MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 58

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	TTTG	2	8	7	14	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008013	AATT	2	8	52	59	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008013	AACT	2	8	125	132	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008013	TAGT	2	8	264	271	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008013	TAAA	2	8	1012	1019	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008013	CAAT	2	8	1245	1252	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008013	ATTA	2	8	1437	1444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008013	TAAT	2	8	1462	1469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008013	CAAT	2	8	1811	1818	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_008013	TAAT	2	8	2130	2137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008013	ATTT	2	8	2631	2638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008013	TAGA	2	8	3926	3933	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008013	ATAA	2	8	4170	4177	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008013	AATT	2	8	4178	4185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008013	ATGT	2	8	4648	4655	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008013	TAAA	2	8	4659	4666	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008013	TTAC	2	8	8019	8026	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008013	TTAG	2	8	8047	8054	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008013	TAAA	2	8	8056	8063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008013	TAAA	2	8	8219	8226	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008013	ATAA	2	8	8267	8274	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008013	AGAT	2	8	9684	9691	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008013	TTTA	2	8	9914	9921	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008013	ATCT	2	8	10121	10128	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008013	ACAT	2	8	10278	10285	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008013	CATA	2	8	10362	10369	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008013	AATC	2	8	16471	16478	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008013	CATA	2	8	27509	27516	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008013	TCTT	2	8	28888	28895	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008013	TAAT	2	8	29385	29392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008013	CTAA	2	8	29434	29441	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008013	CTAA	2	8	29622	29629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008013	TAGA	2	8	29847	29854	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008013	TCAT	2	8	29934	29941	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008013	AATA	2	8	30075	30082	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008013	TATT	2	8	30108	30115	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008013	GATA	2	8	30256	30263	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008013	TTAT	2	8	30281	30288	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008013	CTTT	2	8	30761	30768	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008013	TACT	2	8	31106	31113	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008013	TTGA	2	8	31973	31980	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008013	AATA	2	8	32222	32229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008013	CTGT	2	8	32311	32318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008013	TTCT	2	8	32324	32331	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008013	AAAG	2	8	32695	32702	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008013	AGCA	2	8	32766	32773	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008013	ATAA	2	8	32840	32847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008013	AATA	2	8	33144	33151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008013	AGAA	2	8	33528	33535	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008013	TATT	2	8	33559	33566	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008013	ACTA	2	8	33573	33580	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008013	TAAT	2	8	33581	33588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008013	ATTA	2	8	38113	38120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008013	TAAT	2	8	38235	38242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008013	ATTT	2	8	38341	38348	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008013	CTAA	2	8	38377	38384	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008013	GTAC	2	8	38570	38577	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008013	CAAT	2	8	39734	39741	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.