MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 1237

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	AAAGC	2	10	1414	1423	60 %	0 %	20 %	20 %	94986446
3	NC_008011	TTGTT	2	10	3117	3126	0 %	80 %	20 %	0 %	94986448
4	NC_008011	ATAAA	2	10	4037	4046	80 %	20 %	0 %	0 %	94986449
5	NC_008011	TTAGT	2	10	5248	5257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008011	TAAAT	2	10	5347	5356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008011	TATTT	2	10	5797	5806	20 %	80 %	0 %	0 %	94986452
8	NC_008011	GTAGT	2	10	6051	6060	20 %	40 %	40 %	0 %	94986452
9	NC_008011	CTGTT	2	10	6267	6276	0 %	60 %	20 %	20 %	94986452
10	NC_008011	ACAAA	2	10	6824	6833	80 %	0 %	0 %	20 %	94986452
11	NC_008011	CAAGT	2	10	6975	6984	40 %	20 %	20 %	20 %	94986452
12	NC_008011	AACCA	2	10	11495	11504	60 %	0 %	0 %	40 %	94986457
13	NC_008011	AAGAA	2	10	11793	11802	80 %	0 %	20 %	0 %	94986457
14	NC_008011	CTTAT	2	10	12022	12031	20 %	60 %	0 %	20 %	94986457
15	NC_008011	TATCT	2	10	13613	13622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008011	TAGCT	2	10	13961	13970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008011	ATTGA	2	10	15352	15361	40 %	40 %	20 %	0 %	94986458
18	NC_008011	TTGTT	2	10	17193	17202	0 %	80 %	20 %	0 %	94986460
19	NC_008011	AACAT	2	10	19956	19965	60 %	20 %	0 %	20 %	94986463
20	NC_008011	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008011	GCTTT	2	10	21956	21965	0 %	60 %	20 %	20 %	94986465
22	NC_008011	CAGTT	2	10	24458	24467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008011	GGTAG	2	10	26272	26281	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008011	TTGTT	2	10	26712	26721	0 %	80 %	20 %	0 %	94986470
25	NC_008011	TGTCA	2	10	26949	26958	20 %	40 %	20 %	20 %	94986470
26	NC_008011	TAAGA	2	10	27086	27095	60 %	20 %	20 %	0 %	94986470
27	NC_008011	GTGAT	2	10	28301	28310	20 %	40 %	40 %	0 %	94986470
28	NC_008011	TATTT	2	10	28422	28431	20 %	80 %	0 %	0 %	94986470
29	NC_008011	ATTAT	2	10	30043	30052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008011	TAAAA	2	10	30069	30078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008011	GACTT	2	10	30379	30388	20 %	40 %	20 %	20 %	94986471
32	NC_008011	TATTT	2	10	30637	30646	20 %	80 %	0 %	0 %	94986471
33	NC_008011	CTTCT	2	10	33418	33427	0 %	60 %	0 %	40 %	94986474
34	NC_008011	TAAAT	2	10	34596	34605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008011	TAATC	2	10	36100	36109	40 %	40 %	0 %	20 %	94986476
36	NC_008011	TAACA	2	10	36360	36369	60 %	20 %	0 %	20 %	94986476
37	NC_008011	TTGAA	2	10	37124	37133	40 %	40 %	20 %	0 %	94986477
38	NC_008011	GTTCT	2	10	39483	39492	0 %	60 %	20 %	20 %	94986478
39	NC_008011	TACAT	2	10	40247	40256	40 %	40 %	0 %	20 %	94986478
40	NC_008011	AAATT	2	10	40493	40502	60 %	40 %	0 %	0 %	94986478
41	NC_008011	TAAAA	2	10	42200	42209	80 %	20 %	0 %	0 %	94986480
42	NC_008011	GTATT	2	10	45043	45052	20 %	60 %	20 %	0 %	94986483
43	NC_008011	ATATT	2	10	45242	45251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	CTATT	2	10	45548	45557	20 %	60 %	0 %	20 %	94986484
45	NC_008011	AGACC	2	10	45921	45930	40 %	0 %	20 %	40 %	94986485
46	NC_008011	CAGTT	2	10	48165	48174	20 %	40 %	20 %	20 %	94986486
47	NC_008011	GATAT	2	10	49211	49220	40 %	40 %	20 %	0 %	94986486
48	NC_008011	CTCTT	2	10	50066	50075	0 %	60 %	0 %	40 %	94986487
49	NC_008011	ATGAA	2	10	50165	50174	60 %	20 %	20 %	0 %	94986487
50	NC_008011	ACTAC	2	10	52254	52263	40 %	20 %	0 %	40 %	94986488
51	NC_008011	TCCAA	2	10	54109	54118	40 %	20 %	0 %	40 %	94986489
52	NC_008011	TAAAA	2	10	55892	55901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008011	TTACT	2	10	56293	56302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008011	GTATT	2	10	58351	58360	20 %	60 %	20 %	0 %	94986490
55	NC_008011	ATAGT	2	10	59527	59536	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008011	TTACA	2	10	60468	60477	40 %	40 %	0 %	20 %	94986491
57	NC_008011	AGAAA	2	10	60863	60872	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008011	ATTAT	2	10	61532	61541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008011	AAGTT	2	10	62058	62067	40 %	40 %	20 %	0 %	94986492
60	NC_008011	ATACA	2	10	62145	62154	60 %	20 %	0 %	20 %	94986492
61	NC_008011	TTAAG	2	10	64857	64866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008011	CTAAT	2	10	64935	64944	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008011	ATTGT	2	10	67444	67453	20 %	60 %	20 %	0 %	94986495
64	NC_008011	TAGGA	2	10	67693	67702	40 %	20 %	40 %	0 %	94986495
65	NC_008011	AATGT	2	10	68259	68268	40 %	40 %	20 %	0 %	94986495
66	NC_008011	TATTT	2	10	68930	68939	20 %	80 %	0 %	0 %	94986495
67	NC_008011	ATATG	2	10	70920	70929	40 %	40 %	20 %	0 %	94986496
68	NC_008011	GGTTT	2	10	71467	71476	0 %	60 %	40 %	0 %	94986496
69	NC_008011	TATAA	2	10	71786	71795	60 %	40 %	0 %	0 %	94986496
70	NC_008011	CAATT	2	10	74643	74652	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008011	ATATA	2	10	74834	74843	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008011	GTTAT	2	10	74852	74861	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008011	TATGA	2	10	77623	77632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008011	GTTTT	2	10	78294	78303	0 %	80 %	20 %	0 %	94986501
75	NC_008011	ATTGA	2	10	79729	79738	40 %	40 %	20 %	0 %	94986503
76	NC_008011	TTAGA	2	10	80480	80489	40 %	40 %	20 %	0 %	94986504
77	NC_008011	ATCTT	2	10	81101	81110	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008011	ATCTA	2	10	81431	81440	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008011	TAATT	2	10	81444	81453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	TTATT	2	10	83091	83100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008011	TTATT	2	10	83248	83257	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008011	TAAAA	2	10	83750	83759	80 %	20 %	0 %	0 %	94986507
83	NC_008011	ACTTT	2	10	84233	84242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008011	ATACT	2	10	85754	85763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008011	CTAAA	2	10	85785	85794	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_008011	TAAGA	2	10	86358	86367	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008011	GTATT	2	10	88123	88132	20 %	60 %	20 %	0 %	94986511
88	NC_008011	ATTTT	2	10	89247	89256	20 %	80 %	0 %	0 %	94986511
89	NC_008011	TTTTG	2	10	91151	91160	0 %	80 %	20 %	0 %	94986513
90	NC_008011	ATATA	2	10	91507	91516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008011	AGAAT	2	10	92102	92111	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008011	CAAAC	2	10	93048	93057	60 %	0 %	0 %	40 %	94986514
93	NC_008011	ATATT	2	10	96535	96544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008011	TTTAT	2	10	97174	97183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008011	TGTAA	2	10	97600	97609	40 %	40 %	20 %	0 %	94986519
96	NC_008011	TAATA	2	10	97674	97683	60 %	40 %	0 %	0 %	94986519
97	NC_008011	TATAG	2	10	98118	98127	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	TTTTC	2	10	98379	98388	0 %	80 %	0 %	20 %	94986520
99	NC_008011	AAGAT	2	10	98752	98761	60 %	20 %	20 %	0 %	94986520
100	NC_008011	CATAA	2	10	101540	101549	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008011	ATTAT	2	10	101570	101579	40 %	60 %	0 %	0 %	94986523
102	NC_008011	AATAA	2	10	103265	103274	80 %	20 %	0 %	0 %	94986524
103	NC_008011	TCATT	2	10	103509	103518	20 %	60 %	0 %	20 %	94986525
104	NC_008011	TTGGG	2	10	107027	107036	0 %	40 %	60 %	0 %	94986527
105	NC_008011	TAGCA	2	10	107176	107185	40 %	20 %	20 %	20 %	94986527
106	NC_008011	AAATA	2	10	108400	108409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008011	TGATA	2	10	109164	109173	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008011	TTTAA	2	10	112103	112112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008011	TAAAT	2	10	112579	112588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	CATAA	2	10	113107	113116	60 %	20 %	0 %	20 %	94986531
111	NC_008011	CCTTT	2	10	114397	114406	0 %	60 %	0 %	40 %	94986532
112	NC_008011	CACCT	2	10	117221	117230	20 %	20 %	0 %	60 %	94986536
113	NC_008011	ATTCT	2	10	117590	117599	20 %	60 %	0 %	20 %	94986536
114	NC_008011	GAGCA	2	10	118138	118147	40 %	0 %	40 %	20 %	94986537
115	NC_008011	TAGAT	2	10	119651	119660	40 %	40 %	20 %	0 %	94986538
116	NC_008011	TTCAC	2	10	119837	119846	20 %	40 %	0 %	40 %	94986538
117	NC_008011	GGTTG	2	10	120532	120541	0 %	40 %	60 %	0 %	94986539
118	NC_008011	CTGGA	2	10	120582	120591	20 %	20 %	40 %	20 %	94986539
119	NC_008011	ATATG	2	10	121761	121770	40 %	40 %	20 %	0 %	94986540
120	NC_008011	TATAA	2	10	124272	124281	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008011	AACAG	2	10	125875	125884	60 %	0 %	20 %	20 %	94986543
122	NC_008011	ATAAA	2	10	127357	127366	80 %	20 %	0 %	0 %	94986545
123	NC_008011	CAGTG	2	10	127995	128004	20 %	20 %	40 %	20 %	94986546
124	NC_008011	TCCCA	2	10	128681	128690	20 %	20 %	0 %	60 %	94986547
125	NC_008011	GCTGA	2	10	129232	129241	20 %	20 %	40 %	20 %	94986547
126	NC_008011	ACAGT	2	10	133595	133604	40 %	20 %	20 %	20 %	94986550
127	NC_008011	GGCAA	2	10	135527	135536	40 %	0 %	40 %	20 %	94986551
128	NC_008011	ATAAC	2	10	136839	136848	60 %	20 %	0 %	20 %	94986552
129	NC_008011	TTAAA	2	10	137021	137030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008011	TCTAT	2	10	140810	140819	20 %	60 %	0 %	20 %	94986556
131	NC_008011	ATTAT	2	10	141006	141015	40 %	60 %	0 %	0 %	94986556
132	NC_008011	TTATA	2	10	145774	145783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008011	ACCAT	2	10	145860	145869	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_008011	ACCTC	2	10	147882	147891	20 %	20 %	0 %	60 %	94986562
135	NC_008011	ATAAA	2	10	148597	148606	80 %	20 %	0 %	0 %	94986562
136	NC_008011	TTATA	2	10	149364	149373	40 %	60 %	0 %	0 %	94986563
137	NC_008011	TTATT	2	10	149400	149409	20 %	80 %	0 %	0 %	94986563
138	NC_008011	TGTAC	2	10	149644	149653	20 %	40 %	20 %	20 %	94986563
139	NC_008011	CTTAC	2	10	152722	152731	20 %	40 %	0 %	40 %	94986567
140	NC_008011	TAGTA	2	10	153427	153436	40 %	40 %	20 %	0 %	94986568
141	NC_008011	AGGTA	2	10	153717	153726	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008011	TTATA	2	10	153838	153847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008011	GATAT	2	10	154271	154280	40 %	40 %	20 %	0 %	94986569
144	NC_008011	TTGAT	2	10	156726	156735	20 %	60 %	20 %	0 %	94986571
145	NC_008011	AGAAA	2	10	156842	156851	80 %	0 %	20 %	0 %	94986571
146	NC_008011	TACAT	2	10	157243	157252	40 %	40 %	0 %	20 %	94986571
147	NC_008011	TGAGG	2	10	158275	158284	20 %	20 %	60 %	0 %	94986572
148	NC_008011	TTAGT	2	10	162230	162239	20 %	60 %	20 %	0 %	94986576
149	NC_008011	TGTTC	2	10	162712	162721	0 %	60 %	20 %	20 %	94986576
150	NC_008011	TTCTT	2	10	163086	163095	0 %	80 %	0 %	20 %	94986577
151	NC_008011	GTTAT	2	10	163651	163660	20 %	60 %	20 %	0 %	94986577
152	NC_008011	ATATT	2	10	164916	164925	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008011	AATGG	2	10	165383	165392	40 %	20 %	40 %	0 %	94986579
154	NC_008011	ATGCA	2	10	165560	165569	40 %	20 %	20 %	20 %	94986579
155	NC_008011	AGAAA	2	10	166194	166203	80 %	0 %	20 %	0 %	94986580
156	NC_008011	TTTTA	2	10	167830	167839	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008011	CAGAA	2	10	168494	168503	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_008011	CAATG	2	10	170418	170427	40 %	20 %	20 %	20 %	94986582
159	NC_008011	TATCT	2	10	170856	170865	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
160	NC_008011	TTTTA	2	10	172284	172293	20 %	80 %	0 %	0 %	94986585
161	NC_008011	ATTAT	2	10	173659	173668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_008011	GTTAT	2	10	175907	175916	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_008011	CTCGA	2	10	177593	177602	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_008011	TAACA	2	10	178547	178556	60 %	20 %	0 %	20 %	94986587
165	NC_008011	GCTTT	2	10	181211	181220	0 %	60 %	20 %	20 %	94986589
166	NC_008011	CTGTG	2	10	182282	182291	0 %	40 %	40 %	20 %	94986590
167	NC_008011	GGAGA	2	10	183526	183535	40 %	0 %	60 %	0 %	94986590
168	NC_008011	TTGTA	2	10	184080	184089	20 %	60 %	20 %	0 %	94986591
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173	NC_008011	TTGGT	2	10	189919	189928	0 %	60 %	40 %	0 %	94986595
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184	NC_008011	TTCTT	2	10	203117	203126	0 %	80 %	0 %	20 %	94986607
185	NC_008011	GTTAA	2	10	207775	207784	40 %	40 %	20 %	0 %	94986612
186	NC_008011	AGAAA	2	10	210351	210360	80 %	0 %	20 %	0 %	94986612
187	NC_008011	ATGTT	2	10	211152	211161	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
188	NC_008011	TTTAA	2	10	212505	212514	40 %	60 %	0 %	0 %	94986613
189	NC_008011	AGAAC	2	10	213057	213066	60 %	0 %	20 %	20 %	94986613
190	NC_008011	AATTA	2	10	213946	213955	60 %	40 %	0 %	0 %	94986614
191	NC_008011	AATAA	2	10	218245	218254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_008011	AACAA	2	10	218745	218754	80 %	0 %	0 %	20 %	94986617
193	NC_008011	TTGCT	2	10	219193	219202	0 %	60 %	20 %	20 %	94986617
194	NC_008011	CATTA	2	10	219464	219473	40 %	40 %	0 %	20 %	94986617
195	NC_008011	GAATT	2	10	220000	220009	40 %	40 %	20 %	0 %	94986618
196	NC_008011	AAATT	2	10	220618	220627	60 %	40 %	0 %	0 %	94986618
197	NC_008011	TCCCC	2	10	223032	223041	0 %	20 %	0 %	80 %	94986620
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200	NC_008011	CATAG	2	10	228135	228144	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
201	NC_008011	TGCAC	2	10	228951	228960	20 %	20 %	20 %	40 %	94986624
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204	NC_008011	CTTTT	2	10	232770	232779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
205	NC_008011	CAAGC	2	10	233276	233285	40 %	0 %	20 %	40 %	94986629
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210	NC_008011	ATTCT	2	10	240266	240275	20 %	60 %	0 %	20 %	94986634
211	NC_008011	GTTAG	2	10	240680	240689	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
212	NC_008011	TTTCT	2	10	241772	241781	0 %	80 %	0 %	20 %	94986636
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214	NC_008011	TAAAG	2	10	246536	246545	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
215	NC_008011	TATTT	2	10	246746	246755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
216	NC_008011	TATTT	2	10	247989	247998	20 %	80 %	0 %	0 %	94986640
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219	NC_008011	AATAG	2	10	249949	249958	60 %	20 %	20 %	0 %	94986641
220	NC_008011	TATAA	2	10	250314	250323	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
221	NC_008011	AATGT	2	10	251137	251146	40 %	40 %	20 %	0 %	94986643
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223	NC_008011	AAGGG	2	10	252182	252191	40 %	0 %	60 %	0 %	94986643
224	NC_008011	AATAG	2	10	252487	252496	60 %	20 %	20 %	0 %	94986643
225	NC_008011	AAGCA	2	10	254717	254726	60 %	0 %	20 %	20 %	94986645
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232	NC_008011	ATAGA	2	10	262404	262413	60 %	20 %	20 %	0 %	94986652
233	NC_008011	TTATA	2	10	264143	264152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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241	NC_008011	CTTTT	2	10	279373	279382	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
242	NC_008011	TTATA	2	10	280080	280089	40 %	60 %	0 %	0 %	94986667
243	NC_008011	GTTAT	2	10	281479	281488	20 %	60 %	20 %	0 %	94986669
244	NC_008011	GGAAA	2	10	282483	282492	60 %	0 %	40 %	0 %	94986670
245	NC_008011	AATAA	2	10	283469	283478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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251	NC_008011	GCTTG	2	10	289899	289908	0 %	40 %	40 %	20 %	94986676
252	NC_008011	CTTTT	2	10	292030	292039	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
253	NC_008011	GGGTG	2	10	293553	293562	0 %	20 %	80 %	0 %	94986680
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257	NC_008011	TTTTC	2	10	296459	296468	0 %	80 %	0 %	20 %	94986682
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262	NC_008011	AGTAT	2	10	297799	297808	40 %	40 %	20 %	0 %	94986682
263	NC_008011	CTTGT	2	10	298251	298260	0 %	60 %	20 %	20 %	94986683
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269	NC_008011	TGAAA	2	10	304092	304101	60 %	20 %	20 %	0 %	94986686
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271	NC_008011	CTAAA	2	10	306546	306555	60 %	20 %	0 %	20 %	94986688
272	NC_008011	CATAC	2	10	306797	306806	40 %	20 %	0 %	40 %	94986689
273	NC_008011	ATACA	2	10	309068	309077	60 %	20 %	0 %	20 %	94986692
274	NC_008011	TAAAA	2	10	311031	311040	80 %	20 %	0 %	0 %	94986693
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