MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 659

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TTACCT	2	12	727	738	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94986446
2	NC_008011	TGCTTT	2	12	2106	2117	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94986447
3	NC_008011	GTAATA	2	12	2609	2620	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986447
4	NC_008011	CACAAG	2	12	3277	3288	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94986448
5	NC_008011	ATATAC	2	12	3359	3370	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94986448
6	NC_008011	AAGAGG	2	12	4382	4393	50 %	0 %	50 %	0 %	94986450
7	NC_008011	CTCTAC	2	12	7263	7274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008011	TATTTT	2	12	8030	8041	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94986454
9	NC_008011	ATATTA	2	12	9176	9187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	TGGTTT	2	12	14359	14370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008011	AATATC	2	12	16545	16556	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94986459
12	NC_008011	TAGTAA	2	12	19159	19170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008011	ACATAA	2	12	19186	19197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008011	CAGTAC	2	12	19406	19417	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94986463
15	NC_008011	TTTTGT	2	12	28125	28136	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	94986470
16	NC_008011	CAAGAA	2	12	31332	31343	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	94986472
17	NC_008011	TTTTCT	2	12	32340	32351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	94986473
18	NC_008011	CTGTTG	2	12	32448	32459	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	94986473
19	NC_008011	AATAAC	2	12	32956	32967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008011	GTATAG	2	12	36389	36400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008011	TTTTCC	2	12	37404	37415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986477
22	NC_008011	TTTTAA	2	12	40263	40274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986478
23	NC_008011	TTTCAT	2	12	40521	40532	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986478
24	NC_008011	TAGCTT	2	12	44201	44212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008011	GTAATA	2	12	45055	45066	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008011	TCTGAA	2	12	48328	48339	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986486
27	NC_008011	ATAACG	2	12	49955	49966	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94986487
28	NC_008011	ATCAGG	2	12	51194	51205	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94986488
29	NC_008011	TTTTTA	2	12	61476	61487	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008011	TTGAAT	2	12	63727	63738	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986493
31	NC_008011	TAGTTA	2	12	64307	64318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008011	AATATT	2	12	73131	73142	50 %	50 %	0 %	0 %	94986497
33	NC_008011	TGGTAT	2	12	74336	74347	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	94986498
34	NC_008011	TAACTA	2	12	74727	74738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008011	ATAATT	2	12	81327	81338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008011	GATTAT	2	12	82258	82269	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986505
37	NC_008011	GTATTT	2	12	86550	86561	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	94986510
38	NC_008011	TGTATT	2	12	87386	87397	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	94986511
39	NC_008011	CTGTTT	2	12	90080	90091	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	94986512
40	NC_008011	ATATCT	2	12	90121	90132	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	94986512
41	NC_008011	TCCACC	2	12	93343	93354	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	94986514
42	NC_008011	ACCTAT	2	12	93508	93519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986514
43	NC_008011	TAGGAG	2	12	94063	94074	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94986515
44	NC_008011	ATTCTT	2	12	96503	96514	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008011	TATGTT	2	12	102996	103007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	94986524
46	NC_008011	TAGTAA	2	12	103349	103360	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008011	AATGCT	2	12	104243	104254	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986525
48	NC_008011	ATATCT	2	12	107162	107173	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	94986527
49	NC_008011	ACCGTT	2	12	110022	110033	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008011	TTTTAA	2	12	110189	110200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008011	ATTTTT	2	12	110376	110387	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	CCAAAA	2	12	114433	114444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986532
53	NC_008011	AACACC	2	12	114609	114620	50 %	0 %	0 %	50 %	94986533
54	NC_008011	TTTCTC	2	12	114725	114736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986533
55	NC_008011	ATTGGT	2	12	115721	115732	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	94986535
56	NC_008011	AATTAA	2	12	116481	116492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986535
57	NC_008011	GTATTC	2	12	116505	116516	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008011	ACAGCA	2	12	118116	118127	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94986537
59	NC_008011	CTATGA	2	12	119376	119387	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008011	AGATTT	2	12	120254	120265	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986538
61	NC_008011	TTATTC	2	12	121598	121609	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986539
62	NC_008011	CATATA	2	12	121629	121640	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94986539
63	NC_008011	AGGATT	2	12	122105	122116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986540
64	NC_008011	TATTAC	2	12	123990	124001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008011	ATTTGC	2	12	126137	126148	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94986544
66	NC_008011	CTGTAG	2	12	128989	129000	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94986547
67	NC_008011	AAAGAA	2	12	131450	131461	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94986548
68	NC_008011	ATCTTA	2	12	137218	137229	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008011	TTTATC	2	12	137309	137320	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986553
70	NC_008011	TAATGT	2	12	137891	137902	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986553
71	NC_008011	AGTAAA	2	12	138409	138420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008011	TGAAGC	2	12	138878	138889	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94986554
73	NC_008011	TGGATT	2	12	142040	142051	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	94986557
74	NC_008011	GTATTT	2	12	145477	145488	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	94986559
75	NC_008011	AAAGAA	2	12	145753	145764	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008011	TTAGCA	2	12	146851	146862	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986561
77	NC_008011	AGATGT	2	12	149478	149489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986563
78	NC_008011	GTTAAA	2	12	149836	149847	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986563
79	NC_008011	CTTTTT	2	12	153678	153689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	94986568
80	NC_008011	ATTTCT	2	12	154628	154639	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986569
81	NC_008011	TATACT	2	12	155508	155519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008011	TAGAAA	2	12	156819	156830	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	94986571
83	NC_008011	GAAAAA	2	12	157214	157225	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	94986571
84	NC_008011	TAGCAA	2	12	158513	158524	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94986572
85	NC_008011	TGCTAT	2	12	164587	164598	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94986578
86	NC_008011	ATGAAA	2	12	166029	166040	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	94986579
87	NC_008011	CTTTTT	2	12	167974	167985	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008011	ATGAAT	2	12	169495	169506	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986581
89	NC_008011	TTTAAC	2	12	175630	175641	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008011	CAAAAA	2	12	178388	178399	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	94986587
91	NC_008011	ATATGT	2	12	186273	186284	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986593
92	NC_008011	TTTCCT	2	12	186408	186419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986593
93	NC_008011	TTTTTG	2	12	189811	189822	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	94986595
94	NC_008011	AAAATC	2	12	192193	192204	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94986597
95	NC_008011	AAGCAC	2	12	199985	199996	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	94986604
96	NC_008011	CACTAG	2	12	200231	200242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94986604
97	NC_008011	TTTCCT	2	12	203307	203318	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986607
98	NC_008011	TTTTAT	2	12	205798	205809	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	94986609
99	NC_008011	AAAATA	2	12	206550	206561	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008011	TAGGAG	2	12	206999	207010	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94986611
101	NC_008011	TTTTTC	2	12	209268	209279	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	94986612
102	NC_008011	GTTTAA	2	12	209987	209998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986612
103	NC_008011	TAAATT	2	12	211435	211446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008011	AGTTAT	2	12	211543	211554	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008011	TAAAAC	2	12	211619	211630	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94986613
106	NC_008011	ACCAGC	2	12	213194	213205	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94986613
107	NC_008011	TAGCTG	2	12	213564	213575	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	94986614
108	NC_008011	AAATTC	2	12	214371	214382	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	94986614
109	NC_008011	TCATTT	2	12	217736	217747	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986616
110	NC_008011	TCCAAG	2	12	225236	225247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008011	ATATGA	2	12	229665	229676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	94986625
112	NC_008011	CAAGGA	2	12	234563	234574	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	94986630
113	NC_008011	CTTATT	2	12	239965	239976	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	94986634
114	NC_008011	TCCTTG	2	12	245434	245445	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	94986638
115	NC_008011	TCCTAT	2	12	246055	246066	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	94986638
116	NC_008011	CAGCAT	2	12	248573	248584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94986640
117	NC_008011	ATCCCT	2	12	248998	249009	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	94986640
118	NC_008011	TTGCAA	2	12	249362	249373	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986640
119	NC_008011	AGTTAT	2	12	249681	249692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	94986641
120	NC_008011	TTAAAT	2	12	254483	254494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008011	CTGAAG	2	12	261429	261440	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94986651
122	NC_008011	TAAAAT	2	12	263891	263902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008011	ACTTCA	2	12	266546	266557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986655
124	NC_008011	GAAAAA	2	12	267096	267107	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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236	NC_008011	AAAATA	2	12	521896	521907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NC_008011	GCTTCA	2	12	527160	527171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	94986876
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239	NC_008011	ATATAA	2	12	533272	533283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
240	NC_008011	ACTAAA	2	12	534864	534875	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
241	NC_008011	ATCCTA	2	12	535610	535621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986882
242	NC_008011	TGCAGC	2	12	536109	536120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	94986882
243	NC_008011	GGAATG	2	12	538726	538737	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	94986884
244	NC_008011	TACTAT	2	12	539689	539700	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
245	NC_008011	AAAAAT	2	12	541800	541811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
246	NC_008011	AAGTTC	2	12	544381	544392	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986891
247	NC_008011	GCTCCA	2	12	545082	545093	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	94986892
248	NC_008011	ACAGGT	2	12	545193	545204	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	94986892
249	NC_008011	GATCTT	2	12	547039	547050	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94986894
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252	NC_008011	CATATG	2	12	556051	556062	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94986903
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264	NC_008011	CAACAC	2	12	582194	582205	50 %	0 %	0 %	50 %	94986919
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271	NC_008011	TATTAA	2	12	597629	597640	50 %	50 %	0 %	0 %	94986930
272	NC_008011	AAAAAT	2	12	605859	605870	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_008011	TACCTT	2	12	612357	612368	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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293	NC_008011	CCTAAA	2	12	658729	658740	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	94986979
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352	NC_008011	AAAAAT	2	12	801751	801762	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_008011	AAATAC	2	12	802977	802988	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	94987091
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477	NC_008011	ATAGTA	2	12	1045062	1045073	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
478	NC_008011	ATTTCT	2	12	1048155	1048166	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
479	NC_008011	ATGCTA	2	12	1052359	1052370	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	94987287
480	NC_008011	ATTGCT	2	12	1054600	1054611	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94987288
481	NC_008011	TACAGC	2	12	1055324	1055335	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94987289
482	NC_008011	GTTATT	2	12	1057611	1057622	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
483	NC_008011	TATAAT	2	12	1058279	1058290	50 %	50 %	0 %	0 %	94987291
484	NC_008011	TTAATA	2	12	1058335	1058346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_008011	GCCCAA	2	12	1058386	1058397	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	94987292
486	NC_008011	TGATCT	2	12	1062923	1062934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94987296
487	NC_008011	AATGAA	2	12	1070854	1070865	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	94987303
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492	NC_008011	GTAAAG	2	12	1078346	1078357	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	94987309
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496	NC_008011	ATTTTA	2	12	1083556	1083567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
497	NC_008011	TTGCTA	2	12	1086961	1086972	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	94987316
498	NC_008011	GATACA	2	12	1088007	1088018	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	94987316
499	NC_008011	TGTTTT	2	12	1090279	1090290	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	94987318
500	NC_008011	ATAGTG	2	12	1090353	1090364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

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