MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 673

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	ATT	2	6	34	39	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008013	ATT	2	6	41	46	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008013	CTT	2	6	61	66	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008013	TAA	2	6	69	74	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008013	AGA	2	6	119	124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008013	ATA	2	6	169	174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008013	TAA	2	6	192	197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008013	ATA	2	6	198	203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008013	AGT	2	6	205	210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008013	AAC	2	6	303	308	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008013	TGC	2	6	472	477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972374
12	NC_008013	TGG	2	6	507	512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972374
13	NC_008013	GAA	2	6	521	526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
14	NC_008013	AAG	2	6	564	569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
15	NC_008013	TAA	2	6	595	600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972374
16	NC_008013	AGA	2	6	619	624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
17	NC_008013	CTT	2	6	741	746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008013	AGC	2	6	765	770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008013	ATT	2	6	787	792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008013	CAA	2	6	795	800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008013	AGC	2	6	860	865	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008013	ACA	2	6	918	923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008013	ATT	2	6	928	933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008013	AAG	2	6	959	964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008013	ATA	2	6	1253	1258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008013	TAT	2	6	1264	1269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008013	AAT	2	6	1329	1334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008013	AAT	2	6	1361	1366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008013	ATA	3	9	1409	1417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008013	TAT	2	6	1564	1569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008013	ATT	2	6	1619	1624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008013	ATT	2	6	1639	1644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008013	TAA	2	6	1762	1767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008013	TAA	2	6	1962	1967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008013	TAA	2	6	2198	2203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008013	CTT	2	6	2288	2293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
37	NC_008013	TTC	2	6	2376	2381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
38	NC_008013	ATT	2	6	2550	2555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008013	TTA	2	6	2582	2587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008013	TAA	2	6	2599	2604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008013	TCC	2	6	2695	2700	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_008013	AAT	2	6	2730	2735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008013	GTC	2	6	2736	2741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008013	AAT	2	6	2742	2747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008013	AGA	5	15	2811	2825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
46	NC_008013	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
47	NC_008013	GAA	2	6	2854	2859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
48	NC_008013	AAG	2	6	2907	2912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
49	NC_008013	GAA	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
50	NC_008013	TAT	2	6	3096	3101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
51	NC_008013	GAA	2	6	3157	3162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
52	NC_008013	TTA	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
53	NC_008013	ACA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972376
54	NC_008013	ATT	2	6	3270	3275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
55	NC_008013	TCT	3	9	3321	3329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972376
56	NC_008013	AGT	2	6	3354	3359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972376
57	NC_008013	GAA	2	6	3457	3462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
58	NC_008013	TTA	2	6	3507	3512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
59	NC_008013	TAC	2	6	3846	3851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008013	ATA	2	6	3856	3861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008013	TTA	2	6	3888	3893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008013	ATT	2	6	4072	4077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008013	AGA	2	6	4208	4213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008013	AAT	2	6	4214	4219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008013	TAT	2	6	4253	4258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008013	TCT	2	6	4329	4334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008013	TTA	2	6	4343	4348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008013	TAA	2	6	4409	4414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008013	TAA	2	6	4447	4452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008013	TTA	2	6	4576	4581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008013	TAT	2	6	4604	4609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008013	TTA	2	6	4612	4617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008013	TAA	2	6	4620	4625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008013	TAT	2	6	4676	4681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008013	GAT	2	6	4782	4787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008013	ATT	2	6	4810	4815	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008013	AGA	3	9	4826	4834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008013	GAA	2	6	4836	4841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008013	TTA	2	6	4949	4954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008013	TAG	2	6	4963	4968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008013	ATA	2	6	5020	5025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008013	ATA	2	6	5035	5040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008013	TTA	2	6	5044	5049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008013	CCA	2	6	5083	5088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
85	NC_008013	AAT	2	6	5149	5154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
86	NC_008013	TTG	2	6	5168	5173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
87	NC_008013	TTA	2	6	5339	5344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
88	NC_008013	GTT	2	6	5451	5456	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
89	NC_008013	GTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
90	NC_008013	CAT	2	6	5642	5647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972377
91	NC_008013	GTT	2	6	5738	5743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
92	NC_008013	CTG	2	6	5759	5764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
93	NC_008013	GTT	2	6	5903	5908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
94	NC_008013	TAG	2	6	5921	5926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
95	NC_008013	ATT	2	6	5973	5978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
96	NC_008013	TGT	2	6	5994	5999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
97	NC_008013	TGA	2	6	6063	6068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
98	NC_008013	CAA	2	6	6248	6253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972377
99	NC_008013	CCA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
100	NC_008013	TAA	2	6	6576	6581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
101	NC_008013	CCA	2	6	6592	6597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
102	NC_008013	CGT	2	6	6668	6673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
103	NC_008013	ATT	2	6	6933	6938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
104	NC_008013	CCA	2	6	7015	7020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
105	NC_008013	GAA	2	6	7090	7095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972377
106	NC_008013	ACC	2	6	7422	7427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
107	NC_008013	ATT	2	6	7519	7524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
108	NC_008013	TAT	2	6	7538	7543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
109	NC_008013	GTT	2	6	7581	7586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
110	NC_008013	ACC	3	9	7599	7607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
111	NC_008013	AAT	2	6	7608	7613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
112	NC_008013	TGT	2	6	7644	7649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
113	NC_008013	TAG	2	6	7661	7666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
114	NC_008013	GCA	2	6	7774	7779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972377
115	NC_008013	ATA	2	6	7829	7834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
116	NC_008013	TTA	2	6	7855	7860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
117	NC_008013	ATA	2	6	7873	7878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
118	NC_008013	AGA	2	6	7905	7910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008013	TAA	2	6	7932	7937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008013	TTA	2	6	7972	7977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008013	TAA	2	6	8135	8140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008013	TAA	2	6	8149	8154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008013	ATT	2	6	8195	8200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008013	AAT	2	6	8286	8291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008013	TCT	2	6	8298	8303	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008013	ATT	2	6	8333	8338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
127	NC_008013	TAA	2	6	8342	8347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
128	NC_008013	CTT	2	6	8387	8392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
129	NC_008013	CTC	2	6	8468	8473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972378
130	NC_008013	TAT	2	6	8573	8578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
131	NC_008013	TAA	2	6	8639	8644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
132	NC_008013	CTT	2	6	8660	8665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
133	NC_008013	GTT	2	6	8909	8914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972378
134	NC_008013	AAG	2	6	8927	8932	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972378
135	NC_008013	CAT	2	6	9098	9103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972378
136	NC_008013	TAA	2	6	9150	9155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
137	NC_008013	TTG	2	6	9342	9347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008013	TAA	2	6	9348	9353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008013	AGT	2	6	9369	9374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008013	TAA	2	6	9392	9397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008013	TAT	2	6	9413	9418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008013	TTA	2	6	9425	9430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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400	NC_008013	GTT	2	6	23371	23376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972389
401	NC_008013	TAT	3	9	23444	23452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972389
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