MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 megaplasmid

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007974	ACGCA	2	10	49	58	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_007974	CAGGG	2	10	6421	6430	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007974	CGTGC	2	10	6859	6868	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_007974	CACGC	2	10	7237	7246	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_007974	GGCAT	2	10	16817	16826	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007974	ATGGA	2	10	24222	24231	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007974	GAGGG	2	10	53895	53904	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007974	TGCTT	2	10	58793	58802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007974	TCTCT	2	10	60119	60128	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007974	CTGAC	2	10	60187	60196	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007974	GTGAC	2	10	60834	60843	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007974	TGTCG	2	10	61724	61733	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007974	GCCGG	2	10	66793	66802	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_007974	GCGCG	2	10	73572	73581	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007974	TCCAG	2	10	89977	89986	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007974	CGCAT	2	10	90099	90108	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007974	AAGGG	2	10	104564	104573	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007974	GCCCG	2	10	107624	107633	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_007974	GTACG	2	10	126002	126011	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007974	TCGTG	2	10	149656	149665	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007974	AGGCG	2	10	150383	150392	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007974	GGGAG	2	10	151118	151127	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_007974	CTCAT	2	10	153116	153125	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_007974	TGATC	2	10	155343	155352	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007974	GAAAG	2	10	155436	155445	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007974	GGTAA	2	10	179404	179413	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007974	AGAAA	2	10	209723	209732	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007974	TGACG	2	10	210268	210277	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007974	GTTGA	2	10	211983	211992	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007974	CGCTT	2	10	214417	214426	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_007974	GCGTG	2	10	220575	220584	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007974	GCCCG	2	10	276459	276468	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
33	NC_007974	GGCGC	2	10	285068	285077	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007974	GGAGG	2	10	297606	297615	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007974	TGAGA	2	10	301858	301867	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007974	GCGTC	2	10	301975	301984	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_007974	ACAAG	2	10	311846	311855	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007974	GCCCG	2	10	343667	343676	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_007974	CGTCA	2	10	371047	371056	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_007974	CGGGC	2	10	380669	380678	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
41	NC_007974	GCGCC	2	10	381296	381305	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_007974	TTCCA	2	10	385122	385131	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_007974	GCCTG	2	10	427656	427665	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_007974	CACAT	2	10	438049	438058	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007974	CGCTG	2	10	460737	460746	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007974	GGACC	2	10	463571	463580	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_007974	TCGTG	2	10	474206	474215	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007974	AGGCG	2	10	474933	474942	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_007974	GGGAG	2	10	475668	475677	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_007974	CTCAT	2	10	477666	477675	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007974	CAATC	2	10	493920	493929	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_007974	GTCAT	2	10	513487	513496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007974	CGGCA	2	10	529503	529512	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007974	TTCTT	2	10	530698	530707	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007974	TATCG	2	10	556219	556228	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007974	AGTTG	2	10	556338	556347	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007974	TGCAC	2	10	596036	596045	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_007974	GGATG	2	10	600005	600014	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007974	CTGTC	2	10	608259	608268	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007974	CGCTT	2	10	643157	643166	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_007974	CCTGG	2	10	657744	657753	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_007974	GAAGC	2	10	672442	672451	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007974	TGTGC	2	10	674685	674694	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007974	TGCAT	2	10	685353	685362	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_007974	TGCGA	2	10	697860	697869	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007974	TTCGA	2	10	713219	713228	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007974	AGAAC	2	10	721760	721769	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_007974	GCGTG	2	10	731308	731317	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007974	TAACA	2	10	744498	744507	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_007974	TCGGT	2	10	766439	766448	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007974	CGGCG	2	10	767461	767470	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_007974	CAGCG	2	10	770583	770592	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_007974	GTGGC	2	10	771425	771434	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_007974	CCGGC	2	10	775186	775195	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
75	NC_007974	TCGCT	2	10	791390	791399	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007974	ATCGA	2	10	796229	796238	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007974	GCCGC	2	10	801801	801810	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
78	NC_007974	TCGCG	2	10	805497	805506	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_007974	AATGG	2	10	807183	807192	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007974	CGCGT	2	10	808210	808219	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007974	TCGAA	2	10	816905	816914	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007974	CTGAC	2	10	820112	820121	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007974	TGGCG	2	10	821262	821271	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_007974	ACGCT	2	10	821940	821949	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_007974	GTGCT	2	10	824219	824228	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007974	CAGAT	2	10	840678	840687	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_007974	ACCGT	2	10	856545	856554	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_007974	TGTTT	2	10	856562	856571	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007974	GTACG	2	10	858652	858661	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007974	TGACC	2	10	863747	863756	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_007974	CGTTG	2	10	885963	885972	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007974	GTCGG	2	10	893748	893757	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007974	TGCCG	2	10	900190	900199	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007974	GCCGG	2	10	903770	903779	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_007974	TGGCG	2	10	909595	909604	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007974	GCATT	2	10	922656	922665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007974	GGGCG	2	10	931060	931069	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
98	NC_007974	CTGCG	2	10	936297	936306	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_007974	CGCGG	2	10	939381	939390	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_007974	GCTGC	2	10	942636	942645	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007974	CTTGC	2	10	945787	945796	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_007974	CCGAC	2	10	946426	946435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_007974	GCCCG	2	10	950170	950179	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_007974	TGCTG	2	10	963485	963494	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007974	CCAGC	2	10	963588	963597	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_007974	TTCGT	2	10	966494	966503	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007974	TGCTT	2	10	969578	969587	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_007974	AGAGG	2	10	1012120	1012129	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007974	GCCGT	2	10	1021182	1021191	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_007974	CGGCT	2	10	1033847	1033856	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_007974	CGGGC	2	10	1042746	1042755	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
112	NC_007974	ACGCC	2	10	1046935	1046944	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_007974	CGATG	2	10	1047206	1047215	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007974	GTCCC	2	10	1047504	1047513	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_007974	TCCCG	2	10	1049274	1049283	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
116	NC_007974	CCATC	2	10	1055612	1055621	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_007974	GCCAT	2	10	1067773	1067782	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_007974	GCGGT	2	10	1068396	1068405	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_007974	GCAGG	2	10	1082617	1082626	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007974	CCTTG	2	10	1083244	1083253	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_007974	GGCGC	2	10	1083749	1083758	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_007974	ACGCG	2	10	1087835	1087844	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007974	ATCCC	2	10	1093301	1093310	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
124	NC_007974	CACAC	2	10	1093489	1093498	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_007974	CAGGA	2	10	1120186	1120195	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_007974	ATGCA	2	10	1128099	1128108	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007974	GGCAA	2	10	1134572	1134581	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007974	ACGCA	2	10	1152585	1152594	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_007974	GGAGT	2	10	1152646	1152655	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007974	TGGTG	2	10	1153862	1153871	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007974	TCACG	2	10	1153923	1153932	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_007974	TGAAA	2	10	1162147	1162156	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007974	GAAAC	2	10	1166085	1166094	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007974	CGCGC	2	10	1202450	1202459	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
135	NC_007974	ACATG	2	10	1215533	1215542	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_007974	ATAGA	2	10	1224607	1224616	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007974	CGCAA	2	10	1226280	1226289	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007974	GAATC	2	10	1241814	1241823	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_007974	CGTGG	2	10	1249342	1249351	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007974	GCCAC	2	10	1258306	1258315	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_007974	AGGCG	2	10	1279509	1279518	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007974	TCGTT	2	10	1290508	1290517	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007974	GAGCA	2	10	1305549	1305558	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_007974	GATCT	2	10	1316618	1316627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007974	CGAAC	2	10	1359083	1359092	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_007974	ATCCG	2	10	1359507	1359516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_007974	CCCCG	2	10	1365366	1365375	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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154	NC_007974	CATTC	2	10	1414120	1414129	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_007974	CGCTT	2	10	1421800	1421809	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_007974	CGGAT	2	10	1421862	1421871	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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159	NC_007974	CGCCC	2	10	1422416	1422425	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
160	NC_007974	GAAGC	2	10	1433079	1433088	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_007974	GAAGC	2	10	1434153	1434162	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_007974	CCCTC	2	10	1440344	1440353	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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182	NC_007974	GCCGG	2	10	1571326	1571335	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_007974	TTCCG	2	10	1716431	1716440	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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274	NC_007974	TCCTT	2	10	2579252	2579261	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
275	NC_007974	CAAGC	2	10	2579627	2579636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.