MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 27

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	TGTTA	2	10	500	509	20 %	60 %	20 %	0 %	94972344
2	NC_008012	TTATA	2	10	1767	1776	40 %	60 %	0 %	0 %	94972345
3	NC_008012	TAAAA	2	10	4055	4064	80 %	20 %	0 %	0 %	94972348
4	NC_008012	ATAAC	2	10	4131	4140	60 %	20 %	0 %	20 %	94972348
5	NC_008012	AAAGA	2	10	5271	5280	80 %	0 %	20 %	0 %	94972348
6	NC_008012	AAAAG	2	10	6028	6037	80 %	0 %	20 %	0 %	94972349
7	NC_008012	AATTA	2	10	6543	6552	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008012	GTAAA	2	10	7047	7056	60 %	20 %	20 %	0 %	94972350
9	NC_008012	AGAAA	2	10	11415	11424	80 %	0 %	20 %	0 %	94972355
10	NC_008012	ATTTT	2	10	11541	11550	20 %	80 %	0 %	0 %	94972355
11	NC_008012	AGGAA	2	10	13391	13400	60 %	0 %	40 %	0 %	94972357
12	NC_008012	TCCTT	2	10	14438	14447	0 %	60 %	0 %	40 %	94972358
13	NC_008012	TTTGA	2	10	14972	14981	20 %	60 %	20 %	0 %	94972358
14	NC_008012	AAATT	2	10	15056	15065	60 %	40 %	0 %	0 %	94972358
15	NC_008012	AACAA	2	10	17207	17216	80 %	0 %	0 %	20 %	94972360
16	NC_008012	AGTAA	2	10	17316	17325	60 %	20 %	20 %	0 %	94972360
17	NC_008012	TCTTT	2	10	18527	18536	0 %	80 %	0 %	20 %	94972363
18	NC_008012	TATAG	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008012	GTTTT	2	10	20605	20614	0 %	80 %	20 %	0 %	94972366
20	NC_008012	GATAA	2	10	21295	21304	60 %	20 %	20 %	0 %	94972367
21	NC_008012	AGAAA	2	10	21435	21444	80 %	0 %	20 %	0 %	94972367
22	NC_008012	ATTCC	2	10	24012	24021	20 %	40 %	0 %	40 %	94972370
23	NC_008012	GCATT	2	10	25164	25173	20 %	40 %	20 %	20 %	94972371
24	NC_008012	ATGTT	2	10	25256	25265	20 %	60 %	20 %	0 %	94972371
25	NC_008012	CTTTT	2	10	25463	25472	0 %	80 %	0 %	20 %	94972371
26	NC_008012	AACAT	2	10	25929	25938	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008012	ATTTT	2	10	26300	26309	20 %	80 %	0 %	0 %	94972372

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.