MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 23827

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	TTA	2	6	122	127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	TAA	2	6	163	168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	CTT	2	6	169	174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008011	ACA	2	6	373	378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986446
6	NC_008011	TAG	2	6	449	454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986446
7	NC_008011	ATT	2	6	474	479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986446
8	NC_008011	AGG	2	6	564	569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986446
9	NC_008011	TAA	3	9	639	647	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986446
10	NC_008011	ACA	2	6	648	653	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986446
11	NC_008011	AAG	2	6	696	701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
12	NC_008011	TGT	2	6	798	803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
13	NC_008011	TAA	2	6	813	818	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986446
14	NC_008011	TGC	3	9	828	836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986446
15	NC_008011	GGA	2	6	987	992	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986446
16	NC_008011	AGA	2	6	1109	1114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
17	NC_008011	GTT	2	6	1168	1173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
18	NC_008011	GAT	2	6	1483	1488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986446
19	NC_008011	TAT	2	6	1509	1514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986446
20	NC_008011	TGT	2	6	1584	1589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986446
21	NC_008011	AGA	2	6	1666	1671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986446
22	NC_008011	TTA	2	6	1824	1829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986447
23	NC_008011	GAT	2	6	1955	1960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
24	NC_008011	TTG	2	6	2058	2063	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
25	NC_008011	AAC	2	6	2080	2085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986447
26	NC_008011	GTA	2	6	2197	2202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
27	NC_008011	TGA	2	6	2226	2231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
28	NC_008011	TCT	2	6	2281	2286	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
29	NC_008011	TGC	2	6	2310	2315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986447
30	NC_008011	TGT	2	6	2343	2348	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
31	NC_008011	GAC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986447
32	NC_008011	AAT	2	6	2424	2429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986447
33	NC_008011	CCA	2	6	2440	2445	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986447
34	NC_008011	TGC	2	6	2538	2543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986447
35	NC_008011	TTC	2	6	2544	2549	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
36	NC_008011	CCT	2	6	2551	2556	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986447
37	NC_008011	AGA	2	6	2575	2580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986447
38	NC_008011	TTC	2	6	2670	2675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986447
39	NC_008011	TAA	2	6	2711	2716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986447
40	NC_008011	TGT	2	6	2737	2742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986447
41	NC_008011	AGT	2	6	2766	2771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986447
42	NC_008011	AGA	2	6	2922	2927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008011	TTA	2	6	2980	2985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	ATT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008011	TTA	2	6	3049	3054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008011	GTA	2	6	3090	3095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008011	TAC	2	6	3105	3110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008011	GTT	2	6	3187	3192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986448
49	NC_008011	TAT	2	6	3409	3414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986448
50	NC_008011	ATA	2	6	3433	3438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986448
51	NC_008011	GAA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	TGA	2	6	3477	3482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986449
53	NC_008011	TTA	2	6	3533	3538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986449
54	NC_008011	TAA	2	6	3561	3566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
55	NC_008011	TGG	2	6	3747	3752	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986449
56	NC_008011	ACA	2	6	3771	3776	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986449
57	NC_008011	GAA	2	6	3904	3909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986449
58	NC_008011	ATT	3	9	3994	4002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986449
59	NC_008011	TAA	2	6	4007	4012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
60	NC_008011	GTA	2	6	4054	4059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986449
61	NC_008011	GTT	2	6	4141	4146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986449
62	NC_008011	TAA	2	6	4154	4159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
63	NC_008011	TAA	2	6	4207	4212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986449
64	NC_008011	TTA	2	6	4216	4221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008011	TAT	2	6	4236	4241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	ATT	2	6	4269	4274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008011	CTC	2	6	4304	4309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008011	ACA	2	6	4320	4325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008011	CAC	3	9	4369	4377	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986450
70	NC_008011	CAC	2	6	4411	4416	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986450
71	NC_008011	CAT	2	6	4618	4623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
72	NC_008011	CAG	2	6	4627	4632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986450
73	NC_008011	TCC	2	6	4643	4648	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986450
74	NC_008011	TCA	2	6	4767	4772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
75	NC_008011	TAC	2	6	4808	4813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986450
76	NC_008011	ATA	2	6	4878	4883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986450
77	NC_008011	TAA	2	6	4897	4902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	TAT	2	6	4910	4915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	ATT	2	6	4919	4924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	ATT	2	6	5010	5015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986451
81	NC_008011	ACT	2	6	5077	5082	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986451
82	NC_008011	TTA	2	6	5192	5197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986451
83	NC_008011	TAT	2	6	5207	5212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986451
84	NC_008011	CTT	2	6	5310	5315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008011	ATT	2	6	5360	5365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008011	ATT	2	6	5374	5379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008011	ATT	2	6	5407	5412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008011	TAA	2	6	5528	5533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008011	GAA	2	6	5585	5590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986452
90	NC_008011	ATG	2	6	5666	5671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986452
91	NC_008011	GGT	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986452
92	NC_008011	TAA	2	6	5830	5835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986452
93	NC_008011	TTG	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986452
94	NC_008011	ATT	3	9	6179	6187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986452
95	NC_008011	TCT	2	6	6283	6288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986452
96	NC_008011	TTG	2	6	6480	6485	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986452
97	NC_008011	ACT	2	6	6511	6516	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986452
98	NC_008011	AAC	2	6	6565	6570	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986452
99	NC_008011	ATT	2	6	6584	6589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986452
100	NC_008011	CAG	2	6	6636	6641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986452
101	NC_008011	CAA	2	6	6669	6674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986452
102	NC_008011	ATT	2	6	6695	6700	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986452
103	NC_008011	TGT	2	6	6760	6765	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986452
104	NC_008011	TAT	2	6	6937	6942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986452
105	NC_008011	TAG	3	9	7008	7016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986452
106	NC_008011	ATT	2	6	7028	7033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986452
107	NC_008011	CAA	2	6	7079	7084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986452
108	NC_008011	AAG	2	6	7113	7118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986452
109	NC_008011	TAA	2	6	7190	7195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	GAA	2	6	7399	7404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008011	TCT	2	6	7459	7464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008011	TAA	2	6	7500	7505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008011	TAT	2	6	7540	7545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008011	AAT	2	6	7582	7587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008011	TAT	2	6	7594	7599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008011	GAG	2	6	7611	7616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	TCT	2	6	7774	7779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986453
118	NC_008011	CAT	2	6	7851	7856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986453
119	NC_008011	AAT	2	6	7860	7865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986453
120	NC_008011	AAC	2	6	7917	7922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008011	TTC	2	6	8006	8011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986454
122	NC_008011	TAA	2	6	8018	8023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986454
123	NC_008011	TAG	2	6	8144	8149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986454
124	NC_008011	GTT	2	6	8159	8164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986454
125	NC_008011	ATT	2	6	8202	8207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986454
126	NC_008011	TTG	2	6	8214	8219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986454
127	NC_008011	TAT	2	6	8220	8225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986454
128	NC_008011	TCT	2	6	8354	8359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986454
129	NC_008011	TAA	2	6	8363	8368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986454
130	NC_008011	AAG	2	6	8379	8384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986454
131	NC_008011	TAA	2	6	8396	8401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986454
132	NC_008011	ATC	2	6	8457	8462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986454
133	NC_008011	ATT	2	6	8502	8507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986454
134	NC_008011	AGT	2	6	8508	8513	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986454
135	NC_008011	TAT	2	6	8555	8560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986454
136	NC_008011	AAT	2	6	8561	8566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986454
137	NC_008011	TGT	2	6	8568	8573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986454
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