	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
62	NC_008014	TA	3	6	27984	27989	50 %	50 %	0 %	0 %	94972418
63	NC_008014	AG	3	6	28071	28076	50 %	0 %	50 %	0 %	94972418
64	NC_008014	AG	3	6	28337	28342	50 %	0 %	50 %	0 %	94972419
65	NC_008014	TA	6	12	29228	29239	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
66	NC_008014	TA	3	6	29316	29321	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
67	NC_008014	TA	3	6	29495	29500	50 %	50 %	0 %	0 %	94972420
68	NC_008014	GT	4	8	30577	30584	0 %	50 %	50 %	0 %	94972421
69	NC_008014	TG	4	8	30819	30826	0 %	50 %	50 %	0 %	94972421
70	NC_008014	GA	3	6	31252	31257	50 %	0 %	50 %	0 %	94972422
71	NC_008014	AT	3	6	34570	34575	50 %	50 %	0 %	0 %	94972425
72	NC_008014	AT	3	6	35422	35427	50 %	50 %	0 %	0 %	94972425
73	NC_008014	TA	7	14	35467	35480	50 %	50 %	0 %	0 %	94972425
74	NC_008014	AT	3	6	35574	35579	50 %	50 %	0 %	0 %	94972425
75	NC_008014	GT	3	6	35604	35609	0 %	50 %	50 %	0 %	94972425
76	NC_008014	TA	3	6	35694	35699	50 %	50 %	0 %	0 %	94972425
77	NC_008014	AC	3	6	36313	36318	50 %	0 %	0 %	50 %	94972426
78	NC_008014	CT	3	6	36391	36396	0 %	50 %	0 %	50 %	94972426
79	NC_008014	AC	4	8	37337	37344	50 %	0 %	0 %	50 %	94972426
80	NC_008014	TA	7	14	37380	37393	50 %	50 %	0 %	0 %	94972426
81	NC_008014	AC	3	6	38157	38162	50 %	0 %	0 %	50 %	94972427
82	NC_008014	AT	3	6	38346	38351	50 %	50 %	0 %	0 %	94972427
83	NC_008014	AT	3	6	38507	38512	50 %	50 %	0 %	0 %	94972427
84	NC_008014	AT	3	6	39131	39136	50 %	50 %	0 %	0 %	94972427
85	NC_008014	AG	3	6	39552	39557	50 %	0 %	50 %	0 %	94972427
86	NC_008014	TA	3	6	40014	40019	50 %	50 %	0 %	0 %	94972428
87	NC_008014	TA	3	6	41455	41460	50 %	50 %	0 %	0 %	94972429
88	NC_008014	TA	3	6	41655	41660	50 %	50 %	0 %	0 %	94972429
89	NC_008014	TA	3	6	42763	42768	50 %	50 %	0 %	0 %	94972430
90	NC_008014	AT	3	6	43345	43350	50 %	50 %	0 %	0 %	94972431
91	NC_008014	TG	3	6	43796	43801	0 %	50 %	50 %	0 %	94972432
92	NC_008014	AT	4	8	44216	44223	50 %	50 %	0 %	0 %	94972432
93	NC_008014	TG	3	6	44608	44613	0 %	50 %	50 %	0 %	94972433
94	NC_008014	TA	3	6	46886	46891	50 %	50 %	0 %	0 %	94972435
95	NC_008014	TA	3	6	46903	46908	50 %	50 %	0 %	0 %	94972435
96	NC_008014	CT	3	6	47044	47049	0 %	50 %	0 %	50 %	94972435
97	NC_008014	AT	3	6	47243	47248	50 %	50 %	0 %	0 %	94972435
98	NC_008014	TA	3	6	48016	48021	50 %	50 %	0 %	0 %	94972435
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102	NC_008014	AT	3	6	51582	51587	50 %	50 %	0 %	0 %	94972435
103	NC_008014	AT	3	6	52529	52534	50 %	50 %	0 %	0 %	94972436
104	NC_008014	CA	4	8	53174	53181	50 %	0 %	0 %	50 %	94972436
105	NC_008014	AC	3	6	53514	53519	50 %	0 %	0 %	50 %	94972437
106	NC_008014	CT	3	6	54774	54779	0 %	50 %	0 %	50 %	94972437
107	NC_008014	CT	3	6	56318	56323	0 %	50 %	0 %	50 %	94972438
108	NC_008014	AT	4	8	56742	56749	50 %	50 %	0 %	0 %	94972438
109	NC_008014	AT	3	6	56883	56888	50 %	50 %	0 %	0 %	94972438
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111	NC_008014	AT	7	14	57666	57679	50 %	50 %	0 %	0 %	94972438
112	NC_008014	AT	3	6	57690	57695	50 %	50 %	0 %	0 %	94972438
113	NC_008014	TA	3	6	57711	57716	50 %	50 %	0 %	0 %	94972438
114	NC_008014	CA	3	6	60647	60652	50 %	0 %	0 %	50 %	94972439
115	NC_008014	TG	3	6	60702	60707	0 %	50 %	50 %	0 %	94972439
116	NC_008014	AT	3	6	60714	60719	50 %	50 %	0 %	0 %	94972439
117	NC_008014	TC	3	6	61881	61886	0 %	50 %	0 %	50 %	94972439
118	NC_008014	CT	3	6	61943	61948	0 %	50 %	0 %	50 %	94972439
119	NC_008014	AT	4	8	62765	62772	50 %	50 %	0 %	0 %	94972439
120	NC_008014	TA	3	6	63066	63071	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
121	NC_008014	AT	3	6	63236	63241	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
122	NC_008014	AT	3	6	63245	63250	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
123	NC_008014	AT	3	6	63439	63444	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
124	NC_008014	CT	3	6	64323	64328	0 %	50 %	0 %	50 %	94972440
125	NC_008014	AT	3	6	64497	64502	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
126	NC_008014	CT	3	6	64737	64742	0 %	50 %	0 %	50 %	94972440
127	NC_008014	TA	3	6	64860	64865	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
128	NC_008014	TA	3	6	64973	64978	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
129	NC_008014	TA	3	6	65007	65012	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
130	NC_008014	TA	3	6	65025	65030	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
131	NC_008014	TA	3	6	65033	65038	50 %	50 %	0 %	0 %	94972440
132	NC_008014	TC	3	6	65712	65717	0 %	50 %	0 %	50 %	94972441
133	NC_008014	GA	3	6	66229	66234	50 %	0 %	50 %	0 %	94972441
134	NC_008014	AT	3	6	66249	66254	50 %	50 %	0 %	0 %	94972441
135	NC_008014	AT	3	6	66704	66709	50 %	50 %	0 %	0 %	94972441
136	NC_008014	AT	3	6	66882	66887	50 %	50 %	0 %	0 %	94972441
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144	NC_008014	AT	3	6	72705	72710	50 %	50 %	0 %	0 %	94972444
145	NC_008014	AT	3	6	72723	72728	50 %	50 %	0 %	0 %	94972444
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.