MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 447

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	TGC	2	6	472	477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972374
2	NC_008013	TGG	2	6	507	512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972374
3	NC_008013	GAA	2	6	521	526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
4	NC_008013	AAG	2	6	564	569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
5	NC_008013	TAA	2	6	595	600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972374
6	NC_008013	AGA	2	6	619	624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
7	NC_008013	CTT	2	6	2288	2293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
8	NC_008013	TTC	2	6	2376	2381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
9	NC_008013	AGA	5	15	2811	2825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
10	NC_008013	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
11	NC_008013	GAA	2	6	2854	2859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
12	NC_008013	AAG	2	6	2907	2912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
13	NC_008013	GAA	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
14	NC_008013	TAT	2	6	3096	3101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
15	NC_008013	GAA	2	6	3157	3162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
16	NC_008013	TTA	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
17	NC_008013	ACA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972376
18	NC_008013	ATT	2	6	3270	3275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
19	NC_008013	TCT	3	9	3321	3329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972376
20	NC_008013	AGT	2	6	3354	3359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972376
21	NC_008013	GAA	2	6	3457	3462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
22	NC_008013	TTA	2	6	3507	3512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
23	NC_008013	CCA	2	6	5083	5088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
24	NC_008013	AAT	2	6	5149	5154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
25	NC_008013	TTG	2	6	5168	5173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
26	NC_008013	TTA	2	6	5339	5344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
27	NC_008013	GTT	2	6	5451	5456	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
28	NC_008013	GTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
29	NC_008013	CAT	2	6	5642	5647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972377
30	NC_008013	GTT	2	6	5738	5743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
31	NC_008013	CTG	2	6	5759	5764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
32	NC_008013	GTT	2	6	5903	5908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
33	NC_008013	TAG	2	6	5921	5926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
34	NC_008013	ATT	2	6	5973	5978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
35	NC_008013	TGT	2	6	5994	5999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
36	NC_008013	TGA	2	6	6063	6068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
37	NC_008013	CAA	2	6	6248	6253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972377
38	NC_008013	CCA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
39	NC_008013	TAA	2	6	6576	6581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
40	NC_008013	CCA	2	6	6592	6597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
41	NC_008013	CGT	2	6	6668	6673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
42	NC_008013	ATT	2	6	6933	6938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
43	NC_008013	CCA	2	6	7015	7020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
44	NC_008013	GAA	2	6	7090	7095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972377
45	NC_008013	ACC	2	6	7422	7427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
46	NC_008013	ATT	2	6	7519	7524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
47	NC_008013	TAT	2	6	7538	7543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
48	NC_008013	GTT	2	6	7581	7586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
49	NC_008013	ACC	3	9	7599	7607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
50	NC_008013	AAT	2	6	7608	7613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
51	NC_008013	TGT	2	6	7644	7649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
52	NC_008013	TAG	2	6	7661	7666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
53	NC_008013	GCA	2	6	7774	7779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972377
54	NC_008013	ATA	2	6	7829	7834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
55	NC_008013	TTA	2	6	7855	7860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
56	NC_008013	ATA	2	6	7873	7878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
57	NC_008013	ATT	2	6	8333	8338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
58	NC_008013	TAA	2	6	8342	8347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
59	NC_008013	CTT	2	6	8387	8392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
60	NC_008013	CTC	2	6	8468	8473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972378
61	NC_008013	TAT	2	6	8573	8578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
62	NC_008013	TAA	2	6	8639	8644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
63	NC_008013	CTT	2	6	8660	8665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
64	NC_008013	GTT	2	6	8909	8914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972378
65	NC_008013	AAG	2	6	8927	8932	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972378
66	NC_008013	CAT	2	6	9098	9103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972378
67	NC_008013	TAA	2	6	9150	9155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
68	NC_008013	TAC	2	6	10474	10479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972379
69	NC_008013	TCG	2	6	10558	10563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972379
70	NC_008013	GAA	2	6	10637	10642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
71	NC_008013	GAA	3	9	10646	10654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
72	NC_008013	GCA	2	6	10703	10708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972379
73	NC_008013	AAG	2	6	10716	10721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
74	NC_008013	GAA	3	9	10757	10765	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
75	NC_008013	ACT	2	6	10826	10831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972379
76	NC_008013	TGA	2	6	10843	10848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
77	NC_008013	TGA	2	6	10876	10881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
78	NC_008013	TTG	2	6	11002	11007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972379
79	NC_008013	AGA	2	6	11053	11058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
80	NC_008013	AAG	2	6	11094	11099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
81	NC_008013	AGA	2	6	11116	11121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
82	NC_008013	GTA	2	6	11127	11132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
83	NC_008013	AGC	2	6	11145	11150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972379
84	NC_008013	AGG	2	6	11157	11162	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
85	NC_008013	ATA	2	6	11169	11174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972379
86	NC_008013	TAT	2	6	11176	11181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972379
87	NC_008013	AGA	2	6	11200	11205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
88	NC_008013	ATG	2	6	11241	11246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
89	NC_008013	AGG	2	6	11280	11285	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
90	NC_008013	TGA	2	6	11293	11298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
91	NC_008013	AAG	2	6	11406	11411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
92	NC_008013	AGG	2	6	11425	11430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
93	NC_008013	TAA	2	6	11470	11475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972379
94	NC_008013	GTG	2	6	11493	11498	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972379
95	NC_008013	CTG	2	6	11577	11582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972379
96	NC_008013	CTT	2	6	11694	11699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972379
97	NC_008013	TAG	2	6	11749	11754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
98	NC_008013	TAT	2	6	11848	11853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972379
99	NC_008013	TAA	2	6	12010	12015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972379
100	NC_008013	TTA	2	6	12043	12048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972379
101	NC_008013	GAA	2	6	12092	12097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
102	NC_008013	AGG	2	6	12133	12138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
103	NC_008013	AAC	2	6	12217	12222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972379
104	NC_008013	AGG	2	6	12478	12483	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
105	NC_008013	AAT	2	6	12509	12514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972379
106	NC_008013	GAA	2	6	12565	12570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
107	NC_008013	TGA	2	6	12785	12790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972380
108	NC_008013	TTC	2	6	12796	12801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972380
109	NC_008013	ACT	2	6	12875	12880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972380
110	NC_008013	AAG	2	6	12963	12968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972380
111	NC_008013	AAT	2	6	13003	13008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972380
112	NC_008013	CAT	2	6	13056	13061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972380
113	NC_008013	ATA	2	6	13072	13077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972380
114	NC_008013	CAA	2	6	13170	13175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972380
115	NC_008013	TCT	2	6	13232	13237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972380
116	NC_008013	TTC	2	6	13297	13302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972380
117	NC_008013	ATT	2	6	13321	13326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972380
118	NC_008013	TAG	2	6	13402	13407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972380
119	NC_008013	TAA	2	6	13499	13504	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972380
120	NC_008013	CCA	2	6	13517	13522	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972380
121	NC_008013	TCA	2	6	13529	13534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972380
122	NC_008013	AAC	2	6	13552	13557	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972380
123	NC_008013	TTC	2	6	13621	13626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972380
124	NC_008013	CTG	2	6	13722	13727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972380
125	NC_008013	TCA	2	6	13736	13741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972380
126	NC_008013	TCC	2	6	13849	13854	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972380
127	NC_008013	CTG	2	6	13906	13911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972380
128	NC_008013	TTC	3	9	13927	13935	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972380
129	NC_008013	TCA	2	6	13967	13972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972380
130	NC_008013	AAT	2	6	13977	13982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972380
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132	NC_008013	TAG	2	6	14110	14115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972380
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