MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	GTTAT	2	10	896	905	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008013	TTTAT	2	10	934	943	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008013	ACAAA	2	10	1059	1068	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008013	TAAAA	2	10	2530	2539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008013	AAAAG	2	10	3397	3406	80 %	0 %	20 %	0 %	94972376
6	NC_008013	TTTGC	2	10	5785	5794	0 %	60 %	20 %	20 %	94972377
7	NC_008013	TAAGG	2	10	6645	6654	40 %	20 %	40 %	0 %	94972377
8	NC_008013	ATTAT	2	10	7861	7870	40 %	60 %	0 %	0 %	94972377
9	NC_008013	TATTG	2	10	8114	8123	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008013	TGTAT	2	10	9016	9025	20 %	60 %	20 %	0 %	94972378
11	NC_008013	CTATG	2	10	9167	9176	20 %	40 %	20 %	20 %	94972378
12	NC_008013	AAGTA	2	10	9378	9387	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008013	CAATT	2	10	10210	10219	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008013	CTTTT	2	10	10583	10592	0 %	80 %	0 %	20 %	94972379
15	NC_008013	AAAGT	2	10	11820	11829	60 %	20 %	20 %	0 %	94972379
16	NC_008013	GGCTT	2	10	11882	11891	0 %	40 %	40 %	20 %	94972379
17	NC_008013	TGTCC	2	10	13607	13616	0 %	40 %	20 %	40 %	94972380
18	NC_008013	ATGGA	2	10	13763	13772	40 %	20 %	40 %	0 %	94972380
19	NC_008013	AGTAT	2	10	14203	14212	40 %	40 %	20 %	0 %	94972380
20	NC_008013	TTGCA	2	10	15603	15612	20 %	40 %	20 %	20 %	94972382
21	NC_008013	TTTTA	2	10	15675	15684	20 %	80 %	0 %	0 %	94972382
22	NC_008013	TAATT	2	10	16099	16108	40 %	60 %	0 %	0 %	94972382
23	NC_008013	TTTTA	2	10	16617	16626	20 %	80 %	0 %	0 %	94972383
24	NC_008013	TACAT	2	10	19302	19311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008013	ATAAA	2	10	19344	19353	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008013	AAAAT	2	10	19978	19987	80 %	20 %	0 %	0 %	94972386
27	NC_008013	TGATA	2	10	20033	20042	40 %	40 %	20 %	0 %	94972386
28	NC_008013	AGAAA	2	10	20489	20498	80 %	0 %	20 %	0 %	94972386
29	NC_008013	GTTAT	2	10	20624	20633	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008013	GTCTT	2	10	21448	21457	0 %	60 %	20 %	20 %	94972387
31	NC_008013	ATGAA	2	10	22009	22018	60 %	20 %	20 %	0 %	94972388
32	NC_008013	TACAT	2	10	22085	22094	40 %	40 %	0 %	20 %	94972388
33	NC_008013	TACAC	2	10	22332	22341	40 %	20 %	0 %	40 %	94972388
34	NC_008013	AAATG	2	10	22961	22970	60 %	20 %	20 %	0 %	94972389
35	NC_008013	AGAAA	2	10	24885	24894	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008013	TGTAA	2	10	25245	25254	40 %	40 %	20 %	0 %	94972391
37	NC_008013	ATTAA	2	10	27333	27342	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008013	ATTAA	2	10	27361	27370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008013	ATTAT	2	10	27390	27399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008013	AAATA	2	10	27656	27665	80 %	20 %	0 %	0 %	94972393
41	NC_008013	ATAAA	2	10	27783	27792	80 %	20 %	0 %	0 %	94972393
42	NC_008013	AATTA	2	10	29238	29247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008013	ATCAA	2	10	29536	29545	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008013	TATAA	2	10	29648	29657	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008013	TTCCC	2	10	29903	29912	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_008013	TATAT	2	10	30860	30869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008013	AATAG	2	10	31717	31726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008013	AACAA	2	10	32830	32839	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_008013	TAATA	2	10	33287	33296	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008013	AGCTA	2	10	33432	33441	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008013	TAAAT	2	10	33473	33482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008013	TATTT	2	10	36704	36713	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008013	GGATA	2	10	36833	36842	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008013	ATTTT	2	10	37733	37742	20 %	80 %	0 %	0 %	94972396
55	NC_008013	ATATA	2	10	38493	38502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008013	AACTT	2	10	38829	38838	40 %	40 %	0 %	20 %	94972397

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.