MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	CTCTAC	2	12	7263	7274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008011	ATATTA	2	12	9176	9187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	TGGTTT	2	12	14359	14370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	TAGTAA	2	12	19159	19170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008011	ACATAA	2	12	19186	19197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008011	AATAAC	2	12	32956	32967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008011	GTATAG	2	12	36389	36400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008011	TAGCTT	2	12	44201	44212	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008011	GTAATA	2	12	45055	45066	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	TTTTTA	2	12	61476	61487	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008011	TAGTTA	2	12	64307	64318	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008011	TAACTA	2	12	74727	74738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008011	ATAATT	2	12	81327	81338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	ATTCTT	2	12	96503	96514	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008011	TAGTAA	2	12	103349	103360	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008011	ACCGTT	2	12	110022	110033	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008011	TTTTAA	2	12	110189	110200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008011	ATTTTT	2	12	110376	110387	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008011	GTATTC	2	12	116505	116516	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008011	CTATGA	2	12	119376	119387	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008011	TATTAC	2	12	123990	124001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008011	ATCTTA	2	12	137218	137229	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008011	AGTAAA	2	12	138409	138420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008011	AAAGAA	2	12	145753	145764	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008011	TATACT	2	12	155508	155519	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008011	CTTTTT	2	12	167974	167985	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008011	TTTAAC	2	12	175630	175641	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008011	AAAATA	2	12	206550	206561	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008011	TAAATT	2	12	211435	211446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008011	AGTTAT	2	12	211543	211554	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008011	TCCAAG	2	12	225236	225247	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008011	TTAAAT	2	12	254483	254494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008011	TAAAAT	2	12	263891	263902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008011	GAAAAA	2	12	267096	267107	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008011	AAAGAA	2	12	292206	292217	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008011	TGCAAG	2	12	295265	295276	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008011	TAAAAA	2	12	299032	299043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008011	AATACA	2	12	307823	307834	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008011	TATAAT	2	12	314351	314362	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008011	CAATAT	2	12	328816	328827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008011	TTATAT	2	12	332556	332567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008011	TCTAAT	2	12	360763	360774	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008011	ATTTAA	2	12	360785	360796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	TTTATA	2	12	372073	372084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008011	CAAAAA	2	12	409233	409244	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008011	ATTATA	2	12	411242	411253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008011	CATATT	2	12	427418	427429	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008011	CTTCAG	2	12	432738	432749	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008011	ATGATA	2	12	434755	434766	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008011	TGATAA	2	12	457828	457839	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008011	AATAAA	2	12	481728	481739	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	AAAATA	2	12	521896	521907	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008011	ATATAA	2	12	533272	533283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008011	ACTAAA	2	12	534864	534875	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008011	TACTAT	2	12	539689	539700	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008011	AAAAAT	2	12	541800	541811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008011	AAAAAG	2	12	580825	580836	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008011	TAAAAA	2	12	596167	596178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008011	AAAAAT	2	12	605859	605870	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008011	TACCTT	2	12	612357	612368	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008011	GACCCT	2	12	616645	616656	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008011	TTAGCA	2	12	634840	634851	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008011	AGGCAT	2	12	639569	639580	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008011	TATCTA	2	12	651310	651321	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008011	ATTATA	2	12	656768	656779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	ATCTAT	2	12	665048	665059	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008011	GTTCAA	2	12	665110	665121	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008011	GTTCCA	2	12	676215	676226	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008011	ACTATA	2	12	691577	691588	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008011	CTCCTG	2	12	694740	694751	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008011	GTTATG	2	12	704372	704383	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008011	ATATTA	2	12	742032	742043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008011	TATTTT	2	12	744635	744646	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008011	GTTAAT	2	12	749273	749284	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008011	ATTTTA	2	12	757979	757990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008011	TTTAAT	2	12	786333	786344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008011	AAGATA	2	12	786633	786644	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	TAAAAA	2	12	789294	789305	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	AAAAAT	2	12	801751	801762	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	TACAAT	2	12	815643	815654	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008011	GATACA	2	12	821034	821045	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008011	ATAAAA	2	12	827828	827839	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008011	CCAGAA	2	12	835061	835072	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008011	TATCAG	2	12	835278	835289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008011	GTTACT	2	12	875308	875319	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008011	TGCCTT	2	12	882419	882430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008011	AAGAAA	2	12	906517	906528	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008011	AATGTT	2	12	922681	922692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008011	TTACTC	2	12	934004	934015	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008011	TTATAA	2	12	940832	940843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008011	ACTATT	2	12	940972	940983	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008011	ATTTAT	2	12	1009065	1009076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008011	TACACA	2	12	1011811	1011822	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008011	ATTTTT	2	12	1011879	1011890	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008011	AATAGT	2	12	1025979	1025990	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008011	AGGTGG	2	12	1043689	1043700	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	ATAGTA	2	12	1045062	1045073	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	ATTTCT	2	12	1048155	1048166	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008011	GTTATT	2	12	1057611	1057622	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008011	TTAATA	2	12	1058335	1058346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008011	TAAAAA	2	12	1077345	1077356	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008011	ATTTTA	2	12	1083556	1083567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008011	ATAGTG	2	12	1090353	1090364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008011	GAATAG	2	12	1095057	1095068	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008011	AATTTT	2	12	1104081	1104092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008011	TAAATA	2	12	1110185	1110196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008011	TCTTAT	2	12	1110584	1110595	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008011	ACTAAA	2	12	1114761	1114772	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008011	TATAAT	2	12	1118845	1118856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	TTTTTA	2	12	1143140	1143151	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008011	TTAACT	2	12	1162228	1162239	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008011	ATAGTT	2	12	1184532	1184543	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008011	AGTAAT	2	12	1195668	1195679	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008011	TTTTTA	2	12	1212086	1212097	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008011	GGAACA	2	12	1243790	1243801	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008011	TATTAA	2	12	1244011	1244022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	GTTATA	2	12	1251115	1251126	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008011	GAAAGG	2	12	1275735	1275746	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008011	TTTTTA	2	12	1286212	1286223	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008011	CTATAA	2	12	1286251	1286262	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008011	ATAATT	2	12	1309649	1309660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008011	AAATGA	2	12	1312563	1312574	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008011	ATTTTT	2	12	1324657	1324668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008011	GTTATA	2	12	1376009	1376020	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008011	ACTGGA	2	12	1404221	1404232	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_008011	ATAGTA	2	12	1417951	1417962	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008011	AAAATA	2	12	1422271	1422282	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008011	AAAATT	2	12	1422430	1422441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008011	CATTAT	3	18	1434478	1434495	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_008011	TATCCT	2	12	1434623	1434634	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008011	AATGTT	2	12	1454970	1454981	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.