MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 megaplasmid

Total Repeats: 2169

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007974	ACGCA	2	10	49	58	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007974	CCGAC	2	10	3770	3779	20 %	0 %	20 %	60 %	94314739
3	NC_007974	GGAAG	2	10	4248	4257	40 %	0 %	60 %	0 %	94314739
4	NC_007974	ATCCC	2	10	4706	4715	20 %	20 %	0 %	60 %	94314740
5	NC_007974	GCCAG	2	10	4984	4993	20 %	0 %	40 %	40 %	94314740
6	NC_007974	CAGGG	2	10	6421	6430	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007974	CGTGC	2	10	6859	6868	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_007974	CACGC	2	10	7237	7246	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_007974	TGCGA	2	10	7512	7521	20 %	20 %	40 %	20 %	94314741
10	NC_007974	CGTCC	2	10	8378	8387	0 %	20 %	20 %	60 %	94314741
11	NC_007974	ACGGC	2	10	10602	10611	20 %	0 %	40 %	40 %	94314742
12	NC_007974	TTGGC	2	10	12351	12360	0 %	40 %	40 %	20 %	94314744
13	NC_007974	CGGCC	2	10	12670	12679	0 %	0 %	40 %	60 %	94314744
14	NC_007974	TCGGC	2	10	15373	15382	0 %	20 %	40 %	40 %	94314746
15	NC_007974	CCCGT	2	10	16157	16166	0 %	20 %	20 %	60 %	94314747
16	NC_007974	GGCAT	2	10	16817	16826	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_007974	TTCCA	2	10	17239	17248	20 %	40 %	0 %	40 %	94314748
18	NC_007974	GCGTG	2	10	19119	19128	0 %	20 %	60 %	20 %	94314749
19	NC_007974	GGCCC	2	10	20379	20388	0 %	0 %	40 %	60 %	94314750
20	NC_007974	CCGGC	2	10	20393	20402	0 %	0 %	40 %	60 %	94314750
21	NC_007974	GCGCC	2	10	20919	20928	0 %	0 %	40 %	60 %	94314751
22	NC_007974	TGTCC	2	10	20936	20945	0 %	40 %	20 %	40 %	94314751
23	NC_007974	TGCCG	2	10	22200	22209	0 %	20 %	40 %	40 %	94314753
24	NC_007974	GTGGC	2	10	22445	22454	0 %	20 %	60 %	20 %	94314753
25	NC_007974	GGAAT	2	10	22735	22744	40 %	20 %	40 %	0 %	291481468
26	NC_007974	ATGGA	2	10	24222	24231	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007974	CGTGC	2	10	29235	29244	0 %	20 %	40 %	40 %	94314759
28	NC_007974	GCATG	2	10	29584	29593	20 %	20 %	40 %	20 %	94314759
29	NC_007974	CCATG	2	10	30075	30084	20 %	20 %	20 %	40 %	94314759
30	NC_007974	GCAGG	2	10	31942	31951	20 %	0 %	60 %	20 %	94314761
31	NC_007974	GCGCG	2	10	32299	32308	0 %	0 %	60 %	40 %	94314761
32	NC_007974	TCCGC	2	10	32439	32448	0 %	20 %	20 %	60 %	94314761
33	NC_007974	GCTGC	2	10	33205	33214	0 %	20 %	40 %	40 %	94314762
34	NC_007974	GCGCG	2	10	33336	33345	0 %	0 %	60 %	40 %	94314762
35	NC_007974	ACCGC	2	10	35163	35172	20 %	0 %	20 %	60 %	94314763
36	NC_007974	TGGCC	2	10	35839	35848	0 %	20 %	40 %	40 %	94314763
37	NC_007974	GCTGT	2	10	36191	36200	0 %	40 %	40 %	20 %	94314763
38	NC_007974	AAGAC	2	10	36750	36759	60 %	0 %	20 %	20 %	94314763
39	NC_007974	CGGCA	2	10	38249	38258	20 %	0 %	40 %	40 %	94314764
40	NC_007974	GGCGT	2	10	38444	38453	0 %	20 %	60 %	20 %	94314764
41	NC_007974	CATGG	2	10	39265	39274	20 %	20 %	40 %	20 %	94314765
42	NC_007974	TGACC	2	10	39372	39381	20 %	20 %	20 %	40 %	94314765
43	NC_007974	GATTG	2	10	41240	41249	20 %	40 %	40 %	0 %	94314766
44	NC_007974	CGGCG	2	10	41921	41930	0 %	0 %	60 %	40 %	94314767
45	NC_007974	CCTGG	2	10	42392	42401	0 %	20 %	40 %	40 %	94314767
46	NC_007974	CGTGC	2	10	43657	43666	0 %	20 %	40 %	40 %	94314768
47	NC_007974	CGATA	2	10	46333	46342	40 %	20 %	20 %	20 %	94314770
48	NC_007974	GCGCG	2	10	47378	47387	0 %	0 %	60 %	40 %	94314771
49	NC_007974	GCGCG	2	10	48394	48403	0 %	0 %	60 %	40 %	94314772
50	NC_007974	GCCAC	2	10	50892	50901	20 %	0 %	20 %	60 %	94314775
51	NC_007974	CGGCG	2	10	51006	51015	0 %	0 %	60 %	40 %	94314775
52	NC_007974	GCCGC	2	10	51373	51382	0 %	0 %	40 %	60 %	94314775
53	NC_007974	GAGGG	2	10	53895	53904	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007974	GGTTT	2	10	54373	54382	0 %	60 %	40 %	0 %	94314777
55	NC_007974	GCGCG	2	10	54972	54981	0 %	0 %	60 %	40 %	94314777
56	NC_007974	GCGTG	2	10	55601	55610	0 %	20 %	60 %	20 %	94314778
57	NC_007974	TGCTT	2	10	58793	58802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_007974	GGCCG	2	10	59723	59732	0 %	0 %	60 %	40 %	94314781
59	NC_007974	TCTCT	2	10	60119	60128	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007974	CTGAC	2	10	60187	60196	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_007974	GTGAC	2	10	60834	60843	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007974	CGTGC	2	10	61025	61034	0 %	20 %	40 %	40 %	291481473
63	NC_007974	TGTCG	2	10	61724	61733	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007974	GCCAT	2	10	63727	63736	20 %	20 %	20 %	40 %	94314787
65	NC_007974	CGCGG	2	10	64306	64315	0 %	0 %	60 %	40 %	94314787
66	NC_007974	GGCCG	2	10	64669	64678	0 %	0 %	60 %	40 %	94314788
67	NC_007974	GGATC	2	10	65103	65112	20 %	20 %	40 %	20 %	94314788
68	NC_007974	GGTCG	2	10	65707	65716	0 %	20 %	60 %	20 %	94314789
69	NC_007974	GCCGG	2	10	66793	66802	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007974	GGCTG	2	10	67730	67739	0 %	20 %	60 %	20 %	94314790
71	NC_007974	CCTGG	2	10	68812	68821	0 %	20 %	40 %	40 %	94314791
72	NC_007974	CTGAG	2	10	69921	69930	20 %	20 %	40 %	20 %	94314792
73	NC_007974	GTCGA	2	10	70232	70241	20 %	20 %	40 %	20 %	94314793
74	NC_007974	GCGCG	2	10	73572	73581	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007974	TCGTC	2	10	74731	74740	0 %	40 %	20 %	40 %	94314796
76	NC_007974	TGCGC	2	10	77091	77100	0 %	20 %	40 %	40 %	94314799
77	NC_007974	GCGCC	2	10	77953	77962	0 %	0 %	40 %	60 %	94314799
78	NC_007974	CGCGC	2	10	79883	79892	0 %	0 %	40 %	60 %	94314802
79	NC_007974	GGGCC	2	10	82695	82704	0 %	0 %	60 %	40 %	94314805
80	NC_007974	ATGCG	2	10	83896	83905	20 %	20 %	40 %	20 %	94314806
81	NC_007974	CGCGC	2	10	84530	84539	0 %	0 %	40 %	60 %	94314806
82	NC_007974	GGCAT	2	10	84742	84751	20 %	20 %	40 %	20 %	94314806
83	NC_007974	GCGCG	2	10	85143	85152	0 %	0 %	60 %	40 %	94314806
84	NC_007974	GGCAC	2	10	87140	87149	20 %	0 %	40 %	40 %	94314807
85	NC_007974	TCCAG	2	10	89977	89986	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007974	CGCAT	2	10	90099	90108	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_007974	CATGG	2	10	92948	92957	20 %	20 %	40 %	20 %	94314812
88	NC_007974	TCGGT	2	10	92971	92980	0 %	40 %	40 %	20 %	94314812
89	NC_007974	CCGGC	2	10	93836	93845	0 %	0 %	40 %	60 %	94314813
90	NC_007974	TGGCG	2	10	94445	94454	0 %	20 %	60 %	20 %	94314814
91	NC_007974	CCGAT	2	10	95008	95017	20 %	20 %	20 %	40 %	94314814
92	NC_007974	CAGCG	2	10	96506	96515	20 %	0 %	40 %	40 %	94314815
93	NC_007974	ACGGC	2	10	96568	96577	20 %	0 %	40 %	40 %	94314815
94	NC_007974	GCGCG	2	10	98630	98639	0 %	0 %	60 %	40 %	94314816
95	NC_007974	GCTCG	2	10	98836	98845	0 %	20 %	40 %	40 %	94314817
96	NC_007974	ACGCC	2	10	99675	99684	20 %	0 %	20 %	60 %	94314818
97	NC_007974	CGCGG	2	10	100515	100524	0 %	0 %	60 %	40 %	94314819
98	NC_007974	TCGCC	2	10	100558	100567	0 %	20 %	20 %	60 %	94314819
99	NC_007974	CGGGC	2	10	103416	103425	0 %	0 %	60 %	40 %	94314821
100	NC_007974	TGGCG	2	10	103538	103547	0 %	20 %	60 %	20 %	94314821
101	NC_007974	TGGCC	2	10	103903	103912	0 %	20 %	40 %	40 %	94314822
102	NC_007974	AAGGG	2	10	104564	104573	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_007974	CTGAT	2	10	105247	105256	20 %	40 %	20 %	20 %	94314824
104	NC_007974	GCCCG	2	10	107624	107633	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_007974	CGCGC	2	10	108756	108765	0 %	0 %	40 %	60 %	94314827
106	NC_007974	ACCGT	2	10	111788	111797	20 %	20 %	20 %	40 %	94314830
107	NC_007974	CCGGC	2	10	113226	113235	0 %	0 %	40 %	60 %	94314830
108	NC_007974	GCATG	2	10	113767	113776	20 %	20 %	40 %	20 %	94314831
109	NC_007974	ATGGC	2	10	114336	114345	20 %	20 %	40 %	20 %	94314831
110	NC_007974	GGCGC	2	10	114526	114535	0 %	0 %	60 %	40 %	94314831
111	NC_007974	GGCGC	2	10	114757	114766	0 %	0 %	60 %	40 %	94314831
112	NC_007974	TGCGC	2	10	115120	115129	0 %	20 %	40 %	40 %	94314831
113	NC_007974	CATCA	2	10	115282	115291	40 %	20 %	0 %	40 %	94314832
114	NC_007974	GGCTG	2	10	117964	117973	0 %	20 %	60 %	20 %	94314835
115	NC_007974	GTGCC	2	10	118661	118670	0 %	20 %	40 %	40 %	94314836
116	NC_007974	CGGCA	2	10	123289	123298	20 %	0 %	40 %	40 %	94314840
117	NC_007974	TGGAG	2	10	124296	124305	20 %	20 %	60 %	0 %	94314841
118	NC_007974	GTACG	2	10	126002	126011	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007974	TCTTG	2	10	126318	126327	0 %	60 %	20 %	20 %	94314844
120	NC_007974	GCCGT	2	10	127092	127101	0 %	20 %	40 %	40 %	94314845
121	NC_007974	ACCAG	2	10	128064	128073	40 %	0 %	20 %	40 %	94314845
122	NC_007974	CACGC	2	10	130408	130417	20 %	0 %	20 %	60 %	94314847
123	NC_007974	ACGGC	2	10	131988	131997	20 %	0 %	40 %	40 %	94314847
124	NC_007974	GCGAC	2	10	132543	132552	20 %	0 %	40 %	40 %	94314847
125	NC_007974	GCCGC	2	10	133185	133194	0 %	0 %	40 %	60 %	94314849
126	NC_007974	CGGCA	2	10	134586	134595	20 %	0 %	40 %	40 %	94314849
127	NC_007974	CGGCC	2	10	136755	136764	0 %	0 %	40 %	60 %	94314852
128	NC_007974	GCGCC	2	10	137142	137151	0 %	0 %	40 %	60 %	94314852
129	NC_007974	CGCGG	2	10	139094	139103	0 %	0 %	60 %	40 %	94314854
130	NC_007974	GAGCA	2	10	139676	139685	40 %	0 %	40 %	20 %	94314854
131	NC_007974	GCGAC	2	10	141065	141074	20 %	0 %	40 %	40 %	94314856
132	NC_007974	GGCCG	2	10	142638	142647	0 %	0 %	60 %	40 %	94314856
133	NC_007974	CCCGG	2	10	143348	143357	0 %	0 %	40 %	60 %	94314856
134	NC_007974	TGGCG	2	10	143970	143979	0 %	20 %	60 %	20 %	94314857
135	NC_007974	CCGGA	2	10	146511	146520	20 %	0 %	40 %	40 %	94314860
136	NC_007974	ATCGA	2	10	146839	146848	40 %	20 %	20 %	20 %	94314860
137	NC_007974	TCGTG	2	10	149656	149665	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_007974	AGGCG	2	10	150383	150392	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007974	GGGAG	2	10	151118	151127	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007974	CTCAT	2	10	153116	153125	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_007974	TCGGC	2	10	154587	154596	0 %	20 %	40 %	40 %	94312550
142	NC_007974	TGATC	2	10	155343	155352	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007974	GAAAG	2	10	155436	155445	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_007974	CGCCA	2	10	155599	155608	20 %	0 %	20 %	60 %	94312552
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148	NC_007974	GCGAT	2	10	162031	162040	20 %	20 %	40 %	20 %	94312557
149	NC_007974	GCCGG	2	10	162051	162060	0 %	0 %	60 %	40 %	94312557
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162	NC_007974	GGTAA	2	10	179404	179413	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007974	TCTGT	2	10	179934	179943	0 %	60 %	20 %	20 %	94312578
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263	NC_007974	TGAGA	2	10	301858	301867	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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405	NC_007974	CGCGG	2	10	456530	456539	0 %	0 %	60 %	40 %	94312836
406	NC_007974	GCGCC	2	10	456745	456754	0 %	0 %	40 %	60 %	94312836
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