MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 1

Total Repeats: 359

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008012	AAT	2	6	340	345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
2	NC_008012	TAC	2	6	465	470	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972344
3	NC_008012	ATG	2	6	491	496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
4	NC_008012	AAT	2	6	546	551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972344
5	NC_008012	TTA	2	6	786	791	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
6	NC_008012	CCT	2	6	805	810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972344
7	NC_008012	TGA	2	6	816	821	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972344
8	NC_008012	CAC	2	6	845	850	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972344
9	NC_008012	GTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972344
10	NC_008012	GAA	2	6	1051	1056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
11	NC_008012	TTA	2	6	1082	1087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
12	NC_008012	TCG	2	6	1158	1163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972344
13	NC_008012	ATT	2	6	1242	1247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972344
14	NC_008012	TTC	2	6	1254	1259	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972344
15	NC_008012	AGA	2	6	1304	1309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972344
16	NC_008012	TAT	2	6	1650	1655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972345
17	NC_008012	GTA	2	6	1923	1928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
18	NC_008012	TAA	2	6	2040	2045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
19	NC_008012	ATA	2	6	2050	2055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
20	NC_008012	TGA	2	6	2059	2064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972346
21	NC_008012	ATT	2	6	2080	2085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972346
22	NC_008012	TAA	2	6	2097	2102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
23	NC_008012	AGA	2	6	2121	2126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
24	NC_008012	GAA	2	6	2234	2239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972346
25	NC_008012	ATA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972346
26	NC_008012	AGA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
27	NC_008012	TAT	2	6	2596	2601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972347
28	NC_008012	TGT	2	6	2610	2615	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972347
29	NC_008012	GAA	2	6	2639	2644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972347
30	NC_008012	TCT	2	6	2871	2876	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972347
31	NC_008012	GTT	2	6	3404	3409	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
32	NC_008012	AGA	2	6	3475	3480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
33	NC_008012	TTC	2	6	3485	3490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972348
34	NC_008012	AGC	2	6	3518	3523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
35	NC_008012	CAA	2	6	3921	3926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
36	NC_008012	ATA	2	6	4013	4018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
37	NC_008012	AAT	2	6	4065	4070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
38	NC_008012	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
39	NC_008012	ATA	2	6	4158	4163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
40	NC_008012	ATA	2	6	4193	4198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
41	NC_008012	AAT	2	6	4274	4279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
42	NC_008012	GAA	2	6	4302	4307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
43	NC_008012	GCA	2	6	4320	4325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
44	NC_008012	TAA	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
45	NC_008012	TAA	2	6	4487	4492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
46	NC_008012	AGT	2	6	4500	4505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
47	NC_008012	GTG	2	6	4528	4533	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972348
48	NC_008012	TTG	2	6	4591	4596	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
49	NC_008012	CAG	2	6	4651	4656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972348
50	NC_008012	AAT	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
51	NC_008012	TTA	2	6	4753	4758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
52	NC_008012	CAA	2	6	4774	4779	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972348
53	NC_008012	CAT	2	6	4786	4791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972348
54	NC_008012	TAA	2	6	4820	4825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
55	NC_008012	TTG	2	6	4913	4918	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
56	NC_008012	ATA	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
57	NC_008012	ATA	2	6	5007	5012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
58	NC_008012	ATT	2	6	5063	5068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
59	NC_008012	AGT	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
60	NC_008012	TGT	2	6	5082	5087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972348
61	NC_008012	ATT	2	6	5105	5110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972348
62	NC_008012	TAA	2	6	5118	5123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972348
63	NC_008012	AGA	2	6	5236	5241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972348
64	NC_008012	ATG	2	6	5251	5256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972348
65	NC_008012	ATT	2	6	5835	5840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972349
66	NC_008012	TAA	2	6	5874	5879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
67	NC_008012	ATT	2	6	5934	5939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972349
68	NC_008012	AAT	2	6	6083	6088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
69	NC_008012	AAT	2	6	6297	6302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
70	NC_008012	AAT	2	6	6356	6361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972349
71	NC_008012	CTT	2	6	6386	6391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972349
72	NC_008012	CTA	2	6	6882	6887	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972350
73	NC_008012	TAA	2	6	6894	6899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972350
74	NC_008012	TAA	2	6	6928	6933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972350
75	NC_008012	GTT	2	6	6971	6976	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972350
76	NC_008012	AGG	2	6	6994	6999	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972350
77	NC_008012	CCT	2	6	7013	7018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972350
78	NC_008012	TAA	2	6	7039	7044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972350
79	NC_008012	TCT	2	6	7103	7108	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972350
80	NC_008012	AGG	2	6	7119	7124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972350
81	NC_008012	GTT	2	6	7138	7143	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972350
82	NC_008012	ATT	2	6	7232	7237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972350
83	NC_008012	TCT	2	6	7390	7395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972351
84	NC_008012	AGA	2	6	7408	7413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972351
85	NC_008012	GAA	2	6	7544	7549	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972351
86	NC_008012	CAT	2	6	7557	7562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972351
87	NC_008012	ATT	2	6	7569	7574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972351
88	NC_008012	TGC	2	6	7686	7691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972351
89	NC_008012	ACC	2	6	7812	7817	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972351
90	NC_008012	TGC	2	6	7890	7895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972351
91	NC_008012	AGA	2	6	7942	7947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972351
92	NC_008012	GAA	2	6	7969	7974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972351
93	NC_008012	TTA	2	6	8167	8172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972351
94	NC_008012	AAC	2	6	8184	8189	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972351
95	NC_008012	CAC	2	6	8192	8197	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972351
96	NC_008012	TAA	2	6	8267	8272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972351
97	NC_008012	ATA	2	6	8275	8280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972351
98	NC_008012	ATA	2	6	8314	8319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972352
99	NC_008012	AGC	2	6	8412	8417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972352
100	NC_008012	TGT	2	6	8441	8446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972352
101	NC_008012	ATC	2	6	8452	8457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972352
102	NC_008012	TAA	2	6	8628	8633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972352
103	NC_008012	CTT	2	6	8666	8671	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972352
104	NC_008012	ATG	2	6	8710	8715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972352
105	NC_008012	CAT	2	6	8894	8899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972352
106	NC_008012	TTG	2	6	8985	8990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972352
107	NC_008012	TAT	2	6	9146	9151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972352
108	NC_008012	TAA	2	6	9164	9169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972352
109	NC_008012	GAT	2	6	9185	9190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972352
110	NC_008012	TCA	2	6	9235	9240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972352
111	NC_008012	TTA	2	6	9245	9250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972352
112	NC_008012	ACC	2	6	9564	9569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972352
113	NC_008012	TTA	2	6	9632	9637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972353
114	NC_008012	TCC	2	6	9752	9757	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972353
115	NC_008012	TAA	2	6	9797	9802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
116	NC_008012	GTT	2	6	9820	9825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972353
117	NC_008012	TAA	2	6	9879	9884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
118	NC_008012	CAG	2	6	9986	9991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972353
119	NC_008012	TAT	2	6	10125	10130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972353
120	NC_008012	TCA	2	6	10226	10231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972353
121	NC_008012	CAA	2	6	10279	10284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972353
122	NC_008012	ATC	2	6	10350	10355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972353
123	NC_008012	ATA	2	6	10369	10374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
124	NC_008012	CTC	2	6	10412	10417	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972353
125	NC_008012	GAA	2	6	10436	10441	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972353
126	NC_008012	TTA	2	6	10481	10486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972353
127	NC_008012	AAT	2	6	10602	10607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972353
128	NC_008012	TAA	2	6	10979	10984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972354
129	NC_008012	ATG	2	6	11004	11009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972354
130	NC_008012	TAA	2	6	11069	11074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972354
131	NC_008012	CAT	2	6	11186	11191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972354
132	NC_008012	AAT	2	6	11253	11258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972354
133	NC_008012	CAA	2	6	11274	11279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972354
134	NC_008012	AAT	2	6	11307	11312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972354
135	NC_008012	ATC	2	6	11331	11336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972354
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139	NC_008012	TAA	2	6	11650	11655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972355
140	NC_008012	AGA	2	6	11688	11693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972355
141	NC_008012	ATG	2	6	11735	11740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972355
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143	NC_008012	TAA	2	6	11800	11805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972355
144	NC_008012	CAT	2	6	11917	11922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972355
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165	NC_008012	TTA	2	6	13815	13820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972357
166	NC_008012	TAA	2	6	13870	13875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972357
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261	NC_008012	CAG	2	6	19643	19648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972365
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266	NC_008012	TTG	2	6	20146	20151	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972366
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.