MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Deinococcus geothermalis DSM 11300 plasmid pDGEO01

Total Repeats: 428

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008010	GGCCT	2	10	1812	1821	0 %	20 %	40 %	40 %	94971944
2	NC_008010	GTTCA	2	10	2665	2674	20 %	40 %	20 %	20 %	94971942
3	NC_008010	GGTCG	2	10	4209	4218	0 %	20 %	60 %	20 %	94971940
4	NC_008010	CAACC	2	10	5975	5984	40 %	0 %	0 %	60 %	94971939
5	NC_008010	GGCTG	2	10	6658	6667	0 %	20 %	60 %	20 %	94971938
6	NC_008010	CCGGC	2	10	6696	6705	0 %	0 %	40 %	60 %	94971938
7	NC_008010	CGGCG	2	10	7686	7695	0 %	0 %	60 %	40 %	94971937
8	NC_008010	CCCGG	2	10	7883	7892	0 %	0 %	40 %	60 %	94971937
9	NC_008010	CGGCA	2	10	15238	15247	20 %	0 %	40 %	40 %	94971935
10	NC_008010	CGGCG	2	10	15865	15874	0 %	0 %	60 %	40 %	94971935
11	NC_008010	CGGGC	2	10	18623	18632	0 %	0 %	60 %	40 %	94971934
12	NC_008010	GCCGC	2	10	18665	18674	0 %	0 %	40 %	60 %	94971934
13	NC_008010	GGGGA	2	10	19040	19049	20 %	0 %	80 %	0 %	94971934
14	NC_008010	GGGGT	2	10	19681	19690	0 %	20 %	80 %	0 %	94971933
15	NC_008010	GGAAA	2	10	19748	19757	60 %	0 %	40 %	0 %	94971933
16	NC_008010	AGCCC	2	10	21804	21813	20 %	0 %	20 %	60 %	94971932
17	NC_008010	CCGTC	2	10	23096	23105	0 %	20 %	20 %	60 %	94971929
18	NC_008010	AGGCC	2	10	24557	24566	20 %	0 %	40 %	40 %	94971928
19	NC_008010	CTGGA	2	10	30949	30958	20 %	20 %	40 %	20 %	94971922
20	NC_008010	GATGT	2	10	31063	31072	20 %	40 %	40 %	0 %	94971922
21	NC_008010	GCGGG	2	10	32233	32242	0 %	0 %	80 %	20 %	94971921
22	NC_008010	CGGTT	2	10	33712	33721	0 %	40 %	40 %	20 %	94971920
23	NC_008010	CTGCA	2	10	34265	34274	20 %	20 %	20 %	40 %	94971920
24	NC_008010	CGCTG	2	10	35316	35325	0 %	20 %	40 %	40 %	94971919
25	NC_008010	CCTGC	2	10	36891	36900	0 %	20 %	20 %	60 %	94971917
26	NC_008010	TCGGC	2	10	37129	37138	0 %	20 %	40 %	40 %	94971916
27	NC_008010	CGTGA	2	10	37425	37434	20 %	20 %	40 %	20 %	94971916
28	NC_008010	GCACA	2	10	40633	40642	40 %	0 %	20 %	40 %	94971911
29	NC_008010	GCAGC	2	10	41652	41661	20 %	0 %	40 %	40 %	94971911
30	NC_008010	GCTCG	2	10	42985	42994	0 %	20 %	40 %	40 %	94971910
31	NC_008010	AGGCC	2	10	43497	43506	20 %	0 %	40 %	40 %	94971910
32	NC_008010	TCCTG	2	10	44673	44682	0 %	40 %	20 %	40 %	94971909
33	NC_008010	CAGCG	2	10	46166	46175	20 %	0 %	40 %	40 %	94971908
34	NC_008010	AAGTC	2	10	47926	47935	40 %	20 %	20 %	20 %	94971906
35	NC_008010	CGCTG	2	10	49294	49303	0 %	20 %	40 %	40 %	94971906
36	NC_008010	CAGAC	2	10	49383	49392	40 %	0 %	20 %	40 %	94971906
37	NC_008010	GGCGC	2	10	49472	49481	0 %	0 %	60 %	40 %	94971906
38	NC_008010	CGGAG	2	10	50456	50465	20 %	0 %	60 %	20 %	94971903
39	NC_008010	CTGCC	2	10	50644	50653	0 %	20 %	20 %	60 %	94971903
40	NC_008010	CTGGC	2	10	50875	50884	0 %	20 %	40 %	40 %	94971903
41	NC_008010	TCGCT	2	10	53437	53446	0 %	40 %	20 %	40 %	94971901
42	NC_008010	AAGTC	2	10	54993	55002	40 %	20 %	20 %	20 %	94971900
43	NC_008010	AAACT	2	10	56148	56157	60 %	20 %	0 %	20 %	94971899
44	NC_008010	GCAGC	2	10	57437	57446	20 %	0 %	40 %	40 %	94971898
45	NC_008010	GCTGC	2	10	57453	57462	0 %	20 %	40 %	40 %	94971898
46	NC_008010	TGCCT	2	10	58484	58493	0 %	40 %	20 %	40 %	94971896
47	NC_008010	TCGCC	2	10	58800	58809	0 %	20 %	20 %	60 %	94971896
48	NC_008010	TTGCC	2	10	59579	59588	0 %	40 %	20 %	40 %	94971895
49	NC_008010	CGGCC	2	10	60229	60238	0 %	0 %	40 %	60 %	94971895
50	NC_008010	GCCGT	2	10	60552	60561	0 %	20 %	40 %	40 %	94971894
51	NC_008010	CATGT	2	10	61382	61391	20 %	40 %	20 %	20 %	94971893
52	NC_008010	GCCGC	2	10	62105	62114	0 %	0 %	40 %	60 %	94971893
53	NC_008010	GCCGC	2	10	63832	63841	0 %	0 %	40 %	60 %	94971892
54	NC_008010	TGCCG	2	10	67368	67377	0 %	20 %	40 %	40 %	94971887
55	NC_008010	CCAGC	2	10	67612	67621	20 %	0 %	20 %	60 %	94971887
56	NC_008010	GGGAG	2	10	67806	67815	20 %	0 %	80 %	0 %	94971887
57	NC_008010	AGGCG	2	10	68261	68270	20 %	0 %	60 %	20 %	94971886
58	NC_008010	GCGCG	2	10	74978	74987	0 %	0 %	60 %	40 %	94971880
59	NC_008010	CCGCA	2	10	75120	75129	20 %	0 %	20 %	60 %	94971880
60	NC_008010	TGGCC	2	10	78068	78077	0 %	20 %	40 %	40 %	94971878
61	NC_008010	CCCCG	2	10	80853	80862	0 %	0 %	20 %	80 %	94971876
62	NC_008010	CCGGC	2	10	83998	84007	0 %	0 %	40 %	60 %	94971873
63	NC_008010	GGGCC	2	10	88787	88796	0 %	0 %	60 %	40 %	94971867
64	NC_008010	TCCGC	2	10	88965	88974	0 %	20 %	20 %	60 %	94971867
65	NC_008010	GGGAG	2	10	90128	90137	20 %	0 %	80 %	0 %	94971866
66	NC_008010	GATCT	2	10	90309	90318	20 %	40 %	20 %	20 %	94971866
67	NC_008010	GGGCG	2	10	91353	91362	0 %	0 %	80 %	20 %	94971865
68	NC_008010	GCGTG	2	10	91725	91734	0 %	20 %	60 %	20 %	94971865
69	NC_008010	GCGCC	2	10	92938	92947	0 %	0 %	40 %	60 %	94971864
70	NC_008010	CGTGC	2	10	93179	93188	0 %	20 %	40 %	40 %	94971864
71	NC_008010	GCCGA	2	10	93714	93723	20 %	0 %	40 %	40 %	94971863
72	NC_008010	TTGGC	2	10	94272	94281	0 %	40 %	40 %	20 %	94971863
73	NC_008010	CGCCA	2	10	96584	96593	20 %	0 %	20 %	60 %	94971862
74	NC_008010	CGGCG	2	10	96625	96634	0 %	0 %	60 %	40 %	94971862
75	NC_008010	GGGCA	2	10	100909	100918	20 %	0 %	60 %	20 %	94971859
76	NC_008010	TGTGC	2	10	102651	102660	0 %	40 %	40 %	20 %	94971858
77	NC_008010	GGCAA	2	10	103066	103075	40 %	0 %	40 %	20 %	94971858
78	NC_008010	CCCGG	2	10	104116	104125	0 %	0 %	40 %	60 %	94971857
79	NC_008010	AGCGA	2	10	108397	108406	40 %	0 %	40 %	20 %	94971852
80	NC_008010	CGAGC	2	10	109243	109252	20 %	0 %	40 %	40 %	94971851
81	NC_008010	CGGCG	2	10	115624	115633	0 %	0 %	60 %	40 %	94971844
82	NC_008010	AGTGC	2	10	116364	116373	20 %	20 %	40 %	20 %	94971843
83	NC_008010	GCGCC	3	15	116889	116903	0 %	0 %	40 %	60 %	94971842
84	NC_008010	TCGCT	2	10	117313	117322	0 %	40 %	20 %	40 %	94971841
85	NC_008010	CAGCC	2	10	119547	119556	20 %	0 %	20 %	60 %	94971839
86	NC_008010	AGGGC	2	10	119608	119617	20 %	0 %	60 %	20 %	94971839
87	NC_008010	AGATC	2	10	119869	119878	40 %	20 %	20 %	20 %	94971839
88	NC_008010	GCCGG	2	10	123904	123913	0 %	0 %	60 %	40 %	94971835
89	NC_008010	AGTGA	2	10	123951	123960	40 %	20 %	40 %	0 %	94971835
90	NC_008010	TCTTG	2	10	126446	126455	0 %	60 %	20 %	20 %	94971832
91	NC_008010	GACGA	2	10	128289	128298	40 %	0 %	40 %	20 %	94971830
92	NC_008010	TGCGC	2	10	128869	128878	0 %	20 %	40 %	40 %	94971829
93	NC_008010	CCTGC	2	10	131753	131762	0 %	20 %	20 %	60 %	94971827
94	NC_008010	CGCTG	2	10	132607	132616	0 %	20 %	40 %	40 %	94971826
95	NC_008010	GGCCC	2	10	133425	133434	0 %	0 %	40 %	60 %	94971825
96	NC_008010	ACCTG	2	10	133729	133738	20 %	20 %	20 %	40 %	94971824
97	NC_008010	GCGCG	2	10	134115	134124	0 %	0 %	60 %	40 %	94971824
98	NC_008010	GCGGT	2	10	136115	136124	0 %	20 %	60 %	20 %	94971823
99	NC_008010	GCAGC	2	10	136905	136914	20 %	0 %	40 %	40 %	94971822
100	NC_008010	TCACC	2	10	137484	137493	20 %	20 %	0 %	60 %	94971821
101	NC_008010	GGCCT	2	10	137764	137773	0 %	20 %	40 %	40 %	94971821
102	NC_008010	CCTTT	2	10	138489	138498	0 %	60 %	0 %	40 %	94971821
103	NC_008010	GCACG	2	10	139377	139386	20 %	0 %	40 %	40 %	94971821
104	NC_008010	GCGCC	2	10	139512	139521	0 %	0 %	40 %	60 %	94971821
105	NC_008010	CCCTC	2	10	140417	140426	0 %	20 %	0 %	80 %	94971821
106	NC_008010	CTCGC	2	10	141038	141047	0 %	20 %	20 %	60 %	94971821
107	NC_008010	GCGCC	2	10	142166	142175	0 %	0 %	40 %	60 %	94971820
108	NC_008010	TGGGC	2	10	145573	145582	0 %	20 %	60 %	20 %	94971817
109	NC_008010	CGGCG	2	10	145604	145613	0 %	0 %	60 %	40 %	94971817
110	NC_008010	GGCGC	2	10	145745	145754	0 %	0 %	60 %	40 %	94971817
111	NC_008010	CCCGG	2	10	146015	146024	0 %	0 %	40 %	60 %	94971817
112	NC_008010	CGCGC	2	10	147178	147187	0 %	0 %	40 %	60 %	94972338
113	NC_008010	GCCGG	2	10	149598	149607	0 %	0 %	60 %	40 %	94972335
114	NC_008010	GGCGG	2	10	150536	150545	0 %	0 %	80 %	20 %	94972334
115	NC_008010	GCTCA	2	10	152451	152460	20 %	20 %	20 %	40 %	94972333
116	NC_008010	GCGCG	2	10	155881	155890	0 %	0 %	60 %	40 %	94972329
117	NC_008010	TCACC	2	10	157737	157746	20 %	20 %	0 %	60 %	94972328
118	NC_008010	GCCCG	2	10	158119	158128	0 %	0 %	40 %	60 %	94972327
119	NC_008010	GTGCC	2	10	158324	158333	0 %	20 %	40 %	40 %	94972327
120	NC_008010	CGGGG	2	10	159368	159377	0 %	0 %	80 %	20 %	94972326
121	NC_008010	AGTCC	2	10	161653	161662	20 %	20 %	20 %	40 %	94972325
122	NC_008010	GCGAG	2	10	162058	162067	20 %	0 %	60 %	20 %	94972324
123	NC_008010	GCCGG	2	10	162264	162273	0 %	0 %	60 %	40 %	94972324
124	NC_008010	CCAGC	2	10	162440	162449	20 %	0 %	20 %	60 %	94972324
125	NC_008010	GGTCG	2	10	163632	163641	0 %	20 %	60 %	20 %	94972323
126	NC_008010	CAGCC	2	10	163820	163829	20 %	0 %	20 %	60 %	94972323
127	NC_008010	CCGCT	2	10	166578	166587	0 %	20 %	20 %	60 %	94972320
128	NC_008010	GGCCG	2	10	168713	168722	0 %	0 %	60 %	40 %	94972318
129	NC_008010	CGTGG	2	10	170293	170302	0 %	20 %	60 %	20 %	94972316
130	NC_008010	CTGCG	2	10	171577	171586	0 %	20 %	40 %	40 %	94972314
131	NC_008010	AGGCC	2	10	171996	172005	20 %	0 %	40 %	40 %	94972314
132	NC_008010	GGGGT	2	10	174961	174970	0 %	20 %	80 %	0 %	94972312
133	NC_008010	GGCGT	2	10	177046	177055	0 %	20 %	60 %	20 %	94972310
134	NC_008010	CGGTG	2	10	177495	177504	0 %	20 %	60 %	20 %	94972310
135	NC_008010	GCCCA	2	10	180077	180086	20 %	0 %	20 %	60 %	94972308
136	NC_008010	GCGCC	2	10	181704	181713	0 %	0 %	40 %	60 %	94972306
137	NC_008010	CGGTG	2	10	184564	184573	0 %	20 %	60 %	20 %	94972303
138	NC_008010	GCGTG	2	10	187600	187609	0 %	20 %	60 %	20 %	94972300
139	NC_008010	CACGG	2	10	189046	189055	20 %	0 %	40 %	40 %	94972299
140	NC_008010	CCTCA	2	10	190601	190610	20 %	20 %	0 %	60 %	94972298
141	NC_008010	ACCGC	2	10	190847	190856	20 %	0 %	20 %	60 %	94972297
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151	NC_008010	GAGCT	2	10	198258	198267	20 %	20 %	40 %	20 %	94972291
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173	NC_008010	CGGCG	2	10	236868	236877	0 %	0 %	60 %	40 %	94972253
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176	NC_008010	TTCCG	2	10	241420	241429	0 %	40 %	20 %	40 %	94972249
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252	NC_008010	TCGGC	2	10	352925	352934	0 %	20 %	40 %	40 %	94972141
253	NC_008010	ACGCC	2	10	355200	355209	20 %	0 %	20 %	60 %	94972140
254	NC_008010	CGAGC	2	10	355237	355246	20 %	0 %	40 %	40 %	94972140
255	NC_008010	CGTCC	2	10	355333	355342	0 %	20 %	20 %	60 %	94972140
256	NC_008010	CCGTC	2	10	358440	358449	0 %	20 %	20 %	60 %	94972139
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260	NC_008010	TGGGC	2	10	363033	363042	0 %	20 %	60 %	20 %	94972137
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266	NC_008010	GCCCG	2	10	366977	366986	0 %	0 %	40 %	60 %	94972134
267	NC_008010	GCCCA	2	10	367970	367979	20 %	0 %	20 %	60 %	94972133
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398	NC_008010	TGCCG	2	10	534542	534551	0 %	20 %	40 %	40 %	94971982
399	NC_008010	GCCAG	2	10	535574	535583	20 %	0 %	40 %	40 %	94971982
400	NC_008010	CATCC	2	10	536721	536730	20 %	20 %	0 %	60 %	94971981
401	NC_008010	CCAGC	2	10	539163	539172	20 %	0 %	20 %	60 %	94971979
402	NC_008010	TGGGC	2	10	543204	543213	0 %	20 %	60 %	20 %	94971976
403	NC_008010	GCCAC	2	10	544127	544136	20 %	0 %	20 %	60 %	94971975
404	NC_008010	CGCGC	2	10	544159	544168	0 %	0 %	40 %	60 %	94971975
405	NC_008010	CCGCG	2	10	544455	544464	0 %	0 %	40 %	60 %	94971974
406	NC_008010	GGCCT	2	10	545211	545220	0 %	20 %	40 %	40 %	94971974
407	NC_008010	CACGG	2	10	545251	545260	20 %	0 %	40 %	40 %	94971974
408	NC_008010	AGCGC	2	10	545480	545489	20 %	0 %	40 %	40 %	94971973
409	NC_008010	AACCC	2	10	546262	546271	40 %	0 %	0 %	60 %	94971973
410	NC_008010	ACGCA	2	10	548293	548302	40 %	0 %	20 %	40 %	94971971
411	NC_008010	GCGGG	2	10	551980	551989	0 %	0 %	80 %	20 %	94971968
412	NC_008010	GCTCT	2	10	552809	552818	0 %	40 %	20 %	40 %	94971967
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415	NC_008010	TCGCC	2	10	554964	554973	0 %	20 %	20 %	60 %	94971965
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419	NC_008010	GCGCC	2	10	560787	560796	0 %	0 %	40 %	60 %	94971958
420	NC_008010	TCCAG	2	10	562621	562630	20 %	20 %	20 %	40 %	94971956
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423	NC_008010	CCAGC	2	10	564393	564402	20 %	0 %	20 %	60 %	94971954
424	NC_008010	GGTCA	2	10	569136	569145	20 %	20 %	40 %	20 %	94971950
425	NC_008010	CGGGC	2	10	570565	570574	0 %	0 %	60 %	40 %	94971948
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427	NC_008010	AGCGG	2	10	572374	572383	20 %	0 %	60 %	20 %	94971947
428	NC_008010	CCGAT	2	10	572815	572824	20 %	20 %	20 %	40 %	94971947

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.