MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 megaplasmid

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007974	GTATCG	2	12	728	739	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_007974	ATACGT	2	12	868	879	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_007974	GGGATG	2	12	31376	31387	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007974	GTTCCA	2	12	61640	61651	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_007974	TTTTGC	2	12	153780	153791	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_007974	GGTTGG	2	12	169982	169993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007974	CAATAC	2	12	177779	177790	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_007974	CGATGA	2	12	179978	179989	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_007974	GTCACA	2	12	180215	180226	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007974	CGGCCG	2	12	186542	186553	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007974	AGTTTC	2	12	207634	207645	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_007974	TGCCGT	2	12	250199	250210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_007974	GACCAA	2	12	290157	290168	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007974	CTCGTT	2	12	331970	331981	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_007974	GCCCTG	2	12	355163	355174	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_007974	AGCTGT	2	12	361695	361706	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_007974	ACACCG	2	12	374502	374513	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_007974	TCCTTG	2	12	433568	433579	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_007974	GACGGT	2	12	435985	435996	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_007974	GTGGTA	2	12	439221	439232	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007974	GGGTTG	2	12	472773	472784	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007974	CAGCGA	2	12	472904	472915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007974	TTTTGC	2	12	478330	478341	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_007974	TTGGCT	2	12	529621	529632	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_007974	CCTTTT	2	12	601416	601427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_007974	ACAGAA	2	12	614769	614780	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_007974	AGCCGC	2	12	638069	638080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007974	ACGGCC	2	12	644254	644265	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_007974	CGTGCC	2	12	654659	654670	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_007974	AGCGCG	2	12	657679	657690	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007974	GCCTGT	2	12	684340	684351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_007974	GCAGTA	2	12	714127	714138	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_007974	CCGGGT	2	12	716254	716265	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007974	AAACGG	2	12	774960	774971	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_007974	CCACCC	2	12	793593	793604	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
36	NC_007974	CCGCAG	2	12	805536	805547	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_007974	CATTCC	2	12	808260	808271	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_007974	GGCCAT	2	12	836247	836258	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007974	TGGGCC	2	12	836347	836358	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_007974	CCCACA	2	12	865864	865875	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_007974	AGGCGC	4	24	876593	876616	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_007974	TCGTGC	2	12	878799	878810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_007974	GCATTT	2	12	886807	886818	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_007974	ATCCAG	2	12	1012338	1012349	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_007974	GGCCTT	2	12	1016690	1016701	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007974	CGGCCA	2	12	1017571	1017582	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007974	TGCCCT	2	12	1067518	1067529	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_007974	CATCGT	2	12	1087264	1087275	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_007974	CTAGGA	5	30	1087348	1087377	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_007974	TGTTGG	2	12	1124969	1124980	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007974	GCCATC	2	12	1162620	1162631	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007974	GCGAAT	2	12	1167841	1167852	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_007974	GCATAT	2	12	1230794	1230805	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_007974	GATTTT	2	12	1264267	1264278	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007974	GGCCGA	2	12	1434257	1434268	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007974	TATGCG	2	12	1448579	1448590	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_007974	TTTTGG	2	12	1464345	1464356	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007974	ACAGAT	2	12	1495971	1495982	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_007974	TGTCTG	2	12	1528143	1528154	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_007974	CCGGGC	2	12	1551500	1551511	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007974	CGAAAG	2	12	1571493	1571504	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_007974	CCGGCC	2	12	1598958	1598969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_007974	TCCGCC	2	12	1600854	1600865	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_007974	AATGCC	2	12	1626031	1626042	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007974	CAGCGC	2	12	1628855	1628866	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_007974	GGACGG	3	18	1640486	1640503	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_007974	GAATTG	2	12	1677035	1677046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007974	AGTCAA	2	12	1678569	1678580	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_007974	GCGTGA	2	12	1685215	1685226	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_007974	CGACAA	2	12	1698274	1698285	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_007974	TCGCGG	2	12	1722898	1722909	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_007974	AGGCCG	2	12	1773809	1773820	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_007974	CCCCGG	2	12	1837423	1837434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_007974	GGGCCA	2	12	1868785	1868796	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_007974	TTATTT	2	12	1907569	1907580	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007974	CCCCGA	2	12	1908338	1908349	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_007974	TGGGCG	2	12	1908746	1908757	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_007974	GCGCCT	2	12	1920884	1920895	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007974	GCACCG	2	12	1951046	1951057	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007974	CTTGAA	2	12	1958463	1958474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_007974	ACGATA	2	12	1972414	1972425	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_007974	CACGCG	2	12	1997438	1997449	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007974	TGGCAT	2	12	2097867	2097878	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_007974	CAGTGA	2	12	2175594	2175605	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007974	TCGGGG	2	12	2215118	2215129	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_007974	GCAAGA	2	12	2225473	2225484	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_007974	AAGTGC	2	12	2241052	2241063	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_007974	TTCCTC	2	12	2260826	2260837	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007974	TGGCAC	2	12	2287065	2287076	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_007974	CCGAGA	2	12	2289840	2289851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_007974	CAGGCA	2	12	2318166	2318177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007974	ACTGGA	2	12	2392566	2392577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_007974	TCGCTC	2	12	2424143	2424154	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_007974	GCCGGT	2	12	2434611	2434622	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_007974	TCAGCA	2	12	2436456	2436467	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007974	TGGCGG	2	12	2437023	2437034	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_007974	CGCCAG	2	12	2438945	2438956	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_007974	GCCATC	2	12	2439953	2439964	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_007974	TGAACA	2	12	2439970	2439981	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_007974	GCATTT	2	12	2474355	2474366	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_007974	AGCTGG	2	12	2513797	2513808	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.