MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	TTTA	2	8	212	219	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008012	ATTA	2	8	411	418	50 %	50 %	0 %	0 %	94972344
3	NC_008012	TTAG	2	8	856	863	25 %	50 %	25 %	0 %	94972344
4	NC_008012	CTTC	2	8	1327	1334	0 %	50 %	0 %	50 %	94972344
5	NC_008012	ATAA	2	8	2138	2145	75 %	25 %	0 %	0 %	94972346
6	NC_008012	ATCA	2	8	2256	2263	50 %	25 %	0 %	25 %	94972346
7	NC_008012	GAAA	2	8	2410	2417	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008012	CTTT	2	8	2480	2487	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008012	GTAA	2	8	2516	2523	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008012	AGCA	2	8	2721	2728	50 %	0 %	25 %	25 %	94972347
11	NC_008012	TAAA	2	8	3255	3262	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008012	GGTA	2	8	3285	3292	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008012	AAAT	2	8	3350	3357	75 %	25 %	0 %	0 %	94972348
14	NC_008012	AGAT	2	8	3829	3836	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
15	NC_008012	GTAA	2	8	3999	4006	50 %	25 %	25 %	0 %	94972348
16	NC_008012	AGAA	2	8	4328	4335	75 %	0 %	25 %	0 %	94972348
17	NC_008012	TCTT	2	8	4353	4360	0 %	75 %	0 %	25 %	94972348
18	NC_008012	GAAG	2	8	4546	4553	50 %	0 %	50 %	0 %	94972348
19	NC_008012	TCTG	2	8	4722	4729	0 %	50 %	25 %	25 %	94972348
20	NC_008012	TATT	2	8	5040	5047	25 %	75 %	0 %	0 %	94972348
21	NC_008012	AAAT	2	8	5127	5134	75 %	25 %	0 %	0 %	94972348
22	NC_008012	TAAA	2	8	5394	5401	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008012	CTAA	2	8	5467	5474	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008012	AATA	2	8	5519	5526	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008012	AAAG	2	8	5680	5687	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008012	AAAG	2	8	6049	6056	75 %	0 %	25 %	0 %	94972349
27	NC_008012	ATAA	2	8	6209	6216	75 %	25 %	0 %	0 %	94972349
28	NC_008012	GAAG	2	8	6523	6530	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008012	TATG	2	8	7068	7075	25 %	50 %	25 %	0 %	94972350
30	NC_008012	TGGT	2	8	8697	8704	0 %	50 %	50 %	0 %	94972352
31	NC_008012	ACAA	2	8	8814	8821	75 %	0 %	0 %	25 %	94972352
32	NC_008012	TCTA	2	8	8829	8836	25 %	50 %	0 %	25 %	94972352
33	NC_008012	AGAA	2	8	9438	9445	75 %	0 %	25 %	0 %	94972352
34	NC_008012	ATAG	2	8	9891	9898	50 %	25 %	25 %	0 %	94972353
35	NC_008012	TTTA	2	8	10636	10643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008012	TAAA	2	8	10828	10835	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008012	TAAA	2	8	10967	10974	75 %	25 %	0 %	0 %	94972354
38	NC_008012	TGTA	2	8	11600	11607	25 %	50 %	25 %	0 %	94972355
39	NC_008012	CTAT	2	8	11970	11977	25 %	50 %	0 %	25 %	94972355
40	NC_008012	AAAG	2	8	12440	12447	75 %	0 %	25 %	0 %	94972356
41	NC_008012	TAAC	2	8	12889	12896	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008012	ATTA	2	8	12917	12924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008012	ATAA	2	8	12981	12988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008012	TAAA	2	8	13024	13031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008012	TTAG	2	8	13079	13086	25 %	50 %	25 %	0 %	94972357
46	NC_008012	AATA	2	8	13404	13411	75 %	25 %	0 %	0 %	94972357
47	NC_008012	TATT	2	8	13560	13567	25 %	75 %	0 %	0 %	94972357
48	NC_008012	TGTA	2	8	13643	13650	25 %	50 %	25 %	0 %	94972357
49	NC_008012	TGAT	2	8	13739	13746	25 %	50 %	25 %	0 %	94972357
50	NC_008012	AACT	2	8	13919	13926	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008012	TTTA	2	8	14394	14401	25 %	75 %	0 %	0 %	94972358
52	NC_008012	GAAA	2	8	14470	14477	75 %	0 %	25 %	0 %	94972358
53	NC_008012	TTTA	2	8	14904	14911	25 %	75 %	0 %	0 %	94972358
54	NC_008012	ATAG	2	8	15196	15203	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008012	CTAT	2	8	15238	15245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008012	AGAA	2	8	15389	15396	75 %	0 %	25 %	0 %	94972359
57	NC_008012	TAAT	2	8	15799	15806	50 %	50 %	0 %	0 %	94972359
58	NC_008012	TATC	2	8	16252	16259	25 %	50 %	0 %	25 %	94972360
59	NC_008012	AAGG	2	8	16978	16985	50 %	0 %	50 %	0 %	94972360
60	NC_008012	ATCC	2	8	17933	17940	25 %	25 %	0 %	50 %	94972362
61	NC_008012	AACA	2	8	18163	18170	75 %	0 %	0 %	25 %	94972362
62	NC_008012	TATT	2	8	18259	18266	25 %	75 %	0 %	0 %	94972362
63	NC_008012	ATAA	2	8	18653	18660	75 %	25 %	0 %	0 %	94972363
64	NC_008012	GGGA	2	8	18693	18700	25 %	0 %	75 %	0 %	94972363
65	NC_008012	TTAA	2	8	18815	18822	50 %	50 %	0 %	0 %	94972363
66	NC_008012	CTGT	2	8	19751	19758	0 %	50 %	25 %	25 %	94972365
67	NC_008012	CTAT	2	8	19998	20005	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008012	TTCT	2	8	20420	20427	0 %	75 %	0 %	25 %	94972366
69	NC_008012	AAAT	2	8	20497	20504	75 %	25 %	0 %	0 %	94972366
70	NC_008012	AAAT	2	8	20542	20549	75 %	25 %	0 %	0 %	94972366
71	NC_008012	TGAA	2	8	21224	21231	50 %	25 %	25 %	0 %	94972367
72	NC_008012	AAAG	2	8	21357	21364	75 %	0 %	25 %	0 %	94972367
73	NC_008012	TAAT	2	8	21945	21952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008012	AATA	2	8	22697	22704	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008012	ATCA	2	8	23395	23402	50 %	25 %	0 %	25 %	94972370
76	NC_008012	AGTT	2	8	23563	23570	25 %	50 %	25 %	0 %	94972370
77	NC_008012	GTAA	2	8	23585	23592	50 %	25 %	25 %	0 %	94972370
78	NC_008012	TTTC	2	8	23692	23699	0 %	75 %	0 %	25 %	94972370
79	NC_008012	CATT	2	8	24141	24148	25 %	50 %	0 %	25 %	94972370
80	NC_008012	TTTA	2	8	24825	24832	25 %	75 %	0 %	0 %	94972371
81	NC_008012	ATTT	2	8	25201	25208	25 %	75 %	0 %	0 %	94972371
82	NC_008012	GGCT	2	8	25343	25350	0 %	25 %	50 %	25 %	94972371
83	NC_008012	TACT	2	8	25449	25456	25 %	50 %	0 %	25 %	94972371
84	NC_008012	GTAT	2	8	25509	25516	25 %	50 %	25 %	0 %	94972371
85	NC_008012	GGTA	2	8	25989	25996	25 %	25 %	50 %	0 %	94972372
86	NC_008012	ATTG	2	8	26311	26318	25 %	50 %	25 %	0 %	94972372
87	NC_008012	CAAT	2	8	26342	26349	50 %	25 %	0 %	25 %	94972372
88	NC_008012	TAAA	2	8	26456	26463	75 %	25 %	0 %	0 %	94972372
89	NC_008012	TAGA	2	8	26516	26523	50 %	25 %	25 %	0 %	94972372
90	NC_008012	AAGT	2	8	26704	26711	50 %	25 %	25 %	0 %	94972372
91	NC_008012	TAAA	2	8	26739	26746	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008012	TAAA	3	12	26784	26795	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008012	TAAA	2	8	26833	26840	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008012	TAAA	2	8	26874	26881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.